淝水战后不久，东晋上下内外协和的局面不幸消失了。太元八年（383年）八月，在宰相谢安命将出师的时候，又命琅邪王司马道子录尚书六条事（录尚书事什么都管，加“六条”，意为只管六条范围以内之事，内容从略）。司马道子是孝武帝的兄弟，而且是一母所出，所谓“亲贤莫二”。这个任命是否有牵制谢氏的用意呢？笔者认为是有的。太元十年，谢安去世，就以道子领扬州刺史、录尚书、都督中外诸军事，大权都掌握在他的手里了。他后来被改封为会稽王，下文就称他为会稽王道子，或单称其名。
道子信任王国宝（王坦之的儿子，谢安的女婿，谢安发觉他品质恶劣，不加任用）。朝政浊乱，徭役繁重，据范宁（参见第二十九篇）说，当时百姓“殆无三日之休，至有生儿不复举养，鳏寡不敢嫁娶”的情况。
孝武帝太元二十一年（396年）九月，张贵人因恐色衰被废，用被蒙住孝武帝的头部，使他窒息而死，推说“因魇暴崩”。司马道子昏庸糊涂，竟没有追究。太子司马德宗即位，是为安帝。安帝是晋朝第二个白痴皇帝，连冷热饥饱都分辨不清，朝政自然更不必说。司马道子和王国宝更加肆无忌惮，道子甚至把东宫的兵都让国宝率领。
安帝隆安元年（397年），镇守京口的兖、青二州刺史王恭派使者到江陵，与荆州刺史殷仲堪商议起兵讨伐王国宝。这时桓温的儿子桓玄正在荆州。玄字敬道，很有才气。太元末年，曾被任为义兴太守。他郁郁不得志，登高望震泽（太湖），叹道：“父为九州伯（九州指天下；伯，霸主），儿为五湖长！”即弃官而归。他在荆州闲居，很为殷仲堪所尊重。他劝仲堪与王恭同盟起兵，说这是齐桓、晋文的举动。
司马道子懦弱无能，听得东西两面要同盟起兵，便把一切问题推在王国宝身上，责令他自杀，派人去向王恭谢罪，于是风波暂时平息。
道子的儿子元显，年才十六岁（道子本人也不过三十三岁），他却不肯罢休，说必须防备王、殷异动。道子就任命这个大男孩做将军，让他统率一部分军队。道子又结谯王司马尚之及尚之的兄弟休之做心腹，一同筹划对付王、殷的策略。
隆安二年（398年），王、殷果然再次起兵。道子害怕，不知如何是好，把事情都交给元显，自己一味饮酒，逃避到醉乡中去。元显很有点勇气，但不过是个没有实际经验的纨绔子弟而已。王恭军的内部矛盾却帮他解脱了这次危机。
王恭用的是北府兵。北府兵大将刘牢之不赞成起兵，又受元显使者的游说，把王恭抓起来，送到建康处死。其时，殷仲堪用杨佺期为前锋，桓玄领第二拨队伍，自己随后，已经进逼建康。会稽王道子用桓脩（桓冲子）的计策，宣布用桓脩代殷仲堪为荆州刺史，任桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史。桓、杨大喜，要接受朝命。殷仲堪大怒，命将士退兵。桓、杨掌握不住所领队伍，只得仍与仲堪合作。朝廷无可奈何，把荆州还给殷仲堪。从此桓玄屯兵夏口，与殷、杨貌合神离。道子父子又渡过了第二次危机。
这年，东部还发生了天师道首领孙泰起事的事件。孙泰是钱塘（今杭州）人杜子恭的徒弟，做过新安太守，信奉他的人极多。他以讨王恭为名起兵。会稽王道子使元显把他诱杀。信徒们都认为他是尸解成仙。孙泰的侄儿孙恩逃到海岛上，纠合死党，准备报仇。
隆安三年（399年），荆州桓玄与浙东孙恩都强大起来，已不是司马道子、元显父子所能制服的了。以后，从北府兵中崛起的刘裕经过几年的努力，先后消灭了这两股势力，东晋的实权也完全落到刘裕的手里。
晋朝弄到如此地步，司马道子、元显父子不能辞其咎。司马道子有病，而且每天都喝得大醉。元显便让朝廷解除他的司徒、扬州刺史官职，由他自己做扬州刺史。道子酒醒知道后，大光其火，但已毫无补救的办法。
这个十八岁的权奸以庐江太守会稽人张法顺为心腹，满朝文武都怕他们两人。当时东部各郡有许多原来的官奴，他们被免除奴隶的身份后，做了官吏士人的客户（佃客之类）。元显把他们征发到京师当兵，叫做“乐属”。被征当兵的自然不“乐”，那些失掉客户的官吏士人也都抱怨。这年十月，孙恩乘此机会，从海上起兵登陆，杀死上虞县的县令，进攻会稽郡的郡治。
会稽内史王凝之也信奉天师道。他得到孙恩起兵的消息后，不出兵，不布防，天天在府里的道室中拜神念咒。属员请他发兵，他说：“我已借到几万鬼兵，扼守各处要隘，不怕贼兵来犯。”等到孙恩兵近，鬼兵影踪不见，他才准许部下出兵，然而已经来不及了。孙恩打破郡治，杀死王凝之。王凝之的妻子谢道蕴（谢安兄谢奕的女儿）是著名的才女，她拔刀出门，杀了几个人，才被擒获，孙恩倒没有杀她。吴郡、临海（今属浙江）、义兴（今江苏宜兴）的地方长官都闻风逃走。会稽、吴郡、吴兴（今浙江湖州）、义兴、临海、永嘉（今浙江温州）、东阳（今浙江金华）、新安（今浙江淳安）八郡的党徒，一时起兵响应，十来天中，发展到了几十万人。朝廷直接统辖的地区几乎全部失陷，建康城内也有潜伏的党羽，形势紧张极了。
晋谢琰、刘牢之统兵镇压孙恩。孙恩所部都是乌合之众，哪里敌得过久经训练的官军。谢琰很快收复了义兴、吴兴，留屯乌程（今浙江湖州），使刘牢之继续进军，渡浙江（钱塘江），收复浙东各郡。
孙恩只靠天师道煽动群众，其实并无作为。他起初听到八郡响应，洋洋得意，对部下说：“天下大局已定，我辈不久就可以到建康去了。”后来知道刘牢之军到达江边，才有点失望，但仍自欺欺人地说：“我占有浙东，还可以做个勾践！”又过了几天，知道刘牢之军已经渡江，便老着面皮说：“孤不以逃走为耻辱！”下令叫男女信徒二十多万人跟着逃走，并沿途抛弃财物子女。官军急于掳掠，追得慢了，孙恩才得以脱身，逃上海岛。
孙恩起得快，败得也快，然而事情并没有完。刘牢之纵兵劫掠，士民大失所望。各处城里的居民几乎逃光，过了个把月，才慢慢地有人回来。官军的暴行正是为孙恩的再起布下的种子。
这场为时短暂的战役使一个人崭露头角，他便是后来成为南朝刘宋开国皇帝的刘裕。刘裕字德舆，小名寄奴，彭城人。《宋书·本纪》说他是汉朝帝室后裔，这种事谁搞得清楚，无非是以认个阔祖宗为荣而已。“寻根”是好的，但是以不耻贫贱为善。刘裕出身贫苦，种过田，捕过鱼，赌输了拿不出钱，被大族刁氏绑在系马的桩子上，是个出自草莽的英雄。当时他在刘牢之部下只做个参军，有一次奉命率几十个人打探敌情，遭遇敌军几千人，他率部迎击，手下全部阵亡，他也从高处跌下。敌兵想下去杀他，他执长刀向上砍杀了好几个人，奋身上去，大喊杀贼，杀得敌兵都不敢上前。刘敬宣见刘裕出去的时间太长，恐怕有失，领兵往寻，见他独当几千敌兵，无不钦佩，于是进兵杀败了这支敌兵。刘裕从此成为名震一时的勇将。
在东部各郡扰攘之秋，西部也不太平。殷、杨和桓玄三个人，各有特点。殷仲堪多疑，缺乏决断能力，不是干大事业的材料。杨佺期的远祖是汉朝望族，因渡江较晚，被名门大族看得低人一等，而佺期本人也确有粗犷的缺点。桓玄与父亲比较，显有逊色，但才力在殷、杨之上。殷仲堪联杨制桓，但又不能完全信任佺期，这样的联合自然必败无疑。朝廷要分化这三人，即因桓玄要求增加所统范围，加桓玄都督荆州四郡军事（四郡指长沙、衡阳、湘东、零陵）。杨佺期想先动手，袭击桓玄，殷仲堪不肯，苦苦劝阻。杨佺期无可奈何，只得歇手。
殷仲堪不肯动手，桓玄却反要先下毒手了。这年荆州大水，殷仲堪尽力救灾，把仓库存粮都用光了。桓玄乘此机会，以杨佺期不救洛阳为借口，发兵西上，进攻江陵。殷仲堪召杨佺期来救，杨佺期认为江陵缺粮，难以拒敌，要他到襄阳去。殷仲堪心慌，就骗杨佺期说已经收集了大批粮食。杨佺期信以为真，领兵到江陵，才知道上了当。桓玄兵到，打败杨部，杀死杨佺期。殷仲堪想逃往北方，也被追兵擒获杀死。
荆、襄都到了桓玄手里。隆安四年（400年），朝廷不得不依照他本人的意愿，任命他都督荆、江、司、雍、秦、梁、益、宁八州及扬、豫八郡诸军事，领荆、江二州刺史。桓玄自说自话，使兄桓伟做雍州（襄阳）刺史，侄子桓振做淮南太守。这样一来，西起蜀中，东到历阳（今安徽和县）、芜湖，都在桓玄的势力范围之内了。桓玄是个野心家，事实上已显而易见。朝廷（实即司马元显）要分化三人，欲扬桓抑殷，可谓愚蠢之至。
司马氏的国运已经危如累卵了，然而司马元显和他的一伙却自我感觉好得很。元显也当上了录尚书事，和父亲道子各有一座府第。人们叫道子为东录，叫元显为西录。东录门前冷冷清清，西录门前一天到晚停满了车马。元显的亲信不是自命为豪杰，就是自诩为风流名士（风流指风度）。元显骄傲自大，公卿百官见了他都拜。政府财政困难，元显的家财却日增月长。这种情形，显然是难以长久维持的。
孙恩一直在海岛上窥伺时机。晋谢琰镇守会稽，他自负十几年前大破苻坚大军的战功，不把“孙恩小贼”放在心上，戒备松懈。隆安四年五月，孙恩再次登陆，攻陷余姚、上虞，进迫会稽。谢琰亲自领兵出战，兵败后被部下所杀。孙恩越闹越厉害，晋朝只有再令北府兵出征一法。十一月，刘牢之领兵东征，孙恩又撤到了海岛上去。
隆安五年（401年），孙恩改变进兵方向，北上攻海盐（今属浙江），但为刘裕所败。孙恩沿杭州湾北岸进军，击退刘裕的追兵（刘裕带的是一支不满一千人的小部队）；五月，攻陷沪渎（在今上海市青浦东北旧青浦西），杀吴国内史袁山松；六月，沿长江西进到丹徒（今江苏镇江东丹徒镇），所部有海船一千余艘，战士十多万人。建康为之震动。
元显害怕了。桓玄听到孙恩进逼京师，立即集结军队，上疏请讨孙恩。元显对孙恩、桓玄都怕，无论哪一个来，自己都必死无疑。幸而刘裕带的小部队日夜赶路，和孙恩同时到达丹徒。孙恩并不注意这支小部队，他率领一部分人众，登上了江边的蒜山（今存孤峰，其余部分已淹没）。城中的守军不敢出战，穷苦的百姓并不害怕，有些挑着担子走路的人索性立定了看陌生的队伍。刘裕却不顾疲劳，指挥所部，冲杀上去。孙恩的将士仓促遇敌，惊慌失措，乱逃乱奔，跳山落水的为数很多，他本人也狼狈不堪地逃回船上。然而，他毕竟人多，整顿了一下队伍，便继续向建康推进。幸而援军渐次集中，刘牢之也赶到京口以西江中的新洲，于是孙恩不敢再进，退出长江，由海道北上到郁洲（在今江苏灌云东北）。朝廷嘉奖刘裕的功劳，任命他做下邳太守，追击孙恩。孙恩连战失利，扬帆南撤。十一月，刘裕又在沪渎、海盐大破孙恩军。孙恩浮海远逃，势力远不如前了。
孙恩从建康附近撤退后，桓玄宣布解严。元显方才惊魂稍定。然而，不久之后，桓玄对朝政的责难又使道子、元显紧张起来，于是张法顺献计，用刘牢之为前锋，元显自率大军随后，讨伐桓玄。这条计如能实施，也未必能够成功。更糟的是：张法顺面见刘牢之商量此事，刘牢之以为难办。张法顺还见元显，说刘牢之不可靠，不如先把他杀掉。元显不听，后来果然出了乱子。
安帝元兴元年（402年）正月，下诏宣布讨伐桓玄，元显自任元帅，仍用刘牢之做前锋都督。桓玄得到在建康之族人的密报，吃了一惊，想采取守势，坚守江陵。长史卞范之说：“元显口尚乳臭（这年元显虚岁二十一），只要兵临近畿，马上会出现土崩瓦解的形势。”桓玄才发布檄文，宣布元显的罪状，发兵东下。元显见了檄文，胆战心惊，二月，下了船却不叫开船。在另外一头，桓玄出发后，老是怕不能得胜，预作返回江陵的打算，船过寻阳（今江西九江西），还没有发现官军踪迹，胆子才壮起来。如此看来，两军的统帅都怀着一肚子鬼胎，元显当然是无能之辈，但桓玄也不是真豪杰，还够不上奸雄的资格。
这是一次儿戏式的战争。桓玄军一鼓攻克历阳（今安徽和县），如此而已。刘牢之到了建康西南长江中的溧洲，便按兵不动。他听了桓玄所派说客的话，决心倒戈。他的儿子敬宣、外甥何无忌和参军刘裕都劝他不要走这条路，他固执不听，理由是“平玄之后，令我奈骠骑何！”骠骑指元显，他的官是骠骑大将军。刘牢之素来讨厌元显，他实在想先和桓玄合作，除掉道子、元显父子，然后再找机会推翻桓玄，取而代之。他以当代名将的资格，自以为有条件做到这一步，而不知一反再反，终于众叛亲离，陷入灭亡的境地。
三月，刘牢之投降。桓玄兵到建康，只喊一声“放仗（放下武器）！”元显率领的军队便溃散了。元显走马进东府，跟随他的只有张法顺一人一骑。元显问父亲怎么办，道子只对着他哭。捉他的人紧跟着来了，元显成了阶下之囚。
桓玄进了建康，自任（当然号称有诏书）都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐、荆、江三州刺史，假黄钺。他废黜会稽王道子（不久被毒死，年仅三十九岁），杀司马元显、张法顺等。他任刘牢之做会稽内史，牢之见一上来就被剥夺兵权，要想造反，部下都不愿意。刘裕认为“桓玄新近得志，威震天下”，反他是不可能成功的。参军刘袭说得最干脆，“将军往年反王兖州（兖州刺史王恭），近日反司马郎君，现在又要反桓公，一人三反，何以自立！”他说完就头也不回地走了，将佐僚属也多半离他而去。刘牢之走投无路，自缢而死。刘敬宣与宗室司马休之等逃投后秦。
刘牢之既死，桓玄除掉了一块心病。同年，孙恩在临海被当地军队打败，跳海而死。余部只剩几千人，推孙恩的妹夫卢循为首。桓玄想安抚这股力量，便任命卢循做永嘉太守。卢家本是北方大族，卢循本人也很有学问，做个太守完全能够胜任。然而他并不想做这个官，不久又攻打邻近州县。桓玄派刘裕前去镇压，卢循立足不住，便和部将徐道覆航海南走到岭南去了。他们以后还要和刘裕一决雌雄，事见下篇，这里不提了。
桓玄一步步地向皇帝的宝座迈进。元兴二年（403年）正月，任大将军。这自汉以来已是司空见惯。做这官的必定专擅朝政，九月，即命桓玄为相国，封楚王，加九锡。十月，逼晋安帝写禅位诏，禅位于楚。十二月，桓玄在姑孰即位做皇帝，国号楚。
刘裕等的就是这个时机。当初桓玄新得天下，人们希望他改变会稽王父子的弊政，使天下稍得安宁。但是他奢华放纵，大兴土木，改造宫室，逼得很紧；人家有好的书画、园林，也想方设法占为己有。他于政事没有什么兴革，却只抓些无关紧要的小事，如奏事的文书上写错了个别字之类，以表示什么都瞒不过他，而积压大量奏案，不去处理。他又想废钱用谷，恢复肉刑，加以想法多变，朝令夕更，把政事搞得一团糟。天也不帮忙，元兴元年，江南浙东大灾饥荒，富人穿着绸衣，怀藏金玉而饿死的大有人在，穷人是更不消说。这虽不能由桓玄负责，但自桓玄来后就出现这样的重灾，人们是不会不怪到桓玄头上去的。
元兴三年（404年）正月，益州刺史毛璩首先宣布讨桓，发兵东下。二月，刘裕和刘毅、何无忌等又在京口起兵。这三个人，照桓玄的认识，“刘裕足为一世之雄；刘毅家里存粮不满一石，赌起钱来敢一掷百万；何无忌酷似其舅（刘牢之）。”他们都是敢作敢为富于冒险精神的人物。
二月二十七日，刘裕推说打猎，和何无忌纠合了一百多人。次日早晨，京口城门刚开，何无忌身穿传诏书的服装，诈称朝廷使者，当先进城，一百多人跟着一拥而入。守将桓脩大概连真假还没有弄清楚，便被砍了脑袋。刘裕得了京口，军中急需一个处理事务的主簿，刘毅推荐刘道民，说没有比他更适当的人了。道民是刘穆之的小字，他字道和，莒县（今属山东）人，博览群书，有文才，做过官，也有吏才，这时正闲居京口。刘裕也知道这个人，立刻派人去请。他听见城里喧闹，出来探望，正与使者相遇。他一上任，一切事务很快都有条有理。
京口对岸的广陵，有桓弘驻防。他的主簿孟昶、参军刘道规（刘裕弟）都参与反桓密谋。举事之前，刘毅到了广陵，决定与京口同一天发动。孟昶劝桓弘打猎，天还没有亮，开城门放猎人出城。孟昶和刘毅、刘道规带几十名壮士进府，桓弘还在吃粥，就被杀了。他们随即率众渡江，与刘裕会合。
刘裕尽管取了两座名城，军队却不过一千七百人。二十九日，他发布檄文，宣布讨伐桓玄。桓玄得报大惊，命吴甫之、皇甫敷率军拒敌。三月，刘裕在江乘（今江苏句容北）遇吴甫之军，一战大胜，斩吴甫之。进至江乘以南的罗落桥，遇皇甫敷军，发生激战。刘裕军初战不利，他自己也被敌兵重重包围，靠着大树苦战，幸而援军赶到，射倒皇甫敷，才反败为胜。
桓玄得了二将死讯，更加害怕，命桓谦等率众二万在覆舟山（在今南京太平门西侧）待敌，他自己命人备好船只，预作逃走打算。
三月初二，刘裕军饱餐既毕，抛弃余粮，推进到覆舟山东。刘裕命弱兵登山，多张旗帜。桓谦得探子报告，只知道山谷中全是刘裕军，不知道有多少，胆先怯了。刘裕、刘毅等分作几队，直前冲击。刘裕身先士卒，将士人人死战，喊声惊天动地，又趁东北风急，放火焚烧，烟焰漫天。桓谦带的兵，大部分是北府旧兵，对刘裕又怕又服，都不愿意为桓家出力，很快就溃散了。
桓玄得了败报，出城上船，浮江而去，到了寻阳，又带上囚徒晋安帝，于四月中回到江陵。他自称算无遗策，只因诸军违背了他的节度，才陷于失败。凡此种种，再次说明他不是一个好的政治领袖。
桓玄仍想反扑。五月，峥嵘洲（在今湖北鄂州境江中）之战，刘毅、何无忌、刘道规一举把他的水军击败。桓玄常在座船旁备有小船，预备战况不利时先逃，因此士气甚是不振。他回到江陵，见人心已乱，谁也不听他的号令，就带了少数随从出逃，在江陵以南的枚回洲，被益州兵杀死。
刘毅、何无忌等行动迟缓，又不知道桓玄已死，桓振因此得以据守江陵，与东军相持。但这只是垂死挣扎而已。义熙元年（405年）正月，刘毅等进入江陵，迎安帝回建康。桓振还在苦战，甚至一度再进江陵，不久终于战死。
桓氏灭亡了。晋朝也变成刘裕的天下。
附带交待一件事。蜀兵不愿东征。毛璩于下令东进攻桓振时被变兵杀害。参军谯纵称成都王，蜀中又出现了割据的局面。