三国两晋南北朝医药学发展的特点是一方面对《内经》与《伤寒杂病论》的整理研究，一方面则是内容丰富的临床经验的系统总结。因此，无论医学之基础理论，或是治疗经验，都有着较明显的进步。
第一节医学旧籍的研究整理
《内经》的整理研究
《黄帝内经》成书以来，已历近千年之流传，除文字古奥难懂外，战火，虫蛀、脱简散乱及传抄之误，已给该书内容的完整性、科学性带来巨大损害，急需予以整理训解。齐、梁间医学家全元起，曾任太医侍郎，对《内经》有着较深入的研究，撰有《素问训解》。该书虽然在南宋时已佚，但其内容由于《重广补注黄帝内经素问》之引用，仍部分得到保存。全氏医术高明，故有“一时慕之如神，患者仰之，得元起则生，舍元起则死”的誉论①。
《伤寒杂病论》的整理研究东汉张仲景撰成《伤寒杂病论》，最初流行并不广泛。晋代王叔和对仲景书颇为重视，他为了便利读者检阅诵读，对《伤寒杂病论》加以整理编次，分为《伤寒论》与《金匮要略》两部。前者专论传染性疾病之辨证论治，后者专述一般杂病之脉因证治。由于王叔和距张仲景生活的时代很近，有人认为王氏可能是张仲景的学生，或曾见过面，所以王氏所整理仲景书是接近原貌的。
因此，历代医学家多予以较高的评价。例如：晋代皇甫士妥认为：“近代太医令王叔和，撰次仲景，选论甚精”①。宋代以校勘医学文献而著名于世的孙奇认为：“自仲景于今，八百余年，惟王叔和能学之。”①金代成无己是以整理注解《伤寒论》而闻名于医界的，他称赞：“仲景伤寒论得显用于世，而不堕于地者，叔和之力也。”②但也有指责者，如明清学者主要批评王叔和于仲景书中杂以己言，以及在编次、序例中多有谬误等③。但对这些批评意见，有更多医学家为王叔和辩护，如清代徐灵胎强调：“不有叔和，焉有此书。”④可见王叔和将《伤寒杂病论》整理析为《伤寒论》与《金匮要略》二书，对发展仲景学说有着不可磨灭的功绩。
脉学和中医诊断术王叔和还撰有《脉经》一书，对疾病诊断水平的提高作出了突出的贡献。切脉是中医学诊断疾病、确定预后的一门重要学科，也是中医学术的一个明显的特点。晋人王叔和，名熙，高平（今山西高平，一说今山东济宁）人。性沉静，博通经史，医术精良，尤擅切脉，集《内经》、《难经》、扁鹊、淳于意、张仲景等之脉法，结合个人多年临床切脉诊断的丰富经验，编撰《脉经》10卷。《脉经》之卓越贡献有：1.总结前人经验，确定24种脉象，使①《本草经集注》。
①陈邦贤等著《中国医学人名志》。据《古今医统》，人民卫生出版社1955年版。①皇甫谧：《黄帝针灸甲乙经·自序》，人民卫生出版社1956年重版。②林亿等：《伤寒论·序》，见《注解伤寒论》，人民卫生出版社1963年版。③参见严器之：《注解伤寒论序》，人民卫生出版社1963年版。
④丹波元胤：《中国医籍考》第285—287页，人民卫生出版社1956年版。临床切脉诊断有所准绳；2.列举八项相类的脉象，可为切脉鉴别之依据；3.系统论述了脉学理论知识和切脉诊断的部位和方法；4.详论各种脉象之阴阳、逆顺、寒热、虚实、生死之辨别；5.叙述了人体脏腑之生理脉象和病理脉象同各种病证之间的关系；6.对各种疾病之脉证、妇人脉证以及小儿脉证等均加以记述。《脉经》对中医诊断学之发展是有很大贡献的，不但推动了中医学的进步，而且对世界医学的发展有过重要的影响。例如：公元八九世纪，阿拉伯医学兴起，10世纪前后，阿拉伯医学与中国医学形成鼎立的世界两大医学体系。但阿拉伯医学中有关脉学的内容，其中不少是直接引进中国脉学而丰富发展起来的。《脉经》不但为阿拉伯医学所引进，而且早在6世纪已传至朝鲜、日本。公元17世纪后还被译成为多种文字在欧洲流传⑤。在脉学诊断之外，此期还出现了病理解剖诊断技术，如《南史·顾恺之传》记有安徽濉溪一位名叫唐赐的人，因病临终时告诉妻子，死后作尸体解剖以求病因，妻按遗言解剖，却为统治者以“不道”，子“不孝”而惨遭杀害，刚兴起的求实精神就这样被泯灭了。《庾书·庾黔娄传》记有黔娄尝父便甜苦，以判断父病之预后吉凶。此举虽不符合卫生要求，然而我国诊断糖尿病以小便甜为依据即源于此，从而为人类作出了卓越的贡献。
针灸学之整理与提高晋人皇甫谧编撰的《黄帝三部针灸甲乙经》是此期针灸学发展承先启后的代表作。皇甫谧（215—282）字士妥，幼名静，自号玄宴先生，安定朝那（今甘肃平凉境）人。幼年家贫，务农为生，从坦席学儒。中年因病风痹，肢体活动受限，始钻研医学。为人沉静寡欲，好学博览，专事著述，撰有《帝王世纪》、《高士传》、《烈女传》、《逸士传》、《玄宴春秋》等。魏晋时，多次谢绝当局而不仕，一心致力于学术和医学研究。在针灸学发展上，他以《素问》、《针经》、《明堂孔穴针灸治要》之有关内容为基础，结合历代医学名家的有关论述和经验，编撰成《黄帝三部针灸甲乙经》12卷、《黄帝三部针灸甲乙经》简称《针灸甲乙经》，或《甲乙经》，是现存最早的一部针灸学专著。皇甫氏在编撰过程中遵循“删浮词、除重复、论精要”的原则，使前世针灸学得到明显的提高。《针灸甲乙经》共128篇，对人体生理、病理，腧穴总数、部位、取穴，针法、适应症、禁忌症等，都进行了较系统的论述，对后世针灸学的发展有着深远的影响。该书使中国针灸之穴位总数达654处，其中单穴48处，其他则为双穴，分布于全身14个经脉线上，称为经穴。后世所发现者，则称之为经外奇穴。关于取穴方法、针刺手法、疾病主治、禁忌等，其经验及理论也都为历代医学家所遵循，是针灸学家临床治病和撰著的指南。《针灸甲乙经》不但是我国发展针灸学的典籍和培养针灸医师的教科书，而且也是日本、朝鲜等国医学教育的教科书，并有法文等译本在欧洲流传。因此，皇甫谧在医学界并不以文学、史学闻名，而以其针灸学上之卓越贡献为历代医学家所推崇而闻名于世。
⑤徐灵胎：《医学源流论》卷下，“伤寒论”条。
第二节医学经验总结和医学的发展
丰富多采的医疗方剂著作
魏晋南北朝时期，名医辈出，总结经验，著书立说之风亦甚盛行。根据《隋书·经籍志》所收录，此期医学家医药方书约有百种，其中在当代及后世有着明显影响者，如：陈延之撰《小品方》12卷，范东阳撰《范汪方》176卷，姚僧垣撰《集验方》10卷，徐叔响撰《杂疗方》22卷等等，都是有着较高学术水平的佳作。这些医方著作一般多真实记录了著作者本人的宝贵经验，在隋唐时期仍较广泛地流传着。例如：《小品方》曾流传日本，在日本医学教育中，曾被列入医学院校教材而广为传诵。我国隋唐及后世医家之综合性著作，也多有引用。可惜，这些医方书籍几乎全部散佚，但由于孙思邈之《千金方》、王焘《外台秘要》等大量引用而尚能窥其梗概。
世医徐之才与中医方剂学之发展在中国医学史上有许多父子传授世代业医的医学世家，政府也很强调医学籍贯，群众对“世医”也更为信任，所以“世医”成为评价医生医术的一个重要条件。徐之才（505—572），字士茂，世医出身，祖籍东莞（今山东莒县），迁居丹阳（今江苏镇江）。先祖徐熙，好黄老之学，精医术，从祖徐謇、祖父徐文伯均以医术著名于时，且擅长炼丹术，颇得统治者之赏识。父徐雄，亦以医术见称于江南一带，曾任南齐政权的兰陵太守。之才兄弟等也均以医术闻名，后因战乱被俘至北魏，封西阳王。他聪明过人，博学多才，治病每多奇效，对药物方剂之组成原则和方法颇有研究，曾对《雷公药对》及《药对》等书详加修订，在药物炮制加工和总结吸收前代方剂学精华方面，有着显著的贡献。譬如他总结和发挥中医学之“七方十剂”理论和经验，对后世有着巨大的影响。所谓七方，即大、小、急、缓、奇、偶、复；所谓十剂，即宣、通、补、泄、轻、重、滑、濇、燥、湿。由于他阐发了经典，总结了新经验，故有承先启后的作用。譬如：宣剂，宣可去壅，生姜、橘皮之属；通剂，通可去滞，木通、防己之属；补剂，补可去弱，人参、羊肉之属等等。结合陶弘景“诸病通用药”，从而使中医学在临床处方之药物调遣和配伍原则的掌握上，有了一个更为科学的新规律可循。徐之才除发展了中医方剂学外，对妇产科学也研究有素，特别是对产科的产期卫生，胎儿发育等很有见地。他还撰有《家传秘方》、《徐王八世家传效验方》、《小儿方》等等。徐氏历代以医传家，学贯南北，是魏晋南北朝时期极有名望的医学世家。
外科学与外科手术的进步魏晋南北朝时期，战乱频繁，外科之伤残、感染性疾病大大增加，客观上促进了外科学与外科手术的发展，我国现存较早的外科专著《刘涓子鬼遗方》即成书于此时。该书作者可能是刘涓子，后经龚庆宣整理编次为10卷而流传于世。据龚氏序，刘涓子晋末人，曾随同宋武帝北征，夜射“黄父鬼”而得其所遗医方书，故名《刘涓子鬼遗方》。据其序，刘涓子为随军医生，用该书处方治病疗伤，“千无一失”，并谓“有被创者，以药涂之即愈”。该书内容包括有战伤、各种化脓性感染、疥癣，以及其他皮肤病等。其治疗技术，载有止血、止痛、解毒、收敛、镇静等内、外治法处方140多个。所有药物也以富有抗菌、消毒作用的黄连、大黄、水银..等为最多，而且配制成软膏等剂型。更有价值的是该书提倡早期治疗的先进思想，在这一思想指导下，该书强调痈疽早期诊断和治疗，在脓已成时则应及时进行手术切开引流，对手术切开之部位也作了科学的论断。
外科手术治疗先天性畸形在此期也有显著的进步。例如《晋书·魏咏之传》记载咏之先天性唇裂（俗称兔唇），曾往殷仲堪帐下名医求治，术后唇裂弥合，达到比较理想的治疗效果。这一唇裂修补术的成功是很出色的，反映了我国古代整形外科已达到很高水平，居于世界领先地位。其次，如目瘤摘除术、头部巨大肿瘤的手术切除等，也都达到较高的水平。
中外医药学交流公元519年，扶南遣使中国，其易货贸易中有中药郁金、苏合香、沉木香等；中天竺等也以中药琥珀、郁金、苏合香、真珠等与我国交换；波斯更以琥珀、真珠、朱砂、水银、薰陆、郁金、苏合香、青木香、胡椒、毕拨、石密、香附、诃黎勒、雌黄等与我国互易，这些都反映了此期东南亚、南亚和阿拉伯世界在与我国香药贸易上的兴盛状况，也反映了我国对这些香药等的大量需求和广泛用于临床治疗的情况。公元541年，朝鲜请中国医生治病，公元552年，我国以《针经》赠送日本，又有吴人知聪带《明堂图》等医药书籍160卷赴日传播中医学。尽管中国尚不统一，战争不断，但医药之与国外交流较前代还是有着明显的扩大，从而也促进了中医学的发展和进步。葛洪和陶弘景是这一时期的医学的大家，本编已分别为他们立传，这里不再重复。