秦二世胡亥是以非法手段取得帝位的。
他担心诸公子及大臣疑而不服，导致变乱，于是密谋杀害诸公子及先帝故臣。在咸阳处死了十二位公子，在杜县（今陕西长安西南）处死了十位公主。
考古工作者在秦始皇陵东侧上焦村西清理的八座秦墓，有引人注目的现象。
其中十八号墓没有发现人骨，其余七座墓的墓主为五男二女，年龄都在二十岁至三十岁左右，大多骨骼分离散置。
十五号墓的墓主肢骨相互分离，置于椁室头箱盖上，头骨则发现于洞室门外填土中，右颞骨上仍插有一支铜镞。
据考古工作者分析，这批墓葬墓主的身份，应当是秦宗室的成员。有迹象表明，这些墓葬的墓主，有可能就是秦二世杀害的公子和公主。
据《史记·李斯列传》记载，公子高曾准备逃走，又担心其家属受到残害，于是上书请求从葬于郦山脚下。胡亥准许了这一请求，并赐钱十万予以安葬。
赵高对秦二世说，先帝临制天下年久，所以群臣不敢发表不同的政见。现今陛下年轻，刚刚即位，如何在与公卿廷议决策大事时维护权威呢？如果所言有误，那么就在群臣面前暴露了短处，天子称“朕”，本来就是说不能轻易让别人听到他的声音。
秦二世信从了他的话，于是常居于宫禁之中，只单独会见赵高决定朝事，后来公卿大臣也很少能够朝见。
这种表现出严重内在封闭性特征的政治形式，使新政权原有的积极的政治活力也被完全窒息了。
司马迁说，秦二世统治时期“用法益刻深”，就是说，其专制统治的严酷，可能更超过了秦始皇时代。当时，不仅“黔首振恐”，而且“宗室振恐”，社会上下都被深重的黑色恐怖所笼罩。
秦时专制制度的明显弊病，已经严重妨碍了政治机器的正常运行。
秦二世当政初，年仅二十一岁。他自以为年少，即位不久，百姓不能集附，又仰慕秦始皇巡行郡县而威服海内的事迹，决意东巡。据司马迁在《史记·秦始皇本纪》中的记载，秦二世元年（公元前209年），李斯、冯去疾等随从新主往东方巡行。这次出行，时间虽然颇为短暂，行程却甚为辽远。秦二世及其随从由咸阳东北行，抵达碣石，又沿海岸南下，至于会稽，又再次北上至辽东，然后回归咸阳。
四月秦二世回到咸阳，七月就爆发了陈胜起义。不久，秦王朝的统治就迅速走向崩溃。可以说，秦二世巡行郡县，以炫耀强权，威服海内的政治目的，其实并没有实现，对沿途山海之神都一一礼祠所表现的虔敬，似乎也没有得到预期的回报。
从秦二世东巡经历所体现的行政节奏，可以反映这位据说辩于心术而诎于口才的新帝对秦始皇所谓“勤劳本事”，“夙兴夜寐”，“朝夕不懈”，“视听不怠”，以及每天“以衡石量书”，不完成审阅一百二十斤文书的日夜定额则绝不休息的勤政风格的继承。但是，秦王朝所面临的政治危机，已经不是一两个政治活动家凭个人的才智和努力能够挽回的了。
秦王朝统治时期，民众所承受的最沉重的负担，是徭役的征发。
这一现象的极端表现，是征发“闾左”服役。据说正是因此而导致了政权的崩溃。汉代人总结秦王朝灭亡的原因，往往以“发闾左之戍”与“收泰半之赋”并称。“闾左”，就是“闾佐”、“里佐”，也就是秦王朝基层政权的基本支持力量。他们本来是基层农耕生产的组织者和地方治安秩序的维护者。徭役征发的过度，已经不得不使这些人也受到冲击。
政治危机于是已经演进到无以挽回的严重地步。出现了人人自危，欲叛者众的局面。
唐人鲍溶《倚瑟行》诗有“泉宫一闭秦国丧”句，认为秦始皇去世，秦的国运也一同葬入郦山地宫之中，秦帝国实际已经灭亡。
这种认识可能暗含对秦二世权位的合法性有所否定的倾向，但是就历史真实而言，其实是不准确的。
秦二世因政变而暴起，又因政变而暴亡，统治虽然短暂，然而在位三年，也曾经有勤政的表演。他遵循秦始皇远巡的辙迹东行郡县，傍渤海至于辽东，傍黄海、东海至于会稽，行程相当辽远。以现今公路营运线路里程计，考虑经行不同路线的因素，总行程在八千八百公里以上，甚至超过一万公里。其出巡春季启程，四月还至咸阳，虽具体行期尚难以确知，但即使按照保守估算，以历时百日计算，平均每天的行程也至少达到近九十公里，甚至超过一百公里。这在当时十分简陋的交通条件下，作为帝王乘舆，无疑已经创造了连续高速行驶的历史纪录。而出行者“跋涉山川，蒙犯霜露”的辛劳可以想见。
作为统一帝国来说，秦王朝和隋王朝都是二世而亡。而汉王朝、唐王朝、明王朝等，也都在第二代权力接递时发生过血腥的武装争斗，有时爆发政变，甚至导致战争，同样值得注意。专制政体在这样的关键时刻出现政治危机，可能是必然的。后世史家讨论秦王朝与隋王朝的政治教训，往往关注第一代帝王死后最高权力交接形式的合法性和合理性问题。于是对于扶苏的缅怀，成为千古话题。其实，面对既成的政局，分析政策的正与误，或许是更有意义的。
关于秦二世的政策是否对于秦的灭亡发生主要作用，有不同的意见。一种观点，认为秦亡的主要责任应当由秦始皇承担。例如《汉书·谷永传》所谓“秦所以二世十六年而亡者，养生泰奢，奉终泰厚也”，《三国志·魏书·杨阜传》所谓“秦始皇作阿房而殃及其子，天下叛之，二世而灭”，都将主要罪责归于秦始皇。而所谓“二世不恤天下，万民有怨畔之心”，于是“陈胜起，天下畔，赵高作乱，秦遂以亡”，以及《汉书·五行志中之下》所谓“至于二世，暴虐愈甚，终用急亡”，《旧唐书·食货志上》所谓“二世发闾左而海内崩离”等，则以为秦二世也负有历史责任。白居易《答四皓庙》诗“秦皇肆暴虐，二世遘乱离”句，也具有一定的代表性。实际上据司马迁在《史记·秦始皇本纪》中的记载，尽管秦二世即位不过一年，大泽乡起义即爆发，然而他“复作阿房宫”，“用法益深刻”等行为，确实使社会矛盾更加尖锐了。
全面认识秦末历史，应当承认秦始皇和秦二世都必须承担政治失败的责任。
贾谊在《过秦论》中曾经说，如果秦二世及时实行政策转变，是可能避免秦覆亡的结局的。
他写道：“今秦二世立，天下莫不引领而观其政。”民众苦难，其实是“新主”的一种政治资源，假使“二世有庸主之行，而任忠贤，臣主一心而忧海内之患，缟素而正先帝之过”，“以威德与天下”，则必然可以扭转政治危局，实现安定。
《后汉书·杨终传》中，也可以看到“秦筑长城，功役繁兴，胡亥不革，卒亡四海”的意见，暗示秦二世“革”秦始皇之政的可能性及其可能较为光明的历史前景。
历史的假设虽然对于历史研究没有意义，但是对于借鉴历史经验，可能是有参考价值的。
对于秦二世的悲剧，有的学者又分析说，其因素包括秦始皇焚书坑儒，“灭先王之学”的文化政策，以致秦二世缺乏必要的文化资质，“胡亥之生也，《诗》《书》不得闻，圣贤不得近”。这一议论出自唐代著名诗人元稹之口，新旧《唐书》的《元稹传》都有记载，值得引起注意。李商隐《赠送前刘五经映三十四韵》诗在“焚坑逮可伤”之后，又有“挟书秦二世”句。“挟书”是指《挟书律》，即对私藏书籍者严刑治罪的法令。诗人在对文化专制主义进行谴责时，秦二世也是对象之一。