萧谌字彦孚，是南兰陵郡兰陵县人。祖父萧道清，官至员外郎。父亲萧仙伯，任桂陽国参军。
萧谌一开始任官为州从事，晋熙国侍郎，左常侍。萧谌是太祖(萧道成)的绝服族子，元徽末年，世祖(萧赜)在郢州任职，想知道京城里的动向，太祖派萧谌前往世祖那里传达计划和谋略，世祖便留下萧谌作为自己的心腹。升明年间(477～479)，萧谌任世祖中军刑狱参军，东莞太守。由于勤恳有功被封为安复县男爵，食邑三百户。建元初年，任武陵王冠军，临川王前军参军，除尚书都官郎，建威将军，临川王镇西中兵。世祖做太子时，任命萧谌领东宫宿卫。太祖杀张景真时，世祖让萧谌口头上启请求留下景真一条命，太祖很不高兴，萧谌害怕便退了出来。世祖做皇帝后，让萧谌出去任大末县令，他还没到县上，又被授为步兵校尉，领射陽县令，转带南濮陽太守，领南齐书御仗主。
永明二年(484)，萧谌任南兰陵太守，建威将军仍旧。又任命他为步兵校尉，太守仍旧。世祖将自己斋内的兵士仪仗的统率权都交给了萧谌，凡有重大而机密的行动，都让萧谌参与主持。后任正员郎，转任左中郎将，后军将军，太守仍旧。世祖卧病延昌殿，指示萧谌在身边负责警卫工作。皇上驾崩，遗敕中让萧谌仍旧负责殿内保卫工作。郁林王即位，对萧谌深加信任，萧谌一有急事请求夜间外出，皇上(郁林王)便通宵不能入睡，直到他回来才能安静。转任萧谌为卫军司马，兼卫尉，加辅国将军。母亲去世萧谌回去丁忧，期满后皇上下敕让他回来后继续担任原来职务，并守卫尉。高宗(萧鸾)辅政期间，经常有意见和建议，皇上既在后宫不出来，便只派萧谌和萧坦之远远地转呈进来，皇上才能听到。萧谌回过来依附高宗，劝他施行废立君主的措施，秘密召集各王的典签来约定，不许各王和外面人物接触。萧谌长期受到皇上亲信担任要职，众人都畏惧哪敢不从。郁林王被废的那天，开始听说外面情况有变，还亲笔密令叫萧谌来计议，对他信任到如此地步。萧谌性情险进但无计略，废除皇帝那天，他领兵先进入后宫，皇上斋内的侍卫平时都归萧谌指挥，所以没一个敢动的。
海陵王(萧昭文)做皇帝后，萧谌转任中领军，晋封公爵，食邑二千户。配给武装仪仗五十人。在殿内担任保卫工作，每月十日还朝。建武元年(494)，转任领军将军，左将军，南徐州刺史，并配给助手人员，晋封衡陽郡公，食邑三千户。高宗当初答应事成之后让萧谌主持扬州，现在授他这个职务，萧谌很有怨言：“现在饭做熟了，竟送给别人去享用。”王晏听到后说：“那么谁应该给萧谌当盆碗筷子呢？”萧谌自恃功勋重大，干预朝政，许多部门的官员任用，萧谌都要派议尚书去说这说那。皇上当时才即位不久，经常派身边要人在外了解情况，对萧谌的言论全都掌握，因而深怀疑阻。
建武二年(495)六月，皇上在华林园，设宴和萧谌及尚书令王晏等数人尽情欢乐。宴会结束后，把萧谌留下迟一些出来，走到华林阁时，便让身边侍卫把他抓起来送回中央办公厅，皇上派身边亲信莫智明训斥萧谌说：“隆昌之际，没有你我是没有今天的。不过如今你一家有二个州官，你兄弟三人受封，朝廷对你的报答，也只能到这个极限了。而你总是说做好了饭竟送给别人享用，我今天便赐你一死。”萧谌对莫智明说：“天和人的距离也并不遥远，我替皇上杀了高祖、武帝的许多王子，也都是你来去传送指示和情况的。我今天死了，回去就会要你的性命。”于是莫智明就在办公厅里杀了萧谌，到了秋天莫智明也死了，人们都说这是萧谌在作祟。皇上下诏说：“萧谌本是从普通人中提拔起来的，为人轻险，只是乘着非常机会，较早参与了为朝廷服务的事情。永明后期，便格外受到恩遇。郁林王昏庸悖慢，在废立过程中萧谌还是忠诚有功的。因而给了他优厚的待遇和崇高的职位，内握兵权，外畅蕃威，他兄弟的荣华富贵，震灼朝野。他不仅不感激这些特别的优待，报答万一，反而自以为功高伊、霍，没什么赏赐可以使他满意；才冠当代，不甘心地位在别人之后。于是矫称王权，自作主张。毫无缘由地心怀疑惧，制造猜忌。并觊觎宫廷，作非分之想。蒙蔽主下，欺骗群众，诬蔑君王，不守臣规，这些早已都暴露无遗，远近睹闻。他还暗中散发金帛，招集不法之徒，并交结禁卫部队，打算互相支持，又和亲友密谋，准备大逆不道。朕考虑到他职务重大，爵位高贵，总是对他宽容大量，予以信任，希望他能被感动，幡然悔改。然而他的豺狼心性，更加猖狂。对不服从领导的人就一定要杀掉他，这是《陽秋》中明白写着的，何况萧谌已恶贯祸盈，罪大如此呢。应当把他立即抓起来，交给有关司法机关正法。只惩办他一个罪魁祸首，其他人一概不予追究。”
萧谌喜欢些邪门歪道，当初吴兴沈文猷给他看相说：“你的面相不亚于高帝(萧道成)。”萧谌大喜道：“感谢您的美意，千万别对旁人说。”后来沈文猷也被诛杀了。