史弥远死前将最受信任的郑清之升为右相兼枢密使，薛极为枢密使，乔行简与陈贵谊为参知政事，安排好后事才撒手死去。理宗将明年改为端平元年（1234年），沉默了十年，他终于熬出了头，开始亲政。
旧史家将理宗端平亲政后的一些改革称为“端平更化”，近来有学者认为理宗的这种改革一直持续到淳祐年间（1241—1252年），严格说来应称“端平淳祐更化”。这一说法不无道理，但毕竟端平年间出台的改革措施最多，改革力度也较大，这里姑且沿用旧称，但所说内容间或也延伸到淳祐之政。更化内容主要有以下几个方面。
其一，罢黜史党。史弥远一命呜呼，他那些遍布朝廷的心腹党羽也失去了靠山。理宗惟恐引起政治地震，对史弥远曲加维护，但对其党羽则决不宽贷。还在史弥远病危期间，理宗夜降诏旨，罢免了梁成大。端平元年五月，流放千夫所指的“三凶”：李知孝瑞州居住，梁成大潮州居住，莫泽南康军居住。袁韶因趋附史弥远而位居执政，赵善湘以史弥远的亲家而擢任制帅，也都遭到台谏的论劾而相继罢任。其他被罢黜的史党爪牙不胜枚举。
其二，慎择宰相。理宗纠正了宁宗嘉定以来权臣独相的局面，谨慎简选宰相，使这一时期的政治相对稳定。郑清之任相虽出于史弥远的安排，但他是理宗的老师，又参与拥立，因而也深受理宗信任，端平更化时，其相位并不因史弥远推荐而有所动摇。郑清之不像史弥远那样专断，史称他“不好立异”，在配合更化上君臣倒也投契。端平三年，理宗因用兵失利下罪己诏，他也罢去相位，但理宗对他仍眷顾不衰。史称郑清之“端平初相，声誉翕然”，对当时召用正人，出力尤多。
端平二年，乔行简开始与郑清之并相，清之去位以后，理宗让他独相三年，嘉熙三年，因老病改为平章军国重事。史称他“历练老成”，参与更化决策时间最长，对加强边防、整顿财政、荐引贤能贡献颇多。
李宗勉与史嵩之在嘉熙三年并任左右相。宗勉为相仅两年，即卒于任上，史称他“守法度，抑侥幸，不私亲党，召用老成”，有“公清之相”的美誉。史嵩之其人，不是贤相，却是能臣。他第二次经理京湖防务时，荐士三十二人，董槐、吴潜后来都称贤相。史嵩之任相以后，京湖用孟珙，川蜀用余玠，在其后抗御蒙古南侵中都功绩卓著，可谓识人。
但史嵩之因是史弥远之侄，时人对史弥远的一口毒气都呵在了他的身上，后人对他也没有好感。他与乔行简、李宗勉先后并相，时论评曰：乔失之泛，李失之狭，史失之专。他为相六年，略有史弥远专断的余风。淳祐四年（1244年），丁父忧，理宗命他起复，舆论大哗。人们联想到史弥远在宁宗朝起复后专政二十五年的旧事，不断上书以儒家伦理抨击他，太学生、武学生与临安的府学生也轮番上书。理宗也唯恐他成为史弥远第二，便让他守丧，服除以后，借助舆论的力量也没有再起用他。因受史弥远的牵累，后人对他与郑清之俱无好语，平心而论，两人固然绝非贤德之相，但也绝非权奸之相。
其后，范锺与杜范并相。史称范锺为相，“直清守法，重惜名器”；杜范任相，都民“欢呼载道”，都有令誉。嘉熙五年，杜范死在宰相任上，游似与范锺并相，两人虽政见不合，但都能克制和配合。
淳祐七年（1247年），边事转急，理宗再相郑清之。但郑对御蒙并无贡献，而且“政归妻子”，其子卖官鬻爵，令其政声大坏。淳祐十一年，郑清之去世，由谢方叔与吴潜并相，吴潜也称“贤相”，但在位仅一年；谢方叔直到宝祐三年（1255年）才罢相，这时，理宗之政已由更化图治的前期转入嗜欲怠政的后期。
综观理宗端平、嘉熙、淳祐之际的宰执，除郑清之与史嵩之的评价，尚有争议，其他宰相与执政，大都一时之选，较孚人望。
其三，亲擢台谏。史弥远专政，台谏成为权相的鹰犬，理宗都看在眼里。史弥远一死，他就宣布“收倒持旁落之权，聿更大化，择特立独行之士，亲擢紧官”，把擢任台谏权攥在手中。这一时期，他任命台谏四十余人，知名的有洪咨夔、李宗勉、李韶、谢方叔、江万里、程元凤、李昴英等，大多立朝正直，议论恺切，使端平更化中的台谏风采成为南宋晚期最后一抹余晖。
其四，澄清吏治。光、宁以后，吏治大坏，及至理宗亲政，更是贪浊成风，贿赂公行。理宗亲自撰制《审刑铭》、《训廉铭》等，把道德宣传与法律约束结合起来，规定官员犯赃与谋杀、故杀、放火列为同罪，贪赃移作他用者籍没其家，推行吏部考功条法，惩办了一批赃吏。
官吏冗滥是吏治腐败的又一现象，往往六七人盯住一个候补官缺，既消耗国家财政，又影响行政效率，更造成跑官行贿。理宗对此也采取了一系列措施。
一是取消堂除陋规。堂除是权臣专政下的政治陋规，也为内降恩泽滥授美差留下了后门。堂除之阙还给吏部后，“赴选调者无淹滞，合资格者得美阙”，有效抑制了内降恩泽。
二是减少官吏权摄。所谓权摄就是不够任职资格者代理为官，官员队伍因而膨胀。理宗规定，内地如缺州县官，必须由现任官出阙；出任两任通判者其中一任必须到两广四川等偏远地区任职，确保那里官阙不再权摄。
三是控制取士人数。从端平到淳祐的六次科举取士，每举平均取士约四百五十人，比起理宗宝祐以后七次科举取士每举平均约六百人来，大约少取四分之一，也应是减少冗官的措施之一。
四是严格升迁制度。为了抑制侥幸得官和越级提升，理宗规定：在朝的宰执、台谏、侍从以及在外的监司、帅守不许徇私荐举；未历州县官者不得入朝为郎官，已经在朝为郎官者必须补上这一任。
其五，整顿财政。理宗亲政，财政上面临物价飞涨、国库空虚两大问题。前者主要是滥发纸币造成通货膨胀，后者主要是端平入洛的军费开支与应付冗官的行政花销。回应前者的主要措施是停止发行新币，适当回收旧币，严禁伪造楮币。这些措施有一定作用，但不能从根本上解决南宋后期日渐严重的会子危机，对此将在《会子危机》里细说。
应对后者的主要措施是严格会计制度，实行节用方针。端平元年，理宗命尚书省设局审计户部财赋收支，下令编制《端平会计录》。嘉熙二年（1238年），命各州府仿照户部会计式样，立簿记录出纳，每季送呈尚书省计簿房，作为考核官员的标准之一。端平二年，宰执自愿减半俸，以为提倡节用的表率。这年九月，理宗命大臣审定节用项目，范围上自宫掖，次及朝廷，下至州郡，指示“毋牵私情，毋惑浮议，日计之虽不足，岁计之则有余”。
其六，尊崇理学。韩侂胄倒台后，理学地位逐渐上升。理宗即位前就向郑清之学程朱理学，即位后又让真德秀讲授朱熹的《四书集注》，宝庆三年，进封朱熹为信国公，凡此都表明他对理学十分热衷。端平亲政，理学家们掀起了为程朱理学争正统的热潮，理宗也成为理学官学化进程中举足轻重的一位君主。
端平元年，他下令周敦颐、程颢、程颐、张载和朱熹入祀孔庙。次年，理宗采纳李的建议，享受入祀孔庙待遇的改为胡瑗、孙复、邵雍、欧阳修、周敦颐、司马光、苏轼、张载、程颢与程颐。从这一名单，反映出程朱理学虽已成为主流派，但尚未定于一尊，蜀学领袖苏轼与文坛泰斗欧阳修都名列其中。
淳祐元年（1241年），理宗分别追封周敦颐、程颢、程颐、张载为汝南伯、河南伯、伊阳伯、郿伯，与原先所封的信国公朱熹同为儒学嫡传正宗，令学官列入孔庙从祀。与此同时，理宗宣布王安石是儒学“万世罪人”，黜出孔庙；胡瑗、孙复、苏轼、欧阳修也被迁出，司马光则陪了绑。
景定二年（1261年），司马光又与邵雍、张栻、吕祖谦补祀入孔庙，这是南宋最后排定的名单，程朱理学的官学正统地位宣告确立。
擢用理学之士，也是理宗表彰理学的重要表现。起用真德秀、魏了翁对朝野影响最大。真、魏被史弥远排斥出朝，在理学成为儒学正统过程中最有贡献，当时并称二贤。端平元年，理宗召真德秀为翰林学士，魏了翁直学士院。当时，物价腾贵，民生憔悴，人民对他们回朝寄予厚望，民谚曰：“若欲百物贱，直待真直院”。但他们入朝后大谈“正心诚意为第一义”，对物价虽采取过措施却收效不大，民谚失望地说：“吃了西湖水，打作一锅面。”次年，真德秀升任参知政事，仅两月就去世。魏了翁立朝仅六个月，也出朝督视京湖江淮兵马，不久自求罢官归里。理宗召用真、魏，主要用意是借此起推崇理学、任用贤能的象征性作用。
当然，上回已细说过的端平入洛，收复三京，也是端平更化的内容之一。端平更化是韩侂胄以后南宋后期黑暗政治中唯一的短暂亮色，对革除史弥远专政时的弊政，对稳定理宗亲政后的政局与社会经济，产生了一定的积极效果。
但对端平更化不宜估价过高，更不像当时人所鼓吹的是什么“小元祐”。南宋王朝病入膏肓，已不是那些澄清吏治、整顿财政等治标不治本的措施所能奏效的。端平入洛只落得仓皇北顾。清除史弥远余党也畏首畏尾。在用人方面，当时就有人一针见血地指出：“非是端平君子无益于国人，乃是朝廷任用不笃，未能使君子展尽所长。”更化唯一成功的大概要数尊崇理学，理宗的庙号也因此而名至实归。