忽必烈战胜阿里不哥，在汉人军阀、儒生的支持下，建立起元朝。元朝作为一个封建国家继承了汉人的封建统治制度，同时又保存了蒙古的某些奴隶制的残余，还采纳了西域色目人的一些剥削方法。这些来自不同民族的不同的统治政策和方式不能不发生多方面的冲突。忽必烈和他的继承者成宗铁穆耳时期，元朝一直处在这种冲突之中，而没有能以建立起适合元朝国家状况的稳定的统治。这表现在经济上，即长期出现财政危机，无法挽救；政权上，即不断出现蒙、汉、色目官员相互间的权利争夺，互相倾轧，无法调和。
元朝建立后，蒙古宗王内部之间的争斗，也并没有终止。西北和东北的蒙古藩王不断掀起武装反乱，威胁着元朝的统治。
江南地区的各族人民，前仆后继地举行武装起义，给予元朝统治者以沉重的打击。
元朝的统治，处在重重矛盾之中。
（一）蒙、汉、色目统治集团的权利争夺
一、阿合马执政
忽必烈依靠汉人军阀和儒生的支持，取得帝位。李璮乱后，杀王文统，逐渐转向依靠阿合马为首的色目商人集团，为皇室和国家搜括财富。阿合马先后在尚书省和中书省执政，专权“征利”，与汉人地主、官僚们发生严重的利益冲突。元朝封建王朝内部逐渐形成汉人与色目官僚集团的激烈争斗。
征利搜括 自窝阔台以来，由奥都刺合蛮等色目人所实行的征敛，与汉人传统的封建剥削方法多有不同，因而朝廷官员中的汉人与色目人不断地出现争议。阿合马主持财政，更加残酷地多方敲剥。
扑买--即包税。通计某一地区应得税钱数额，由承包者征办输官。宋、金时期，在矿冶河泊等局部地区，曾有过类似的办法。阿合马推行的扑买法，主要是来自西域。窝阔台时，奥都刺合蛮任用色目商人，在各地实行扑买。确定数额后，朝廷不再过问征税的方式；承包者得以任意向民间勒索。阿合马推广此法，任用色目及汉人官员，随意增加税额。安两王府相官赵炳向阿合马建言，陕西课程岁额一万九千锭，如尽心措办，可得四万锭。阿合马命赵炳办理，增到四万五千锭。阿合马还认为未实，要再检核。扑买法的推行，不断加强对人民的敲剥，原来收税渔利的官吏也因此受到了损害。
理算--又称“拘刷”、“打勘”。原义是检查和清理官司钱财的欺隐和通欠。阿合马以此为名，对各级官吏进行额外的诛求，最后受害的，还是人民。郑所南《心史》揭露说：“打勘”其实是“骗财之术”。州县上下司务，每年打勘一二次，贿赂归于官长，州县官吏甚以为苦。他还说：官吏苛取民财，却又被长官胁取。好象鸬鹚得鱼满颔，即被人抖取；鸬鹚再去取鱼，人又来抖取。南宋亡后，阿合马派官员理算江淮建立行省以来一切钱谷。江淮行省平章阿里伯，右丞燕帖木儿因而被处死。理算又成为阿合马排斥异己的手段。
垄断专利--阿合马继续发展官卖制度，垄断铁、银等矿冶业，由官府括民铸造农器，易粟输官。农器粗劣而价昂。胡祇遹《农器叹》诗云：“年来货卖拘入官，苦窳偷浮价倍增。”民间不愿买用，便强行抑配。一二七五年，元兵南下。姚枢与徒单公履等上言，北盐及药材，可使百姓从便货卖。阿合马上奏说：“臣等以为此事若小民为之，恐紊乱不一。”他建议在南京、卫辉等路籍括药材；蔡州发盐十二万斤，禁止私相贸易。又禁私造铜器，所有公私冶铁鼓铸统由官府专卖。
中统交钞
滥发钞币--窝阔台至蒙哥时期，继承金朝的钞法，曾陆续印造钞币。忽必烈即位后，一二六一年（中统二年）颁行交钞，以丝为本。交钞二两合银一两，（银五十两为一锭）。同年十月，又发行中统元宝钞，分为十等，以钱为准，钱一贯（一千文）同交钞一两。元朝灭宋后，用中统钞倒换南宋的交子和会子，统一了币制。中统钞的发行额，一二七三年以前，每年不过十万锭。灭宋后当然要有所增加.但阿合马以滥发钞币作为搜括财富的手段。一二七六年以来，每年印发数，自数十万至一百九十万。中统钞贬值五倍以上。钞币的滥发造成“物重钞轻，公私俱弊”，严重破坏了经济的发展。
阿合马采取多种措施，搜括财富，又一再增加各种税额，加重剥削。阿合马原领诸路都转运司，任意取税。翰林学士王磐指责说：“现在害民的官吏，转运司最甚，以至‘税人白骨’（丧葬税），应当罢去。”一二七五年，元兵南侵，国用不足，阿合马又请重立都转运司和诸路转运司，督收税课，量增旧额。
至元宝钞印板
植党专权 李璮乱后，阿合马领中书左右部兼诸路都转运使，总管财政。一二六六年，设立制国用使司，阿合马为使，一二七○年，立尚书省，阿合马任为平章政事。尚书省用人，本应由吏部拟定资品，咨中书省奏闻。阿合马专权植党，滥用私人，既不经部拟，也不咨中书。阿合马受到指责，向忽必烈请告说：“事无大小皆委之臣。所用之人，臣宜自择。”阿合马得到忽必烈的支持，在各地滥设官所，广泛培植私党。一二七一年，尚书省并入中书，阿合马任中书平章政事，列于相位，进而掌握了政权。
阿合马子忽辛，曾被忽必烈认为是“不知事”的“贾胡”。一二七二年，阿合马任他为大都路总管兼大兴府尹，一二七九年，任中书右丞，又任为江淮行省平章政事。阿合马的另一个儿子抹速忽充任杭州达鲁花赤，在江南地区恣意搜括。阿合马有子四十余人，多居要职。子侄或为行省参政，或为礼部尚书、将作院达鲁花赤、领会同馆。他们虽然一度遭到弹劾被罢黜，但不久又都复职，忽辛等仍然位居显要。阿合马广收贿赂，甚至一些人献上妻女，即可得官。
阿合马凭借权势，在各地强占民田，攫为己有，又挟权经商，获取四方大利，在家中设置“总库”，号曰“和市”。阿合马、忽辛父子依仗权势，夺人妻女作妾。阿合马拥有妻妾至四百余人。一二七五年右相安童北戍，一二七七年左相忽都察儿去职，阿合马以平章而专相位，任情生杀，更为专横。
色目与汉人官僚的争斗 自阿合马领中书左右部，专理财政时起，趋向“汉法”的蒙古贵族和一些汉人官僚、儒生便同阿合马集团不断地相互斗争。
一二六二年，阿合马领左右部，总管财用事，请将有关政事直接奏报皇帝，不经中书。张文谦竭力反对，说“中书不预，无是理也”。一二六四年，总管财赋的阿合马党羽相互攻击，中书省不敢过问。中书平章政事廉希宪穷治其事，杖阿合马，撤销领中书左右部，并入中书。但阿合马反而被超拜为中书平章政事，列位宰执。一二六六年，忽必烈又设置了总理财政的制国用使司。阿合马以乎章政事兼领使职，他对汉儒官员以及倾向于汉法的蒙古贵族多方排斥。丞相缐真和史天泽屡次与阿合马辩论，都被他击败。安童（木华黎四世孙）以勋旧子弟任中书右丞相，忽必烈令许衡作他的辅导，安童奏请令儒臣姚枢入省议事，因此阿合马也对安童不满。一二六八年，阿合马奏请以安童为三公，解除他在中书省的实权。事下诸儒臣议论，商挺说，“安童是国家柱石，若为三公，是崇以虚名，而夺去实权，甚不可。”阿合马的阴谋没有得逞。但他领尚书省，奏事不经中书。安童向忽必烈说：原定有大政令，从臣等议定，然后上奏，今尚书省一切以闻，似违前奏。忽必烈说：“阿合马岂是因为朕颇信用，而敢如此专擅么？不与卿议，非是。”但阿合马擢用私人，仍不咨中书。安童乃固请：“自今唯重刑及迁上路总管，始属之臣；余事并付阿合马。”许衡在朝，多次与阿合马争辩。一二七三年，阿合马欲命其子忽辛为同签枢密院事。许衡独持异议说：“国家事权，兵民财三者而已。现在其父管民与财，子又领兵，不可。”忽必烈说：“你担心他会造反么？”许衡说：“他虽不反，此反道也。”阿合马由此大恨许衡，多方倾陷，甚至连许衡所主持的大学也因诸生廪饩不继，迫使许衡解职还乡。
阿合马得到忽必烈的信用，屡毁汉法，反阿合马的汉人力量，则得到太子真金的支持。太子真金一二六二年封燕王，守中书令。一二七三年立为皇太子，仍兼中书令判枢密院事。一二七九年忽必烈接纳董文忠等的建策，诏令皇太子参决朝政，朝廷政事先启奏太子，然后再奏报皇帝。真金为燕玉时，由刘秉忠弟子王恂伴读。王恂为真金讲解儒学的三纲五常和为学之道，许衡讲论经史，待制李谦等也在真金左右备咨访。真金对阿合马极为厌恶，曾以弓殴伤阿合马面部，并在忽必烈面前折辱阿合马。阿合马对真金也十分惧怕。反阿合马的汉人儒生、官僚事实上逐渐形成了一个拥戴真金、安童的集团。
反阿合马集团与阿合马的斗争在不断激化。一二七四年，安童以阿合马擅财赋权，蠢国害民，官属所用非人，奏请别加选择；文奏报阿合马营作宫殿，因缘为奸，奏请诘问。忽必烈命予查究。阿合马集团遭到一次打击。阿合马拘民间铁，官铸农器，高价抑配；又在东平、大名设立行户部印造钞币。大司农卿张文谦向忽必烈奏报，极力请予罢废。一二七五年，安童北戍，阿合马独专相权，又极力排斥汉臣。阿合马恐右丞廉希宪出相，奏请命廉希宪出朝，行省江陵。一二七六年，张文谦迁授御史中丞。阿合马恐怕宪台对他弹劾，奏请罢废诸道按察司，以此来动摇张文谦。张文谦奏请恢复，但终于被迫辞职，改领太史院。一二七八年，湖南行省左丞崔斌（安童荐用的汉人）入朝，极言阿合马奸蠹，并说江南官冗，“阿合马溺于私爱，一门子弟，并为要官”。忽必烈命御史大夫相威、枢密副使孝罗按问，罢黜阿合马亲党，崔斌迁授江淮行省左丞，又废除阿合马党的弊政，条具奏闻。不久之后，阿合马即搜罗崔斌的细事，诬陷罪名，把崔斌处死。太子真金听说此事，立即追使制止，但已不及。宿卫士洛阳人秦长卿上书揭露阿合马为政擅生杀，说“观其禁绝异议，杜塞忠言，其情似秦赵高；私蓄逾公家资，觊觎非望，其事似汉董卓。”请杀阿合马。阿合马便任秦长卿为兴和宣德同知铁冶事，然后借故诬构，把他逮捕下狱。阿合马又把不满于他的亦麻都丁和刘仲泽入狱，派人告兵部尚书张雄飞说：“如能杀此三人，就让你做参政。”张雄飞回答说：“杀无罪以求大官，我是不会干的。”阿合马怒，排挤张雄飞出朝，为澧州安抚使。秦长卿、刘仲泽等都被害死在狱中。阿合马一再杀害汉官，回汉之争越来越尖锐了。
二、王著杀阿合马
阿合马执政二十余年间，不断激化的回汉之争，终于酿成王著杀阿合马的重大事件。
阿合马在位日久，一二八○年又援引中书左丞郝祯、耿仁等汉官结为私党，势倾朝野。一二八二年三月，忽必烈与太子真金去上都，阿合马留守大部。益都人王著与僧人高和尚合谋，企图杀死阿合马。他们计划在十七日晚结集八十余人，伪装太子，乘夜入城；并先派蕃僧二人去中书省，假说太子真金今晚要与国师来做佛事，骗阿合马出来迎接时把他杀死。二僧人到中书省，宿卫士高■（渤海人）怀疑有诈，逮捕二僧，与尚书忙兀儿、张九思聚集卫士戒备。午间，千户王著伪传太子令旨，召枢密副使张易发兵，夜间来会。张易领兵至宫外。高■问：“果何为？”张易答：“夜后当自见。”又问，张易附耳说：“皇太子来诛阿合马也。”入夜，王著先驰见阿合马，说太子将到，命中书省官到宫前迎候。阿合马派右司郎中脱欢察儿等数骑出关，遇王著、高和尚部众。一人伪装太子，责以无礼，杀脱欢察儿等，夺马南入健德门，直至东宫前。夜二鼓，高■等望见烛笼仪仗，人马齐来。一人至宫门前呼开门。高■等说，“皇太子平日不曾走此门，今何来此？”王著等人马转趋南门。阿合马等来迎，伪太子立马指挥，呼省官至前，责问阿合马数语。王著即从袖中拿出铜糙，击阿合马脑，立即毙命。又呼左丞郝祯至，杀死，逮捕右丞张惠。张九思、高■等发觉有诈，聚集卫士来攻，高和尚等逃走。王著挺身就擒。
当日黎明，中丞也先帖木儿与高■等即驰往上都奏报。忽必烈自察罕脑儿到上都，命枢密副使孛罗、司徒和礼霍孙等来大都查办，在高梁河捕获高和尚。王著、高和尚和张易都被处死。王著临刑大呼：“王著为天下除害，今死矣，异日必有为我书其事者。”死年二十九岁。
忽必烈得到阿合马被杀的报告，显然在怀疑：这个突然事变的背后，是否还有更为严重的阴谋。他召见董文忠荐用的儒臣玉思廉，避去左右，问他说：“张易反，你知道吗？”王思廉回答说：“不清楚。”忽必烈说：“造反就是造反，还有什么不清楚的。”王思廉说：“僭号改元谓之反，亡入他国谓之叛，群居山林贼害民物谓之乱。张易的事，臣实在不清楚。”忽必烈说，“朕自即位以来，如李璮之不臣，岂是因为我也象汉高帝、赵太祖那样，骤然得帝位么！”王思廉说：“陛下神圣天纵，前代之君不足比。”忽必烈又问：“张易所为，张文谦知道么？”回答说：“文谦不知。”问：“你怎能证明？”回答说：“二人不和，臣所以知道他不知。”忽必烈在与王思廉的密谈中，不但认定张易参予杀阿合马事，并且进而怀疑到张文谦等汉臣。他谈到骤得帝位事，表明他甚至在疑虑是否汉人要推翻他的统治。
忽必烈对汉臣的怀疑并不是没有理由的。张易早年与张文谦同学，也与许衡等过从甚密。许衡被阿合马排斥归乡。张易作诗送行。一二八○年，张易荐用高和尚随和礼霍孙等同去北边。张易被处死后，汉臣多为他辩护。甚至张九思也向太子真金说：张易只是受骗，“应变不审”，而不能“坐以与谋”。但是，事变发生前，张易与高■的对话表明，他前此确已与闻其事。王著死后，王恽为作《义侠行》记叙其事，序中说王著“奋捐一身为轻，为天下除害为重。”诗中称颂说“至今冠古无与俦，堂堂义烈王青州。午年辰月丁丑夜，汉无策秘通神谋。”“袖中金键斩禹剑，谈笑馘取奸臣头。”现存元人诗作还存有一些咏荆柯的诗篇，隐喻对王著的称颂。王著杀阿合马事显然博得了汉人臣僚和文士的广泛同情和支持。意大利商人马可波罗在他的游记中记叙此事，直接称为大都城里的汉人造反，并说王著杀阿合马之前，曾通知汉官要人，得到赞同。
忽必烈对王著案并未继续深究，他很快便觉察到反阿合马的蒙、汉官员具有强大的社会力量。当处理此案的孛罗向他报告了人们揭露的阿合马的奸恶时，忽必烈转而对臣下说：“王著杀之诚是也。”并且随即追查阿合马党的罪恶，予以处治。汉人官员纷纷揭露阿合马党羽的罪行。四月，因阿合马长子、江淮行中书省平章政事忽辛“罪重于父”，进行究勘。罢去阿合马家奴忽都答儿所掌兵权。忽必烈下诏，原来因向阿合马献纳妻女姊妹而得官者一律罢黜。阿合马占据的民田，给还原主。五月，沙汰省部官，罢黜阿合马党人七百四十人。又追治阿合马罪，发墓剖棺，戮尸于通玄门外。籍没阿合马妻子亲属所营资产，放免奴婢为民。逮捕耿仁，命中书省审讯。六月，诏令阿合马滥设的官府二百四所，只保存三十三所，其余罢废。七月，又剖郝祯棺戮尸。九月，忽必烈敕中书省穷治阿合马党，设置“黑簿”，籍阿合马党人名姓。斩阿合马第三子阿散，第四子忻都，又杀阿合马党耿仁、撒都鲁丁。
十一月，阿合马长子忽辛、第二子抹速忽也在扬州被处死。
阿合马被杀后，对阿合马党的查究，一直延续到一二八二年底。这一斗争事实上是以色目官商集团的失败和拥太子派的蒙、汉儒臣的胜利而结束。忽必烈任和礼霍孙为中书右丞相，耶律铸为左丞相，甘肃行省左丞麦朮丁为中书右丞（至元十四年，麦朮丁以参知政事出任，当是受阿合马排挤），张雄飞参知政事，张文谦任枢密副使，董文用为兵部尚书。太子真金对和礼霍孙说：“阿合马死于盗手。你任中书，有便国利民的事，不要怕更张。如果有人阻挠，我当尽力支持你。”
三、卢世荣理财的失败
一二八三年，和礼霍孙为相，上言：阿合马专政时。衙门太冗，虚费俸禄，请依刘秉忠、许衡所定官制并省。忽必烈又敕令：省、台理决不平之事，准到登闻鼓院击鼓奏闻。大抵和礼霍孙执政，只是从政治制度上清除阿合马时的积弊，并未提出改革财政的有效措施。阿合马因谋划取利而被杀，也更加重了朝臣的顾忌。《元史?卢世荣传》说：“阿合马死，朝廷之臣讳言财利事，皆无以副世祖裕国足民之意。”一二八四年三月，安童自藩王海都处被释还朝。十一月，忽必烈罢去和礼霍孙、麦朮丁、张雄飞等，复任安童为中书右丞相，卢世荣为右丞，前御史中丞史枢为左丞。大名人卢世荣在阿合马执政时，曾任江西榷茶运使。阿合马败后，被罢免。总制院使桑哥（畏兀儿人）向忽必烈荐卢世荣能理财裕国，因而被耀用，安童、卢世荣建言：“阿合马专政时所用大小官员，例皆奏罢，其间岂无通才？宜择可用者仍用之。”卢世荣起用前河间转运使张弘纲、撤都丁等多人，受命理财。
卢世荣受任，即日奉旨整治钞法，定金银价，禁私自回易。安童、卢世荣奏请听民间金银从便交易；怀孟诸路竹货从民货卖收税；江湖渔利，听民采用；使臣往来，除驿马外，饮食不取于站户。官为支给。至元二十二年（一二八五年）正月，卢世荣又上奏说：“臣言天下岁课钞九十三万二千六百锭之外，臣更经画，不取于民，裁抑权势所侵，可增三百万锭。”作为汉人官员的卢世荣，以“不取于民”，“裁抑权势”作为他理财裕国的方针，显然与阿合马色目集团的理财方法并不相同。他向忽必烈建策：在泉州、杭州设立市舶都转运司，造船给本，由商人经营海外贸易，获利官收其七，商有其三。权势所占有的产铁之所全部禁没，由官府立炉鼓铸，获利买栗存于常乎仓。各路设平准周急库，向贫民放贷收息。各部立市易司，管领牙侩（中间人），商人货物四十分取一，其中四分给牙侩，六分作为地方官吏俸禄。又建策在上都、隆兴等路，由官府买羊马，令蒙古人放牧，畜产品官取其八，牧民取其二，二月间，卢世荣请罢行御史台，各地按察司改为提刑转运司，兼管钱谷诸事。中书省立规措所，任命善于经商者作为官吏，以规划钱谷。他又建言忽必烈下诏颁示九事：一、免民间包银三年；二、官吏俸免民间带纳；三、免大部地税；四、江淮民失业贫困卖妻子者，由所在官府收赎，使为良民；五、逃移复业者，免除差税；六、乡民造醋者免收课；七、江南田主收佃客租课，减免一分；八、添支内外官吏俸五分；九、定百官考课升擢之法。
卢世荣以“裁抑权势”为方针，不能不与“权势”官员发生冲突，也不能不侵犯蒙、汉地主、商人（包括色目商人）的经济利益。他自己显然已意识到必然要遭到强烈的反对。他在就任后不到十天，御史中丞崔或即上言卢世荣不可为相。崔或因此被罢职。卢世荣向忽必烈说：“臣之行事，多为人所怨，日后必定有人要来攻击，臣实在恐惧。请允许我先说在前头。”忽必烈回答说：“你所做的事，朕自欢喜，只有那些好伪人才不喜欢。”四月间，卢世荣又奏告说：“臣愚以为今日之事，如同数万顷田，以前无人耕作，长满了杂草。现在臣要来播种，就要借丞相之力来守护：还要陛下为臣添力，如天下雨。惟陛下怜臣。”忽必烈说：“这些，朕已知道了。”但是，不久之后，监察御史陈天祥即上章弹劾卢世荣“苛刻诛求，为国敛怨，将见民间调耗，天下空虚。”说他“始言能令钞法如旧，弊今愈甚；始言能令百物自贱，今百物愈贵；始言课程增至三百万锭，不取于民，今迫胁诸路，勒令如数虚认而已；始言令民快乐，今所为无非扰民之事。”忽必烈在上都得奏，命安童集老臣、儒士和诸司官吏听取弹文，召卢世荣与陈天祥同去上都辩对。御史中丞阿刺帖木儿、郭祐等查出卢世荣的罪状有：不经丞相安童，支钞二十万锭；擅升六部为二品；仿效李璮的办法，要急递铺用红、青、白三色囊转行文字；不与枢密院议，调三行省万二千人置济州，委槽运使陈柔为万户管领；用阿合马党人关闭回易库，罢白酵课，立野面、木植、磁器、桑枣、煤炭、匹段、青果、油坊诸牙行等等。丞相安童也转而指责卢世荣说：“世荣原来奏称能不取于民，岁办钞三百万锭，数目即有成效。现在已经四个月，与原来说的不符，钱谷出多于入。引用 人，紊乱选法。”忽必烈捕卢世荣下狱，命安童与诸老臣议，世荣所行，当罢者罢之，更者更之。
卢世荣任相理财，不过百余日，即遭到失败，显然是由于拥戴太子真金的蒙、汉官员的强烈反对。卢世荣进言理财时，太子真金即深以为非，说：“财非天降，哪能每年都有赢余？岂只害民，实是国之大蠢！”卢世荣败后，真金荐用的御史中丞郭祐入居中书，任参知政事。麦朮丁仍在中书任职。
忽必烈皇后察必（真金母）在一二八一年病死。一二八三年，立弘吉刺氏南必为后。忽必烈年近古稀，相臣常不得见，便向南必后奏事。卢世荣败后，拥真金的汉人儒臣又一次获得胜利。江南行台监察御史上封事说，皇帝春秋高，宜禅位于皇太于。真金得知，极为惶恐。御史台隐匿奏章不敢奏报。反真金的阿合马党人塔即古、阿散受命理算积年钱谷，乘机查封御史台吏案牍，借以揭发其事，奏报忽必烈。忽必烈即派人取阅奏章。御史台都事尚文急忙向御史大夫月律鲁报告说：“这是要上危太子，下陷大臣，流毒天下之民，其谋至奸。塔即古是阿合马的余党，赃罪不小，不如先来揭发他。”月律鲁与丞相安童商议，将原委面奏皇帝。忽必烈大怒，说：“你们就没有罪么！”经过劝说，忽必烈才暂缓拘刷。接着以赃罪惩治了塔即古和一些阿合马党羽。十一月，斩卢世荣。十二月，太子真金也忧惧病死，年四十三岁。
四、桑哥理财的失败
忽必烈任用卢世荣理财，再次遭到蒙、汉官员的反对而失败。朝中拥真金的一派文臣也因真金之死，而削弱了力量。但朝廷上国汉之争并未因而终止，朝廷财政也仍然是入不敷出，亟待经理。至元二十四年（一二八七年）闰二月，忽必烈采纳麦朮丁议，再立尚书省理财，以桑哥、铁木儿为平章政事。蒙、汉、色目官员之间的斗争，随之再次激化。
畏兀人桑哥，原为国师胆巴之弟子。至元年间，曾为总制院使。因而得以接近忽必烈，得到信用。十月间桑哥升任为尚书省右丞相，铁木儿及阿鲁浑撒里为平章政事，汉人叶李为右丞。
桑哥受命理财，重又采用阿合马等的一些措施：更定钞法--钞法虚溃，仍是元朝财政中的严重问题。一二八七年三月间，桑哥更定钞法，颁行新钞“至元宝钞”，与中统钞同时通行。至元钞一贯文折合中统钞五贯文。
理算--桑哥奉旨首先检核中书省，查出亏欠钞四千七百七十锭，昏钞一千三百四十五锭。平章麦术丁伏罪，参政杨居宽、郭祐等因此被杀。桑哥又设征理司，钩考仓库。委派参政忻都、户部尚书王巨济、参议尚书省事阿散等十二人，理算江淮、江西、福建、四川、甘肃、安西等六省财赋，每省各二人，特给印章，并派兵士卫从，以备使令。理算的范围，甚至包括到元朝建国以来历年漏征的赋税，搜括极广。仅杭州一地因理算而被迫自杀及死于狱中者，即有几百人。
增课程--一二八九年，桑哥向忽必烈奏报说：“国家经费既广，岁入常不够支出，往年计算，不足百万锭。自从尚书省钩考天下财谷，赖陛下福，以所征补偿，未尝征敛百姓。但今后恐难再用此法。因为仓库可征者已少，敢于再偷盗者也不会很多。”他因此建策增加课程税收。盐引自中统钞三十贯增加为一锭，茶引自五贯增为十贯，酒醋税课江南增额十万锭，内地五万锭，只输半赋的协济户增收全赋。又增征商税，腹里地区增至二十万锭，江南二十五万锭。
桑哥为元廷多方搜括，一度补救了入不敷出的局面。桑哥的权势，也随之日益显赫。忽必烈甚至支持佞谀者为桑哥立碑颂德。尚书省拴调内外官员原应由中书省宣敕，忽必烈命付尚书省。桑哥既得专用人大权，一些官员便走他的门路，纳贿求官，出高价者即可得逞。桑哥财权在握，经营私产，掠取财货，家藏的珠宝甚至超过宫廷。
桑哥重新推行阿合马的理财诸法，当然不能不遭到拥汉法的蒙汉官员的反对。一二八七年初置尚书省时，丞相安童即上奏说：“臣力不能回天，乞不用桑哥，别相贤者，犹或不至虐民误国。”刑部尚书不忽木（康里部人），自幼年在太子真金的东宫，师事王恂，又从许衡学习儒学，是拥汉法的真金一系。桑哥处死杨居宽、郭祐，不忽木出面力争，未能救免。桑哥排斥不忽木出朝，以病免官。御史中丞董文用每与桑哥辩论，密奏弹劾桑哥。桑哥也在忽必烈前谮诋文用，请痛治其罪。忽必烈说：“他是御史，职任所在，何罪之有？”一二八八年，董文用迁授大司农。一二八九年，集贤学士、江南行台御史程矩夫入朝，劾奏“今权奸用事，立尚书省钩考饯谷，以剥削生民为务。所委任者，率皆贪饕邀利之人。”桑哥大怒，奏请处死。忽必烈不准。中书右丞崔或与平章麦朮丁也上奏揭发桑哥纳贿卖官，故旧亲党，皆授要职，“难以欺蔽九重，朘削百姓为事”。反桑哥的斗争日益激化。一二九一年初，翰林侍讲赵与■因有虎入京城，上疏劾权臣专政，指斥桑哥苛猛如虎。忽必烈去柳林射猎，怯薛歹彻里乘间劾奏桑哥奸贪误国，说：“臣与桑哥无仇，所以力数其罪而不顾身，是为国家打算。倘若畏圣怒而不说，奸臣何由而除，民害何由而息！”忽必烈召问不忽木（一二九○年拜翰林学士承旨），不忽本对答说：“桑哥塞蔽聪明，紊乱政事，有人敢说他，便诬陷以他罪而杀害。现在百姓失业，盗贼蜂起，乱在旦夕。不杀桑哥，深为陛下担忧。”反桑哥的官员也纷纷乘机进言。忽必烈命御史大夫月律鲁等台官勘验，与桑哥辩论。桑哥被逮下狱究问。
桑哥执政理财，前后四年而失败。二月间忽必烈诏令籍没桑哥家产，竟有内帑之半。又命彻里去江南，捕系桑哥妻党、湖广行省平章要束木及江浙省匝纳速刺丁灭里、忻都、王巨济等至京师。桑哥、要束木及纳速剌丁灭里等均被处死。
桑哥败后，忽必烈又罢废尚书省，并入中书，各地停止理算钩考。忽必烈采不忽木的建策，以太子真金的原詹事长、故丞相绵真子完泽为中书右丞相，不忽木为中书平章政事，彻里为御史中丞，麦朮丁仍为平章。
五、成宗的守成政治
忽必烈在位三十五年，先后任用阿合马、卢世荣、桑哥执政理财，一再由于蒙、汉官员的反对而遭到失败。元朝政权一直处在汉法与“回回法”的反复斗争之中。一二九三年六月，忽必烈立皇孙铁穆耳（真金子）为皇太子。忽必烈在病中，召见御史大夫月律鲁、太傅伯颜和不忽木等，遗沼立太子。至元三十一年（一二九四年）正月，忽必烈病死，年八十岁。
太子真金妻伯蓝也怯赤（阔阔真）长子晋王甘麻刺领兵镇守北边。次子答刺麻八刺，已死。立为太子的铁穆耳是第三子，当时也领兵在北。忽必烈死后，甘麻刺、铁穆耳都来到上都，会集诸王，举行忽里勒台。伯蓝也怯赤主持大会。月律鲁、伯颜、不忽木奉遗诏，与右丞相完泽、御史中丞彻里等拥立铁穆耳即皇帝位（成宗）。伯颜执剑宣读遗诏，诸王不敢有异议。大会之后，晋王甘麻刺仍回藩邸，驻守哈刺和林。
成宗即位，翰林学士王恽依据经书宗旨献上《守成事鉴》十五篇。成宗即位诏说：“尚念先朝庶政，悉有成规，惟慎奉行，罔敢失坠”。他继续任用完泽、不忽木等为相，并诏令“宗藩内外官吏人等，咸听丞相完泽约束”，又以御史大夫月律鲁为太师，伯颜为太傅（同年十二月，病死）。同年七月，成宗下诏崇奉孔子，任反桑哥的儒臣王恽、赵与■等为翰林学士，优加礼遇。一二九八年任用哈刺哈孙为中书左丞相。有大政事，必引儒臣杂议，又在京师建孔子庙学。成宗“格守成宪”，尊孔崇儒，争取蒙、汉儒臣的拥戴，以巩固他的统治。
成宗在尊儒臣、用汉法的同时，又任用色目官员以综理财赋。回回人赛典赤孙伯颜任中书乎章政事，弟伯颜察儿参议中书省事。阿合马余党得罪获免的阿里，在桑哥败后，任中书右丞。成宗即位，御史台提出弹劾，成宗采中书省议，仍令阿里执政如故。成宗用蒙汉儒臣执政，色目官员理财，汉法与“回回法”并用。在他统治的十二年间，没有再爆发如象世祖时期那样尖锐的回汉之争，暂时地稳定了朝廷的政局。但是，以守成为方针的成宗统治时期，朝廷政治日渐腐败，财政经济的紊乱和钞法的败坏也仍在继续发展。
蒙古旧例，忽里勒台选汗大会之后，与会诸王都要接受新汗的赏赐。成宗即位后，中书省臣上言：“陛下新即大位，诸王、驸马赐与宜依往年大会之例赐金一者加为五，银一者加为三。”照此办理，赏赐增加三、五倍不等。成宗用滥加赏赐的办法，以争取蒙古贵旋的支持，三个驸马的赏银就超过十二万两。西平王奥鲁赤等几个藩王，各赐金五百两，银五千两、钞二千锭。诸王、公主赏赐的金银钞币，汇为巨大的数量。朝臣的赏赐，月律鲁金一百五十两，伯颜等各五十两，还有银、钞、锦，数量不等。大量赏赐使朝廷内帑空虚。这年六月间，中书省奏称：“朝会赐与之外，余钞只有二十七万锭。”八月间，成宗诏令诸路平准交钞库贮存的银九十三万六千余两，只留十九万二千余两作为钞母，其余全部运送京师。国用不足，动用钞本，从此成为历年的通例，其结果必然造成钞法日坏，货币贬值，经济紊乱，而朝廷的财政，仍然是年年不足。一二九八年（大德二年），成宗问中书省臣：每年金银钞币收入有多少，诸王驸马赐与和一切营建，支出有多少？右丞相完泽回答说：“岁入之数，金一万九千两，银六万两，钞三百六十万锭，然犹不足于用，又于至元钞本中借二十万锭。”一二九九年，中书省又奏报说：“比年公努所费，动辄巨万，岁入之数，不支半岁，其余皆借及钞本。臣恐理财失宜，钞法亦坏。”一三○○年，左丞相哈刺哈孙说：“横费不节，府库渐虚。”元王朝的财政越来越难以维持了。
成宗实行守成政治，以缓和蒙、汉、色目官员间的冲突，各级官员越来越因循腐败，贪贿公行。一二九九年，有人依仗父亲官势受贿，御史要归罪其父。不忽木行御史中丞事，说“风纪之司，以宣政化、励风俗为先。若使子证父，何以兴孝？”枢密院官受人玉带贿赂被揭发，不忽木说：“按照古礼，大臣贪墨，只说他■■不饰；若加笞辱，不合刑不上大夫之意。”不忽木援引儒学刑不上大夫的说教，公然为官员受贿作辩解，官员们更加肆行贪墨，无所顾忌。同年三月，行御史台弹劾平章教化贪污三万余锭。教化也揭发平章的里不花管领财赋，盗钞三十万锭，又揭露行台中丞张阎也接受别人的贿赂。成宗敕令一切不问。南宋末出身于海盗的富商朱清、张瑄，降元后为元朝制造海船，行海运，经营海上贸易，成为巨富。一三○三年因得罪籍役家产。监察御史上言，右丞相完泽曾接受朱清、张瑄的贿赂，成宗不理。又揭露中书平章伯颜、梁德珪、段贞、阿鲁浑撒里、右丞八都马辛、左丞月古不花、参政迷而火者、张斯立等受贿事，罪证确具，成宗只好下诏将他们罢免。但第二年，伯颜、梁德珪、八都马辛、迷而火者等又都相继恢复原职。一三○三年，定赃罪十二章。七道使臣在各地查出并罢免赃污官吏一方八千四百余人，查出赃钞四万五千八百余锭。当然，未被罢免的赃官和未被查出的赃物要远远超过此数。成宗即位初年，有人便指责说：“内而朝廷，外而州县，无一事无弊，无一事无病。”成宗晚年多病，朝政由皇后伯要真氏和伯颜等所把持，更加昏暗。元朝的统治日益腐败了。
（二）蒙古诸王的反乱
忽必烈战胜阿里不哥以后，蒙古宗王的反抗并没有因而终止。窝阔台后王海都、察合台后王笃哇联络蒙古宗王，一再在西北发动战乱。接着，成吉思汗诸弟的后王乃颜等也与海都相呼应，在东北起兵。在忽必烈统治时期，从西北到东北，蒙古诸王的战乱一直不断。直到武宗时才大体平服。
一、海都及昔里吉等之乱
一二五一年，蒙哥即汗位，镇压窝阔台后王的反抗。窝阔台之孙、合失之子海都被滴封于海押立。在忽必烈与阿里不哥的汗位争夺战中，海都是阿里不哥的支持者。阿里不哥归降后，海都与察合台后王数人仍拒不归命。而且，海都已在尤赤诸后王的支持下，据有叶密立一带原窝阔台、贵由的封地，成为窝阔台兀鲁思诸王的领袖。忽必烈多次厚加赏赐，并划蔡州为他的封地，以示优容。
一二六五年（至元二年）忽必烈派察合台曾孙八刺回察合台兀鲁思，以牵制海都。八刺自立为汗后，与海都争夺布哈拉城，兵败言和。
一二六九年（至元六年），海都、八刺及党附诸宗王在塔刺思河畔召开大会，分划河中地区的利权：三分之二归于八刺，余则分属海都与朮赤后王忙哥帖木儿。与会诸王宣誓保持游牧生活和蒙古传统的风俗制度，并派遣使臣去质问忽必烈说：“本朝旧俗与汉法异，今留汉地建都邑城廓，仪文制度遵用汉法，其故何如？”这就清楚地表明：海都等蒙古保守派贵族反对用“汉法”的政治立场。八刺自立，与海都联合后，对元朝的威胁更为严重了。
一二七一年（至元八年）忽必烈命皇子北平王那木罕率诸王镇守阿力麻里。次年，海都援立八刺子笃哇为察合台汗，骚扰天山南北诸地。至元十二年（一二七五年）正月，忽必烈下令追收海都、八刺金银符。笃哇、卜思巴等以兵十二万进围哈刺火州达六月之久，畏兀儿亦都护纳女求和（一说，事在二十二年）。忽必烈派右丞相安童辅佐那木罕同守北边。
一二七六年夏，随从那木罕北征的诸王昔里吉（蒙哥子）、明理铁木儿、玉木忽儿（阿里不哥子）、脱黑帖木儿等举行了叛乱。叛乱者奉昔里吉为主，拘系那木罕、捕送安童于海都处。但海部以“彼间水草丰美，可仍驻留”为辞，拒绝与昔里吉等合兵。昔里吉等于是劫持宗王撒里蛮（蒙哥孙），退据额尔齐斯河上，大掠乞儿吉思五部，杀谦谦州屯守万户怕八儿，东犯和林，掠走成吉思汗大帐。应昌弘吉刺部只儿斡带、六盘山霍虎起兵响应，漠南大震，居庸关以北为之告警。忽必烈抽调攻下临安的南征军主力北征。汉军都元帅阔阔带、李庭北逐撒里蛮，大将阿尤、重臣相威西戍别失八里，复命南征主帅伯颜率大军北征。伯颜、土土哈部在鄂尔浑河上大破昔里吉军，收复了和林。土土哈追击昔里吉，逾阿尔泰山。
此时，诸王内部又发生了争吵和分裂。脱黑帖木儿叛昔里吉，转奉撤里蛮为主，玉木忽儿不从。昔里吉杀脱黑帖木儿，并囚系撤里蛮送朮赤后王火你赤处。途中经过撒里蛮的领地，被撒里蛮的部众劫回。撒里蛮引军攻打昔里吉。昔里吉兵败，被俘。玉木忽儿引兵来战，又败。撤里蛮引众南下，在归降忽必烈途经斡赤斤封地时，又遭斡赤斤后王乃颜的袭击，撒里蛮单骑脱走，来见忽必烈。在伯颜大军的打击下，从叛诸王也无以自存，便在一二八三年归降忽必烈。次年，被拘囚的那木罕、安童获释回朝。
这时，海都仍占领蒙古草原西部及乞儿吉思的大部，遮断忽必烈与西方诸汗国的交通，构成西北方面的强大威胁。忽必烈在和林、哈刺火州一线，派出大量军兵驻守。一二八四年（至元二十一年）牙忽都、土土哈等曾击败海都军，但海都仍拥有强大的势力。
一二八五年（圭元二十二年）驻守西北的宗王阿只吉军被笃哇击败。忽必烈又命伯颜代阿只吉总领北边诸军镇守。
二、乃颜之乱
一二八七年（至元二十四年）四月，东北的宗王乃颜与胜纳合儿、哈丹（哈赤温后王）、失都儿（哈撒儿后王）、也不干（成吉思汗庶子阔列坚后王）等宗王起兵反元。乃颜是成吉思汗幼弟斡赤斤的后裔、有名的塔察儿国王之孙。在成吉思汗分封的东部诸王中，斡赤斤继承了母亲诃额伦的财产。在左手诸王中，土地、人民，以二十分计之，乃颜独得其九，其余忙兀、兀鲁、札刺儿、弘吉刺、亦乞烈思五投下共得十一。中统初元，塔察儿国王对忽必烈的支持在当时的政局中有着举足轻重的作用。忽必烈为了抑制东北诸王，特别是乃颜的专擅，罢山北辽东道、开元等路宣慰司，置东京等处行中书省，以资监护。这一措施更招致乃颜的不满。乃颜谋反，与海都及西北诸王相联络，构成元朝自东北至西北的强大威胁。
忽必烈得到乃颜反讯，先命伯颜亲自去乃颜军中察看虚实，命土土哈肃清驻军在上拉河上的也不干等叛王；并遣伯颜进据和林，遮断乃颜与海都的联系。五月，忽必烈自上都出兵，扶病亲征。由于蒙古军将多是乃颜的将校或戚属，两军对阵时往往“立马相响语，辄释杖不战”，忽必烈命李庭、董士选等统领汉军，用“汉法”战。六月，大军在撒儿都鲁败乃颜部将塔不带、金刚奴，进逼乃颜在辽河上的失刺斡耳朵。乃颜是景教的信奉者，在他的旗帜上立十字架为标志，军号十万，以车环卫为营。忽必烈以步卒持长矛，在火炮掩护下进攻。马可波罗在记述这次战役时写道：“由是双方部众执弓弩骨朵刀矛而战，其迅捷可谓奇观。人们只见双方发矢蔽天，有如暴雨。双方骑卒坠马而死者为数甚众，陈尸满地。死伤之中，各处声起，有如雷震。”乃颜兵败被擒。七月，失都儿北犯咸平，兵败，哈丹及其余党北逃。忽必烈留玉昔帖木儿辅皇孙铁穆耳进讨。一二八八年（至元二十五年），铁穆耳、土土哈、李庭等进击哈丹在呼伦贝尔地区的据点。哈丹流窜辽东、辽西及高丽之间，一二九一年（至元二十八年）被最后击破。
三、海都连年扰掠
当乃颜之乱发生时，海都征集精骑四千，谋乘隙而动。伯颜进据和林后，海都以孤立无援西退，但连年窜扰，作东北宗王的声援。一二八八年（至元二十五年）海都犯边，忽必烈命驻守畏兀儿地的诸王出伯征讨。一二八九年（至元二十六年），海都军又一次进逼和林，围攻皇孙铁穆耳。和林宣慰使怯伯等响应海都，漠北大震。七月，忽必烈再次亲征，海都军西遁，忽必烈不遇敌而还。明年，海都又在边地进犯，土土哈与牙忽都居守大帐，不战而溃，尽失辎重。一二九二年（至元二十九年）宗王明理铁木儿附海都叛。伯颜奉诏出兵，明理铁木儿败降。一二九三年，忽必烈命御史大夫月律鲁代伯颜统军。六月，铁穆耳镇抚北边，大将土土哈奉诏进攻乞儿吉思，尽收益兰州等五部，进至谦河，屯兵防守。海都引兵来战，败走。海都失谦河诸部地，如断左臂，元朝西北得以暂时免于骚扰。
四、海都、笃哇等的败降
成宗即位，以宁远王阔阔出（忽必烈子）、驸马阔里吉思（汪古部长阿刺兀思曾孙）等驻防西北。一二九六年（元贞二年），海都、笃哇军内分裂。宗王玉木忽儿、兀鲁思不花和大将朵儿朵哈（在忽必烈时为元守边，后叛附海都）等率领所部军一万二千人投归元朝。一二九七年（大德元年）土土哈病死。子床兀儿承袭父职，领兵越金山，攻打海都占据的八邻，大败海都部下孛伯军。次年，笃哇乘严冬元军失备，再次来袭。阔阔出、床兀儿等疏于防御，驸马阔里吉思战败被擒。成宗即令玉木忽儿、朵儿朵哈领兵反击笃哇，在哈刺火州境，出其不意，大败笃哇军。一二九九年，成宗派皇侄海山（答刺麻八刺子）代阔阔出镇守北边，总领漠北诸军。床兀儿及老臣月赤察儿等为辅。一三○一年（大德五年）海都率察合台、窝阔台系后王四十余人大举东犯，与海山军大战于和林北迭怯里吉之地，海都军溃；后二月，再战于合刺合塔之地，又败。海都不得志而退，在路上得病死去。其子察八儿继立。一三○三年（大德七年），笃哇、察八儿等以长期构兵，全无所得，遣使“请命罢兵，通一家之好。”成宗许和。战乱告一段落。
一三○六年（大德十年），海山军乘笃哇与察八儿内讧，西逾阿尔泰山，大败察八儿。察八儿穷蹙无归，降附于笃哇。笃哇兼并了窝阔台兀鲁思的全部领地，窝阔台汗国从此不再存在。同年，笃哇死，成宗命其子宽彻归袭汗位，为元朝的藩臣。
（三）江南人民的反抗斗争
元朝蒙古宗王之间，蒙、汉、色目统治集团之间反复地相互倾轧的年代，江南地区的广大人民不断掀起了反抗元朝统治的武装斗争。
在灭宋战争中，蒙古军队还保存着一些奴隶制时期长期形成的掳掠奴隶和财物的旧习。主帅伯颜曾经说：“诸将渡江，无不荒贪，独予与国宝（张庭珍字）清慎自持”。其实伯颜自己便大量地侵夺江南的庚田。掠夺人口作奴隶，是江南人民最为不堪的灾祸。“大州小邑，四民子弟，无少长悉为人俘虏，流离括迁之余，可矜可哀。”（同恕《榘庵集》）一二八○年（至元十七年），忽必烈令相威检核阿里海牙，忽都帖木儿等所掠人口，多达三万二千余丁。攻灭南宋之后，军将们的武装劫掠一直不曾停止。一二九○年（至元二十七年），御史台言：“江南盗起，讨贼官利其剽掠，复以生口充赠遗。”有唐兀带者，公然引军千余人，于辰溪、沉州等处劫掠新附人千余口及牛马、金银、币帛等，麻阳县达鲁花赤武怕不花竟为他作向导。千户脱略、总把忽带公然统领官兵入婺州永康县界杀掠吏民。唆都部下顾总管聚党在海道劫掠商货，明火执仗地拦道抢劫。
元朝政府的财赋收入，十分之七取自江浙。由阿合马所委派的大批财赋官，唯利是征，茶盐酒醋等税，节次增添，比归附初时十倍以上。又加上料民、括马、钩考等手段，花样翻新。十年之内，江南钱谷八经理算，而官吏的贪婪，更达到惊人的地步。被派往江南的官吏，以谋财取利为能事。两淮转运使阿刺瓦丁贪污官钞达二万一千五百锭，盗取和卖马三百四十四匹。他还擅自扣压朝廷宣命，又把官吏的符牌给自己的家奴经商贸易。释教江淮总摄杨涟真伽，占民五十余万为佃户，庇平民不输公赋者二万三千户，甚至公开盗掘南宋诸帝陵墓，攫取墓中的财宝。忽必烈连续发动对外侵掠战争（见下节）在民间拘水手，造海船，更加造成民不聊生，怨声载道。
一二七九年南宋亡后，江南反元的义军即到处兴起。一二八三年，御史中丞崔或奏报说：“江南盗贼，相挻而起，凡二百余所”。一二八七年桑哥说：“江南归附十年，盗贼迄今未靖。”一二八九年二月月律鲁说：“江南盗贼凡四百余处。”人民武装起义此仆彼起，不及汇为巨大的规模便相继被元军镇压下去。但是，人民群众连绵不断的武装斗争，给予元朝统治的打击是沉重的。
下面叙述元朝灭宋过程中的人民反抗斗争和南宋亡后几次规模较大的农民起义。
元朝灭宋时期的人民起义 一二七六年（至元十三年）二月，夏贵以淮西诸郡降元。镇巢军统制洪福，原是夏贵的家僮，因战功任镇巢雄江左军统制。迸戍镇巢军的元军是由阿速人组成，极为残暴。洪福诱使他们入城，备酒设宴款待。元兵酒醉，洪福率领城中居民，将元军全部杀死。夏贵来进行招降，洪福不听。元军攻城报复。夏贵伪作单骑入城，与洪福商议。洪福轻信夏贵之言，开城门接纳。元伏兵擒洪福，处死。城中抗元居民全被屠杀。
一二七七年（至元十四年），元军主力北上与昔里吉作战。三月，宋文天祥复梅州，出江西，进复会昌。四月，张世杰复潮州。江西各地军民群起响应。舒州张德兴杀大湖县丞张德顾，与六安野入原民刘源起兵反元，蕲州傅高也起兵响应，攻据黄州、寿昌，传檄淮东四邵，大江南北诸城邑多乘势杀守将响应。湖北宣慰使郑鼎出兵镇压，义军决堤灌水，元军溃败，郑鼎也舟覆溺死。接着，义军进逼阳罗堡，鄂州大震。七月，元军围剿起义军，寿昌、黄州复陷。九月，司空山寨被攻破，张德兴牺牲。傅高出走江西武宁，在官府的追捕下无处存身，变姓名返乡，被当地官府捕获处死。
在湖南，张世杰派遣祁阳令罗飞围困永州，各地义军闻风响应，常宁的黄必达，新化张虎、周隆，潭州境内的文才喻等，阻山为寨，屠杀长吏。罗飞围困永州达七月。一二七七年十二月，元军攻陷祁阳，罗飞被杀，各地义军也先后被镇压。
浙江处州青田的季文龙、章炎在一二七七年率领淮军余部起义。淮军是张世杰的旧部，临安失陷后，这支队伍有很大部分流散在浙、闽各地。季文龙、章炎起事后，杀赵知府，自署两浙安抚使，环近七县俱起响应。处州总管府达鲁花赤赵责以兵围城。义军突围后又集众二万来攻，列阵于恶溪南岸，双方鏖战，自已至亥。元军万户忽都台合兵来攻，义军失败，季文龙溺死。
福建汀州长汀人黄广德在一二七七年四月称天下都元帅，刻都帅印，自立为天从广德皇帝，设铜将军、铁将军等称号。五月，南剑州沙县谢五十自称挚天将军。黄广德与谢五十军先后被元军镇压。农民军陈大举（陈吊眼）及舍族首领许夫人所率领的诸舍峒民军，与宋张世杰军联合，进攻福州。在福州的原淮军李雄部起而响应，杀死了同知宣抚司事潜说友。由于叛臣王积翁的欺骗和镇压，他们的反抗活动也陷于失败。
南宋灭亡以后，人民的起义斗争，汹涌而起，十分激烈。
杜可用（杜万一）起义 一二八○年（至元十七年）四月，江西南康都昌县民杜可用利用白莲会组织起义，有众数万。可用号社圣人，建元“万乘”，自称天王（民间皆事天差变现火轮天王国王皇帝），以谭天麟为副天王，都昌西山寺僧为国师。江西行省参知政事贾居贞与江淮行省参知政事史粥联兵镇压。贾居贞令招讨方文伪装为农商，伏兵仗舟中，驶近农民军居住的茅舍。杜可用失于戒备，和起义军丞相曹某一起被擒牺牲。元朝又一次发布禁令，拘收在民间流传的《五公符》《推背图》《血盆经》等秘密宗教图籍，禁止“一切左道乱正之术”。
陈大举（陈吊眼）起义 陈大举是福建舍族的一名首领。临安失陷后，乘乱起兵，后来受张世杰收抚，合兵进讨叛臣蒲寿庚。南宋亡后，舍族人民仍然坚持斗争。元政府曾诏谕：“漳、泉、汀、邵武等处暨八十四畲官吏军民，若能举众来降，官吏例加迁赏，军民按堵如故”。起义人民拒不受骗。一二八○年（至元十七年）陈大举的叔父陈桂龙起义于漳州，退守舍洞，凭险拒守。陈桂龙据九层际畲，陈大举据漳浦峰山寨，陈三官据水篆畲，罗半天据梅泷长窖。陈大妇领客寮畲，共有山洞山寨八十余处，据险相维，内可出，外不可入，建年号“昌泰”，声势浩大。元军征讨无效，福建等处征蛮都元帅完者都、右副都元帅高兴以大军围剿。高兴破高安寨，斩首二万级。陈大举仍连五十余寨，有众十万。一二八二年，完者都以降人黄华为前导，连破十五寨，陈大举退走千壁洞。高兴以谈判为名把陈大举骗至山半。陈大举轻信不备，被高兴仰面执手掣下，斩首漳州。其父文桂、叔桂龙、弟满安投降。余部吴满、张飞等坚持斗争，也被杀害。
林桂芳起义 一二八三年（至元二十年）三月，广东新会县林桂芳、赵良铃聚众起义，建罗平国，称“延康”年号，有众万余。同知广东宣慰司事王守信率官军镇压，擒桂芳，又收降林桂芳弟于新会。南海义军三千人被镇压失败，军帅潘舍人被擒。
欧南喜起义 一二八三年九月，欧南喜在清远称王，建元称号，设官置署，众号十万，据平康下里东团村等处。增城县蔡大老、钟大老、唐大老等响应。欧将军（欧锺）擒广东道转运盐使合刺普华，切断通往占城的饷道，并遣所部马帅、陆帅和徐相进袭广州，但在元军打击下兵败。欧将军走新会，与黎德会合。时黎德已集船七十艘，众号二十万，别部吴林以船八百艘围冯村。官军大举进剿，黎德、吴林的义军战败。黎德、欧王及其所署都督、丞相、兵马铃辖等二十四人均被元军擒捕处死。
黄华起义 一二七八年（至元十五年）张世杰代蒲寿庚，建宁路政和县人黄华集结盐夫，并联络建宁、括苍舍族首领许夫人奉卫王檄起兵，有众四万。张世杰败走后，黄华军降元，屯驻建宁。一二八一年（至元十八年）完者都讨平陈大举，黄华曾担任向导，使元军得以了解山洞之险，迅速致陈大举义军于死地。一二八年（至元二十年），黄华再度举兵抗元，聚众十余万，军士剪发文身，号“头陀军”，用“祥兴”纪年（南宋未帝赵昺的年号）。“福建一道，收附之后，户几百万，黄华一变，十去其四。”（王恽：《秋涧先生大全文集》卷九二）闽中大震。忽必烈急忙抽调在扬州的刘国杰军会合浙西行省的高兴部、参政兀鲁兀伯颜的江淮兵以及福建行省兵，大举进剿。义军攻信州南门，高兴与战于铅山、进陷嘉禾，义军少挫。这时，黄华集众号二十万，分据建宁四区，以示必取。高兴得到建宁受攻危急的消息，即卷甲直趋，会福建之师合击，俘叶都统、梁都统等。黄华败走江山洞，据赤岩山死守。官军猛攻山寨，鏖战半日。起义军终于失败，黄华赴火自焚死。同时起兵的还有青田吴提刑，自署为两浙安抚使。官军讨平之后，在俘获物中有宋前丞相陈宜中的札子和黄华的印榜。
钟明亮（朗）起义 一二八九年（至元二十六年）正月，广东循州畲民钟明亮举兵反，拥众十万，进攻赣州，下宁都，据秀岭。时江南义军多达四百余起。元朝政府极为惊慌，忙令签江西行枢密院事也迭迷失率江西行省左丞管如德、福建行省拜降、江推行省忙兀台联兵进讨。五月，钟明亮以众万八千五百人降。闰十月又反，以众万人攻梅州，分遣江罗等八千人攻漳州。韶州、雄州等处的起义军二十余起响应。忽必烈严责也迭迷失、管如德，命与福建、江西二行省合兵镇压。也迭迷失惧怕义军，不敢前往；等义军一走，又诛杀平民冒功。义军利用地形，十分活跃。元廷“虽两省一院并力收捕，地皆溪岭，囊橐其间，出没叵测，东击则西走，西击则东轶。”（《秋涧先生大全文集》卷九二）一二九○年（至元二十七年）二月钟明亮再降，五月又反。广昌的邱元，赣、吉的谢主簿、刘六十，乐安的卢大老，南丰的雷艾江等纷起响应。钟明亮死后，余众奉其木主，继续进行斗争。
杨镇龙起义 与钟明亮起义的同时，浙江台州宁海人杨镇龙据玉山县二十五都龙兴山称大兴国皇帝起义，以历某为右丞相，楼蒙才为左丞相，用黄牌书其所居门曰“大兴国”，建年号“安定”。军士在额上刺“大兴国军”四字。一二八九年（至元二十六年）二月一日，杀马祭天，声言受天符举事。义军众号十二万，以七万攻东阳、义乌；余攻嵊县、新昌、天台、永康等处，浙东大震。时诸王瓮吉带谪居婺州，与浙江行省丞相忙兀台调军镇压，败义军新昌，进陷桃源，义军先锋张九被擒。三月，官军逼龙兴山，纵火焚杀，义军溃败。但余部仍坚持斗争，直到一二九○年三月仍在浙东一带活动。
刘六十起义 一二九六年（成宗元贞二年）赣州民刘六十聚众万余人起义，建立名号，把斗争的目标指向元朝官府和欺压农民的土豪。元朝派兵去镇压，起义军声势甚盛，元军主将观望退缩，不敢出兵作战。江西行省左丞董士选（董文炳子）去兴国县，处死欺压农民的官吏和激起反抗的豪绅，对起义军分化诱骗。刘六十被擒，起义失败。
元世祖、成宗时期，前仆后继的农民起义，相继遭到镇压而失败，但人民的反抗斗争并没有终止。各族人民继续在各地以各种形式向元朝统治者展开不屈不挠的战斗。