光武帝重建汉室，佐命功臣之著名者有邓禹等三十余人。汉明帝思中兴功臣，乃图画二十八将于南宫云台，以邓禹为首，次马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜（或作朱祐）、任光、祭遵、李忠、景丹、万脩、盖延、邳彤、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆；又加上王常、李通、窦融、卓茂，合三十二人。马援因是外戚，没有计入。邓禹为功臣中之首是没有问题的，有东汉诏令为证；但邓禹以下的名次并不一定是以功名高下为顺序。据中华书局版《后汉书》卷二十二校勘记云：“按云台二十八将排列次序，原作一行，故首邓禹，次马成，次吴汉，次王梁。汲本则作两行排列，王先谦谓当以汲本次第为正，今从之。又按《通鉴》胡注云：‘云台功臣之次，以邓禹、吴汉、贾复、耿弇、寇恂、岑彭、冯异、朱祐、祭遵、景丹、盖延、铫期、耿纯、臧官、马武、刘隆为一列；马成、王梁、陈俊、杜茂、傅俊、坚镡、王霸、任光、李忠、万脩、邳彤、刘植、王常、李通、窦融、卓茂为一列。’后人误认横行为纵次，将上下两列，先奇后偶，硬相排比，列为一行，遂失范书之旧，惟汲本不误。”所以如果以功名高下为排列顺序，则排为二列比较合乎实际，前列次第应在后列之前；但亦有不完全正确之处。兹将中兴功臣中比较重要、事迹也比较详细的邓禹、寇恂、冯异、岑彭、贾复、吴汉、耿弇、祭遵、铫期、王常等十人的事略概述如次，分列三章，其余从略。
第一节邓禹
善于画策
邓禹（2—58），字仲华，生于汉平帝元始二年，荆州南阳郡新野县（今属河南）人。王莽元凤二年（公元15年），年方十三岁的邓禹在熟读诗书颇通经义之后，为了求学深造，不远千里来到了京都长安。在长安游学的数年间，他结识了比他年长八岁的同乡学友刘秀，就是后来的汉光武帝。后来他竟成为光武帝建立帝业中最亲信最得力的功臣，被称为“元功之首”②。邓禹才识过人，少有知人之明。王莽末年农民战争爆发后，绿林军将领拥立刘汉宗室刘玄为帝，建元更始。绿林豪杰们以邓禹青年有为，通晓文韬武略，争相荐举；但邓禹深知刘玄庸碌无能，不肯答应。更始元年（公元23年）九月，绿林军攻克长安，推翻王莽统治。十月，刘玄自南阳北上，建都洛阳（第二年迁都长安），但面临的形势仍然十分严峻，政令所及，仅限于洛阳、长安、南阳一带，其他广大地区则处于分崩离析状态，既有起义的农民军，又有割据的地主武装，还有一部分王莽政权旧官吏仍在行使管辖职权；尤以同洛阳近在咫尺的河北地区形势最为严重，光是不相统属的农民起义军就有铜马、青犊、五幡、五校、五楼、尤来、大枪、枟乡、大彤、高湖、重连、铁胫、富平、获索等数十支，众达数百万人。所以更始政权建立不久，立即派遣刘秀以破虏将军行大司马事名义持节北渡黄河，抚慰河北各州郡。邓禹听到这个消息，立即渡河北上追赶刘秀，追到邺城（今河北磁县南）才①本节主要取材于《后汉书·邓禹传》，凡引此传文字不另加注。
②《后汉书·明帝纪》永平元年诏。
得相见，促膝谈心，为之出谋画策。他分析了当时的形势，指出：更始政权腐朽无能，群臣争权夺利，不能成大事，劝说刘秀“莫如延揽英雄，务悦民心，立高祖之业，救万民之命”。刘秀对刘玄的所作所为本来不满，又怀有帝制自为之心，所以对邓禹的献策深表赞同，“因令左右号禹曰邓将军，常止宿于中，与定计议”。从此，邓禹成为刘秀帐下参与决策的最亲信的谋士。邓禹不仅是一位善于运筹帷幄的谋士，而且他还是一员勇于冲锋陷阵的将军。由于能文能武，故能出将入相，在平定河北、河东和建立东汉政权的过程中发挥了重要的作用。
在更始二年（公元24年）平定王郎的战役中，刘秀自蓟至信都，派遣邓禹征发数千人，令自将之，别攻拔乐阳。后来，邓禹又随刘秀击王郎横野将军刘奉，大破之。在进攻河北农民军的战斗中，邓禹奉命与盖延等击铜马于清阳，延等先至，战不利，还保城，为铜马军所围。禹遂进与战，“大破之”；又从刘秀追铜马军至蒲阴，“连大克获”。
邓禹不仅能将兵，还能发现将才，举荐将才。当时任使诸将，多访于邓禹，禹每有所举者，皆当其才，光武“以为知人”。所以在“北州略定”中，他不仅是有定策、荐贤之功，也在征战中立下了汗马功劳。
刘秀在略取河北地区的过程中，采纳了邓禹罗致人才的建议，任用了不少有才能的谋臣武将，故势力发展很快。平定了河北，取得了河内郡。刘秀以河内险要富实，欲选择诸将中可以守河内的人才，询问于邓禹。邓禹说：“寇恂文武备足，有牧人御众之才，非此子莫可使也。”①于是，刘秀乃拜恂为河内太守，行大将军事。
平定河东这年冬天，樊崇率赤眉军自颍川（今河南禹县）分两路入关进攻长安。
刘秀预料赤眉军必破长安，欲乘机兼并关中，考虑自己先经营山东，而授邓禹“以西讨之略”。乃拜其为前将军、持节，中分麾下精兵二万人，遣西入关，令自选偏裨以下的部将。邓禹以韩歆为军师，李文、李春、程虑为祭酒，冯愔为积弩将军，樊崇（与赤眉军首领樊崇同名）为骁骑将军，宗歆为车骑将军，邓寻为建威将军，耿为赤眉将军，左于为军师将军，“引而西”。光武帝建武元年（公元25年）正月，邓禹率领所部攻破箕关（在今河南济源县西，王屋山南），进入河东（今山西西南部一带），围攻河东郡治安邑（今山西夏县西北）达数月之久。在安邑以南击败前来解围的更始大军数万人，斩更始大将军樊参。六月，驻守洛阳的更始大将王匡、成丹、刘均等又率十余万大军渡河攻邓禹，邓禹军应战失利，骁骑将军樊崇战死。诸将恐惧，劝邓禹退走，邓禹不听，整军再战。第二天早晨，王匡悉军出攻禹，禹令军中无得妄动；既至营下，因传发诸将鼓而并进，大破之。王匡等皆弃军逃走，邓禹遂定河东。这次以少胜多的战役，充分显示出邓禹的军事才能。捷报传至河北后，光武大悦。此时，光武已在鄗邑（今河北高邑县东）即位，使使者持节拜禹为大司徒，封为酂侯。对其“谋谟帷幄，决胜千里”、“斩将破军，平定山西”的功绩深加表扬。这时，邓禹方二十四岁。
①《后汉书·寇恂传》。
进出关中邓禹攻破王匡后，继续西进。从汾阴（今山西河津县南）渡过黄河攻克夏县（今陕西韩城县南），又在长安东北的衙县（今陕西白水县北）击败更始左辅都尉公乘歙所部十万之众。这时，赤眉军攻克长安，关中混乱，百姓听说邓禹乘胜独克而师行有纪，皆望风相携负以迎邓军，“降者日以千数，众号百万”。邓禹部下诸将皆劝他乘胜进攻长安，邓禹以为，其众虽多而能战者少，而且军粮不足。既无积蓄，又无馈运，而赤眉军新破长安，财粮充裕，势不可挡。莫如驻屯长安外围，略取长安以北的上郡、北地、安定三郡，就粮养士，坐以待变。于是乃引军北至栒邑（今陕西旬邑附近）。
刘秀以邓禹久不进兵，下令催促。邓禹仍坚持己见，自驻北地大要（今甘肃宁县），督率诸将攻略北边各郡，同时征兵征粮，而令部将冯愔、宗歆留守栒邑。冯愔为了争权而杀掉了宗歆，并出兵反击邓禹。后来这场叛乱被平息。同时粮食也开始缺乏起来，军士们皆以枣菜为食。继而在长安附近又为赤眉军所败，被迫退至高陵（长安东北）。
正当处境困难之际，光武令其东还，诏书说：“赤眉无谷，自当来东。
吾折捶笞之，非诸将忧也，无得复妄进兵”。建武三年春，邓禹率骑将军邓弘等引兵东归，行至华阴（今属陕西）以东，与征西大将军冯异相遇。冯异正率领所部自洛阳经弘农（今河南灵宝）西进关中，在华阴地区已与东归的赤眉军相峙六十余日。邓禹自以未完成攻占关中的使命，有负刘秀的重托，便和邓弘一起要求冯异同他们一道共攻赤眉。冯异以为赤眉军尚有较强的实力，不如等待时机，与光武部署在渑池附近的大军东西夹击，一举歼灭赤眉军。邓禹、邓弘急于成功，不听冯异的劝阻，向赤眉军发动了进攻。赤眉军采取了诱敌之计，“弃辎重走，皆载赤豆覆其上，兵士饥，争取之。赤眉引还击之，军溃乱，..吏士散已尽”①。邓禹率领残余二十四骑逃奔宜阳（今河南宜阳西），向光武请罪，引咎辞职，缴还大司徒、梁侯（原封酂侯，建武二年改封梁侯）印绶，光武给予免官留爵处分。过了几个月，又起用为右将军。建武四年（公元28年），光武命邓禹率将军邓晔等击破割据汉水流域的延岑，军威重振。
功臣之首建武十三年（37年），东汉削平各地割据势力，完成了统一大业。邓禹以功更封为高密（今山东高密县西）侯，食邑达四县之多。其弟邓宽亦因邓禹功封明亲侯。东汉初年，光武“以天下既定，思念欲完功臣爵土，不令以吏职为过，故皆以列侯就第”②。邓禹深知光武对待功臣采取的赐以高官厚禄而不令其执掌朝政的旨意，“天下既定，常欲远名势。有子十三人，各使守一艺。..资用国邑，不修产利”。所以“帝益重之”，令其与固始侯李通、胶东侯贾复与公卿大臣参议国家大事。光武中元元年（公元56年）又命其“复行司徒事”，即行宰相之职，这在东汉功臣中是罕见的破例之举。明帝即位后，“以禹先帝元功，拜为太傅，进见东向，甚见尊宠”。太傅位在三公之①辑本《东观汉记》卷七。
②辑本《东观汉记》卷一。
上，是最高的官职。一般臣僚进见皇帝都是北向，东向是以宾礼相待，这也是十分罕见的事例。永平元年（公元58年），邓禹逝世，终年五十七岁，谥为元侯，有确认他为中兴功臣之首的意思，故后来凌烟阁标名也以之为首。邓禹早年虽与光武为布衣之交，但在中兴功臣中，他既非首事之臣，也不如后来吴汉、贾复等人功绩显赫，其所以居中兴功臣之首，盖以运筹帷幄之功居多。他曾协助光武，初定取河北以成帝业之谋。后来以知人荐贤名世，并在一系列决策性问题上发挥了重大作用。如《后汉书》著者范晔所说：“明定帝略”、“勋成智隐”，诚为中肯之言。
邓禹死后，子孙相继为高官。南阳邓氏与扶风窦氏、弘农杨氏、汝南袁氏都是东汉时期显赫的世家大族。
第二节寇恂
投顺刘秀
寇恂（？—36），字子翼，上谷郡昌平县（今北京市昌平县南）人，出身豪强大族家庭。王莽末年任上谷郡功曹，辅佐太守治理郡事，以才智出众、刚强果决深受太守耿况的器重。
刘玄建立更始政权后，派遣使者招降河北各郡国，允许“先降者复爵位”。使者到上谷，寇恂随从耿况前往迎接，缴上太守印信。寇恂见使者收了印信并无归还之意，乃率兵入见使者，夺回印信。不久，王郎起兵邯郸，又派使者到上谷征兵。寇恂以刘秀“尊贤下士，士多归之”，与同僚闵贡劝说耿况拒绝王郎，归顺刘秀，耿况畏惧王郎势大难拒，又建议联合渔阳（郡治在今北京市密云县西）太守彭宠共抗王郎。耿况接受寇恂的建议，派他前去渔阳。在约彭宠后，他在返回上谷途中行经昌平，乘王郎使者不备击杀之，夺取其部众后，遂与耿况之子耿弇率军南下，追刘秀到了广阿（今河北隆尧县东）。刘秀拜寇恂为偏将军，号称承义侯。寇恂从刘秀进攻河北农民军。在行军中，多次同邓禹商议军国大事，邓禹以为奇才，相交甚厚。
镇守河内刘秀攻占河北地区后，乘胜南下，又攻取了洛阳以北的河内郡。当时更始政权大司马朱鲔、舞阴王李轶等率领大军镇守洛阳，同时并州地区亦驻有更始政权军队，形成南北包围河内之势。刘秀以河北形势严峻而必须固守，但很难选择一位足以胜任这一艰巨任务的人，征求邓禹的意见。邓禹说：“昔高祖任萧何于关中，无复西顾之忧，所以得专精山东，终成大业。今河内带河为固，户口殷实，北通上党，南迫洛阳。寇恂文武备足，有牧人御众之才，非此子莫可使也。”于是，刘秀拜寇恂为河内太守，行大将军事，对他说：“河内完富，吾将固是而起。昔高祖留萧何镇关中，吾今委公以河内，坚守转运，给足军粮，率厉士马，防遏它兵，勿令北渡而已”。寇恂于是下令所属各县讲武习射，砍伐竹条，造箭百余万支，养马二千匹，收租四百万斛，以供军资。
朱鲔听说刘秀派遣寇恂守河内后，率领大军北上进攻河北农民军，乘河内兵力薄弱之机，派遣大将苏茂等将兵三万余人渡河进攻温县（今河南温县西）。寇恂闻讯后，立即发兵前往救援。军吏都劝他调集众军之后才可出兵。寇恂说：温县，是河内郡的藩蔽，“失温则郡不可守”。遂驰赴救之。次日晨，两军交战，适逢偏将军冯异率领所部以及各县援军前来救授，寇恂乃令士卒乘城鼓噪，大呼：“刘公兵到！”苏茂军闻之，阵动，恂因奔击，大破之，追至洛阳，遂斩贾强，茂兵自投河死者数千，生获万余人。恂与冯异过河而还。“自是洛阳震恐，城门尽闭。”捷报传到河北，刘秀大喜曰：“吾知寇子翼可任也！”诸将纷纷庆贺，乘势劝刘秀称帝，于是光武帝在鄗邑即位。
转运粮饷①本节主要取材于《后汉书·寇恂传》，凡引此传文字不另加注。
当时东征西讨，军粮奇缺。寇恂亲自督促粮运，畜力不足，又组织人力挽车，奔赴各地，前后络绎不绝，从而保证了军粮供应，甚至文武百官月支的禄米也由他运粮接济，在后勤工作上很有劳绩，光武曾多次赐书慰劳嘉奖，功名威望日益提高。儒生董崇警告他说：“上新即位，四方未定，而君侯以此时据大郡，内得人心，外破苏茂，威震邻敌，功名发闻，此谗人侧目怨祸之时也。”建议他“宜思功成身退之计。”①寇恂听从董崇的意见，当即称病不视事，请求引退，光武不听；请求从军，又不听。乃令其侄寇张、外甥谷崇从军充当先锋，光武以为忠，擢寇张、谷崇为偏将军。
光武对待功臣虽然优厚，但对其过失也要依法惩处。建武二年（公元26年），寇恂因擅自处罚上书人被免官。这时颍川（今河南禹县）人严终、赵敦与密县（今河南密县东）人贾期聚众起义，光武乃起用寇恂为颍川太守，令其与破奸将军侯进率兵前往镇压。事平之后，以功封雍奴侯，食邑万户。当时，大将军贾复任统率禁军的执金吾之职，因事前往汝南郡，其部将在颍川擅自杀人，为太守寇恂捕获，依法斩之于市，贾复深以为耻，在从汝南返洛阳途中道经颍川，对他的随从说：“吾与寇恂并列将帅，而今为其所陷。大丈夫岂有怀侵怨而不决之者乎？今见恂，必手剑之。”寇恂已经预料到了他会这样做，不愿相见，但又恐礼貌不周。外甥谷崇愿执剑充当护卫，寇恂以为不应采取敌对态度，他说：“昔蔺相如不畏秦王而屈于廉颇者，为国也。区区之赵，尚有此义，吾安可以忘之乎？”乃令所属各县多多准备羊羔美酒，对贾复及所部将士厚加款待，亲自出郡城迎接贾复，不等他发作，立即称病告退。贾复欲率兵追之，但所部将士皆酒醉饭饱不能上马，无奈只好返回洛阳。后来经过光武的调解，二人才和好如初。不久，寇恂调任汝南太守，也很称职。时值光武南征途经颍川，“百姓遮道曰：‘愿从陛下复借寇君一年。’上乃留恂。”①可见他也是很善于治理地方事务的。
迫降高峻建武七年（公元31年），寇恂调任执金吾之职，第二年随光武出征割据陇西的隗嚣。隗嚣死后，他的部将高峻拥有精兵万人盘据高平（安定郡郡治，今宁夏固原）。光武遣建威大将军耿弇等围之，未能攻下。建武十年（公元34年），光武亲率大军西征，寇恂以“士马疲敝，方履险阻”相谏，光武不从，下令进军，结果正如寇恂所料。乃转而采取招安的办法，命寇恂前往。既至高平，高峻遣军师皇甫文前来谒见。相见时因礼貌不周，出言不逊，寇恂怒，欲斩之。“诸将谏曰：‘高峻精兵万人，率多强弩，西遮陇道，连年不下。今欲降之而反戮其使，无乃不可乎？’”恂不听，斩之，令其副使回报。高峻惶恐，即日开城投降。诸将请问何以戮其使而反降的缘由？寇恂说：“皇甫文，峻之腹心，其所取计者也。今来，辞意不屈，必无降心。杀之而峻亡其胆，是以降耳。”诸将都表示叹服。可见其平生智谋过人。高峻招降两年后（公元36年），寇恂病故，谥为威侯。
寇恂足智多谋，临事果决，既长于吏治，又善于用兵，可谓才兼文武。
①辑本《东观汉记》卷九。
①辑本《东观汉记》卷九。
在保证军粮供给中更是成绩斐然，史称：“子翼守温，萧公是埒，系兵转食，以集鸿烈。”
第三节冯异
供应豆粥
冯异（？—34），字公孙，颍川郡父城县（今河南郏县南）人，少好读书，能通晓《左氏春秋》和《孙子兵法》，王莽末年任颍川郡郡掾之职。绿林军起义后，冯异奉命监护五县，与父城县长苗萌据城抗御起义军。
更始政权建立后，刘秀奉命率军由南阳攻取颍川，进攻父城，未能攻克，便屯兵于父所属城巾车乡。这时冯异一人外出巡视所监护的属县，被绿林军捕获。他的堂兄冯孝及同郡人丁綝、吕晏当时都在刘秀军中，共同保荐冯异，刘秀当即召见。冯异以老母现在城中，如释放回城，愿以所监五城奉献以报恩德。刘秀深为赞赏。冯异回到父城后，劝苗萌一同投顺刘秀。苗萌表示同意。后来绿林军攻克长安，刘玄建都洛阳，刘秀被任命为司隶校尉，道经父城，冯异、苗萌当即开城迎接，刘秀当即委任冯异为司隶校尉部主簿，苗萌为从事。冯异并举荐他的同邑人铫期、叔寿、段建①、左隆等人，刘秀都任命他们担任司隶校尉部掾史之职，随从他一起到了洛阳。后来这些人都在东汉建立中立下了功勋。
刘玄屡次欲派遣刘秀经营河北，部下诸将皆以为不可。当时左丞相曹竟之子曹诩任尚书之职，颇有权势，冯异劝刘秀与之交好。后来刘玄决定派遣刘秀前往河北，除了刘玄极力推荐外，曹诩的赞助也起了不小的作用。到了河北之后，冯异便劝说刘秀乘机收揽人心以发展自己的势力：“宜急分遣官属，循行郡县，理冤结，布惠泽。”刘秀采纳了他的意见，到邯郸后，派他同铫期巡行各县，慰问民间疾苦，并“录囚徒，存鳏寡，亡命自诣者除其罪”，暗中调查各郡太守对于刘秀的态度是“同心”还是“不附”。
王郎盘踞邯郸后，刘秀率领部众自蓟城（今北京市）昼夜奔驰南下，到达饶阳（今河北饶阳东北）所属无萋亭时已经深夜，正值天气严寒，大家都感到饥饿和疲劳，冯异急忙煮好豆粥供应。次日，刘秀对诸将说：“昨得公孙豆粥，饥寒俱解。”继续南行到南宫（今河北南宫西北），遇大风雨，刘秀率领随从避雨道旁空舍中，冯异又亲自煮麦饭为之充饥，在艰难中扈从刘秀，一路上辛勤备至。刘秀入据信都（今河北冀县）后，命冯异至河间（今河北献县一带）收兵，授偏将军，在击破王郎和镇压农民军的历次战役中屡立战功，封应侯，为诸将中最先封侯者。
离间敌方刘秀攻占河北后，更始政权以洛阳为关东重镇，派遣舞阴王李轶、廪丘王田立、大司马朱鲔、白虎公陈侨与河南太守武勃率三十万大军镇洛阳。刘秀为巩固其在河北地区的统治，自率大军回师河北，扫荡农民军余部，以河内魏郡未经战乱，人口众多，仓廪充实，不仅为军粮、兵源基地；而且邻近洛阳，亦为战略要地，乃以寇恂为河内太守，冯异为孟津将军，统率河内、魏郡二郡驻军，共同抗御朱鲔、李轶等。冯异探知朱鲔、李轶等不和，为了分化瓦解，致书李轶晓以祸福，指出刘玄政权已危在旦夕，而刘秀势力则蒸①本节主要取材于《后汉书·冯异传》，凡引此传文字不另加注。
①《后汉书·冯异传》注：《东观汉记》及《续汉书》“段并作殷”。
蒸日上，劝其“觉悟成败，亟定大计”。先是李轶曾与刘縯、刘秀兄弟同谋起兵，情谊深厚，后来他依附刘玄，曾参与杀害刘縯之事，故虽知长安已危，欲降又“不自安”。在答冯异书中表示，愿同冯异交好，希望通过他能和刘秀恢复旧好，为自己留一条归降的退路。所以他自从通书后，不再与冯异“争先锋”。
冯异利用这个时机，北攻天井关（太行山关隘，今山西晋城县南），攻取上党郡两城，又南下攻取河南成皋（今河南巩县东）以东十三县，这些地区豪强割据的屯聚也都一一平定，归降者十余万人。更始政权洛阳太守武勃乃率兵万余人讨伐归降者，冯异率军渡河救援，与武勃大战于士乡（在今河南洛阳市东），大破之，斩武勃。李轶对武勃“闭门不救”。
冯异见分化瓦解策略已经奏效，乃上奏刘秀。刘秀为进一步激化李轶、朱鲔间的矛盾，故意泄漏李轶与冯异通书信的内容，朱鲔闻知大怒，派人刺杀李轶；并派讨难将军苏茂将兵数万人渡河进攻温县（今河南温县西），同时他自己也率兵数万人进攻洛阳西北的平阴（属河南郡，今河南孟津县北），以牵制冯异。冯异与寇恂先合兵击破苏茂，然后冯异所部渡河攻朱鲔，朱鲔逃归洛阳，冯异军直追至洛阳城下，围城一周而归。在这次战役中，冯异先用离间计，乘机攻克了不少县城，后来又与寇恂密切配合，大败洛阳更始军队，不仅保住了河内，而且扩大战果，攻下洛阳周围各地，使洛阳之敌成为釜底游鱼，更始政权在关东势力几乎一扫而光。所以这是刘秀在河北独树一帜后和更始政权在争夺关东地区中一次带有决定性意义的大捷。冯异同寇恂在这次战役中立下了大功。
劝刘秀称帝捷报传到河北，诸将纷纷到刘秀府庆贺，并劝他即位称帝。刘秀乃遣使令冯异来鄗邑计议。冯异劝刘秀“宜从众议，上为社稷，下为百姓。”刘秀告诉他：昨夜梦乘赤龙上天，醒后，心中动悸不安。冯异说，这是天命所示。遂与诸将定议上尊号。刘秀所以不远千里宣召冯异，一来是因为冯异是拥戴他最得力的亲信；二来是因为冯异在广大将士中有很高的威望，他的建议能使众人信服。
平定关中建武二年（公元26年），大封功臣，更封冯异为阳夏侯。这时关中遍地饥荒，原来盘踞汉中地区（今陕南）的延岑出兵侵扰长安以西各地，各郡县豪强地主纷纷拥兵自守，赤眉军因给养困难，将士多欲东归。光武以邓禹经营关中日久无功，乃以冯异代邓禹率兵入关，主持关陇地区军事。光武亲自送至河南，赐以七尺宝剑，告诫他说：“今之征伐，非必略地屠城，要在平定安集之耳。诸将非不健斗，然好虏掠。卿本能御吏士，愿自修敕，无为郡县所苦。”冯异受命西行，布施威信，一路投顺者众。
当时正值赤眉军自长安东归，与冯异部汉军相遇于华阴，两军相持六十余日。建武三年（公元27年）春，光武派遣使者任命冯异为征西大将军。这时，大司徒邓禹奉诏率车骑将军邓弘等引兵东归，亦到达华阴，他们要求与冯异合兵进攻赤眉军。冯异认为，现在光武帝“使诸将屯渑池要其东，而异击其西，一举取之，此万成计也”。邓禹、邓弘不听。邓弘领兵攻赤眉，被赤眉军击溃，冯异不得已只好同邓禹一起率兵前往救援，赤眉军稍稍向后退却。冯异劝邓禹暂且收兵，邓禹贪功追击，被赤眉军挥戈反击，打得大败，士卒死伤逃散，溃不成军，邓禹逃奔宜阳。冯异与麾下数人弃马步行，走上回溪阪（今河南渑池县南），收集溃卒并纠集附近地主武装数万人，整军复战，先以精兵伏道旁，令其身着赤眉军服装，假扮赤眉军，然后纵兵会战，俟赤眉军疲劳时，伏兵尽起，赤眉军不别真假，惊惶失措，大败于崤底（今河南渑池县西南），余众十余万东奔宜阳，陷入重围之中，被迫投降。于是，光武赐书褒奖冯异，称其“始虽垂翅回溪，终能奋翼渑池”，令其入关平定关中。
当时关中各地群雄割据，豪强地主武装分据各郡县，从汉中北上的延岑自称武安王，纠集一部分地主武装围攻冯异，异纵兵反击，大破之，延岑经武关（今陕豫边境）逃窜南阳，其余豪强势力亦陆续投降。经过三年时间，终于取得了平定关中的胜利。当时有人上书言冯异专制关中，百姓归心；异亦以在外久，不自安，请求解职还朝。光武乃派使者以上告奏书令冯异观看，并亲自召见，商议进取巴蜀之策，临行赐以珍宝、衣服、钱帛，令其妻子相随入关，以示不疑；命其率领大军与诸将共同攻取割据天水、陇西两郡（今甘肃东南部）的隗嚣。
建武六年（公元30年）夏，光武以隗嚣叛汉，派遣大司马吴汉、建威大将军耿弇、虎牙大将军盖延等七将军攻之，为其所败。隗嚣部将王元、行巡乘胜侵扰关中，冯异与征虏将军祭遵分别击破之。于是原来归附隗嚣的北地郡豪强首领耿定等纷纷投降，乃使冯异进军义渠（今甘肃宁县西北），兼领北地太守事。不久，冯异又出兵打败割据西北的卢芳的部将贾览和匈奴薁鞬日逐王，平定了上郡、安定郡。刘秀又令其兼行安定太守事。建武九年，祭遵卒后，又令冯异以征西大将军兼征虏将军，领其部众。这时，隗嚣病死，部将拥立其子隗纯据守冀县（今甘肃天水市西北），光武又令冯异行天水太守事，与诸将围攻冀县。第二年，冯异病逝军中，谥为节侯。
冯异出身儒生，曾为郡吏，又通晓《孙子兵法》，既有文才，也长于武略，不仅战功卓著，在云台诸将中名列前茅；而且治理郡政也是很有成绩，史称其在关中时，“怀来百姓，申理枉结，出入三岁，上林成都”。其为人谦退不伐，居功不傲，可谓难能可贵。