冯太皇太后去世时，孝文帝年二十四岁，他那有名无实的皇帝已经做到第二十年了。太后生前，不仅亲自决定一切，有时甚至还虐待皇帝。一次，她脾气发作，大冷天把皇帝关在空屋子里，三天不给饭吃。她还打算把他废掉，改立咸阳王拓跋禧（孝文帝弟）做皇帝，后因东阳王拓跋丕（宗室中辈分最长之人），大臣穆泰、李冲等人的力谏才作罢。然而，孝文帝对祖母并不怨恨，只是非常感激拓跋丕等。
历史上，母后掌权时用的人，幼君长大后会将其全部除掉，这种现象屡见不鲜。但魏孝文帝并不这样，例如李冲，他跟他的祖母有极亲密的关系，孝文帝却丝毫不以为意，仍视其为股肱之臣，“及议礼仪律令，润饰辞旨，刊定轻重，高祖虽自下笔，无不访决焉。……君臣之间，情义莫二。”（《魏书·李冲传》）这种情形，历史上好像没有近似的例子。
魏孝文帝对祖母的孝顺是出于衷心，太后死后，他水浆不入口达五天之久。他以改革旧俗、实行汉化著名，这其实与他秉承祖母的教导是分不开的。群臣见他在大丧中哀毁过甚，劝他节哀。他的答辞中有几句极可注意。他说：“祖宗情专武略，未修文教；朕今仰禀圣训，庶习古道……”由此可见，孝文帝认为在冯太后以前，魏的君主只晓得用兵打仗，冯太后才开始振兴文教，他本人受到太后的教导，才懂得“古道”。所谓“古道”，即治国必须依照汉魏的规制。他的这段话，已是在无意中宣布，要把冯太后开始的改革进行下去。
孝文帝在太和二十三年（499年）就去世了，他亲政的时间只有九年，然而取得的成就却是可观的，与守旧势力的斗争也是艰巨的。
孝文帝非常希望能了解南朝的典章制度。太和十七年（493年），机会来了。南朝齐的雍州刺史王奂因故被杀，他的儿子王肃逃奔北朝，孝文帝在邺接见他时，谈得非常投机。王肃谈萧氏有可乘之机，劝孝文帝南征；也谈治国之道和南朝的典章制度。两人越谈越有劲，坐得也越来越近，丝毫不感到疲倦。从此以后，孝文帝对王肃的器重礼遇，丝毫不逊于亲贵重臣，有时谈话还命左右回避。孝文帝把他比拟为春秋时的伍员，君臣之间也自比为刘备与孔明。
在这里，有必要把王肃其人作一点介绍。王肃字恭懿，琅邪临沂人，投魏时三十岁。他在南齐做过秘书丞，并不以才学著称。他的父亲王奂没有多少学问，只有两个特点，一是有才干，能办事；二是信佛。既然如此，那么王肃为什么能够成为“能将南朝前期发展之文物制度转输于北朝以开太和时代之新文化”的人物？据陈寅恪先生的研究，认为“王俭以熟练自晋以来江东之朝政国故，著名当时”，王俭卒于王肃北奔前四年，“是肃必经受其宗贤（笔者按：王俭也是琅邪临沂人，与王肃都是王导的后裔）之流风遗著所薰习，遂能抱持南朝之利器，遇北主之新知。”（本段引文均见陈寅恪《隋唐制度渊源略论稿》第二篇《礼仪》）。
王肃并不是第一个把南朝制度输入北方的人。在他之前，魏文成帝和平六年（465年），宋文帝子刘昶因被诬谋反投魏。献文帝皇兴三年，魏军破宋青州东阳，博昌人蒋少游被俘入魏。太和初年改革朝仪，两人奉命专主其事。李冲等定衣冠制度，向两人咨询，两人的意见常有出入。王俭有礼学专著，王肃因而能掌握“南朝前期制度之总和”，把它输入北朝，“蔚成太和文治之盛”（引文出处同上段）。
王肃能起如此之大的作用，无怪要受孝文帝的高度重用，封汝阳县开国子，任豫州刺史。孝文帝去世时，遗诏任他为尚书令，与咸阳王元禧（孝文帝弟，从太和二十年起，改拓跋为元）等同为宰辅。但是有些贵族，如任城王元澄见他的地位如此之高，看不大惯，一度诬他谋反。王肃本人则小心谨慎，才得无事。宣武帝景明二年（501年），他在寿春任扬州刺史时去世，年仅三十八岁。
现在该回过头来讲孝文帝的改革了。王肃投魏之年，就是孝文帝决策迁都洛阳的同一年。这年五月（即在接见王肃以前五个月），他打算以伐齐为名，行南迁之实，命太常卿占了一卦，因卦象的意义，引起了不同的看法。群臣都不敢说话，只有任城王拓跋澄（这时还没有改姓）敢表示异议。他是孝文帝的堂叔（太武帝的太子晃的儿子云封任城王，澄是云的儿子），身为长辈，素有才学，为宗室领袖，自然较少顾虑。孝文帝听了，板起面孔，说：“社稷是我的社稷，任城这样讲，难道是想破坏我的大局！”任城王并不退缩，说：“社稷虽为陛下所有，臣是社稷之臣，看到了危险，怎么能不讲！”孝文帝寻思了半晌，才说：“各言其志，也没有关系。”
回宫之后，他召任城王进宫，向他解释，道：“刚才怕群臣多有异议，所以话才说得重了一点，叔父想必能够谅解。”然后屏退左右，与任城王密谈，说：“伐齐的确不容易。但是国家崛起北方，迁居平城，这是用武之地，不可文治。现在要移风易俗，十分困难。朕想借南征之名，移居中原。叔父以为如何？”任城王恍然大悟，高兴地说：“陛下要定都中原以经略四方，这正符合周、汉两代兴隆的大道。”孝文帝又说：“北人留恋老家，一定会惊慌闹事，如何是好？”任城王支持皇帝，鼓励他道：“非常之事，不是寻常人所能做得到的。陛下断自圣心，他们尽管不愿意，也只能服从。”孝文帝大喜，称赞他道：“任城真是我的张子房！”君臣两人就此作出了决定。
七月，北魏公开宣布：准备伐齐。八月，孝文帝率大军从平城出发；九月，渡河到洛阳。孝文帝先到旧时的太学，参观石经。过了几天，命先头部队继续进军。次日，孝文帝全身戎装，上马出发。群臣在马前下拜，像是有什么请求的模样。孝文帝先开口问道：“庙算已定，大军即将前进，诸公还有什么话要说？”尚书李冲等说：“这次大举，天下人都不愿意，只有陛下要这么办。臣等不知道陛下固执己见，究竟要做些什么？臣等无话可说，只是不辞万死，请陛下止步！”孝文帝大怒道：“我正要经营四方，统一天下，而卿等儒生，疑虑丛生，使军国大计，屡受阻挠，如再敢多言，斧钺之诛，决不轻饶！”说完，一拎马缰，准备马上出发。几个宗室大臣见状，都哭哭啼啼上前劝谏，孝文帝才借此落篷，宣布：“如果不伐南朝，当迁都于此，王公以为如何？”其中一位便应声道：“如果陛下放弃南征，迁都洛阳，这是臣等之愿，苍生之幸，再好也没有了。”于是群臣都高呼万岁。当时，许多旧人都不愿南迁，但更怕南征；既已南行至此，只得赞成，不敢再生异议。
这是史书告诉我们的场面。但是笔者怀疑这是一出预先排好的戏。李冲和个别宗室是预定的角色。大众欢呼万岁，用一句现代话来说，就是运动群众取得的效果。我总以为这一幕大有做作的味道。
迁都定下来了。孝文帝自己巡行各地，在邺接见王肃就是巡行中的事情。任城王奉命回到平城，向留守官吏宣布迁都的决定。他征引古今史事，说服众人，人心逐渐安定下来，然而思想感情上不愿南迁的仍属多数。第二年即太和十八年（494年）三月，孝文帝回到平城，让群臣发表对迁都的看法，有人便假借没有马不能打仗，河南不出马，所以不宜迁都这一类不赞成迁都的理由。有人提不出别的理由，只说世世代代一向住在平城，住惯了，所以不宜迁都。这些都是不成其为理由的理由，经过孝文帝的批驳，大家也就不敢再说了。
孝文帝的作为也有不够适当之处。这年冬天，他回洛阳后，知道南齐宣城王萧鸾（明帝）废海陵王自立，决定大举攻齐。在迁都之初，人心还没有安定的时候就发动战争，显然是很不明智的。任城王提出了正确的意见，他说：“现在刚从平城迁来的百姓，都有留恋本土的心思。他们扶老携幼，来到洛阳，住房粮食，都没有安排好。而且冬天即将过去（按他说这话的时间在十二月初），春耕在即，大家正忙于造房子，又要预备耕种，而这时要他们披甲执兵去打仗，实在很不妥当。”他见司空穆亮带头赞成南征，公卿争相附和的状况，很是生气。他批评穆亮道：“公等在外面看到发放甲胄武器，都很担忧，平时议论，都不愿南征，为什么在皇上面前就换一种说法。万一出了乱子，都是公等造成的。”任城王的话虽有道理，但孝文帝决心已定，根本听不进去。
太和十九年（495年），魏军攻钟离（今安徽凤阳东北临淮关镇）、义阳（今河南信阳）、寿阳，又攻赭阳（今河南方城）、南郑，但都没有打下来。老臣高闾、鲜卑贵族尚书令陆叡都劝孝文帝收兵回洛阳。陆叡是不愿南迁的，不久以后，还与穆泰等在平城起兵作乱，失败而死。但这次主张撤兵，他提出的两点理由是对的，一是兵士疲劳，天时转热后，必多疾病；二是洛阳城中，官署办公的地方尚付阙如，民夫苦于大兴土木，百官起居仿佛在行旅之中。他讲的当是实况。孝文帝为形势所迫，只能听他们的话，停战撤兵。这次行动毫无收获，反而会助长反对南迁、反对改革旧俗的保守派的气焰。
孝文帝是要把改革旧俗的斗争进行到底的。太和十八年十二月，他宣布士民禁止胡服。十九年六月又下诏：在朝廷上不得讲鲜卑语，违者免官。
这两道禁令引起很大的反感，群臣的态度，绝大部分是“入则顺旨，退则不从”。禁止在朝廷上讲鲜卑语的诏书发布之前，孝文帝和群臣有过一次对话。孝文帝的目的是希望群臣支持改革旧俗。他先问：“卿等是希望朕远追商、周还是只希望连汉、晋都不如呢？”大家毫不思索地答道：“臣等愿陛下超越前代君王。”孝文帝顺着口风问道：“既然如此，那么应该变风易俗，还是应该因循守旧呢？”群臣听出皇上的用意了，他们不肯作出正面的回答，模棱两可地道：“愿陛下圣政日新。”为什么这是两可之辞呢？因为他们用的是《礼记·大学》“汤之盘铭曰：苟日新，日日新，又日新”的古话，没有对是否赞成废除鲜卑旧俗表示态度。孝文帝再问：“那么只为朕一身，还是要传给子孙呢？”这个问题好回答，他们一致道：“愿百世相传。”孝文帝说：“既然如此，那么必须改革，卿等不得违拗。”群臣又顺从地答道：“上令下从，谁敢违拗！”对话进行到此，孝文帝已经把群臣逼到只能赞成，不能反对的地步，他才把当天的主题亮将出来，说：“孔夫子说得好：‘名不正，言不顺，则礼乐不可兴’。现在决定禁绝北语，一律改说中原正音。年在三十以上的，一时也许难改。三十以下，现在朝廷的人，语音不得照旧。如有故意违背的，要分别降、黜。大家要切实遵行。朕作此决定，王公以为然否？”当时在场的人，恐怕不以为然的居多，但是口里都说：“实如圣旨。”孝文帝明知许多人口是心非，便举出一个例子来，说：“朕曾和李冲谈过这件事。李冲说：‘四方之人，口音不同，不知道谁的好。我看皇帝说什么话，便作为正音好了。’李冲说这话，其罪当死！”他又在杀鸡给猴子看，对李冲说：“卿负社稷，该使御史把你拉出去！”李冲连忙取下帽子，顿首谢罪。孝文帝又责备御史道：“昨天望见女人仍旧穿夹领小袖子的衣服，卿等为什么不遵守上次的诏书！”御史们吓得一个个都顿首谢罪。最后，孝文帝郑重地说：“朕的话如果不对，卿等该当面提出，怎么可以入则顺旨，退则不从呢？”
在这一年里，孝文帝还推行了其他几项措施。
其一，有位亲王病故，他的妃子先已去世，葬在北都。有关方面请示：亲王该葬在哪里。孝文帝指示：“迁洛的代郡之人，死后都葬在邙山（在洛阳的北面）。凡丈夫已葬在代郡的，妻子死后可以回葬北方；丈夫在洛阳去世的，不得还北方就妻。”他随即下诏：“迁洛的百姓，死后葬在洛阳，不得回北。”于是迁洛的代人，其籍贯都改为河南洛阳了。
其二，在洛阳设立国子学、太学、四门小学（东、西、南、北四门小学，训教贵族子弟）。
其三，魏以前不用钱，本年铸太和五铢钱，命公私使用。
太和二十年（496年）正月，孝文帝又宣布实行一项在当时可以说是非常激烈的措施：改变鲜卑人的姓氏。他宣称：“北人把土叫做拓，把后（君主）叫做跋。魏是黄帝的后裔，以土德为王，所以叫做拓跋氏。土为万物之元，所以改姓元氏。”其余鲜卑人的姓氏，如拔拔氏改长孙氏，达奚氏改奚氏，乙旃氏改叔孙氏，丘穆陵氏改穆氏。步六孤氏改陆氏，贺赖氏改贺氏，独孤氏改刘氏，贺楼氏改楼氏，勿忸于氏改于氏，尉迟氏改尉氏等等。前文所提到的如长孙嵩、叔孙建、于栗磾、陆丽、陆叡等，从魏收《魏书》起，已经从简用改过的姓。这是应当说明的。
魏晋重视门阀，使少数大姓势族有特殊的社会地位。这本来不是什么好事情，孝文帝羡慕华风，连这件事也要学。北朝统治者是少数民族首领，要限制汉人大族特权并不很难，以前崔浩要“大整流品，明辨姓族”，无法实现，但孝文帝却是以鲜卑族皇帝的身份来办理这件事情。他把鲜卑的穆、陆、贺、刘、楼、于、奚（或作嵇）、尉定为八姓，即鲜卑的高门，与汉人的范阳卢氏、清河崔氏、荥阳郑氏、太原王氏四姓以及赵郡李氏处于同等地位。他还命六个兄弟中的五个分别与李、郑、卢等汉族高门通婚，只有一个与穆氏结亲。北魏皇族早已与汉人通婚，这次的安排是高门对高门。
以上各姓是最上层的。另外，地方上还有郡姓。有个争郡姓的故事，最能说明当时社会风气。薛氏该不该算河东的郡姓？一般都认为该算，孝文帝却独持异议，说早年有个薛永跟刘备到了蜀中，应该算蜀人，不能列入河东郡姓。其时有个直阁（统率宿卫侍从的军官）河东薛宗起，正执着戟站在殿下，他听见孝文帝的话，便跨出行列，上前争辩。他说其先人曾到蜀中，经过两代，便回到河东，至今又已六代，并非蜀人。他最后气呼呼地道：“算不上郡姓，活着有什么意思！”手上一使劲，把戟折断，丢在地上。薛氏竟因此争辩得以列入郡姓。孝文帝还笑眯眯地对他说：“卿不该叫‘宗起’，实在是‘起宗’啊！”
孝文帝分别姓氏高低，当时就有人不以为然。李冲说：“傅说、吕望，岂可以门第得之！”秘书令李彪说：“陛下若专以门第取人，那么不知春秋鲁国三卿（按：即所谓三桓的季孙、孟孙、叔孙三氏）是否及得到孔门四科（孔门有德行、言语、政事、文学四科）？”著作佐郎韩显宗说：“陛下怎么可以让贵者世袭贵显，贱者永无上进之路！”孝文帝对他们的言论都不肯接受，只说非常之才世所难得，若有其人，可以不拘常制而已。
总之，孝文帝是要彻底革除旧俗，把南朝的典章制度全部搬将过来。他的改革促进了汉族与鲜卑族的融合，在历史上是有巨大贡献的。然在当时，却引起了一部分鲜卑人的强烈反感，其中也包括他的儿子太子元恂。
元恂不过是个十四岁的孩子，却成了反对革除旧俗的先锋。他身体肥胖，嫌河南太热，一直想回北方。孝文帝给他汉人的衣冠，他背着父亲便常穿鲜卑族的服装。东宫官中庶子高道悦谏过他好几次，他恨得要命。太和二十年（496年）八月中，他乘父亲到嵩山去的机会，带上左右心腹，逃往平城，临走时，还亲手把高道悦杀死。中领军元俨领卫兵拦截，闹到天夜，方才平息。次日一早，尚书陆琇飞马出城，向孝文帝报告。孝文帝大惊，令严守秘密，并且故示镇静，不立即赶回去。他回宫后，召太子来见，痛加训责，还与兄弟咸阳王元禧两个轮流动手，把元恂打了一百多棒，然后命人把他扶出去关禁起来。这一顿打得着实重，元恂躺了一个多月才能起床。
闰十二月，孝文帝把元恂废为庶人，安置在河阳无鼻城，派兵看守。次年三月，御史中尉李彪秘密上表，说他仍谋作乱。孝文帝令人带毒酒到河阳，逼他自杀，其时年仅十五岁。
太和二十年冬，还发生过一个事件。新任恒州（治所在平城）刺史穆泰与尚未离任的旧官陆叡同谋，拟拥朔州刺史阳平王元颐，发动叛乱。幸而陆叡不主张立即行动，元颐又假装同意，立即向洛阳报告，孝文帝即派任城王元澄前往镇压。结果，穆泰率部西向朔州，想与元颐会合，却被元澄所派先头部队击败擒获。元澄到了恒州，逮捕陆叡等人。一场叛乱还未及爆发就被平定了。
消极抵制比武装叛乱更难对付。朝堂上满座红袍，个别贵族如新兴公元丕仗着宗室长辈的身份，经常不改装束，有时改了，也穿戴得不成样子。孝文帝没有办法，只得不管。鲜卑族女子仍旧戴帽子，穿小袄。孝文帝问任城王，任城王推说改装的多，不改的少，敷衍过去，孝文帝很不满意。
然而，从长远看来，孝文帝的改革是成功的。鲜卑人南迁后，汉人和鲜卑人在血统上相互融合，风俗上、生产上互相学习。他的政策顺应了历史潮流，而那些企图阻碍历史潮流进展的势力，不管怎么强大，最后总是要灭亡的。
太和二十三年（499年）四月，孝文帝去世，享年仅三十三岁。太子元恪即位，是为世祖宣武帝。历史记载告诉我们：在公元6世纪初的宣武帝景明、正始年间，北魏文风大盛，燕、齐、赵、魏之间，教授者不可胜数，其弟子多的有一千余人，少的也有几百人。这虽则是在太和以后，然足以说明北朝文化日益发达的事实，大河南北已经完全摆脱了西晋末年丧乱以来停滞落后的状态。