秦王朝的政治制度，在许多方面表现出新鲜的气息。
秦统一后，国土空前广大，据司马迁在《史记·秦始皇本纪》中记载，其地东至海滨暨朝鲜，西至临洮（今甘肃岷县）及羌人居地，南至“北向户”，到了北回归线以南的地方，北则据河为界，与阴山并行，东至辽东。于是分天下以为三十六郡，郡置守、尉、监诸官职，分别负责行政、军事、监察。
秦王朝最初设置的三十六郡，包括：陇西（郡治在今甘肃临洮）、北地（郡治在今甘肃庆阳西南）、上郡（郡治在今陕西榆林南）、汉中（郡治在今陕西汉中）、蜀郡（郡治在今四川成都）、巴郡（郡治在今重庆）、邯郸（郡治在今河北邯郸）、钜鹿（郡治在今河北平乡西南）、太原（郡治在今山西太原南）、上党（郡治在今山西长子）、雁门（郡治在今山西大同西）、代郡（郡治在今河北蔚县东北）、云中（郡治在今内蒙古托克托东北）、河东（郡治在今山西夏县）、东郡（郡治在今河南濮阳南）、砀郡（郡治在今河南商丘）、河内（郡治在今河南武陟南）、三川（郡治在今河南洛阳东）、颍川（郡治在今河南禹州市）、南郡（郡治在今湖北江陵）、黔中（郡治在今湖南沅陵）、南阳（郡治在今河南南阳）、长沙（郡治在今湖南长沙）、九江（郡治在今安徽寿县）、泗水（郡治在今安徽淮北西）、薛郡（郡治在今山东曲阜）、东海（郡治在今山东郯城）、会稽（郡治在今浙江绍兴）、齐郡（郡治在今山东淄博）、琅邪（郡治在今山东胶南南）、广阳（郡治在今北京）、渔阳（郡治在今北京密云）、上谷（郡治在今河北怀来东南）、右北平（郡治在今天津市蓟州区）、辽西（郡治在今辽宁义县西）、辽东（郡治在今辽宁辽阳）。管辖京畿诸县的“内史”，是和郡平级的行政单位，然而不在“三十六郡”之内。后来，随着疆域的扩展，又设九原（郡治在今内蒙古包头西）、南海（郡治在今广东广州）、桂林（郡治在今广西柳州西）、象郡（郡治在今广西崇左）、闽中（郡治在今福建福州）五郡。于是，除了内史管理的京畿地区外，秦有四十一郡。
秦的政区范围的确定，标志着中华帝国最基本的文化圈的初步形成。后来中土文化向四方传播，都是以此作为主要基地的。
在秦的地方行政体系中，郡的下级单位是县。少数民族地区的县级行政单位则称“道”，这是因为当时中央政府对于这些地区一般只能控制主要的交通线，并由此推行政令、集散物资的缘故。秦县的数量大约有一千左右。
郡县制度，是春秋战国时期以来逐步形成的地方行政制度。
关于“县”的设置的最早的资料，见于《史记·秦本纪》的记载。这就是秦武公十年（公元前688年）伐邽冀戎后，在所占领地区设立了最初的“县”，以及秦武公十一年（公元前687年）在杜地和郑地设置了“县”。《国语·齐语》说，齐桓公时，曾经有“三乡为县，县有县帅”的制度。《左传》中，可以看到有关晋国、楚国等国曾经设县的记录。顾炎武《日知录》卷二二《郡县》写道：“当春秋之世，灭人之国者，固已为‘县’矣。”就是说，“县”，起初是列国兼并时代管理新占领区的行政区设置。顾炎武又指出，“当七国之世，而固已有郡矣”。通过战国时期的历史，我们可以看到，郡制，也是中原周边地区后起的强国赵、燕、楚、秦初创的新的地方行政制度。
郡县制度为秦王朝继承发展，成为后来历代王朝中央政权控制地方行政的基本形式。
秦王朝对于是否实行郡县制度，曾经进行过两次御前大辩论。
秦刚刚实现统一之初，丞相王绾曾经主张实行分封制以维护帝国的安定。
王绾认为，诸侯初破，燕国、齐国、楚国旧地距关中遥远，如果不分置诸侯王的话，就没有办法镇抚管理。他建议秦始皇分立诸子。
秦始皇吩咐朝廷对这一意见开展讨论，群臣大都表示赞同王绾此议。只有廷尉李斯提出了不同的政治见解。
李斯说，周文王、周武王分封了许多子弟同姓为诸侯，但是后来这些诸侯国与周王朝的关系越来越疏远，又彼此如同仇敌一般互相攻击，连周天子也没法子禁止。现在，赖有陛下之神灵，海内实现了一统，都成为直属朝廷的郡县，诸子和功臣可以用国家的赋税收入给予丰厚的赏赐，这样便于控制天下，这是实现海内承平的“安宁之术”。而分置诸侯，是不宜施行的建议。
秦始皇采纳了李斯的意见，他说：天下苦于战争长久不息，就是因为侯王割据相互争夺的缘故。现在幸有祖先神灵护佑，使天下终于安定，如果重新分立诸侯国，就会再次埋下战争的隐患，要想谋求海内安定，岂不难哉！廷尉的主张是正确的。
秦始皇三十四年（公元前213年），就是否推行郡县制，曾经又发生过一次著名的御前辩论。
秦始皇置酒咸阳宫，博士七十人在御前祝酒。仆射周青臣进颂说，以往秦国地方不过千里，赖陛下神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。以诸侯统治旧地设立郡县，于是人人自安乐，不再有战争之患，天下可以传之万世。自上古诸帝王，都不及陛下的威德。于是秦始皇大悦。
随后博士齐人淳于越进言，则直接反驳了周青臣的说法。
他说：殷周政权能维持千余岁，正是因为封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，却废除分封制而推行郡县制，做事不遵循古训而能够长久的，从来没有听说过。
秦始皇命令就此进行讨论。李斯又批驳了“师古”的主张，以为五帝的政策不相重复，三代不相沿袭，但是各自都实现了安定进步，政制只能依时势而变化演进。明确了郡县制政治革新的意义。李斯又指出古来天下散乱，不能一统，以致出现“诸侯并作”，“诸侯并争”的严重危害。他坚持郡县制对于“创大业，建万世之功”有重要作用的主张。李斯肯定郡县制的意见得到秦始皇的赞同，而对于与此不同的政见，随后又有以“焚书”为标志的严厉打击的措施。
明代思想家李贽在《史纲评要》卷四《后秦纪》中曾经称李斯倡行郡县之议是“千古创论”，又就“置郡县”之举赞誉道，李斯等人，都是应运豪杰、因时大臣。假使圣人重新复生，所推行的政策也不会有所改变的。
秦王朝的统治者确定了“置郡县”的地方行政管理制度，确实是英明的政治决策。
秦灭六国之后，秦王政以“天下大定”，而名号如果不变更，则无法标志成功，使事业传之后世，于是承袭“三皇”、“五帝”传说，自称“皇帝”。据《史记·秦始皇本纪》，嬴政宣布：“朕为始皇帝。后世以计数，二世三世至于万世，传之无穷。”秦的统治终于未能长久，但是，秦王朝的若干重要制度特别是皇帝独尊的制度，却对此后两千多年的历史演进发生了深远的影响。
秦王朝建立了比较完备的中央政权组织。中央执政集团中权位仅次于皇帝的最重要的官职是所谓“三公”，就是丞相、太尉和御史大夫。
秦国制度原本有相、相国之职，秦实现统一之后，见于记载的相应官员有丞相隗林、丞相王绾、左丞相李斯、右丞相冯去疾等。丞相是朝廷首席文官，总理全国政务。太尉原称尉、国尉，是朝廷首席武官，是负责全国军事事务的最高长官。御史大夫地位略次于丞相，是负责监察的大臣，位列上卿。
“三公”之下又有“九卿”，分工管理不同的政务部门。实际上所谓“九卿”官职并不限于九。这一官僚制度体系大体为西汉王朝所继承。按照《汉书·百官公卿表上》的说法，这一级别的官职有：奉常，秦官，掌宗庙礼仪。郎中令，秦官，掌宫殿门户。卫尉，秦官，掌宫门卫屯兵。太仆，秦官，掌舆马。廷尉，秦官，掌刑辟。典客，秦官，掌诸归义蛮夷。宗正，秦官，掌亲戚。治粟内史，秦官，掌谷货。少府，秦官，掌山海池泽之税，以给供养。中尉，秦官，掌循徼京师。
略次一级的官职，又有：将作少府，秦官，掌治宫室。詹事，秦官，掌皇后、太子家。将行，秦官掌皇后宫事。典属国，秦官，掌蛮夷降者。内史，周官，秦因之，掌治京师。主爵都尉，秦官，掌列侯。我们看到，秦王朝的政治制度已经相当严整完备。后来有“汉承秦制”的说法，就是说秦代的这一制度为汉代统治集团大体继承沿袭。
在中国古代政治史中，秦代的官制确实有着特殊重要的意义。《汉书·百官公卿表上》说，周政衰败，官制混乱，战国并争，各有变异，秦兼天下，建皇帝之号，立百官之职。汉因循而不革。秦以前的官制还有待进一步研究，然而一般都公认，秦立百官之职，汉代基本因循又经进一步健全之后，确实确立了中国历代王朝官制的基本格局。
中国传统政治体制的基本构架，就这样初步建立起来了。