在诛杀韩侂胄以后，宁宗改明年为嘉定元年（1208年），声称要革除韩侂胄的弊政，为赵宋基业“作家活”。史家把嘉定初年的政治举措称之为“嘉定更化”。“首开言路，以来忠谠”是宁宗更化的第一个措施，他再次表现出“人所难言，朕皆乐听”的诚意，但也只是听听而已。改正韩侂胄专政时期的国史记载，也是更化内容之一。在政局大更迭以后，新上台的统治者注重历史的改写，倒也是由来已久的传统。
当然还有清洗韩党，陈自强、邓友龙、郭倪、张岩、程松等都贬窜到远恶州军，除名抄家的也大有人在。但清洗却走向了极端，凡是赞同过北伐恢复的都被视为韩党。叶适被夺职奉祠达十三年之久，陆游也以“党韩改节”的罪名被撸去了职名。
平反昭雪与清理韩党是同步进行的。赵汝愚尽复原官，增谥忠定，算是充分肯定他在绍熙内禅中的忠诚与功绩。朱熹被赐予文臣最高荣誉的一字谥，称为朱文公。吕祖俭、吕祖泰与庆元六君子也分别有所表彰。
宁宗对继承人也作了安排。诛韩不久，就立皇子赵曮为皇太子。赵抦已在开禧二年去世，追封沂王。他曾以早慧被孝宗看好，绍熙内禅时，太皇太后吴氏当着宁宗面对赵抦许诺“他做了，你再做”。如今这一安排虽已失去意义，但沂王绝后，宁宗便取宗室之子入嗣沂王，赐名贵和，算是一种交代。这些就是所谓嘉定更化值得一提的地方。
但宁宗在用人为政上依旧懵懂颟顸，右司谏王居安进言道：“用人稍误，是一侂胄死，一侂胄生。”王居安曾参与政变，后任谏官，成为政变派论劾韩党的急先锋。但他的话触着了钱象祖、史弥远的痛处，立即被免去谏官之职。对嘉定更化随着时间的推移，人们都失望地说：“有更化之名，无更化之实。”
到嘉定元年上半年，政变集团骨干已成鼎足之势：右丞相兼枢密使钱象祖、知枢密院事史弥远与参知政事卫泾。政变时，卫泾位居礼部尚书，是礼部侍郎史弥远的顶头上司，也许他对这位下属太了解，有记载说他诛韩以后“又欲去史”。皇太子把这一动向告诉了史弥远，史弥远让他在宁宗面前说卫泾的坏话，同时拉拢钱象祖。钱象祖忘了螳螂捕蝉黄雀在后的古训，在大庭广众之中把卫泾送韩侂胄螺钿髹器的事抖了出来：“我还以为他一世人望呢！”
史弥远与御史中丞章良能也做了一笔交易。六月，章良能不顾与卫泾的老关系，上章弹劾了他，同时面交弹章副本，逼着卫泾自求罢政。七月，史弥远兼参知政事，十月，在钱象祖升为左相的同时，他进拜为右相兼枢密使，宁宗已像过去信任侂胄那样倚信于他。
拜相仅月余，史弥远就遭母丧，按例必须辞相守制，这样就会出现钱象祖独相的局面。令人蹊跷的是，十天后钱象祖竟被论劾出朝。政变以后，他的权位始终压史弥远一头，但地位却不稳固。在二相勾心斗角中，御史中丞章良能仍站在了史弥远一边。只要把钱象祖在党禁时逮捕庆元六君子的劣迹抖落出来，就会被清议所不齿，何况人们对他在嘉泰年间趋附韩侂胄的丑事还记忆犹新。钱象祖罢相两个月后，章良能同知枢密院事，当上了执政，这是对他弹击卫泾与钱象祖的酬报。
在权力角逐中，史弥远抓住了杨皇后与皇太子。他已在政变中取得了杨皇后的信任，至于太子更是他调教出来的学生，宁宗理政时让他在一旁“侍立”，说话很管用。弥远归里守丧第五天，在皇太子建议下，宁宗在行在赐弥远一座第宅，命他就第持服，以便随时谘访。史弥远故作姿态，仍在鄞县老家守制。
次年五月，宁宗派内侍去请他回临安，就在这时发生了忠义军统制罗日愿的未遂政变。罗日愿曾支持北伐，尤其不满史弥远乞和弄权的行径，便联络了部分军将、士兵、士人、府学生、归正人与内侍，准备在他渡钱塘江回临安那天捕杀他，劫持宁宗升朝，任命新的宰执班子。不料有人告变，罗日愿等悉数被捕。
首席执政雷孝友对宁宗说自己能薄望轻，不足镇服奸慝，宁宗遂敦促史弥远起复。弥远担心守制两年，局面难料，也就顾不得儒家名教与朝野清议，重新做起了宰相。起复第三天，史弥远就指政变者为韩党，罗日愿凌迟处斩，其他人多处以各种死刑。弥远起复，标志着有名无实的嘉定更化的结束，史弥远专政时代的开始。
起复以后，史弥远继续在平反“伪党”、起用“党人”上博取人心，取悦清议。他任用了黄度、楼钥、杨简等著名党人，还招来了真德秀、魏了翁等知名之士。群贤点缀朝廷，一时人以为小庆历、元祐，这正是弥远老谋深算之处。实际上，他追逐的只是自己的绝对权力。
首先，史弥远独揽相权，破坏既定的宰执制度。宋代宰执制度的最大特点就是分割相权，虽有宰相兼枢密使的情况，但都是应付战争局面的特例。史称开禧以后“宰臣兼使，遂为永制”，是指钱象祖以右相兼枢密使，但这或出于诛韩形势的特殊需要。其后钱、史并相，俱兼枢使，不久象祖罢相，弥远丁忧，但他嘉定二年起复以后，前后在宁、理两朝独相达二十五年之久（秦桧独相也不过十七年），始终并长二府，大权独揽。可以说，从史弥远开始，宰相兼使才成定制，这对南宋后期皇权一蹶不振、权臣递相专政的局面以直接的恶劣影响。在独相局面下，史弥远尽选些便于控制的人备位执政，作为摆设。从嘉定六七年起，他专政之势已成，就经常“决事于房闼，操权于床笫”，破坏了宰执合堂共议的政事堂制度，最高行政权沦为其囊中之物。
其次，史弥远独攥官吏任命大权，培植个人势力。宋代朝官以上的任命例由宰执注拟，经皇帝同意才能正式除授。史弥远只把任命结果告诉给宁宗，从来不取旨奏禀。宋代京官和选人的除授权在吏部，号称吏部四选；唯有特殊勋劳者可由政事堂直接注拟差遣，所得差遣较吏部选为快为优，号称堂除。史弥远以堂除名义把吏部选的美差都揽了过来。这样，他就以官职差遣为诱饵，呼朋引类，结党营私。有一次相府开筵，杂剧助兴，一艺人扮士人念开场白：“满朝朱紫贵，尽是读书人”，另一角色打断道：“非也，尽是四明人”，讽刺史弥远援引同乡，网罗党羽。
再次，史弥远操纵台谏，控制言路。这是宋代权相专政不可或缺的先决条件。弥远曾以共同执政为筹码拉拢谏议大夫傅伯成，示意他弹劾某人，不料遭到拒绝。碰此钉子后，他引用台谏必先期会见，酒肴招待，条件谈妥，然后任命，确保台谏俯首效力。尽管如此，他还不放心，便在弹章谏草上大做手脚。台谏论事前，先把副封（即草稿或副本）呈送给他过目，是则听之，否则易之。还嫌麻烦，干脆从相府直接付出言章全文让台谏使用。这样，史弥远既杜绝了言路抨击他专断朝政的可能，又让台谏成为他搏击异己的鹰犬。
嘉定政治，说到底就是史弥远专政。所有人才进退，政事行否，天下人都知道这是史丞相的意思，以至朝野“皆言相不言君”。而宁宗也习惯了在权臣的鼻息下做他木雕泥菩萨似的傀儡皇帝，无所作为而“垂拱仰成”。
尽管如此，还是有人对史弥远专政进行了抗争。当年上书请斩韩侂胄的武学生华岳，诛韩以后登第为武学进士，担任殿前司同正将。他目睹史弥远对外苟安乞和，对内擅权专政，曾上书宁宗，大忤史弥远。
听说华岳要除掉自己，史弥远立即将其逮捕，判以斩罪。宋代实行死刑复奏制，宁宗对华岳记忆犹在，关照将其发配海南，意在免其一死。史弥远阴黠地说：“如此，则与减一等。”宁宗误以为减一等就是流配，表示同意，而实际上斩罪减一等是杖杀。弥远上下其手，活活杖死了这位“倜傥似陈亮”的英才。
嘉定十三年（1220年），皇太子赵曮去世，宁宗仍膝下无子，不得不再次考虑国本大计。次年四月，宁宗选十五岁以上的太祖十世孙入宫学习，意在遴选合适的皇位继承人，其中以早已入嗣沂王之后的贵和呼声最高。弥远不希望贵和入选，因为他对自己专权流露出反感，便物色了另一位太祖十世孙赵与莒。六月，宁宗立贵和为皇子，改名赵竑。史弥远知道这是宁宗对国本的安排，不便公开反对，就提议应再为无嗣的沂王立后，并把赵与莒推荐了上去。宁宗采纳了这一建议，将其改名贵诚。
次年，赵竑进封济国公，娶了太皇太后吴氏的侄孙女为夫人。这桩婚事应是杨皇后的意思，她对吴氏是感恩戴德的。史弥远知道皇子喜欢弹琴，送上一名擅长琴艺的美人做眼线。皇子缺乏心机，不知韬晦，对这位美人十分宠昵，当着她的面大骂史弥远，还说将来一定要将他发配到海南四州去。
由于溺爱那位美人，皇子冷落了吴氏夫人，她便到杨皇后面前数落皇子的不是。杨皇后特赐水晶双莲花，命皇子为夫人戴上，以为调解。但数日后两人再起口角，皇子一怒碰碎了那朵双莲花，吴氏又去哭诉，杨皇后自然不高兴。
而史弥远接到那美人的密报，处心积虑不让皇子登上皇位。他让自己的同乡与亲信国子学录郑清之兼任沂王府学教授，精心辅导与调教贵诚。不久，关于贵诚出生时的种种吉兆在宫廷内外不胫而走。
嘉定十七年闰八月，宁宗临死前夕，史弥远加紧了废立的步伐。他先让郑清之通知贵诚作好即位的准备，然后把两府执政与专司草诏之职的翰林学士隔在宫外，另召直学士院程珌入宫，许诺事成以后引为执政，与郑清之一夜连草矫诏二十五道。
其中与废立关系最大的有三道矫诏。其一，改立贵诚为皇子，赐名赵昀；其二，进封皇子赵昀为武泰军节度使，成国公。这两道诏书使贵诚地位与赵竑不分伯仲。政变成功后，史弥远指使史官将这两道诏书的日期前移四日，造成贵诚立为皇子完全是宁宗决策的假象。第三道诏书是进封皇子赵竑为济阳郡王，出判宁国府。
夜漏未尽，宁宗驾崩。史弥远一方面立即派人宣召贵诚进宫，一方面找到杨皇后的侄子杨谷、杨石，渲染了皇子赵竑对杨皇后干政的反感，让他们去说服杨皇后同意废皇子而立皇侄。杨皇后虽对赵竑没有好感，但不赞成废立。
杨氏兄弟七次往来于史弥远与杨皇后之间，最后哭诉道：“如不同意，必生祸变，杨氏一门恐无遗类！”杨皇后知道史弥远的手段，这才不得不向废立阴谋屈服，引见了史弥远与赵昀。在开禧诛韩时，史弥远不过是杨皇后借重的搭档，而嘉定废立中，杨皇后反成为史弥远利用的配角。
一切安排停当，这才宣赵竑入宫，与百官立班听宣遗诏：“皇子成国公赵昀即皇帝位。尊皇后为皇太后，垂帘同听政。”赵竑坚决不肯跪拜新皇帝，硬被殿帅夏震按下了头。接着以杨皇后名义，宣布史弥远预先拟好的第三道诏书：皇子赵竑进封济阳郡王，出判宁国府。新即位的皇帝就是宋理宗。数日后，赵竑改封济王，赐第湖州，被监管了起来。
对史弥远的废立，朝野不少人感到义愤不平。济王被监管以后，湖州人潘壬、潘丙兄弟联络了太湖渔民和湖州巡卒密谋拥立济王，他们派堂兄潘甫到淮北争取李全的支持。李全是一个翻云覆雨之人，后面还要专门细说他。他玩了个空袋背米的花招，表面约好日期进兵接援，届时却背信爽约。
潘壬兄弟只得仓促起事，装束成李全“忠义军”的模样，夜入州城找到济王，硬把黄袍加在济王身上，跪拜如仪。济王号泣不从，潘壬等以武力胁迫。济王只得与他们相约不得伤害杨太后与理宗，这才即位。夜色中，起事者以李全的名义揭榜州门，声讨史弥远私自废立罪，号称将领兵二十万水陆并进。连知湖州事谢周卿也率当地官员入贺新皇帝登基。
天色熹明，济王见拥戴他的都是些渔民与巡卒，知道乌合之众其事难成，就派人向朝廷告变，并亲率州兵讨叛。待史弥远派出的大军赶到湖州时，起事者已被济王讨平。潘丙、潘甫当场被杀死，潘壬逃到楚州被捕，押回临安处斩。
湖州之变（因霅川流经湖州，故也称霅川之变），是民众对史弥远专政的一种抗议，也表明只要济王存在就有相当大的号召力。因而尽管济王不是主谋，而且告变平乱有功，史弥远也决心斩草除根。
不久，史弥远派亲信余天锡（一说秦天锡）到湖州，说是奉谕给济王治病，暗地却胁逼济王自缢身死，并杀死其子，对外宣布病故。为平息朝野非议，理宗追赠济王为少师。但不久史弥远就指使爪牙上奏，理宗收回成命，追夺其王爵，追贬为巴陵县公。
这种处理，激起了不少正直之士的愤慨，真德秀、魏了翁和胡梦昱等朝臣不顾罢官流放，接二连三为济王鸣冤叫屈，胡梦昱还因此贬死。但在处理济王问题上，理宗只得与史弥远沆瀣一气，因为否定了史弥远，也就动摇了自己继统的合法性，所以终理宗之世没有为济王平反昭雪。理宗与史弥远既已结成一荣俱荣，一损俱损的关系，史弥远也就获取了比宁宗朝更大的擅权资本。
理宗已经二十岁，之所以还要杨皇后垂帘听政，一是理宗出身宗室远族，此举有助于加强其继统的合法性；二是史弥远有意将杨皇后推在第一线，以遮掩与缓冲其擅自废立的罪责，对付可能出现的政局动荡。但理宗已年非幼冲，女主垂帘显然不合赵宋家法。史弥远对湖州之变的阴狠处理，也让杨皇后不敢恋栈贪权。宝庆元年（1225年）四月，她主动撤帘还政。
理宗由史弥远一手扶上皇位，在朝中也没有根基，尽管杨皇后已还政给他，他还得看史弥远的脸色行事。直到绍定六年（1233年）史弥远去世，理宗在权相专政下，“渊默十年无为”，其目的显然是韬光养隐晦，保全皇位与性命。从这点看来，理宗还是很有心计的。
宝庆绍定年间，史弥远的心腹党羽遍布朝廷，执政有郑清之、薛极、袁韶等，台谏官有李知孝、莫泽、梁成大等，地方制帅有史嵩之、许国、胡榘、赵善湘等，还有知临安府余天锡等。他最信用的是世人所咬牙切齿的“三凶”和“四木”。“四木”是指名字中都含有“木”字的薛极、胡榘、聂子述和赵汝述。“三凶”是指担任台谏官的李知孝、莫泽、梁成大，他们是史弥远的忠实鹰犬，搏击政敌不遗余力。太学生们愤慨地为梁成大的名字加上一点，直呼其为“梁成犬”。
宋理宗赵昀追赠朱熹为太师 宋宁宗初嗣帝位，由杨皇后垂帘听政，史弥远专权。绍定六年（1233年）十月，史弥远死，始亲政，先黜史弥远党徒。随后，追赠朱熹为太师。淳祐元年（1241年）正月，诏称孔子之道自孟珂之后而不得真传，“至我朝周敦颐、张载、程颢、程颐，真见实践，深探圣域，千载绝学，始有指归”，并赞朱熹精思明辨，使孔孟之学大明于世。从此，道学（又称理学）取得正统地位。
绍定六年，史弥远病重，但仍控制着朝政大权，并越级提拔史氏家族成员到要害职位上，其侄史嵩之数月之内由大理少卿升为京湖安抚制置使。有朝臣上书指斥史弥远专政误国，理宗仍恩宠不衰，先后晋封他为太师、会稽郡王。史弥远死后，理宗追封其为卫王，赐谥忠献，还不许朝臣揭露其过失，公开宣布：“姑置卫王事。”
史弥远专政的年代比秦桧长，擅权的程度超过韩侂胄，但在其生前，公开反对者远比秦、韩为少；在其身后，他也没有如秦、韩那样打入《奸臣传》。究其原因，在于他继秦、韩以后，把权相专政的手法发展到炉火纯青的地步。他不仅不像侂胄那样赤裸裸，而且比秦桧更狡黠阴鸷，在编织专政的权力网，使城狐社鼠布满中外的同时，还擅以爵禄笼络天下之士，“外示涵洪而阴掩其迹，内用牢笼而微见其机”。残害善类的事，他都交给台谏爪牙去干，肆毒程度也较秦、韩为轻，大都做得不落痕迹。
史弥远专政二十五年，对内以巩固权势、对外以苟且偷安为其执政的根本宗旨。统治集团根本不去主动提升自身的综合国力与应变能力，而是苟且偷安、醉生梦死，将国家命运完全押在一纸和议上，对风云变幻的中原大变局消极被动，不思作为。
及至史弥远死后，人们才发现，比起韩侂胄来，史弥远的流毒更深、为害更烈。有人打比方说：韩侂胄专政，“天下之势，如人少壮而得疾，其疗之也易为功”；史弥远专政二十五年，“天下之势，如人垂老而得疾，故其疗之也难为功”。韩侂胄与史弥远前后折腾了近四十年，南宋后期的衰颓走势已不可逆转。