孝武皇帝名曜，字昌明，是简文帝司马昱的第三个儿子。兴宁三年(365)六月十二日，始封为会稽王。
咸安二年(372)秋七月二十八，立为皇太子。这一天，简文帝驾崩，太子即皇帝位。下诏书说：“朕以不幸，忽逢丧事，呼天抢地，不知所诉。年龄幼弱，国势垂危，深深感到社稷之重，忧虑不能担当重任。仰赖祖宗显灵，积德享祀，先帝风俗敦厚古朴，圣明的道德教化，流传在民间。宰辅英明贤德，勋高德重。接受遗命，实赖众人匡正训导。公卿克尽职守，百官勤于政事。希望弱小之君有所寄托，祖先的基业不被坠毁。先祖遗留的恩惠，传播到四海，我想弘扬其余润，使黎民康宁。将大赦天下，与民除旧布新。”
九月二十四日，追赠皇母会稽王妃为顺皇后。
十月初八，将简文皇帝安葬在高平陵。
十一月初五，妖贼卢悚清晨进入朝廷宫殿，游击将军毛安之等人捉住了他。
这一年，三吴大旱，许多人饿死，下诏大旱地区赈灾救给。苻坚攻陷仇池，捉住了秦州刺史杨世。
宁康元年(373)正月初一，改用新年号。
二月，大司马桓温前来朝拜。
三月二十六日，下诏免除丹陽、竹格等四座桥梁的税收。
五月，天旱。
七月十四，使持节、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书、大司马、扬州牧、平北将军、徐州兖州刺史、南郡公桓温死。二十五日，晋升右将军桓豁为征西将军。以州刺史桓冲为中军将军、都督扬州、豫州、江州诸军事、扬州刺史，镇守姑孰。
八月二十七日，崇德太后临朝摄理朝政。
九月，符坚的将领杨安侵犯成都。十二日，以尚书仆射王彪之为尚书令，吏部尚书谢安为尚书仆射，吴国内史刁彝为北中郎将、徐州兖州刺史，镇守广陵。重新设置光禄勋、大司农、少府官。
十月，西平公张天锡进贡地方物产。
十一月，苻坚的将领杨安攻陷梓潼以及梁州、益州，刺史周仲孙带领五千骑兵向南逃跑。
宁康二年正月初一，大赦天下。追封从前的会稽王的大儿子司马郁谥号为临川献王。二十七日，北中郎将、徐州、兖州刺史刁彝死。
二月初一，以丹陽府尹王坦之为北中郎将、徐兖二州刺史。初五，有彗星在女虚星座出现。
三月初五，彗星在氐座出现。
四月十一，皇太后下诏说：“近来天象错乱，上天呈现变异，仰观这种变化，内心震惊忧惧。能因异招来休美，是自古之道，朕岂敢不留意尽心，以考虑适中的措施？另外三吴是心腹之地，如同股肱般的重要郡邑，可是水旱之灾并至，百姓失业，我日夜忧虑，不能忘怀，应该及时拯救抚恤，拯救他们的凋敝贫困。三吴的义兴、晋陵以及会稽等遭遇水灾特别厉害的县，完全免除一年的租税，其他的县允许免除半年的租税，受到赈济借贷的便赏赐给他们。”
五月，蜀地人张育自称蜀王，率徒众围攻成都，派使自称藩屏之臣。
七月，凉州地震，山崩塌。苻坚的将领邓羌进攻张育，将他消灭。
八月，因要立皇后，权且停止民间婚嫁。
九月二十九日，有彗星侵入天市座。
十一月初二，天门的譙贼进攻郡邑，太守王匪战死，征西将军桓豁派军队讨伐平定了他。长城人钱步射、钱弘等人作乱，吴兴太守朱序将他们讨伐平定。二十六日，镇远将军右虔在垫江打败苻坚的将领姚苌。
宁康三年正月初五，大赦天下。
五月初二，北中郎将、徐兖二州刺史、蓝田侯王坦之死。初十，以中军将军、扬州刺史桓冲为镇北将军、徐州刺史，镇守丹徒，尚书仆射谢安领任扬州刺史。
八月二十日，立王氏为皇后，大赦天下，文武众官增位一等。
九月，天子讲说《孝经》。
十月初一，有日蚀。
十二月十二，神兽门遭火灾。十三日，皇太子下诏说：“近日有日蚀变异，水旱不适，虽然竭力用心补救，但方法不全。现赐给贫穷的百姓每人五斛大米。”二十二日，天子亲自在中堂祭祀孔子，以颜回陪祀。
太元元年(376)正月初一，天子加冠冕，在太庙谒见。皇太后交还国政。初三，大赦天下，改变年号。初五，天子临朝听政。以征西大将军桓豁为征西大将军，领军将军郗忄音为镇军大将军，中军将军桓冲为车骑将军，加封尚书仆射谢安为中书监、录尚书事。二十三日，天子谒拜建平等四座皇帝陵。
五月十四，地震。十五，下诏说：“近来上天显示征兆，谴责告戒之灾多次显现，朕内心忧惧，震惊。考虑到重议诉讼，宽缓死刑，赦免罪过，或许因此大有改变，会有新的开始。”于是大赦天下，文武百官各增爵位一等。
六月，封河间王司马钦的儿子司马范之为章武王。
七月，苻坚的将领苟苌攻陷凉州，俘虏了刺史张天锡，将凉州全部占领。初七，废除度量田亩收租的制度，王公以下每人交三斛税米，在役人员除外。
十月，把淮北的流动人口迁移到淮南。
十一月初一，有日蚀，下诏太官减省御膳。
十二月，苻坚派他的将领苻洛进攻代地，捉住了代王涉翼犍。
太元二年正月，恢复已灭绝的宗祀，承续已断绝的后代，使功臣的后代继承祖业。
三月，以兖州刺史朱序为南中郎将、梁州刺史、监沔中诸军，镇守襄陽。
闰三月十九，地震。二十一日，刮暴风，刮断树木掀翻房屋。
四月十六日，下冰雹。
五月十四日，地震。
六月某日，刮暴风，沙石飞扬。林邑进贡地方物产。
七月某日，老人星出现。
八月初一，车骑将军桓冲前来朝见。十六日，以尚书仆射谢安为司徒。二十五日，使持节，都督荆、梁、宁、益、交、广六州诸军事，荆州刺史，征西大将军桓豁死。
十月十一日，以车骑将军桓冲都督荆、江、梁、益、宁、交、广七州诸军事、领护南蛮校尉、荆州刺史，尚书王蕴为徐州刺史，督江南晋陵诸军，征西司马谢玄为兖州刺史、广陵相，监江北诸军。十二日，散骑常侍、左光禄大夫、尚书令王彪之死。
十二月初一，以尚书王劭为尚书仆射。
太元三年二月十七日，开始建造新宫，天子移居会稽王府邸。
三月初七，下雷阵雨，刮暴风，折断树木，毁坏房屋。
五月十三日，陈留王曹恢死。
六月，发大水。
七月二十五日，天子移居新建宫殿。二十九日，老人星在南方出现。
太元四年正月初八，大赦天下，遭遇水旱之灾的郡县减免租税。二十三日，天子祭拜建平等七座皇帝陵。
二月，苻坚派他的儿子苻丕攻陷襄陽，捉住了南中郎将朱序。又攻陷顺陽。
三月，流行大疾疫。初十，下诏说：“狡猾的敌寇骄纵婬逸，守臣倾覆，疆场之忧患，超过平时。内外各种官员，各自戮力同心，使众事康宁。又加上五谷不丰收，百姓多匮乏。诏令所供御用品，皆从俭约，九亲供给之物，众官的俸禄，权且减省一半。其他各种劳役费用，除非军国要事，都应停止或减省，以周济当前大事。”
四月初一，派右将军毛武生率军队讨伐蜀地。本月苻坚的将领韦钟攻陷魏兴，太守吉挹战死。
五月，苻坚的将领俱难、彭超攻陷盱眙，高密内史毛..之被贼兵活捉。
六月，天大旱。初七，征虏将军谢玄与彭超、俱难在君川作战，大破敌军。
八月初七，以左将军王蕴为尚书仆射。十五日，刮暴风，飞沙走石。
九月，强盗杀死了建安太守傅湛。
闰十二月初一，有日蚀。
太元五年正月二十八日，天子拜祭崇平陵。
四月，天大旱。二十七日，赦免五年以下徒刑的人。
五月，发大水。以司徒谢安为卫将军、仪同三司。
六月初九，含章殿四根大柱被雷震毁，震死两名内侍。十九日，因连年饥荒，大赦天下，太元三年以前的陈旧租债都一并免除，那些鳏寡孤独年老不能养活自己的人，每人赐五斛大米。二十二日，以骠骑将军、琅王牙王司马道子为司徒。
九月初十，皇后王氏死。
十月，九真太守李逊占据交州造反。
十一月十三日，将定皇后安葬在隆平陵。
太元六年正月，天子开始信奉佛教，在殿内设立佛教精舍，引荐佛教僧侣居住。二十六日，任尚书谢石为尚书仆射。开始设置督运御史官。
六月初一日，有日蚀。扬州、荆州、江州发大水。三十日，修改制度，减省费用，裁减吏士官员七百人。
七月初七，赦免五年以下徒刑的人。二十五日，交阝止太守杜王爰杀死李逊，交州平定。天下大饥。
十一月初八，以镇军大将军郗忄音为司空。会稽人檀元之谋反，自称安东将军，镇军将军谢蔼征讨平定叛乱。
十二月初八，苻坚派他的襄陽太守阎振攻竟陵，襄陽太守桓石虔征讨活捉阎振。
太元七年三月，林邑范熊派使进献地方物产。
八月十一日，大赦天下。
九月，东夷五国派使者前来进贡地方物产。苻坚的将领都贵焚烧沔北的稻谷，掳掠襄陽的百姓而去。
十月十五日，天空雷鸣。
太元八年二月二十四日，黄色大雾弥漫。
三月，始兴、南康、庐陵发大水，平地深五丈。二十八日，大赦天下。
五月，辅国将军杨亮讨伐蜀地，攻下五城，活捉了苻坚的将领魏光。
七月，鹰扬将军郭洽与苻坚的将领张崇在武当作战，大败敌军。
八月，苻坚率领众兵渡过淮河，朝廷派征讨都督谢石、冠军将军谢玄、辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等进行抵抗。
九月，下诏让司徒、琅王牙王司马道子录尚书六条事。
十月，苻坚的弟弟苻融攻陷寿春。二十日，诸将与苻坚在淝水交战，大破敌军，俘虏斩首几万人，俘获了苻坚的车辇与云母车。
十一月某日，诏卫将军谢安在金城慰劳凯旋的军队。二十七日，立陈留王的大儿子曹灵诞为陈留王。
十二月十五日，因敌寇刚刚平定，大赦天下。以中军将军谢石为尚书令。撤销禁酒令。并开始增收百姓的税米，每人五石。从前句町王翟辽背叛苻坚，在河南举兵，慕容垂从邺地与翟辽会合，于是在洛陽进攻苻坚的儿子苻晖。仇池公杨世逃回陇右，派使称臣。
太元九年正月十六日，封武陵王的孙子司马宝为临川王。二月初四，立新宁王司马..的儿子司马遵为新宁王。正月二十七日，天子谒拜建平等四陵。龙骧将军刘牢之攻克谯城。车骑将军、刺史桓冲的部将郭宝进攻新城、魏兴、上庸三郡，招降了他们。
二月二十七日，使持节，都督荆、江、梁、宁、益、交、广七州诸军事，车骑将军，荆州刺史桓冲死。慕容垂从洛陽与翟辽合攻苻坚邺地的儿子苻丕。
三月，以卫将军谢安为太保。苻坚北地长史慕容泓、平陽太守慕容冲都起兵背叛苻坚。
四月二十六，增置一百名太学生。封张天锡为西平公。派竟陵太守赵统进攻襄陽，攻克了。苻坚的将领姚苌背离苻坚，在北边起兵，自立为王，国号为秦。
六月初一，崇德皇太后褚氏病死。慕容泓被他的叔父慕容冲杀死，慕容冲自称为皇太弟。
七月十七日，派兼司空、高密王司马纯之修缮祭拜洛陽等五陵。二十八日，将康献皇后葬在崇平陵。百济派使者前来进贡地方物产。苻坚与慕容冲在郑西交战，苻坚的军队失败。
八月二十七日，司空郗忄音死。
九月十一日，前锋都督谢玄在鄄城进攻苻坚的将领兖州刺史张崇，战胜了他。十四日，加封太保谢安大都督扬、江、荆、司、豫、徐、兖、青、冀、幽、并、梁、益、雍、凉十五州诸军事。
十月初一，有日蚀。初七，河间王司马昙之死。十五日，因天象违度，大赦天下。二十日，立从前新蔡王司马晃的弟弟司马崇为新蔡王。苻坚的青州刺史苻朗率领徒众来降。
十二月，苻坚的将领吕光在河右代行皇帝职权，自号酒泉公。慕容冲在阿房僭位当皇帝。
太元十年正月十六日，天子拜祭诸陵。
二月，建立国家学校。蜀郡太守任权把苻坚的益州刺史李平斩首，益州平定。
三月，荥陽人郑燮率领该郡投降。苻坚国内动乱，派使臣奉表请求接应。龙骧将军刘牢之与慕容垂在黎陽作战，朝廷的军队大败。四月初九，刘牢之与沛郡太守周次跟慕容垂在五桥泽作战，朝廷的军队又大败。十五日，太保谢安率领众兵救援苻坚。
五月，发大水。苻坚留太子苻宏守卫长安，自己逃奔到五将山。
六月，苻宏来投降，慕容冲进入长安。
七月，苻丕从枋头向西逃走，龙骧将军檀玄追赶他，被苻丕打败。大旱，闹饥荒。十二日，老人星出现。
八月十九日，大赦天下。二十二日，使持节、侍中、中书监、大都督十五州诸军事、卫将军、太保谢安死。二十五日，以琅王牙王司马道子为都督中外诸军事。这个月，姚苌杀苻坚，僭位当皇帝。
九月，吕光占据姑臧，自称为凉州刺史。苻丕在晋陽僭位为皇帝。
十月十三日，论定淮河肥水战役的战功，追封谢安为庐陵郡公，封谢石为南康公，谢玄为康乐公，谢琰为望蔡公，桓伊为永修公，其余的人封赏拜爵各有差等。
这一年，乞伏国仁自称为大单于、秦、河二州牧。
太元十一年正月二十八日，慕容垂在中山僭位为皇帝。
二月十日，翟辽袭击黎陽，捉住了太守滕恬之。十三日，天子拜谒诸陵。慕容垂的将领许木末在长安杀死慕容冲。
三月，大赦天下。太山太守张愿带该郡反叛，向翟辽投降。
四月，任百济王的大儿子余辉为使持节、都督、镇东将军、百济王。代王拓拔王圭开始改称魏国。二十二日，以尚书仆射陆纳为尚书左仆射，谯王司马恬为尚书右仆射。
六月九日，地震。二十日，任命前辅国将军杨亮为西戎校尉、雍州刺史，镇守护卫皇帝陵。
八月初一，封孔靖之为奉圣亭侯，供奉宣尼祀。十八日，安平王司马邃之死。翟辽侵犯谯，龙骧将军朱序赶跑了他。
十月，慕容垂在河东攻破苻丕，苻丕逃到东垣，扬威将军冯该攻击并将他斩首，把首级传到京都。十六日，海西公司马奕死。
十一月，苻丕的将领苻登在陇东僭位当皇帝。
太元十二年正月初八，以豫州刺史朱序为青州、兖州刺史，镇守淮陰。
三月十一日，大赦天下。十六日，刮暴风，毁坏房屋，吹折树木。二十二日，慕容垂侵犯河东，济北大守温详逃到彭城。翟辽派儿子翟钊侵犯陈、颍，朱序将他打跑了。
四月三日，天子把夫人李氏尊为皇太妃。二十四日，下冰雹。高平人翟畅捉住太守徐含远，率该郡向翟辽投降。
五月初八日，以束帛礼往聘处士戴逵、龚玄之。
八月十八日，立皇子德宗为皇太子，大赦天下，文武臣增位一等，大宴享五日，赐给百官多少不等的布帛。
九月二十五日，又任新宁王司马遵为武陵王，立梁王司马王逢的儿子司马和为梁王。
十一月，松滋太守王遐之在洛口讨伐翟辽，将翟辽击败。
太元十三年四月二十九日，任青州、兖州刺史朱序为持节、都督雍、梁、沔中九郡诸军事，雍州刺史、谯王司马恬之为镇北将军、青、兖二州刺史。
六月，大旱。乞伏国仁死，其弟乾归继承伪位，僭号为河南王。
九月，翟辽的将领翟发侵犯襄陽，河南太守郭给拒敌并大破敌军。
十二月初三，波涛进入石头城，毁坏大浮桥，淹死人。初十，刮大风，白天昏暗，延贤堂遭受火灾。十一日，螽斯则百堂、客馆、骠骑武库都遭火灾。十四日，加封尚书令谢石为卫将军、开府仪同三司。十五日，尚书令、卫将军、开府仪同三司谢石死。
太元十四年正月初八，诏令淮南所获交付制作兵器部门的俘虏一律遣散，男女各自相配，赐给他们百日的粮食。那些沦为军人奖赏的人全部赎出来，在襄陽、淮南的肥沃土地各立一县让他们居住。彭城贼将刘黎在皇丘僭位称皇帝，龙骧将军刘牢之将他平定。
二月，扶南献上地方物产。吕光僭号为三河王。
四月二十日，彭城王司马弘之死。翟辽侵犯荥陽，捉住了太守张卓。
六月十九日，使持节、都督荆、益、宁三州诸军事、荆州刺史桓石虔死。
七月初三，宣陽门的四根大柱失火。
八月，姚苌偷袭击败苻登，俘虏了他的伪后毛氏。初五，汝南王司马义死。
九月十九，任尚书左仆射陆纳为尚书令。
十二月二十五日，下雨，树木结冰。
太元十五年正月二十六日，镇北将军、谯王司马恬之死。龙骧将军刘牢之与翟辽、张愿在太山交战，朝廷的军队失败。征虏将军朱序在太行攻破慕容永。
二月初二，以中书令王恭为都督青、兖、幽、并、冀五州诸军事、前将军、青兖二州刺史。
三月初一，地震。二十日，大赦天下。
七月十一日，有彗星在北河星旁出现。
八月，永嘉人李耽率兵反叛，太守刘怀之将他平定。十三日，京城地震。有彗星在北斗星上出现，冲犯紫微星座。沔中各郡以及兖州发大水。龙骧将军朱序在滑台进攻翟辽，翟辽大败，张愿前来投降。
九月初一，以吴郡太守王王旬为尚书仆射。
十二月十五日，地震。
太元十六年某月，改建太庙。
六月，慕容永侵犯河南，太守杨亻全期打败敌军，十八日，章武王司马范之死。
九月十四日，以尚书右仆射王王旬为尚书左仆射，以太子詹事谢琰为尚书右仆射。新太庙建成。
十一月，姚苌在安定击败苻登。
太元十七年正月初一，大赦天下，免除往年的陈租旧债。
四月，齐国内史蒋哲杀死乐安太守辟闾氵睿，占据青州造反，北平原太守辟闾浑讨伐平定叛乱。
五月初一，有日蚀。
六月初八，京城发生地震。十九日，洪水进入石头城，毁坏浮桥。永嘉郡的潮水涌起，靠近海边的四县死了很多人。二十日，刮大风，吹折树木。二十三日，梁王司马和死。慕容垂在黎陽袭击翟钊，将翟钊打败，翟钊逃奔慕容永。
七月十二日，太白星白天出现。
八月，新建东宫。
十月初四，太白星白天出现。十八日，都督荆、益、宁三州诸军事、荆州刺史王忱死。
十一月初十，任黄门郎殷仲堪为都督荆、益、梁三州诸军事、荆州刺史。二十七日，改封琅王牙王司马道子为会稽王，封皇子司马德文为琅王牙王。
十二月二十七日，发生地震。这一年，从秋天起不下雨，一直到冬天。
太元十八年正月初一，发生地震。
二月初四，又发生地震。
三月，翟钊侵犯河南。
六月初九，始兴、南康、庐陵发大水，水深五丈。
七月，大旱。
闰七月，贼人司马徽在马头山聚集党羽徒众，刘牢之派部将把他平定。
八月二十八日，龙骧将军杨亻全期在潼谷进攻氐帅杨佛嵩，将他打败。
十二月，姚苌死，其子姚兴继承伪位。
太元十九年六月，追尊会稽王太妃郑氏为简文宣太后。
七月，荆、徐二州发大水，毁坏秋天的庄稼，朝廷派使臣赈济抚恤。
八月十六日，尊皇太妃李氏为皇太后，把她住的宫叫崇训宫。慕容垂在长子进攻慕容永，将他斩首。
十月，慕容垂派他的儿子恶奴侵犯廪丘，东平太守韦简与慕容垂的将领尹国在平陆交战，韦简战死。
这一年，苻登为姚兴所杀，苻登的太子苻崇逃到湟中，僭位称皇帝。
太元二十年二月，建造宣太后庙。初四，散骑常侍、光禄大夫、开府仪同三司、尚书令陆纳死。
三月初一，有日蚀。
六月，荆、徐二州发大水。
十一月，魏王拓拔王圭在黍谷进攻慕容垂的儿子慕容宝，将他打败。
太元二十一年正月，建清暑殿。
三月，慕容垂攻下平城。
四月，新建永安宫。十四日，下冰雹。慕容垂死，他的儿子慕容宝继嗣伪位。
五月十五日，任望蔡公谢琰为尚书左仆射。发大水。
六月，吕光僭位当天子。
九月二十日，天子死于清暑殿，享年三十五岁。安葬在隆平陵。
孝武帝年幼时以聪明颖悟著称。简文帝死时，他才十岁，到傍晚不临丧，左右进谏，他回答说：“到悲伤时就哭，有什么常规？”谢安曾经感叹孝武帝的精于事理不减于先帝。权威建立以后，有人君的雅量，不久沉溺于酒色，几乎是长夜饮酒。到末年彗星出现，天子内心十分厌恶，在华林园举酒祷告说：“彗星，劝你一杯酒，自古以来哪里有活一万岁的天子呢？”太白星连年白日出现，地震和水旱之灾接连不断。酒醒之日甚少。而身旁又没有正直之人，最终不能改变。当时张贵人得宠，年近三十，天子戏弄她说：“你按年龄应该废弃了。”张贵人暗地里发怒，到了晚上，天子喝醉，于是暴死。当时司马道子昏庸糊涂，司马元显专权，竟然不追究罪人。
当初，简文帝见到预言吉凶的文字上说：“晋朝的国运在昌明手中衰竭。”等到孝武帝还是胎儿时，李太后梦见神人对她说：“你生男孩，以‘昌明’为字。”等到他出生，东方刚亮，于是取“昌明”为字。简文帝后来明白了，便痛哭流泪。等到建清暑殿，有见识的人认为“清暑”的反切是“楚”字之音，意思是凄楚悲哀的征兆。不久天子死，晋朝的福祚国运从此倾颓了。