建康（今江苏南京）是孙吴、东晋、宋、齐、梁、陈六朝的都城。这座城东倚钟山（紫金山），西踞石头山（清凉山），相传诸葛亮有“龙蟠虎踞”的赞语。东晋南朝时，建康城在今玄武湖南，南城墙距秦淮河约有五里，西城墙距长江也有相当的距离。城中还有台城，宫殿官署都在台城里面。城西的清凉山有座石头城，石头城负山面江，西南面即秦淮河入长江之口，形势极为险要。当年孙权在这里筑城，显然是作为江防要塞的。秦淮河边上另有西州城，是扬州刺史的治所。它的东面有东府城，是宰相和扬州刺史的府第所在。这些城起先都是土城，从东晋末年到南齐，逐渐改用砖砌，才愈显得气势宏伟（隋灭陈，把建康城拆毁，现存的南京城墙系明初所建）。
历史地看，建康城不论造得如何坚固，它的安危存亡却是取决于上游的形势。如果对手掌握了长江中游的重镇，建康就很容易变成危城，从晋初王濬楼船下益州，到清代太平军从武汉东下破江宁，无不如此。东晋南朝于此也有教训，最早是见于晋元帝时的王敦叛乱。
王导、王敦堂弟兄两人，本来一内一外，辅佐晋元帝，以稳定半壁江山的统治。但是，一个家族的权力太大，总是帝王所不愿意看到的。所以，元帝即位后，就重用琅邪王幕府中的两个旧人，以刁协为尚书令，刘隗为侍中。刁协字玄亮，渤海饶安（今河北盐山西南）人，做过本郡大中正，也曾在成都王颖、赵王伦、长沙王乂手下任职，因谙熟朝廷制度，渡江后就入琅邪王幕府。东晋定都建康后，朝制初创，众臣对各种礼仪制度都很陌生，无论什么事都要向他请教。元帝重用这样一个人，是理所当然的。刘隗字大连，彭城（今江苏徐州）人，长于文史，做过彭城内史，也在渡江后入琅邪王幕府。琅邪王任丞相时，他做丞相司宪，执法很严。南中郎将王含（王敦之兄）曾一次要求他任命参佐和地方守长二十多人。刘隗认为一次任命太多不妥，而且其才能资格与职位又不相符，便提出劾奏。他敢碰王家，王家自然讨厌他。
元帝即皇帝位后，两人受到重用，更是处处维护皇权，以抑制大族。对此王导有些不满，但也没说什么。王敦却从荆州上疏，说：“导顷见疏外”，请元帝回忆过去说的“吾与卿及茂弘（王导字），当管、鲍之交”，这就等于责备元帝食言，最后希望他能始终信任王导。这道奏疏到了建康，被王导退还给王敦，但王敦再次派人送交元帝。从疏中王敦自述任外官近十年的话来看，王敦上疏的时间，大约是在大兴三年（320年。王敦于永嘉五年[311年]以扬州刺史出讨江州刺史华轶，以后一直在外）。
就在大兴三年，梁州刺史周访去世，元帝调湘州刺史甘卓到梁州。对此，王敦上表，请求调宣城内史沈充为湘州刺史。沈充字士居，是吴兴的土豪，做过王敦的参军。王敦推荐沈充，显然是要把老部下安插在近处（湘州州治长沙，与荆州是邻郡）。元帝没有同意，但改派了谯王司马承到湘州。谯王承比元帝长一辈，为人忠厚，向为元帝所信任。元帝曾把上述王敦为王导诉怨的奏疏给他看过（《通鉴》记此事于本年，也是王敦于本年上疏的一证，但未必是确证，因为司马光常把有关的事情放在一起叙述），并说：“王敦把话说到如此地步，如何才好？”谯王承便说：“不早处理，必为后患。”这次派他到湘州去，元帝就告诫他，要“据上流之势”，以防范王敦。王敦也明白元帝派司马承的用意，不过他知道司马承不是将帅之才，所以根本没把他放在心上。
从上述情况看，我们似可断定：元帝和王敦的矛盾，在大兴三年就已表面化了。而一旦如此，政局也就难以预料了。
大兴四年（321年），朝廷任命戴渊为司州刺史，镇合肥，刘隗为青州刺史，镇淮阴，这表面上是要加强北部边防（北方石勒），实际上却是针对王敦而来。在任命两人的前两个月，元帝还采用刁协的建议，下诏将中原南迁百姓在扬州各郡沦落为大族“僮客”的人免除其僮客身份。所谓僮客，就是家奴。免除僮客身份，就是让这些人恢复他们平民百姓的地位，这无疑损害了大族的利益，也不免会受到大族怨恨。但是，东晋政府采取这措施，并不是为僮客着想，而是要把他们从大族手里挖出，用他们来充实中央的军事力量。据王敦起兵时上疏中的“今便割配，皆充隗军”两句看，这些人以后都被拨到刘隗部下服兵役去了。《晋书·戴若思传》（渊字若思，《晋书》因“渊”字犯唐高祖讳，称字不称名）也说：“调扬州百姓家奴万人为兵配之”。由此可知，当时好不容易从北方逃出的人，到了江南，不是被逼为奴，就是被迫当兵，不管做什么，都是受苦受难。
永昌元年（322年），王敦以讨伐刘隗为名，在武昌（今湖北鄂州）起兵，声称“隗首朝悬，诸军夕退”。兵到芜湖，他又上表指斥刁协。王敦起兵时，沈充也在家乡吴兴（今浙江湖州）起兵响应，王敦即任沈充为大都督、督护东吴诸军事。元帝得讯大怒，下诏讨伐王敦，命戴渊、刘隗两军入卫建康。
王敦叛变，建康城里处境最难的是王导。他每天一早就率领宗族二十多人到宫门口请罪，等候发落。刘隗到了建康，与刁协都劝元帝把王氏全族处死。元帝虽未允准，但究竟应该怎样对待王导，他一时也在犹豫不决。在这个问题上起决定作用的是尚书左仆射周。周进宫见元帝时，王导见了，喊他道：“伯仁（周字），我全家百口的性命都拜托你了！”但周头也不回就进了宫。王导以为他没有相救之心，非常不满。但是他见了元帝，却极言王导忠诚，不能治罪。元帝被他打消了疑虑，才又召王导进宫，表示对他完全信任。
三月，元帝发布诏书，称赞王导是能够做到大义灭亲的忠臣，任命他做前锋大都督，命周札守石头城，刘隗守江中蒲洲上的金城；另外，使甘卓都督荆、梁二州诸军事，陶侃领江州刺史，以攻击王敦的后方。
王敦的兵马从芜湖到建康，沿江而下不足二百里，很快就兵临城下。他采纳部将杜弘的计，首攻石头城。杜弘了解周札为人刻薄寡恩，士卒不肯为他所用，所以石头城不论如何险固，却是最好攻取的地方。果然，杜弘兵到，周札无法抵抗，只得投降。元帝命刁协、刘隗、戴渊等反攻，想夺回石头城，都大败而归。
一战结束后，王敦放纵士卒劫掠，建康大乱。元帝身边只有一位安东将军刘超领兵侍卫。元帝气愤道：“要我的位子，早点说好了，何必把百姓害得这等模样！”他派人向王敦传话：“公若不忘本朝，就此息兵，天下还可以维持。如其不然，朕当仍归琅邪旧邸，以避贤路！”他已做好了被废黜的准备。
刁协、刘隗狼狈不堪地来见元帝。元帝痛哭流涕，令两人赶快逃走。刁协年老，马也不会骑，随从又都逃散，他逃到江边，就被人杀了。刘隗则逃往后赵，后来在那里官做到太子太傅。
王敦并不废黜元帝，但这个皇帝也只是徒具名义，朝中任何事情都由王敦作主。周、戴渊，一个汝南安成人，是来自北方的有声望人物；一个广陵人，是东南本土的俊彦。这两人都有一个特点，同王敦说起话来，针锋相对，不肯屈服半点儿。王敦正要做些事情压服众人，便把两人杀了。
但这两个人又是有所区别的。戴渊是领兵防范王敦的将帅之一，当然难逃一死。周只是言语不让人，属于态度问题。当时王导若肯劝阻，王敦很可能会罢手。无奈王导不知道周曾救过他，只记得宫门前喊他不受理睬的情形，便一声不吭。后来王导见了有关文书，悔恨莫及，流泪道：“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死！”这两句话以后传为成语，出典就在这里。
王敦之所以能一举攻下建康，很重要的一点是后方没有发生问题。元帝曾命甘卓、陶侃攻击他的后方，但是远水不救近火。因命令要传到王敦军的后方给甘卓，这很困难，也来不及。而陶侃更远在广州，根本无法驰援。当时的处境，关键在甘卓能否积极主动地“勤王”。他若能以襄阳之众由汉水顺流而下，直达夏口，再东进拊武昌（今鄂州）之背，就完全可以在短时间内平定王敦的叛乱。王敦当然了解这点，但他之所以敢放胆行动，是因甘卓事先答应过要同他合作。《晋书·甘卓传》说，甘卓内心不以为然，答应合作是假的，但这并不可靠。因为从甘卓的行动看，像是犹豫不决而敷衍一下。王敦起兵上了船时，等甘卓不来，他就派人去催，而甘卓却派人劝他不要发兵。这一着使王敦吃了一惊，他便连忙要使者向甘卓许愿，答应事成之后，给甘卓升官。使者回报后，甘卓仍不采取任何行动。有人劝他，先答应王敦，等他到了建康，再起兵讨伐。他又不肯，说以前先从了陈敏，再又把他推翻，人家说我是为了自身的安危而倒来倒去，心里一直觉得不安，现在不能重蹈覆辙！他这样的话是说了不少，可实际行动则半点都没有。
王敦后方还有湘州谯王承。王敦不怕他，但也希望把他拉过来。他派使者到湘州，请谯王承做他的军司（监察军务的官员）。谯王承却囚禁了来使，起兵讨伐王敦。然而，晋朝的湘州非近代的湖南可比，人口稀少，兵微将寡，谯王承只能知其不可为而为之。他寄希望于甘卓，派主簿邓骞到襄阳劝他起兵“勤王”。邓骞见到甘卓费尽了口舌，既说平叛可立齐桓、晋文之功；又说若是坐观成败，一旦王敦得志，回师西进，甘卓将无立足之地；并且替他分析形势，说襄阳的兵力比王敦留守的部队强大得多，攻克武昌，势同摧枯拉朽，极易得手。
邓骞已经说得极合情理，不料王敦却又送来一个帮腔的说客。原来王敦怕甘卓在他后方动手，即派参军乐道融邀甘卓与他一同东下。不料乐道融不赞成王敦的举动，见了甘卓反而劝他袭击武昌，使王敦因后方失事，不战自溃。他与邓骞唱的是一个调子，甘卓听了觉得有理，才下了决心，发表檄文，声讨王敦，并还派使者到广州，约陶侃一同起兵。当时王敦还没有到建康，武昌城中，谣传甘卓兵到，着实恐慌了一阵。
王敦听得甘卓起兵，惊恐万分。他派参军甘卬（甘卓的侄儿）回去见其叔父，传王敦的话说：“足下此举自是臣节，我不怪你。我是因王氏处境危急，不得已而为之，现请足下班师，以后当再结好。”这一席话空洞无物，可甘卓听了竟会心动，以致兵到猪口（在今湖北京山境，离夏口[武汉]还远），就不再前进。
甘卓在观望，王敦则加紧行动。他自己率兵攻建康，另外派兵围攻湘州。建康的战事结束后，王敦即派人执起“驺虞幡”（见第五篇），以朝廷的名义命甘卓停止军事行动。这个老糊涂得知周、戴渊被杀，倒流了几滴眼泪，不过又说：“既然圣上和太子都安然无恙，我也可以歇手了。”遂下令返回襄阳。乐道融再三劝他，应进兵彭泽（今江西湖口），截断王敦东西两段的联系，把他一鼓解决，但甘卓不听。乐道融自然不能再去见王敦，竟忧愤而死。
甘卓回到襄阳，丝毫不作戒备。王敦却非杀他不可。襄阳太守周虑受王敦指使，趁他不防，引兵把他袭杀。湘州死守将近一百天，终于陷落。谯王承被俘，后在押解往建康的途中遇害。
元帝气恨成病，于闰十一月中去世，年四十七岁。太子司马绍即位，是为明帝。王敦自驻武昌，遥制朝政，建康仍是王导在那里执政。这时北部边境的形势也趋向恶化。大兴三年（320年）即元帝与王敦的矛盾表面化之年，东晋在淮北的形势相当稳定。祖逖对河上各坞堡，结以恩信，听任他们脚踏两头船。坞主感激祖逖，后赵有何行动，他们常过来报信。石勒对祖逖有所忌惮，特命幽州官府修建祖逖的祖父和父亲的坟墓，并且写信告诉祖逖，借此要求通使和互市。祖逖不给回信，但允许互市。有个裨将叛投后赵，石勒把他杀死，将首级送交祖逖。祖逖因此也不接纳降人，并令部下不得越境劫掠后赵百姓。边境居民因此稍得休息。大兴四年，戴渊出任司州刺史的任命，使祖逖很不愉快。他认为戴渊所辖地方是自己千辛万苦收复的，无缘无故交给别人去管，太不公平。同年，他去世后，兄弟祖约继任豫州刺史。祖约才能远不及祖逖，后赵乘机南侵。永昌元年（322年），祖约退屯寿春，以后形势越来越坏，淮北各军一步步退却，东晋政府不但不能以一兵一卒支援淮北，还需把淮南的军队调到长江边上去打内战，所以到了太宁三年，东晋与后赵便把长淮一线作为边界了。
现在来讲王敦叛变事件的结局。
明帝太宁元年（323年），王敦准备夺取帝位。他暗示朝廷召他入朝。他到来后，又得到几种特殊礼遇：黄钺（皇帝或代表皇帝的大臣所持的斧）、班剑（手执木剑从行的勇士二十名）、奏事不名（奏事时不报己名）、入朝不趋（入朝时可以踱方步）、剑履上殿。他又移驻姑孰的于湖城（今安徽当涂东南），这里离建康更近了。他还铲除敌对势力。义兴（今江苏宜兴）周氏，一族有五人封侯，以前又有过反对北方大族的“前科”。王敦便利用道士李脱以妖术诱骗士民的事，诬周氏与李脱共谋造反，先杀了在自己手下的周嵩、周莚两人，再派人去通知在吴郡的同党沈充，令他杀死在义兴的周氏子弟，然后再进兵会稽，攻杀时任会稽内史的周札。义兴周氏与北方大族的矛盾，到这时（太宁二年[324年]正月）才完全结束。
王敦的凶焰虽高，但他的日子也不长了。这原因有二。一是叛变不得人心。他的左右也有不少反对派。前面已提到一个乐道融，还有一个参军王峤，在周、戴渊被杀时，力持异议，也险些被杀。长史谢鲲是一时的名士，他在幕府不肯干事，但对王敦起兵却表示过不同意见，以后又劝王敦勿杀王峤，而且劝他尊重元帝。王氏本家也有坚决反对他的人。王敦极喜欢的侄儿王允之，晚上躺在床上，听到了王敦和心腹钱凤的私房话。这个小孩假装醉得不知人事，呕吐得脸上衣服上一塌糊涂，仍旧呼呼大睡。钱凤走后，王敦拿火来照，见他如此模样，以为他没有听见什么。不料他回到建康，一五一十地都告诉了父亲廷尉王舒。王舒和王导又同去告诉明帝，朝廷对于王敦的底细清楚了，这对于平叛有很大的好处。
王敦的心腹只有以钱凤、沈充为首的一小撮人。沈充远在吴郡，他的身边只有钱凤。钱凤字世仪，与沈充同乡，因沈充之荐，他才进了王敦的幕府。
原因之二是王敦病重，没有多少日子好活了。王敦没有儿子，便以其兄王含的儿子王应做嗣子。太宁二年（324年）五月，王敦病重，钱凤问他，以后怎么办。王敦这时倒想悬崖勒马了，他说：“非常之事，寻常人是干不来的。应儿年小，哪里能干大事。我死之后，上策是解散军队，归身朝廷，保全门户；中策是退回武昌，不废贡献（即保持现状，稍作退步）；下策是在我还没有死的时候，进兵建康，以求侥幸成功。”钱凤对同党说：“公的下策乃是上策。”决定行险侥幸、以求一逞的策略。
建康朝廷也知道王敦患病。明帝打算讨伐王敦，征求光禄勋应詹的意见，应詹认为可行，明帝才下定决心，以王导为大都督，温峤、卞敦、应詹、郗鉴、庾亮、卞壸等大臣都做将军领兵，并调在北面领兵的苏峻、祖约、刘遐等南下保卫京师。王导更利用王敦病重的消息，诈称王敦已死，率领子弟哀悼。人们信以为真，害怕的心理为之一扫而空。朝廷也发表诏书，谴责王敦，号召所部归降，一律不加追究。
王敦在病床上看到诏书，大发雷霆，要领兵攻建康，无奈动弹不得，只能使其兄王含做元帅，与钱凤等进兵建康。七月初，兵到建康秦淮河南岸，温峤因所征外兵还没有到，宿卫兵力薄弱，遂烧毁桥梁，与敌隔水相持。双方都在等待援军。沈充先率一万余人与王含、钱凤会合。朝廷方面刘遐、苏峻的北军也随后到达。钱凤、沈充攻北军失利。其时，王敦已死了多日。起初军中还不知道，后来泄漏了出去，士气大受影响。七月下旬，王含支持不下去，便烧营撤退。
王敦叛变事件完结了。王含、王应逃到荆州被杀。钱凤为江州太守周光所杀；沈充逃亡到旧将吴儒的家中，被吴儒杀了，首级也被献给了朝廷。
朝廷得胜了，然而内部虚弱的情况也完全暴露了出来。就全局来看，东晋已大伤元气。内争的结果总是这样的，这是历史的规律。