农民出身的明太祖朱元璋在元末农民战争中推翻元朝。一三六八年夏历正月，在应天府建国号明，年号洪武。同年八月，征虏大将军徐达领兵攻下元大都，明太祖改大都名北平，以应天府为南京。元顺帝北逃。此后三年间，明朝先后降服占据广东的何真和四川的夏国明升（参见本书第七册），元末农民战争中建立的政权，归于一统。
明朝建立后，与元朝王室诸王连年作战。一三八八年，元室溃灭，蒙古汗仍据有大漠南北，与明朝对峙，形成明朝的强大威胁。
明太祖在位三十一年，依据元朝旧制，有因有革，制定各项统治制度，建立起明朝的统治。
（一）对元朝王室及诸王的征战
明兵攻下大都后，大都以北至漠北地区，东起辽东，西至陕甘，仍为元朝王室所控制。云南地区则为元梁王所占有。新建的明朝处在元朝势力的包围之中。明太祖一朝对元王室及诸王的征战，延续二十年之久。
一、对元朝王室的追击
元顺帝妥欢贴睦尔于一三六八年七月逃往上都，命河南王扩廓帖木儿（汉名王保保）自山西反攻大都。徐达进攻山西，扩廓败逃甘肃。一三六九年春，徐达进军陕甘，元地主武装李思齐在临洮降明。四月，明太祖调副将军常遇春回北平与平章李文忠同率步兵八万、骑兵一万，攻取元上都开平。六月，明兵攻下开平，元顺帝逃往应昌。常遇春在途中病死。
洪武三年（一三七○年）正月，朱元璋再命徐达为征虏大将军，李文忠、邓愈为左副将军，冯胜、汤和为右副将军，统领大军北征。兵分东西两路：西路由徐达率军，自潼关出西安，攻取扩廓帖木儿。四月，徐达军出定西，于沈儿峪口大败扩廓，擒元郯王、文济王及国公阎思孝、平章韩扎儿等官一千八百六十五人，将校士卒八万四千五百余人，获马万四千八百余匹。扩廓与妻子从宁夏奔和林。东路李文忠军，二月间出野狐岭，沿途在云州（独石口南云州堡）、宣德（河北宣化）、东胜州（托克托县）及武州（山西五寨县）、朔州（山西朔县）等地屡与元兵作战，获胜。四月二十八日，元顺帝在应昌病死（明谥顺帝，元谥惠宗），皇子爱猷识理达腊（元昭宗）继位，五月，李文忠军攻下开平，破应昌，元昭宗与数十骑逃遁。幼子买的里八剌及后、妃、宫人、诸王、官属俱为明兵俘获。李文忠领兵追击元昭宗至北庆州（白城子）不及而还。明军获得重大胜利。
一三七一年明太祖在平定广西和四川后，对臣下说：现在天下一家，还有三事未了。一是传国玺仍在蒙古。二是王保保尚未擒获，三是元太子下落不明。（《皇明通纪》卷三）元太子爱猷识理达腊这时的境况是，自应昌北上庆州后，往蒙古旧都和林，倚任扩廓帖木儿，继续称帝，蒙古尊号称必力克图可汗，仍奉大元国号，并建年号宣光。元廷遣使高丽。高丽已于一三六九年接受明朝封号，故称岭北的大元为“北元”。（郑麟趾《高丽史?恭愍王世家》）洪武五年（一三七二年）正月，明太祖发兵十五万，大举远征岭北，号为“清沙漠”。仍命徐达为征虏大将军、李文忠为左副将军，冯胜为右副将军，各率五万骑，分三路出兵。徐达中路军出雁门直捣和林。李文忠东路军经应昌赴岭北。冯胜西路军进兵甘肃。二月，徐达率领中路军至山西，都督蓝玉为先锋，先出雁门，至野马川，遇蒙古军，获胜。进至土剌河。扩廓帖木儿败走诱敌。五月，徐达亲率大军深入岭北。扩廓与骁将贺宗哲领兵来战，徐达军大败。死亡数万人（一作万余人）。副将汤和别道出兵，也被蒙古军击败。徐达是一代开国名将，遭此惨败，对明朝的打击是沉重的。李文忠所率东路军，出应昌，六月，经胪朐河（克鲁伦河）、土剌河，又进至阿鲁浑河，到称海（蒙古国西南部）还师。沿途与元军屡战，互有胜负。明军将领多人战死，损失甚重。西路军由冯胜率领，六月间，至兰州。副将傅友德为先锋，直趋西凉，败元兵。又至永昌，获胜。冯胜军来会师，北攻亦集乃路，元守将以城降。傅友德进兵至瓜州、沙州，败元兵，多有俘获。冯、傅两军经此战役，先后掳获驼马牛羊十余万。十月，冯胜班师回京，被告发私匿驼马。明太祖不予行赏。十一月，明在甘州置甘肃卫。明廷此次远征岭北，只有西路获胜。中路主力惨败，兵力大损。此后十余年间，明王朝与岭北的元廷，暂时处于对峙状态。
一三七四年九月明太祖将在应昌俘获的元昭宗之子买的里八剌送还元廷，招谕修好。买的里八剌被俘五年，明廷封为崇礼侯，赐给宅第。明太祖对他说：“今既长成，不忍令尔久客于此。”命宦官两人护送北归，并致书元昭宗，附赠织金文绮及锦衣各一件。信中说：“必得一族于沙漠中，暂尔保持，或得善终，”又说“君之祖宗有天下者几及百年”，“运虽去而祀或未终，此亦天理之常也”。（《明太祖实录》卷九三）这实际上即默认元廷在大漠蒙古地区的统治，劝谕修好。元廷并无回报。
明太祖信中曾指责元昭宗“流离边境，意图中兴”，又说“今闻奥鲁（当指元廷宫帐）去全宁未远”，故送归皇子。大抵此时元廷宫帐已迁至全宁路以北地带，倚用辽东兵力，以图再举。次年八月，扩廓帖木儿死于元廷。《明太祖实录》卷一百说他“后从徙金山之北，至是卒于哈剌那海之衙庭”。此金山在辽河以北，为元将纳哈出屯兵之所。哈剌那海所在不详，当在全宁路庆州以北，岭北行省境内。
这时，辽东一带的形势是：元辽阳守将刘益于一三七一年二月降明。元平章洪保保杀刘益，走依元太尉纳哈出。纳哈出是蒙古名将木华黎国王后裔，世袭辽东，统领蒙汉诸军，一三五五年曾在太平与朱元璋军作战被俘。朱元璋遣归元廷。一三六九年，据辽阳封地，屯兵金山。刘益被杀后，部将张良佐领兵降明，上书说：“本卫地方辽远，肘腋之间，皆为敌境。元平章高家奴固守辽阳山寨，知院哈剌张屯驻沈阳古城，开元则有丞相也先不花之兵，而金山则有太尉纳哈出之众，互为声援。今洪保保逃往其营必有扬兵之衅。”（《明太祖实录》卷六六）明太祖遣使至金山，致书纳哈出劝降。七月，在辽阳设定辽都卫指挥使司，以马云、叶旺为都指挥使。
自辽阳至岭北行省东部克鲁伦河流域，蒙古东部诸王后裔分驻各地。纳哈出在金山一带有兵数十万，是元廷依恃的主力。扩廓帖木儿死后，一三七五年十二月，纳哈出领兵南下攻打盖州。马云命城中坚壁不战。纳哈出南至金州，先锋乃剌吾在城下中箭被俘。纳哈出领兵北还，在盖州城外及连云岛等地，遇明伏兵，损失惨重。纳哈出大败而回。这实际上是元廷东迁后“意图中兴”的又一次失败。
一三七八年四月，爱猷识里达腊病死，元臣上庙号为昭宗。六月，明太祖遣使臣去元廷吊祭，并自撰祭文。七月，遣使至金山，诏谕纳哈出通使修好，九月，再遣使吊祭。三次遣使，均不得返。十一月，明太祖又将山西俘获的元平章完者不花遣还，致书元丞相驴儿，说三次遣使不通，再遣内臣送还平章。明太祖得知元廷议立新君，又在十二月致书元丞相哈剌章、蛮子、驴儿及哈剌出等人，说：“或闻欲立新君，其亲王有三，卿等正在犹予之间”，“若欲坚忠贞之意，勿抑尊而扶卑，理应自长而至幼。”（《明太祖实录》卷一二一）意在明廷送还的买的里八剌。买的里八剌返元后，赐名脱古思帖木儿，封益王。他是昭宗的次子。（见《弇州史料?前集?虏北始末志》，参《明太宗实录》卷五十五。《蒙古源流》作“弟”误）长子不见记载，或已夭亡。一三七九年，元脱古思帖木儿即帝位，蒙语尊号称乌斯哈勒可汗。（《汉译蒙古黄金史纲》），仍奉大元国号，并依元制，改年号为“天元”。
二、平云南
云南地区自元世祖忽必烈时归属元朝，始设行省。元世祖封子忽哥赤为云南王，子孙世袭。泰定帝时，进封云南王王禅为梁王，仍镇云南，驻中庆路（治在昆明县）。元顺帝时，梁王把匝剌瓦尔密袭封。顺帝以后，梁王拒不降明，仍向岭北元廷遣使进贡，沿用“宣光”“天元”等年号。
洪武五年（一三七二年）正月，明太祖派遣翰林院待制王祎去云南，招谕梁王归附明朝，并送还北平俘掳的梁王遣往岭北的使臣。王祎到云南，适遇岭北元廷来使脱脱。梁王杀王祎，以示忠于元廷。一三七五年九月，明太祖又命湖广行省参政吴云使云南，送还俘获的梁王派往岭北的铁知院等人。吴云行至云南沙塘口，被铁知院杀死。
一三八一年九月，明太祖命傅友德、蓝玉、沐英等领大兵征云南，并亲自制定作战方略，向傅友德等面授机宜。
傅友德等受命为征南将军，率兵至湖广，依据明太祖的部署，从东、北两方面进攻云南。北路从四川南下，遣都督郭英、胡海洋等帅师五万由永宁（四川叙永县）趋乌撒（云南镇雄县）。攻取四川、云南、贵州三省交界处的军事据点。东路从湖广西进，傅友德副将军与蓝玉、沐英由辰、沅趋贵州，进攻普定、普安。梁王遣司徒平章达里麻将精兵十万屯曲靖，希图阻扼明军。十二月，傅友德师至曲靖，于白石江大败元兵，生擒达里麻。曲靖为云南东部门户，此处水陆交通四达。明军占领曲靖后，扼住云南咽喉，兵分两路：蓝玉、沐英率军直趋云南；傅友德率军向乌撒接援郭英、胡海洋。梁王闻明军逼近，逃入罗佐山，又逃到普宁州忽纳砦，于草舍中自杀。同月，蓝玉、沐英军进入昆明。傅友德军攻下乌撒，东川（今云南会泽）、乌蒙（今云南昭通）、芒部（今云南镇雄），诸部相继降明。明军转向大理进军，洪武十五年（一三八二年）闰二月，攻下大理。傅友德受命出征，百余日攻下昆明，六月余攻下大理，平定云南。
明朝在昆明建立云南都指挥使司和云南布政使司，管理云南军政事务。并于军事冲要地区，设置卫所，屯兵守御。次年，将乌撒、乌蒙、芒部等划归四川统辖。明军占领云南后，当地各族人民仍不时起而反抗。傅友德、蓝玉等征滇大军在云南留驻两年，至一三八四年三月班师回朝。副将军沐英仍留镇云南。十年后病死，封黔宁王。子春袭爵，继镇云南。此后沐氏子孙世守云南，直至明亡。
三、降纳哈出与元室覆亡
元帝脱古思帖木儿继位后，与明朝处于对峙状态。一三八一年春徐达曾领兵至潢河，击败元军。西平侯沐英曾一度深入克鲁伦河，擒元知院李宣。元将纳哈出自辽东败后，退守金山北开元路一带。据守开元的也先不花也是木华黎后裔。两军似已合并，统归于纳哈出。木华黎子孙世袭国王称号，因而纳哈出或被称为开元王（《国朝献征录》卷五），统领军兵仍有十余万人。明太祖几次遣使招谕，纳哈出不理。明太祖在平定云南后，一三八七年初，命冯胜为大将军，自云南班师回朝的傅友德、蓝玉为副将军，领兵二十万，大举征讨纳哈出。二月，蓝玉率轻兵至庆州，杀元平章果耒。从俘虏处得知，元廷仍在迤北，纳哈出已出金山。明太祖告谕冯胜等，说“纳哈出去金山未远，以兵促之，势必来降”，又说元主“必顺逐水草，往来黑山（大兴安岭）鱼湾（贝尔湖）之间”，乘其无备，可以尽获。这时，纳哈出分兵三处扎营，主力在龙安（农安）一秃河。冯胜驻兵大宁，分建大宁、宽河、会州、富峪四城屯营。留兵五万守大宁，率大军越过金山，纳哈出部将观童投降。冯胜遣俘将乃剌吾至松花河见纳哈出劝降。纳哈出见明朝强兵压境，至一秃河向蓝玉投降。部下诸将相继降明。明朝命傅友德编为新军，驻守大宁。九月，纳哈出等进京谒见，明太祖封他为海西侯。次年夏六月，命纳哈出随傅友德赴云南，途经武昌，死于舟中。
元帝脱古思帖木儿的宫帐驻牧在捕鱼儿海（贝尔湖）一带。这一带牧地原属元太仆寺管领，历来是直属汗廷的地区。纳哈出等人降明后，元廷失去辽东兵力。元丞相哈剌章等前往和林，做西迁的准备。一三八八年四月，蓝玉奉明太祖命，率马步兵十余万自大宁至庆州追击，得知元帝在捕鱼儿海附近地带，遂领兵越黑山，四月十二日至捕鱼儿海，直捣元营，获得重大胜利。元太尉蛮子战死，部众降明。明军俘获脱古思帖木儿次子地保奴及宗室诸王、官属两千余人，军士及家小近七万人。获得宝玺、金银印及牲畜数万。蓝玉班师。明太祖封蓝玉为涼国公。
脱古思帖木儿与太子天保奴及知院捏怯来、丞相失烈门等率领余众西逃和林。行至土剌河，也速迭儿大王与斡亦剌惕（瓦剌）合兵来袭。脱古思帖木儿与捏怯来等十六骑败逃。丞相咬住率三千骑来迎。也速迭儿又命宗王火儿忽答孙等领兵追袭，擒获脱古思帖木儿，以弓弦缢死。天保奴也被杀。捏怯来、失烈门等率部东归，派遣使臣至南京进贡马匹降明。一三八九年四月，明太祖在元全宁路设置全宁卫，以捏怯来为指挥使，失烈门以下各授武职。失烈门拒不受命，杀捏怯来。明太祖在金山以北设置泰宁、朵颜、福余三卫。以辽东地区元降将为三卫指挥使。脱古思帖木儿次子地保奴被远迁到琉球安置。
袭杀脱古思帖木儿的也速迭儿大王，是一百二十多年前与元世祖忽必烈争夺汗位的阿里不哥大王的后裔，子孙世袭王位。也速迭儿夺得脱古思帖木儿的汗印，在和林自立为汗，称卓里克图汗（尼咱木丁沙迷《武功记》）。蒙古汗位由忽必烈一系转入阿里不哥一系。忽必烈采用汉法，取《易经》“大哉乾元”之义，建国号大元，历代帝王均有汉语谥号并建汉语年号。但蒙语国号仍称“大蒙古国”，依十二生肖纪年，元朝诸帝也另有蒙语尊号。阿里不哥是当时反对用汉法的贵族代表。也速迭儿即汗位后，不再依汉法为脱古思帖木儿立谥号，也不再建年号。国号仍称蒙古。明人则依汉人旧称，称之为鞑靼。忽必烈建立的大元王朝最后灭亡了。
（二）豪富的迁徙与官员的诛杀
农民战争中建立的明王朝，不仅需要与元朝王室继续斗争，而且还面临着巩固王朝内部统治的严重课题。
中国历史上，农民战争曾经多次推倒旧王朝，但农民军建立起来的新王朝，却只有汉朝和明朝。汉高祖刘邦起义前是沛县亭长，可算来自底层。明太祖朱元璋则是出身于真正的贫苦农民，由起义农民的领袖转化为地主阶级的首脑。一介贫苦农民成为一代开国皇帝，明太祖可谓千古一人。这种独特的经历，使他既对地主豪富怀有深刻的仇恨，又不能不严肃考虑新王朝能否巩固以及如何巩固的严重问题。他既担心故元王朝的地主官员对他不服，又恐怕同起草昧的文臣武将对他不忠。在位期间，对地主豪富、开国将领和大小官员一再采取极为严厉的镇压措施，广加杀戮。明太祖的专制统治显得较前朝更为酷虐。新建的明王朝却因而得以巩固了。
一、迁徙豪富
明太祖出身农民，深知地主豪富的横行乡里，操纵官府，是朝廷的一大威胁。特别是江南地区，元朝灭宋后，地主豪富的经济势力继续发展，并进而在政治上左右地方官吏，元廷难以控驭。明太祖对刘基说：“胡元以宽而失，朕收平中国，非猛不可”。（《诚意伯文集》卷一）明太祖对地主豪富的猛政之一，就是强迫迁出本地。建国不久，即下令迁江南民十四万户到凤阳。此后，一三九一年再迁天下富户五千三百户到南京。一三九七年，又强迫各地富户一万四千三百余户迁到南京。明太祖定都南京后，以凤阳为中都。京师与中都，都是朝廷直接统治的地区，拥有较强的统治力量。地主豪富迁徙到京畿地区，难以操纵官府为非作歹了。明太祖的这一猛政，为历史上所罕见。他自称是取法于汉高祖徙天下豪富于关中，是“事出当然，不得不尔”。（《明太祖实录》卷二一○）贝琼作《横塘农诗序》说：“三吴巨姓，享农之利而不亲其劳，数年之中，既盈而复，或死或徙，无一存者”（《清江贝先生文集》卷十九）说三吴大姓“无一存者”不免夸张，但江南地主豪富在明初遭到沉重的打击，则是事实。元末江南土地兼并已极严重。明太祖迫令大批富户迁离本地，是基于巩固统治的需要，客观上却也多少有利于江南经济的发展。
二、开国将相的诛杀
明太祖建国后，为防范文武臣僚的背叛，于一三七二年颁布申诫群臣的《铁榜文》。一三七五年编录《资世通训》，告诫臣僚，“勿欺、勿蔽”。一三八○年编《臣戒录》，纂录历代诸侯王宗戚宦臣之属，悖逆不道者凡二百十二人的行事。一三八六年又颁发《志戒录》，采汉唐宋为臣悖逆者凡百有余事，赐群臣及教官诸生讲授，使知所鉴戒。明太祖一再以历代悖逆之事告诫臣僚，表明他一直心存疑虑，对臣下防范甚严。而他的臣下，也在为了争夺权位相互倾轧。一三六九年，明太祖起用攻克金陵时留用元代官员杨宪为中书省右丞，又进为左丞，以中书省参政高邮人汪广洋为右丞。杨宪嗾使御史刘炳劾奏汪广洋“奉母无状”。汪广洋被罢还乡。中书左丞相李善长、御史中丞兼太史令刘基等揭发杨宪奸谋。明太祖又处死杨宪、刘炳，召回汪广洋。明太祖对文臣武将的诛杀，由此开始了。
胡惟庸案——濠州定远人胡惟庸，在和州随明太祖起事。明太祖建号吴元年（一三六七年），委为太常寺卿。明朝建国后一三七○年为中书省参知政事。一三七三年进拜左丞相。汪广洋被贬黜后奉召还朝，为右丞相，平日饮酒自遣，依违其间，以求自保。胡惟庸因而得专相权，接纳四方贿遗。朝中希图升迁的官员或阿附于胡。明太祖认胡惟庸是擅权植党，威胁到皇权的统治，决心除胡惟庸，夺回相权。一三七九年，御史中丞涂节迎合帝意，多方罗织罪状，告胡惟庸与御史大夫陈宁谋反。明太祖先将右相汪广洋贬谪海南，十二月行至太平，驰送敕书斩首，敕中指责汪广洋“前同杨宪在中书，宪奸恶万状，匿而不言。观尔所为，君之利视之，君之祸亦视之。如此肆侮，法所难容，特追斩其首，用示柔奸。”（《国榷》卷六）洪武十三年（一三八○年）正月，明太祖亲自审讯胡惟庸案，斩胡惟庸、陈宁，诛其三族。又以涂节告发，必曾参予其事，也一并斩首。明太祖随即撤消国初依元朝旧制设立的中书省，不再设丞相。六部直接统属于皇帝。随后又追查依附胡惟庸的官员和六部官属。大小官员被处死者多至一万五千余人（《国榷》卷七），朝野震动了。
李善长案——濠州定远人李善长，《明史》本传说他“少读书，有智计，习法家言”。明太祖起义，在滁州礼聘为军中掌书记，依用为谋士。此后，明太祖用人行政以至开国定制，都由李善长与儒臣谋议。建国后，一三七○年，明太祖大封功臣，以功勋大小封予公、侯、伯等爵号。封国公者六人，李善长位列第一，封韩国公，比之于汉萧何。特授太师、中书左丞相，进而总中书省、都督府、御史台，同议军国大事，是朝中权位最尊的重臣。李善长弟李存义，取胡惟庸侄女为子媳。胡惟庸被杀后，一三八五年有人告发李存义也是胡惟庸一党，明太祖诏免死，流放到崇明安置。一三九○年，明太祖又逮捕李存义父子，审讯胡惟庸与李善长的交谊。明太祖指斥李善长“知逆谋不发举，狐疑观望，怀两端，大逆不道”（《明史》卷一二七），赐死。李善长年已七十七，奉诏自缢死。妻女弟侄等家口七十余人被杀。此案又涉及列侯陆仲亨等封侯的功臣七人，都以胡惟庸党的罪名处死。已死的侯爵多人，也追论其罪。明太祖命刑部将涉及此案治罪的都督以上至公侯二十人名氏，汇为奸党录昭示天下。工部郎中王国用上书为李善长申辩说“故太师李善长与陛下一死生，毕谋智，以得天下，为勋臣第一”，“现在说他辅佐胡惟庸，万一成事，也不过是勋臣第一，并无重福，却必有重祸。他现在已七十多岁，老迈不堪。平居安闲，忽然发生此事，臣不能不怀疑”。最后说：“善长已经不幸失刑。臣还愿陛下作戒于将来。”此疏为著名文士御史解缙代为起草，传诵一时。明太祖无辞以解，对王国用不加罪，但也并没有“作戒于将来”。两年之后，便又兴起大狱。
蓝玉案——蓝玉也是濠州定远人，是开国名将常遇春的内弟。明太祖起义过程中，屡立战功。建国后，多次出兵与元室作战，在捕鱼儿海大获全胜。明太祖把他比之于西汉名将卫青。一三九二年，元降将月鲁帖木儿在建昌起兵反。蓝玉领兵平乱，擒月鲁帖木儿父子，送京师处斩，进封太子太傅。这时开国诸将多已死去或告老。蓝玉军功显赫，不免志得意满，擅权行事，养家奴游猎，侵占民田。明太祖在一三八二年设锦衣亲军都指挥使司，护卫皇室并侦察官员言行，通称锦衣卫。一三九三年初，锦衣卫指挥蒋 告发蓝玉在私第蓄养家奴披甲，将有变。又拘审元将纳哈出之子察罕，追讯蒙古降将与蓝玉来往事。明太祖以谋反罪将蓝玉处以磔刑（剐死），诛灭三族。察罕处死。受此案牵连的文武大臣以至将官兵士，被处死者近两万人（《国榷》卷十）。诛杀之广甚至超过了胡惟庸案。清初谷应泰著《明史纪事本末》说胡、蓝之案是明太祖“遂疑尾大之图”“傅会难明之事”。清修《明史》，置胡惟庸于“奸臣传”，蓝玉仍入列传，不入“奸臣”，表明编者对谋反案的怀疑。蓝玉谋反，并无确证。宿将名臣，经此诛杀，所余无几了。
功臣之死——明太祖先后兴起胡、李、蓝三大狱，文武臣僚被诛杀者近四万人，在官员中造成极大的恐怖。大案而外，开国功臣或被明令处置，或被暗中毒害，多不得善终。
开国名将李文忠，是明太祖姐之子，年十二丧母，由明太祖收养，改姓朱氏。随明太祖起义，转战浙东，屡立战功，复姓李氏。明朝建国，曾从常遇春领兵攻上都。遇春死代领其兵。其后，为副将军北征，一再获胜，封曹国公。一三七七年，与李善长同议军国重事，一三七九年平洮州番族还师，掌大都督兼领国子监事。李文忠能武能文，家中多文客来往，曾劝太祖少诛杀，远宦者。太祖不悦，尽杀李文忠家客。一三八三年，李文忠惊恐得病。明太祖派淮安侯华中前往监护医药。次年三月中毒而死，年仅四十六岁。明太祖贬华中，又族诛医者及侍婢六十余人。李文忠追封歧阳王。
傅友德在砀山随刘福通起义，后在和州降明太祖，为军中名将。国初封颍川侯。副徐达北征，败扩廓，平夏国，征云南。一三八四年进封颍国公。一三八七年，与冯胜北征，降纳哈出。一三九一年为征虏将军，驻北平备边，加太子太师。次年练军山西、河南。定远侯王弼随明太祖起义，明朝建国后在傅友德军中转战南北。一三九三年蓝玉被杀，王弼对傅友德说，早晚要除掉我们了。明太祖侦知，将傅友德召还。次年十一月借故切责。傅友德被迫自杀。《明史》本传说是“赐死”。王弼也“赐死”。
宋国公冯胜，国初六国公之一。一三九二年加太子太师。徐达、李文忠死后，为第一名将。一三八七年为征虏大将军，降纳哈出军还，因被告私匿良马，娶蒙古女，收夺大将军印。一三九二年，与傅友德同练兵山西河南。次年，蓝玉诛后，同被召还。一三九五年二月，赐死。谈迁《国榷》记冯胜自杀事说：“去傅友德之死才两月，开边之猛将尽矣”。
明太祖起兵，倚用浙东儒臣，参与谋议，首推刘基、宋濂。明太祖攻下金华礼聘刘基为谋士，常与密议，视为汉之张良。明朝建国后，刘基对明太祖说：“宋元宽纵失天下，今宜肃纪纲”（《明史》卷一二八）。一三七○年封诚意伯，赐归老于乡。刘基恐遭疑忌，不敢归乡，仍留住京师。洪武八年（一三七五年）正月得病，三月，明太祖遣使送归青田故里。四月病逝，年六十五。胡惟庸案起，涂节告发胡惟庸送毒药毒死刘基。明太祖问汪广洋，汪广洋说并无此事。明太祖责汪广洋欺罔。《明史?胡惟庸传》说刘基病中，胡惟庸曾与医者送去毒药，但又说这是受明太祖差遣，真相难明。刘基子琏在胡惟庸案中受牵连，被迫堕井自杀。
金华宋濂，元末荐授翰林编修。明太祖攻下金华，聘为经师。一三六九年，奉诏修《元史》，除翰林，后进为侍讲、学士，承旨知制诰。教皇太子朱标读书，先后十余年。明太祖密使人侦视宋濂行止，然后察问，宋濂俱以实对。一三七七年，年六十八致仕。一三八○年胡惟庸案起，宋濂孙宋慎因事牵连。明太祖处死宋慎，并连坐宋慎叔父宋璲（濂次子）处死。皇后及皇太子力救宋濂，得免处死，流放四川茂州。一三八一年四月，濂行至夔州，自缢死。年七十三。（《国榷》卷七）以上功臣都是与明太祖共同创业并身居太祖左右的一代名臣勇将，虽然死因或明或暗，但多不得善终。国公以下，爵封侯、伯的名臣，遭显戮者至数十人。《明史?汤和传》说：“当时公侯诸宿将坐奸党先后丽法，稀得免者，而和独享寿考，以功名终”。汤和死于一三九五年，卒年七十。平居极为恭慎，遇太祖面责，即顿首谢罪。五十三岁进封信国公，知太祖不愿诸将久掌兵权，即请解官归里，太祖大悦。死后追封东瓯王。汤和“独享寿考”，在武将中算是例外，在功臣中也是屈指可数。清代史学家赵翼说，明太祖“借诸功臣以取天下，及天下既定，即尽举取天下之人而尽杀之，其残忍实千古所未有。”（《廿二史札记》卷三十二）明太祖在位三十年，以前所未有的猛政，刻意诛杀文武名臣，以确保新建的明朝和独尊的皇室，明初统治集团的实力却由此大为削弱了。
三、处治贪污弊政
明太祖起义前即对元末贪官污吏的刻剥深为嫉恨，也深知官吏贪污横行对朝廷统治的危害。他即位后即采取极为严厉的措施，惩治贪污。官吏贪污钱财，银六十两以上的，斩首，并且剥去人皮，实以稻草示众。府、州、县、卫衙左的土地庙，作为剥人皮的场所，称为“皮场庙”。官府公座两旁，各悬挂一个填满稻草的人皮袋，官吏到任上堂触目惊心。又有挑筋、剁指、刖足、断手、刑膑、钩肠、去势等酷刑。各级官吏因贪污治罪不下数万人。一三七六年以前，发往凤阳屯田的获罪官吏，即达万余人。明太祖为惩治贪污又兴起两次大狱。
空印案——元朝早在蒙古太宗时，即有所谓“御宝空纸”。在空白文书上预先钤上皇帝御宝，由中书省臣填充发布，不必再经皇帝用印。各级地方官员也采用类似的办法，由色目、汉人官员填充钤有官印的文书，不必再经蒙古长官亲自用印。相沿既久，习以为常。明初地方官吏沿用旧例，持这种所谓“空印文书”到户部审核钱粮军需，这自然为贪污作弊提供了便利。一三七六年，明太祖因考校钱粮册书，察知此事，认为这是欺罔，将各级主印官员逮捕入狱。自户部尚书至府县守令等署印官长数百人以“抵欺”罪处死。副职以下官吏榜笞一百，流放戍边。湖广佥事郑士利因兄士元涉及此案，上书诉冤说：“自立国之初未尝有空印之律，有司相承，不知其罪”（《明史?郑士利传》）。明太祖命将郑士利与郑士元一起治罪，流放拘役（居作）。
盗粮案——一三八五年，明太祖查处户部侍郎郭桓贪污案。查得郭桓应收浙西秋粮四百五十万石入仓，实入粮钞少收一百九十万石。郭桓及浙西地方府县官吏，通同作弊，受贿五十万贯。明太祖兴起大狱，追查六部及全国十二布政司。共查得偷漏及盗卖仓粮七百万石，并隐漏税粮及鱼盐等项税课，共合粮二千四百余万石（《大诰》）。此案除郭桓及户部官员外，又涉及礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦志德等，并处死。全国各地官吏被处死刑及流刑（迁徙去乡一千里）者至数万人。各地豪富交通官府，隐漏税粮者也都受到严厉处置，据说“民中豪以上皆破家”（《国榷》卷八），明太祖痛恨的豪富也由此又受到一次沉重的打击。
明太祖严惩贪污，被治罪的各级官吏多至数万，虽施政不免严酷，但元末官场积久的贪风，由此而得到抑制，作用还是积极的。
（三）统治制度的制订
明太祖初即位，沿袭元朝的统治制度，分置官属，建立起明朝的统治。在位期间，一再对原有制度进行改革，使朝廷军政大权更加集中于皇帝，地方军政也更集中于朝廷，从而建起一整套皇室专权的统治制度。这种制度，比宋元等朝，权力更加集中，专制统治也更为加强了。
一、皇室分封
明太祖对开国功臣，多有疑虑，以至诛除。与此同时，又建立皇室分封制度，把皇族子孙分封各地称王。元朝宗室原有投下分封制度，实际上是来源于蒙古国时期对战争中俘获的人口、财产的分配。元代诸王主要是从投下封地分取赋税收入，并非裂土为王。明太祖继承元朝旧制而有所损益，目的还在于依靠朱氏子孙辅翼皇室，以确保朱明王朝的统治。一三七○年四月始封诸王。明太祖对臣下说：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。朕非私其亲，乃遵古先哲王之制，为久安长治之计”。群臣对答说：陛下封建诸王，以卫宗社，天下万世之公议。（《明太祖实录》卷五一）明太祖有子二十六人，长子朱标封皇太子。第九子朱杞及幼子朱楠早亡。其余诸皇子及从孙一人先后封为藩王。一三七○年分封诸皇子为王：朱樉封西安为秦王，朱封太原为晋王，朱棣封北平为燕王，朱橚先封吴王，后改封开封，为周王，朱桢封武昌为楚王，朱榑封青州为齐王，朱梓封长沙为潭王，朱檀封兖州为鲁王，明太祖侄朱文正之子朱守谦，封桂林为靖江王，共九人。受封的藩王每年得禄米万石，可在藩王府置相傅和官属，拥有护卫军少者三千人，多者至一万九千人。首次分封的诸王在一三七○年至一三八五年间先后就藩。
一三七八年第二次分封诸王：朱椿封成都为蜀王，朱柏封荆州为湘王，朱桂先封豫王，后改封大同为代王，朱楧封甘州为肃王，朱植封广宁为辽王，共六人，洪武末年就藩。
一三九一年第三次分封：朱■封宁夏为庆王，朱权封大宁为宁王，朱楩封岷州为岷王，后改云南，朱橞封宣府为谷王，朱松封开原为韩王，但迄未就藩，朱模封潞州为沈王，朱楹封平凉为安王，朱桱封南阳为唐王，朱栋封安陆为郢王，朱■封洛阳为伊王，共十人。
明太祖初封诸王时，诏谕全国，说分封是为了“屏藩国家”（《明太祖实录》卷五一）。北方蒙古是明朝的主要威胁。明太祖分封习兵事的皇子于北边军事要地，皆预军务，习称“塞王”。晋王、燕王，皆受命指挥边防大军，筑城屯田，大将军冯胜及傅友德，都曾受其节制，军中大事，二王得直接奏闻。宁王受封后，也拥有军兵，以防御北边。其余诸王中，秦、代、肃、辽、庆、宁、谷、安等王，大体上都分布在东北、北方和西北的一条边防线上。广东、福建、浙江邻近京师南京，不建藩府。山西、河南、湖广等省则藩府较多。长江以北的藩府数又大大超过长江以南。明初分封王室，仍参据元朝旧制，“列爵而不临民，分藩而不锡土”（《明史稿》列传三，诸王）。诸王虽分封各地，拥有王爵，但藩府之外，没有封地和臣民。由朝廷颁给“宗禄”。除宁王、燕王、晋王拥军防边外，其余诸王只能拥有少数护卫军，随后也被撤消。在明太祖看来，分封皇室子孙控驭各地，防止外姓臣僚跋扈，便足以“外卫边陲，内资夹辅”，长久之计，莫过于此了。
二、中枢官制
明太祖建号吴王，设置官属，即依元朝中书省制度，以李善长为右丞相、徐达为左丞相，总理吏、户、礼、兵、刑、工六部事务。又依元制，设御史台，以汤和、邓愈为御史大夫。当时仍在用兵作战，改行枢密院为大都督府。大都督府原是元朝管领钦察两卫军的专设机构，明太祖沿袭此名，命侄朱文正为大都督，指挥全军。这样，明朝在建国前即形成中书丞相总行政，大都督掌军兵，御史大夫司监察的简要的国家机构。
明朝建立后，明太祖与臣下讨论元朝灭亡的教训说：“元之大弊：人君不能躬览庶政，故大臣得以专权自恣。”（《明太祖实录》卷五九）明太祖把巩固新朝加强皇权作为建国建制的指导思想，着手对元朝的旧制进行改革。一三六八年即位后，在南京设应天府，废江浙行中书省，直隶中书省。一三七六年六月又把各地行中书省改为承宣布政使司，作为行省的地方政府，长官布政使，官阶正二品，位与六部尚书相等。这一改革主要是削弱中书省的权力，使行省直属于皇帝。中枢设通政使司，管理百官章奏和民间陈诉，废除元朝奏事必经中书的旧制。
一三八○年，胡惟庸案后，明太祖以此事为契机，决定废除中书省丞相制，不再设“代天子理万机”的丞相，皇帝以“至尊之位，操可致之权，赏罚予夺，得以自专”。（《明太祖实录》卷一二九）。自秦汉以来，一千六百多年间，丞相一直是与君主相互依存又相互制约的力量。废丞相是中国政治制度史上的一件大事，皇权专制统治进一步加强了。
丞相制废除后，管理朝廷政务的吏、户、礼、兵、刑、工六部各司所事。六部尚书与都察院（一三八二年改御史台为都察院）之都御史，合称七卿。七卿与通政司的通政使、大理寺（督审刑狱）的大理卿又称为“九卿”。九卿分别理事，互相制约，各自向皇帝负责，所有权力都集中于皇帝。综理军务的大都督府也划分为中、左、右、前、后等五军都督府，五军都督分别由皇帝指挥，不相统属，皇帝掌握了全部军权。
中枢官制经明太祖改革后，基本状况如下：六部——吏部掌官吏铨选、考课。户部掌户籍土田、赋役实施、财政会计、漕运物价等政。礼部掌制定礼仪、贡举、祭祀、番国边夷朝贡。兵部掌武官升转、军户版籍、军令、武器制备及全国驿传。刑部掌司法行政、刑法实施、考核犯罪、颁行律令。工部掌土木工程兴造、公共工程修葺、屯田管理、手工制造、水陆道路管理。各部设尚书一人，正二品，侍郎二人，正三品。一三九五年明太祖颁布《皇明祖训条章》，规定“嗣君不许复立丞相”，臣下有请立丞相者，处以极刑。有明一代，中枢机构中，不再有丞相一职。
都察院——一三八○年罢御史台，置谏院官。一三八二年始设都察院，左、右都御史，正二品。左、右副都御史，正三品。左、右佥都御史，正四品。都御史的职责是“纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪、小人构党、作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正、上书陈言变乱成宪希进用者，劾。”（《明史》卷七三）又设十二道监察御史一百一十人，正七品，察纠内外官吏。在京师巡视京营、仓场、内库，监临乡会试。外出巡按地方，清勾军伍，提督学校，巡查盐政、茶马、漕政、屯政等务。（一四三五年增为十三道）。
中枢监察系统中，另设六科给事中。吏、户、礼、兵、刑、工六科，各设都给事中一人，正七品。左右给事中各一人，从七品。给事中若干人，各科不等。其职权是“掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽查六部百司之事。”都察院是朝廷监察机关，给事中则是皇帝的近侍之臣，是皇帝控制六部行政的耳目。给事中有封驳权，可以封还执奏，驳正章奏违误，规谏君主，参予朝中大事的会议。都察院的御史，习惯上称“道”，六科给事中称“科”，统称“科道官”或“言官”。
通政使司——早在一三七○年，就曾设“察言司”收受各方章奏。一三七七年正式设置通政使司，职责是接受并汇呈内外官吏的章奏，凡民间的陈情建议、申诉冤枉、举报官吏不法等文书，也登记并汇呈给皇帝。设通政使一人，正三品，左右通政各一人，正四品。通政使也和六科都给事中一样，被允许参与朝廷大事的会议。
大理寺——明太祖建号吴王时，即设有大理寺，其后因革不常。一三八一年正式设置。大理寺卿，正五品。原来只是对司法行政、财政收支等案件，进行监察。后来凡刑部、都察院和五军都督府的断事官所审理的案件，都要送大理寺甄审。凡不按律例或案情有出入的判决，有权驳回改拟。大理寺与刑部、都察院被称为“三法司”，凡重大案件要经过“三法司”的“会审”。司法机关、行政监察机关和司法监察机关相互配合，彼此制约，是明初重要的法制成果。
翰林院——明太祖建国前即因元制置翰林院，设学士及侍讲等官。学士为正三品，名儒宋濂即曾任翰林学士，一时名士多在翰林院供职。一三八一年以后，翰林学士降为五品，但职掌制诰、史册、文翰之事，代皇帝草拟文告，兼充皇帝在文史方面的顾问，资深的学士有时也为皇帝或皇子讲述儒经，参议致治之道。翰林院学士以下的侍讲、侍读、编修、检讨等官员，往往也是皇帝的参谋。翰林院学士被允许参加商议大政事、大典礼的诸臣会议，与诸司参决其可否。（《明史》卷七三）五军都督府——大都督府改为中、左、右、前、后五军都督府，每府有左、右都督各一人，正一品。都督同知各二人，从一品。都督佥事各二人，正二品。其长官多以公侯伯爵的武臣充任，品级高于六部。五军都督府除分领在京卫所外，还分领设在全国的十三个都司。五军府各有所辖军区，相互平行，以达到“使事不留滞，权不专擅”的目的。（傅维鳞《明书》卷六六）五军都督府与兵部各有职掌，相互制约，大体上兵部掌管军事行政事务，五军府掌管统兵作战。兵部受皇帝之命，发令调兵，但统兵权在五军府，统兵将官由皇帝亲自指派。军官的任免、赏罚由五军府与兵部会同办理。五军府的将官平时并不统军，遇有战事，兵部发出调兵令，五军府派出指挥官，统率京营兵或各地卫所兵作战。战事结束，军兵回归原地，统兵官归五军府。
三、地方官制
明初地方官制沿袭元朝行中书省制度，但撤消“路”一级建制，改路为府。如改龙兴路为洪都府，绍兴路为绍兴府，平江路为苏州府，汴梁路为开封府，大都路为北平府，奉元路为西安府等等。地方建制只存府（州）县两级。
一三七六年撤消行中书省后，继续沿用“行省”这一名称，作为地方区划，而不是地方政府。省的行政权分属于承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司，合称“三司”。三司分别隶属于朝廷。
承宣布政使司——设左右布政使各一人，初为正二品，一三八○年定为正三品。全国先后设十三布政使司：浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西、贵州。布政使掌一省之政，传布朝廷政令，考察本省官吏。管理户口、田土及科举贡士行政。对省内宗室、官吏、学校师生、驻军，班发禄俸、廪粮。呈报自然灾害情况并实行赈济。均衡全省赋役额度，规定征收标准。地方的重大行政事宜或有所兴革，要会同都指挥使司、按察使司商定。布政使司通称“藩司”。
提刑按察使司——设按察使一人，正三品，副使一人，正四品。按察使掌一省刑名按劾之事。纠劾官吏，抑制豪强，平反冤狱，澄清吏治。副使与佥事等官分道巡察，负责管理兵备、提学、抚民、巡海、清军、驿传、水利、屯田、招练、监军等监察行政事宜。按察使司通称“臬司”。
都指挥使司——设都指挥使一人，正二品。都指挥同知二人，从二品。都指挥佥事四人，正三品。都司掌一方之军政，各率其卫所隶于五府，听于兵部。责任是管理一个军事区的武官考选，地方卫所兵训练，卫所屯田，地方巡警，军器保管、漕运，京操以及地方防务。明初曾于各行省置行都督府及都卫指挥使司。一三七五年改各都卫为都指挥使司。废行中书省后，也废止行都督府，职权转入都指挥使司，成为与布、按二司平行的地方军事行政机构。地方的卫所隶属各地都司，都司又分隶中央的五军都督府。都指挥使司常简称为“都司”。
“三司”制确立后，布政使司掌全省的行政、民政、财政；按察使司掌全省的司法监察；都指挥使司掌全军区的军事行政和治安。政、法、军三权并立，彻底改变了行中书省总理地方大权的旧制。布、按、都三司分别直接受命于朝廷，朝廷对地方的控制大为加强了。
省以下地方机构，基本上是府、县两级。直隶州与府平行，一般的州与县平行。布、按二司派遣副职到各地区，称为分守道、分巡道等等。道隶于省，但并不是一级地方政权。
府设知府一人，正四品，同知正五品，通判，无定员，正六品，推官一人，正七品。府下设有经历司、照磨所和司狱司。又设立吏、户、礼、兵、刑、工六房，处理政务。知府掌一府之政，行政上受布政使的领导。职权范围包括一府各县的教育、科举、户籍田簿、军匠、驿传、马政、治安、仓库管理、河渠水利、道路修治等事宜的决策和处理。府的推官主持司法工作。全国共设一百五十九府。
州分两种，一为府所属的州，与县平级。一为省直属的州，称为直隶州，与府平级。州设知州一人，从五品，同知、判官无定员。直隶州的知州职掌与知府同，属州的知州与知县同。全国共有二百三十四州。
县，设知县一人，正七品，县丞一人，正八品，主簿一人，正九品。属员有典史一人。知县掌一县赋役之政，凡养老、祀神、贡士、读法（向群众宣讲法律）、表善良、恤穷乏、稽保甲、严缉捕、听狱讼，都要亲自处理。（《明史》卷七五）县丞、主簿分掌粮、马、巡捕之事。典史办理文书出纳，亦设有六房，分管日常事务。
在府、县两级地方政权中，还设有一些专业的管理机构。府、县境内的关津要害设巡检司，巡检、副巡检率领弓兵（按徭役征集民兵的一种）负责警备。有的州县设有驿丞，负责管理驿站的舟车、夫马供应。府设有税课司，县设有税课局，设大使，负责征收商税、市税及民间的契税。另有河泊所掌收鱼税。有些地方设批验所，负责查验盐、茶引。府设僧纲、道纪两司，县设僧会、道会两司，管理佛教、道教徒众。
四、法律
明太祖称吴王时，即命丞相李善长为制定律令总裁官，参知政事杨宪、御史中丞刘基、翰林学士陶安等文臣参与编定律令。制令一百四十五条，后称《大明令》，“律”二百八十五条，后称《明律》。“令”以记载诸司制度为主，“律”是根据唐律损益调整。一三七四年加以修订，去掉原来临时性的条文，增加新的条款。一三八九年又本着“因时以定制，缘情以制刑”的原则，从法律的系统与体制方面，作更多的修订，使之趋于完备。一三九七年最后修订完成《大明律》，颁行全国。
《大明律》的体例以吏、户、礼、兵、刑、工六部分类以适应当时的以六部为中心的政权体制。条文共四百六十条。内容继承唐律，参据元律，而有所添加，如军官、军人犯罪免徒流，杀军人者以余丁抵充以及大臣不得专擅选官，军民不许上言大臣德政，官吏不许交结近侍官员，功臣不得私置田土等限制官员的律文。户律中增入有关征收课程、钱债、市廛等条款，兵律中规定军民不得违禁下海等等此外，如豪民隐蔽差役、揽纳税粮、典雇妻女、逐婿嫁女、取乐人为妻妾、僧道娶妻、禁巫师邪术等等有关条款，则是继承元律的条文。
《大明律》的制定，反映出加强皇权统治的特征，如对“十恶”罪的处置较前朝更为加重，贵族犯罪的“八议”制要由皇帝亲自决断，对大臣的政治权益也做了多方面的限制，加强了钳制。大明律颁布后，明太祖明确规定，后世君臣不得更改修定。因而明代二百七十多年间，《大明律》的条文，不再有变动。（《明太祖实录》卷八二）。《大明律》之外，明太祖又以皇帝的名义，先后颁行了《大诰》四编，目的是“取当世事之善可为法，恶可为戒者，著为条目，大诰天下。”（《明太祖实录》卷一七九）。《大诰》一编颁行于一三八五年共七十四条，次年续编共八十七条，三编共四十三条。一三八七年又颁《大诰武臣》共三十一条。《大诰》的内容是选编刑事犯罪案例，由皇帝亲写按语和判决处理，作为一种范例，具有法律效能。《大诰》选编的案例多属于惩治地方胥吏和豪强，对于揽纳户、诡寄田粮者、倚法为奸者，官吏长解卖囚者都加以重罪，对“寰中士夫不为君用”的不合作者，也处以极刑并抄没家产。《大诰》中的“例”实际成为律外之法。因《大明律》不准改动，此后历朝不断增加新“例”。以例为名，以至律外附例的数量超过了律文，成为明朝法律的特点。
五、军制
明太祖在起义过程中，依元制建立统军元帅府，后改大都督府。军兵的建制也参据元朝旧制，分为万户、千户、百户。尔后兼并诸军，称号混杂。一三六四年始建营伍法。下令说：“诸将有称枢密、平章、元帅、总管、万户者，名不称实，甚无谓。其核诸将所部，有兵五千者为指挥，满千者为千户，百人为百户，五十人为总旗，十人为小旗。”（《明太祖实录》卷十四）一三七四年左右，立卫所制，设置内外卫所。一卫统五千户，一千户统十百户，百户领总旗二，总旗领小旗五，小旗领军十。在千户之上原有领五千人的指挥，现定五千六百人为一卫，长官为指挥使。改为五千六百人，是因为各级都增加了军官人数。正规的卫所制是：卫（五千六百人）由五个千户所组成（每个千户所为一千一百二十人），千户所下分为十个百户所（每个百户所为一百一十二人），百户所下辖两个总旗，每个总旗下辖五个小旗，每个小旗有十名军士。元代于民户之外，另立军户。卫所军兵也单独立“军籍”，家属为军户。在卫的军士为正军，子弟称为余丁或军余，正军出缺，由军户子弟补充，是世袭兵制，也是职业兵制。军队的武器装备、军装及军粮由官府供给，军户家小的生活则靠军士屯田生产来维持，按月发米，称为月粮。明初规定，每个军士授田五十亩为一份，官给耕牛农具，实行屯田。边地守军十分之三守城，七分屯种，内地二分守城，八分屯种。卫所军是一种常备军，明太祖曾说“攘外者所以安内，练兵者所以卫民。凡中国之民安于畎亩衣食，而无外侮之忧者，有兵以为之卫也”。（《明太祖实录》卷八五）据一三九二年统计，全国共有卫所军一百二十万人。（《明太祖实录》卷二二三）如据次年所建都司、卫所应有军士数推算，应有一百八十余万人。
卫所军制是在改革元朝旧制的基础上建立的新的军事制度。它适应防御北边稳定秩序的需要，对巩固明朝的统治，起着重要的作用。
六、学校与科举
明太祖在建国前即设立国子学，作为培养人才之所。明朝建立后仍依元制在京师设国子监作为高等学府。设祭酒、司业及监丞、博士、助教、学正、学录、典籍、掌馔、典簿等官。祭酒、司业、监丞主持国子监事。博士、助教司教育，其余为管理教务、庶务的官员。学生来源有贵族、官员子弟及各地送考的优秀学生，还有少数的来自琉球、日本、暹罗等国的留学生。学生通称监生，由国子监负担费用，已婚者并可携带家口就学。监生分为率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂（班），每半个月有假一日。学习内容有《大诰》、《大明律令》、四书、五经、刘向《说苑》等书。学制两年到三年，初入学在正义、崇志、广业三堂（班），然后升入修道、诚心二堂，学习满七百天，经史成绩优秀者升入率性堂，如在一年内考试满八分者即可授任官职。（《南雍志》卷一）国子监立有严格的校规，对监生的思想行为、学习生活管束极严。一三九三年的统计，国子监的学生达到八千一百二十四名。（《南雍志》卷十五），是当时世界上规模宏大的国立大学。
一三六九年十月，令各府州县都设立学校，“育人材、正风俗”（傅维鳞《明书》卷六二）。曾选派监生中年长学优者三百六十多人到各地方学校担任教职。地方学校不仅设立在府州县所在地，也在边远卫所及少数民族地区开设。学习内容“自九经四书三史通鉴，旁及庄老韬略。侵晨学经史学律，饭后学书学礼学乐学算。晡后学射。”（《鲒埼亭集外编》卷二二）各地乡里也都开塾立师，以普及教育，据说“天下穷乡僻壤，咸有学有社。”（傅维鳞《明书》卷六二，学校志）“乡里则凡三十五家，皆置一学，愿读书者，尽得预焉。”（《鲒埼亭集外编》卷二二）府、州、县学都设有教育官员，府设教授，州设学正，县设教谕各一人。又设训导，府四、州三、县二。生员额数是京府六十人，府四十人，州三十人，县二十人。生员可免差徭二丁。正额外增收，叫作增广生员。学校师生有月廪食米，每人六斗，另给鱼肉。初入学者为附学生，经过考试，为秀才，或称诸生，取得参加科举考试的资格。
官府对学校管理十分严格，并规定各级学校学生对军国政事不许建言，作为禁例。国子监到府州县学都置有刻有禁例的“卧碑”。（谭希思《明大政纂要》卷六）府县学校只是培育人才。生员入仕的途径，主要还是通过科举考试。一三七○年明朝始行科举考试。在京师（南京）及各省开乡试。考试分三场，初场试五经义二道及四书义一道。第二场试“论”一道。第三场试“策”一道。中式后十日举行复试，科目是骑、射、书、算、律五科。乡试各有限额。京师直隶府州百人，河南、山东、山西、陕西、北平、福建、江西、浙江、湖广各四十人，广东、广西各二十五人。一三七一年各地举人在京师举行会试，取中进士一百二十人。以后的科举，大体上都按此程序进行。府州县学先举行县考，中式者为秀才。每三年举行一次省试，即乡试，中式者为举人。第一名为解元。举人可参加京师举行的会试，第一名称会元。会试中式者才有资格参加皇帝主持的最高考试，称作“廷试”或“殿试”，考中者为“进士”。进士分三甲（等），一甲只取三名，一甲第一名为状元，第二名为榜眼，第三名为探花，资格是“赐进士及第”。二甲若干人为“赐进士出身”，三甲若干人为“赐同进士出身”。取得“进士”资格者，便可被任用为官员。状元授翰林院修撰，榜眼、探花授编修。二甲考选庶吉士者皆充翰林官，其余授给事中或御史，或六部的主事，内阁中书，行人、太常、国子监博士，或任府推官、知州、知县等官。（《明史》卷七十）明初科举考试的程序和办法，大体上都是沿袭元代科举的旧制。元代的“御试”改称“廷试”。元代的举人，原是各地推举应试的考生的泛称，明代才逐渐成为省试中式而取得的专称。考试内容以四书、五经朱熹、蔡沉等注本为依据以及考试经义、策等体制，也都是承袭元朝。元仁宗行科举后，为便于考生特别是蒙古、色目考生撰写合格的文卷，有所谓“八比”的文章格式（制义矜式）。明初称为“八股”。应试的文章，分为起、中、后、末四个段落，各有二股即二比。文句排偶比对。比与比之间用文句相联。最后以末比（又称束比）收结。各场应试文卷，均有限定的字数。元制限三百字至五百字以上。以经书为内容，以八股为格式的应试文章，自然不能不极大地束缚人们的才思和文思，流为应考求官的陈词滥调。
元代科举，蒙古、色目与汉人、南人分别考试，分榜录取。明初取消此制，除法律规定的“贱民”外，一般平民和农民不分族别和贫富都可应考。依此制度，明王朝可以从社会上广泛吸收人才，补充官吏，但仅凭应考的八股文章并不能选取经世人才。一三七三年二月，明太祖下诏说：“朕设科举以求天下贤才，务得经明行修、文质相称之士，以资任用”，“朕以实心求贤，而天下以虚文应朕，非朕责实求贤之意也”（《明太祖实录》卷七九）。诏令暂停科举，改由地方官员荐举各种人才。荐举科目有贤良方正、孝弟力田、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民等科目。实行荐举后，出现更多的弊病。一三八四年又诏令恢复科举，并颁布科举成式，以为定制。科举成式基本上仍是原来实行的考试程序和考试内容。依元朝旧制，增加了考拟判语和诏诰章表等文体。四书义增为三道，经义增为四道，但各许减一道。经史时务策增为五道，许减二道。每道题目的答卷字数，减为二百字至三百字以上。科举定制后，历朝沿袭，影响是深远的。
（四）赋税与屯垦
明朝建国前后，面临着社会经济残破，人口流失，田土荒芜，经济制度紊乱，财政拮据等严重困难。明太祖在位时期，为订立赋役制度和商业货币制度，恢复农业生产，而采取了一系列重大措施，从而建立起新王朝的社会经济秩序。
一、粮长与里甲
明太祖出身于农民，对农村基层状况最为熟悉。在迁徙江南豪富的同时，又建立粮长制与里甲制，以便形成农村基层的新秩序。
粮长制——一三七一年，明太祖命户部通令各地，核查民间耕地，以税粮万石为一征粮单位，一县分若干区。每县选正副粮长二名，以田土最多的大户为粮长，督收税粮，解送官府。时称“民收民解”。元末地方官吏，横征暴敛，侵扰百姓，是贫苦农民的最大的祸害，也是农民起义的基本原因。明太祖以为实行粮长制是“以良民治良民，必无侵渔之患矣”（《明太祖实录》卷六八）。以田土最多因而也纳税最多的大户为粮长，也可使税粮的交纳，得有保障。明朝的税粮一半以上来自浙江、江苏（直隶）、江西、湖广等地，粮长制首先在这些地区实行，而并未普设于全国各地。粮长制实行初期，大户慑于明太祖的猛政，曾取得一定的效果。一三八一年，浙江、江西粮长一千三百余人，输送税粮到京师，明太祖亲自召见嘉勉。但行之既久，粮长不免成为实际上的基层官吏，依然可以恃势侵渔舞弊。
里甲制——里甲制是基层居民组织。元代农村每五十户结为一社，推选通晓农事、家有兼丁者为社长，督劝农事，也兼管究举游民、调解纠纷，协同赈济及传布禁令等事。城坊也有社长，各社户数不一。乡都（乡的下级）人户及城坊另设有里正、主首催督差税。社长、里正等都是一种差役，由富户轮流充任。一三八一年，明太祖改设里甲。元代的都合并为里。以一百一十户为一里，其中十户为里长，推选丁粮多者十人充任。里以下每十户为一甲，设甲首一人。里长也是一种差役，轮流充当。服役期间，所有追征钱粮、勾摄公事、祭祀鬼神、接应宾旅以及官府征求、民间争斗等等都在职责之内。乡村里长也还要经常督课农事。里中年高望重者，被推为“老人”。“老人”职在导民向善，平息民间各种纠纷，剖决是非。里中建有旌善亭，张榜公布民间善事，申明亭张榜公布恶行，以示奖惩。里正与老人有政绩者，可被皇帝召见。老人甚至可以会同村众逮解不法官吏。里甲制的设置，旨在减少官吏欺压，使村民编组自治，以维护基层的社会秩序。
二、户籍与田籍
明太祖由农民成为皇帝，并不能改变原有的土地占有制度，新建的明王朝依然建立在地主占有制的基础上。明初田地分为“官田”与“民田”两类。“官田”是专门为皇室宗族供给农产品的皇庄田土，牧放官马的草场，园陵坟地，公共占地，皇帝赐给诸王、公主、勋戚大臣、内监、寺观的庄田，以及职田，学田，边境军官的养廉田，军、民屯田等等。“民田”是民自有之田，包括地主占有的土地和农民自有的少量土地，可以买卖。民人佃种官田，只有耕种权而无土地所有权。贵族官员由皇帝赏赐的赐田，官吏的职田，也无所有权，皇帝和朝廷可以随时收回。屯田禁止私人占有。
明初，在某些战乱较多的地区，官田的数量甚至超过民田。“官田”可用以直接向劳动者征收租税，也可以用来进行军、民屯田，以奖励垦荒，恢复生产。
明王朝依据各地官田民田占有的多少征收田赋。依据户口人丁征派差役。战乱之后，人口流徙，田土占有也多变动。明太祖命户部对各地户口和田土普遍核查，编成户籍册和田土册，存于官府。两种册籍的编制，是明太祖整顿赋税制度的一大建树。
户籍册——明太祖曾说“夫有户口而后田野辟，田野辟而后赋税增。”（《昭代经济言》卷一），一三七○年发布圣旨，派遣户部官员去各州县普查户口。先颁发“户帖”，要求民户据实填写，作为编制户籍册的根据。又派出军兵，随同办理。百姓如有隐瞒，治罪充军。明王朝在掌握了普填的户帖后，于一三八一年，下令府、州、县编制户籍册，称为“赋役黄册”。每“里”各编一册，里中每户详列男女年龄（男成丁、不成丁。女大口、小口）、田土房屋等本户状况。册首为“总图”，册尾登记鳏寡孤独等不服役的人口，称为“畸零带管”。规定每十年重编一次，以记载变动情况。将表格发给里长，令各户填报。官府比对先年的册籍，死者除名，生者添注，田产买卖者记录其税粮的过割情况。（傅维鳞《明书》卷六八，赋役志）户籍册编成后呈交户部一份，用黄绢封皮，故称“黄册”。省、府、县各留一份，用白色封皮，通称“白册”。户籍是征发赋役的主要依据，故又称赋役黄册。
明初的徭役，分为“里甲正役”与“杂泛”。里甲役即轮流充当里长、甲首，上级官府派征的各项物料及费用，里长出十分之三，甲首人户出十分之七。杂泛是临时性的各种差役，如修路、筑城、修仓、修河等劳役，田里长、甲首根据各户丁粮多寡按甲签发。明初江南地区还曾有过一种按田土多少签发的工夫役。田一顷出丁夫一人，称为“均工夫”。应天十八府州，江西九江、饶州、南康三府曾编制“均工夫图册”。赋役黄册编成后，这种均工夫役便行废止。
田土册——大约一三六八年建国时，明太祖就曾对一些地区的田土进行过丈量，为编制田籍作准备。一三八○年派国子监生武淳等到各地监督绘制土地册籍。土地丈量的重点是江南地区和北方各省，因为这两个地区的土地册籍，散失最甚，土地占有情况也变动最多。各地田土册的编制，至一三九三年才全部完成。
新编田土册，又称鱼鳞册，分为总图和分图两种。分图以里为单位，相邻田土按顺序编号绘图并记录各号田土的名称、类别、面积和四至，以及田主或管业人的籍贯姓名。总图以乡为单位，把分图合并绘图，置于分图之前，使阅者一目了然。然后再把一乡之图，合成一县之图。田土图形相接，有如鱼鳞，故称“鱼鳞图册”。图册编成后，官府可据以掌握土地占有及粮户情况，征收田赋。各地的田土所有权也由此得到合法的确认，有据可查。现存明初鱼鳞图册以小块田土居多，反映着农民战争诛除大户和明太祖迁徙豪富所带来的变化。
明初征收税粮按田亩计算。开垦荒地可以免税。夏税征麦，秋税征米。南北方粮产不同，可各以其地产供纳。以粮交纳者，为“本色”，以丝绢或钞交纳者，为“折色”。田赋率，大抵是“官田亩税五升三合，民田减二升，重租田八升五合五勺，没官田一斗二升。”（《明史》卷七八），这是历史上很轻的田税。明太祖实行轻税，一是因为建国之初农业生产尚不发展，一是因为有意体恤农民疾苦，以稳定秩序。江南如苏松嘉湖等经济发达地区的税率高于其他地区。亩税可加重到二、三石。洪武初，浙西地方，因其民富实，一亩田税相当二亩，征税加倍。江西某些地区的田赋也高于邻省。苏州府一年交纳的田赋曾达到二百八十万九千余石，有人说：“苏州之田居天下八十八分之一弱，而赋约居天下十分之一弱。”（《日知录》卷十，苏松二府田赋之重）。
三、屯田
明太祖在战争时期，已开始建立军事屯田。建国之后，为垦荒就业，恢复生产，在民间推行屯田，以后又发展为商屯。明初屯田，因而形成军屯、民屯和商屯三种类型。
军屯——又称卫所屯田，可分为边屯和营屯两种。边屯设在边境，守军进行屯田，谓之“且耕且守”，就地生产粮食，以供军需。营屯是内地卫所军的屯田，生产粮食，作为军粮。军屯制规定，每军受田五十亩为一“分”，各地田土及生产条件不同，屯军受田数额不一，以五十亩为中制。军屯产粮，洪武初年一度免征粮税，一三八七年开始，征收屯粮，亩税一斗。洪武末改定税则：“每军屯一分，正粮十二石，给本卫官军俸粮。”（《明会典》卷十八）每军屯实际交粮二十四石，较洪武初年的亩税一斗，增加一倍半左右。军屯是以军事管理为特点的屯田，屯军全家生计主要依靠屯粮收入，生活十分艰苦。明初原额军屯田土曾达到八十九万二千余顷。（《春明梦余录》卷三六）民屯——明初，官府掌握了大量无主荒地，需要移民垦荒或募民屯种，因而实行民屯。屯户的来源是：一、强制迁移民户，二、召募的人户，三、犯罪迁徙户。
明初移民包括南北各地，人多田少地区的多余人户及流动人口迁移到人少田多的宽乡，湖、杭等地的无田人户到濠州屯种，由官府资助牛具种子，免征三年。同时又移江南民十四万户于凤阳。一三七六年徙山西及真定民无田产者于凤阳屯田。一三八八年徙山西泽、潞二州民无田者去彰德、真定、临清、归德、太康等处宽乡，设屯。一三八九年移两浙民，去淮河以南的滁、和等州屯种。移山西的贫民往大名、广平、东昌三府，分给田地达二万六千七十二顷之多。这一年曾有山西沁州民张从整等一百一十六户，自动申请屯田，被分给田地，赏赐财物，并受命回沁州召募居民，应募屯种。（《明太祖实录》卷一九七）元大都蒙古遗民三万余户，曾被安置在北平府管内屯田。历年官民罪犯都集中在凤阳屯田，多达一万余人。
民屯田土实属官田，各地根据屯户的丁力，分给田土，北方地区每人可分田十五亩，菜地二亩。在管理上，以屯分里甲，纳入府县行政系统。民屯赋税，大致上按官田税额征收。
商屯——是商人经营的屯田。明初为加强边防，常在边境地区设立军储仓，由内地召募商人运粮，输仓。官给粮价及运费。一三七○年山西行省商人向大同仓入米一石，太原仓入米一石三斗，发给淮盐引票一引（二百斤），商人凭引贩盐获利，以偿粮费。一三七一年“开中法”在各地实行。商人为多获盐引，依民屯办法在边地募民屯田，以获粮食，就近输仓，形成商屯。商屯地为官田，且多为新垦荒田。商人出资召募边地无田农民或流民耕种，供给牛具种子。此制推行后，内地盐商多来边地经营商屯。
四、商税
明太祖为重建社会经济秩序，对商业采取低税政策。明朝建国前对商人征收“官店钱”，税率是十五税一。建国后放宽到二十分取一。不久又放宽到三十税一。对于民间生产工具、生活资料、文化用品以及嫁娶丧祭物品等的贩卖，并予免税。
明初商税分为两种，一为营业税，即三十税一的商税；一为通过税，即商品通过关津渡口时的关税。一般是按比例抽取实物。县设税课局，府设税课司征收商税。统由京师税课司管理。
商人赴各地经商要取得官府验发的“商引”。商引载明贩卖货物的种类、数量，及贩运道里远近。无“商引”者，被视为“游民”治罪。京师城内由兵马指挥司管理市场，每日校准市场度量衡器，检查商人活动及物价情况。京师及其他大城市设有官办货栈，称为“塌房”。商人在塌房存放货物，就地征税。
五、大明宝钞的发行
元代开始广泛发行纸币，称为“宝钞”。元顺帝时，宝钞无限制地大量发行，造成货币贬值，物价暴涨，带来社会经济的崩溃。明朝建国后，大量铸造铜币“洪武通宝”钱，民间贸易都采用为价值标准，币价相当稳定。对社会经济的发展，起了重要的作用。一三七四年，设立宝钞提举司，又开始印造纸币。名为“大明通行宝钞”，次年由中书省正式发行。“宝钞”以桑树皮造纸印制，高一尺，宽六寸，质地青色。面值分一百文、二百文、三百文、四百文、五百文和一贯六种。每钞一贯准铜钱千文、白银一两，四贯宝钞准黄金一两。（《明太祖实录》卷九八）民间交易百文以上用钞，百文以下用铜钱。商税钱钞兼收。官员禄米也发给宝钞。
大明宝钞发行后，由于不设钞本，宝钞不能兑换金银，而且发行量过大，所以发行不久，即逐渐贬值，重蹈了元末的覆辙。洪武末年，两浙民间钞一贯只折铜钱二百五十文，尔后又下降到一百六十文，加以伪造宝钞充斥市场，钞值难于稳定。不少地方的商品，不得不以金银定价。宝钞只是在颁赏、俸禄或估产计赃等官方活动中使用，在社会经济中则被视为“劣币”而被排斥。