陆琼字伯玉，吴郡吴县人。祖父陆完，梁琅邪、彭城二郡郡丞。父陆云公，梁给事黄门侍郎，掌著作。
陆琼幼年聪慧，富于才情，六岁作五言诗，颇有文采。大同末年，云公受梁武帝诏校定《棋品》，到溉、朱异以下都来了，陆琼时年八岁，当着客人之面复盘，从此京师称之为神童。朱异说给武帝听，武帝下令召见，陆琼风采照人，对答如流，举止周密审慎，皇上十分惊奇。十一岁时，因父丧过度哀伤而变得极度瘦弱，表现出天赋的卓绝品性，其堂祖父陆襄感叹说：“这孩子必能光耀门庭，正所谓一不为少。”及至侯景作乱，陆琼带着母亲避乱，寄居于吴县之西乡，勤奋刻苦地读书，不分白天黑夜毫不懈怠，从此学识渊博，擅长作文。
永定年间(557～559)，州中举为秀才。天嘉元年(560)，为宁远始兴王府法曹行参军。不久以本官兼任尚书外兵郎，以文学转兼殿中郎，任职期满成为正职。陆琼一向有美名，深为世祖所赏识。待到讨伐周迪、陈宝应等，都官之符及朝廷各种诏令文书等，均由朝廷下令交给陆琼完成。迁官新安王文学，掌东宫管记。
及至高宗为司徒，精选属官，吏部尚书徐陵向高宗举荐陆琼，说：“新安王文学陆琼，智识博洽通达，通晓典籍，足以为用，任职为郎署，历时已久，左西掾现正缺员，他正好适合这一人选，虽然从品位上讲是略有破拔之嫌，然而他久居下位，已是积年累月了。”于是任为司徒左西掾。不久兼任通直散骑常侍，出访齐国。
太建元年(569)，再以本官掌东宫管记。任太子庶子，兼通事舍人。转任中书侍郎、太子家令。长沙王陈叔坚为江州刺史，不遵法度，高宗以长沙王年少，授陆琼为长史，兼摄江州府国事，又兼浔陽太守。陆琼以母亲年老，不愿远离，太子也坚持请求留下他，于是没有前往。历任给事黄门侍郎，领羽林监。转任太子中庶子，兼步兵校尉。又兼大著作，撰国史。
后主即位，以陆琼代理中书省，掌诏诰。不久授散骑常侍，兼度支尚书，兼扬州大中正。至德元年(583)，任度支尚书，参掌诏诰，且可判理廷尉、建康二狱之事。当初，琼父云公奉梁武帝敕令撰写《嘉瑞记》，陆琼遵循其宗旨续作，起自永定，迄于至德，编成一家之言。迁吏部尚书，著作如故。陆琼审练谱牒，善于品察人才，当初吏部尚书宗元饶去世后，右仆射袁宪举荐陆琼，高宗没有用他，到这时居官摄事，号为称职，后主十分倚重。
陆琼生性谦逊俭约，从不为自己私家聚敛财货，尽避地位资望日高一日，却坚持素志，不改操守，更加虚己下人。园池屋宇，不曾改建，车马衣服，不求鲜艳华丽，一年四季之俸禄，都发散给家族，家中没有多余的财货。晚年固锁心志，足不出户，想避开权要之地，常常托病引退而不去莅官治事。不久母丧忧郁而离职。当初陆琼侍奉太子时，母亲随同居住在官舍，后主赏赐优厚。等到丧棺还乡，下诏加给资助丧事之财货，并派遣谒者黄长贵手持册文祭奠，后主又亲自撰写志铭，朝野以为荣耀。陆琼哀伤思慕过于毁顿，至德四年(586)去世，时年五十岁。诏赠领军将军，由官府资助丧事。有集二十卷行于世。