宁宗被赶鸭子上架，他对留正临变脱逃印象太坏，改命赵汝愚为右相。据说，太祖曾把“同姓可封王不拜相”的家法载诸太庙，以防宗室之尊与相权之重相结合，构成对君权的威胁。汝愚以前，宋朝确实还没有宗室任相的先例。若仅为身谋，汝愚应该回避，但他有一种以天下为己任的责任心，认为朝中还有一批正直之士，可以共事而图治，便决定犯忌踏上危径。
朱熹入朝任经筵侍讲，当上了货真价实的帝王师。以赵汝愚为政治领袖，以朱熹为精神领袖，宁宗初政，倒也众贤盈庭，露出点治世气象来，以至人称“小元祐”。
赵汝愚有自信成就范仲淹、司马光那样的相业。在他建议下，绍熙五年（1194年）岁末，宁宗下诏改明年为庆元元年，表明了宁宗君相对庆历元祐之治的无限向往。但具有讽刺意味的是，改元诏书颁布前四天，朱熹却被罢官出朝。庆历元祐梦还没就枕，庆元党禁倒因朱熹罢官而预先揭幕了。
这场统治集团内部的党争，以道学之禁为其主要内容和外在形式，把朋党之争和道学之争搅和在一起。朋党之争从北宋初年开始几乎没有消歇过，但与道学之争错综纠葛在一起，则集中在高、孝、光、宁时期（洛蜀朔党争即便有学说不同的因素在内，也只是新儒学内部不同派别的政见分歧，并未以道学与否划线）。早在孝宗朝，双方就有过道学真伪之争，孝宗虽然不喜欢空谈心性的道学之士，但没有让这场争论酿成党争。这一时期正是程朱理学骎骎乎由时尚之学向独尊之学迈进的时期，理学家及其依附者在官僚层中所占比例激增，有一种强烈的门户认同感，在自律甚严的同时，也责人颇苛。而那些被排在门户之外的士宦们，趁着理学尚未被独尊为官学，还有被议论指摘的可能性，便在朋争的同时，对政敌所主张的学说也一并攻击，以便从根本上摧毁政敌。因而在理学已成显学而未成官学之际，朋党之争往往以道学与非道学之争为其主要内容和外在形式，便绝非偶然。理宗以后以迄明清，因理学已定于一尊，尽管朋党之争仍是封建官僚制难治的痼疾，却与道学之争脱了钩。
绍熙内禅，实际上是一场宫廷政变。赵汝愚以首席执政的身份主其事，赵彦逾参加了最初的决策，外戚韩侂胄在内外朝之间穿针引线。据说，在定策内禅时汝愚曾许诺：事成，让侂胄建节，彦逾执政。这一说法并不可信，以汝愚个性而论，他不是言而无信、翻云覆雨的人，否则在党争中不会输得那么惨。
在宁宗推恩时，他对彦逾说：“我辈宗室，不当言功。”对侂胄也说：“我是宗室之臣，你是外戚之臣，怎可论功？”执政对于一个文臣，节度使对于一个武职官员，都是令人向往的诱惑，两人的失望可想而知。在汝愚看来，这是贯彻自己的为政原则。
史称汝愚为相，“尤重惜名器”，对跑官者一概不见，对门人避嫌不用。你可以说他不通权变，却不能不肯定他为人正直、为政忠廉。但人心吏风已非庆历所能比，招来的只是嗜进者的嫉恨怨望，促使他们在即将到来的党争中倒向韩侂胄。晚清魏源批评赵汝愚“忠有余而智不足”，失计在于以己律人，诚是确论。
沿袭文臣鄙视武职的心理定势，赵汝愚还颇有点瞧不起韩侂胄。知閤门使刘弼说起侂胄有定策功，汝愚马上驳回道：“他又有什么大功！”刘弼与侂胄原来同知閤门，内禅定策时汝愚只找侂胄，他内心很不平衡，于是一转身便把这话搬给侂胄听。侂胄便决定与汝愚一决雌雄。
与汝愚相比，侂胄优势有二。其一，他是宁宗韩皇后的外族。历史上外戚篡位虽不少见，但在外戚与宗室之间选择时，君主往往认为对皇位的威胁，同姓宗室要比异姓外戚来得直接切近，多是亲外戚而忌宗室的。其二，侂胄知閤门事的职务，比起宰相来更有接近皇帝、交通内廷的便利，使他得以搬弄是非、窃弄威福。
怨望把韩侂胄与刘弼捆在了一起。侂胄问以对策，刘弼说：“只有用台谏。”又问：“怎样才能用台谏？”答道：“御笔批出就是。”心计不多的韩侂胄顿然开悟，自此将御笔和台谏作为打击政敌的两件法宝。
宁宗即位以来好出御笔，彭龟年说他“有失为政之体，殆非初政之美”，但他置若罔闻，给侂胄留下了染指之便。台谏官何以在党争中能起至关重要的作用呢？因为对君主来说，台谏象征着公论，多予重视和采纳。对上至宰执大臣、下至一般臣僚，台谏都拥有监察弹劾权，而其主要制衡对象则是相权。按惯例，包括宰相在内的大小官吏，一旦知道自己被台谏论劾，就必须去位待罪。由于宋代台谏拥有议论弹劾的双重权力，在党争状态下，各方无论为了左右舆论，评断是非，还是为了排斥政敌，打击异己，都必须借重他们。
汝愚也深知台谏的重要性，动作却慢了一拍，坐视侂胄以御笔将其同党谢深甫提为御史中丞，刘德秀提为监察御史。谢、刘入台，侂胄便在对阵中布下了活眼，其党鱼贯而进，言路上都是侂胄的党羽。这是因为宋代台谏官享有独立言事权，不但不必通过台谏之长，还可以弹击台谏长官及其他言官。因此对党争的任何一方说来，关键在于抓住双方力量消长或君主倾向转变的有利契机，汲引及时而得当，一两个台谏便足以成为弹劾政敌、左右舆论的过河卒子，进而控扼整个言路。
援引台谏，初战告捷，韩侂胄又让京镗出任签书枢密院事。侂胄打算贬窜汝愚，苦于找不到借口，京镗建议：“他是宗姓，诬以谋危社稷，就可一网打尽！”不久，这方面流言蜚语不胫而走。岁末，宁宗命赵彦逾出知建康府。执政梦断，彦逾殿辞时递上一张名单，说：“老奴今去，不惜为陛下言，此皆汝愚之党。”彦逾与汝愚都是宗室，同为定策者，他的告发是很起作用的。
朱熹借经筵之便上疏论御笔之害，宁宗转发了这一奏疏。韩侂胄深感朱熹威胁之大，决定先下手为强。他让优伶刻了一个峨冠大袖的木偶像，在宁宗面前献演傀儡戏，仿效朱熹的举止形态讲说性理，引起宁宗对朱熹道学的厌恶感，接着乘机进谗说：“朱熹迂阔不可用。”
闰十月，宁宗内批朱熹提举宫观，理由是“方此隆冬，恐难立讲”。赵汝愚把御笔袖还，宁宗认为汝愚为助朱熹而不行君命，怒气愈盛。侂胄怕夜长梦多，令内侍缄封了内批面交朱熹。朱熹知道宁宗已彻底转向，便黯然出了临安。这天离他入朝只有四十六天。
朱熹出朝激起了轩然大波，给事中楼钥、中书舍人陈傅良等甚至动用封驳权进行劝谏。宁宗说：“我最初任命他的是经筵之职，现在他事事要过问。”看来朱熹在经筵讲学外，不时施加帝王师的影响匡正朝事，令他很不耐烦。
吏部侍郎彭龟年见韩侂胄用事之势已成，决心背水一战，向宁宗揭发侂胄，指望自己的学生皇帝作出取舍，以决君子小人消长之机。宁宗对汝愚表示，打算双方都罢免。汝愚建议让侂胄留在京城奉内祠，龟年依旧供职，他没能牺牲龟年来换取斥逐侂胄，坐失逐韩的良机。宁宗当场同意，后因侂胄活动，最终的内批却是侂胄与在京宫观，龟年出任地方。汝愚再见宁宗，请留龟年，已经泼水不进了。
自朱熹、彭龟年被罢，赵汝愚自知抱负成空，便递上辞相札子，宁宗还不打算罢汝愚的相。韩党加紧起用李沐为右正言，胡纮为监察御史，作为搏击汝愚的鹰犬。庆元元年（1195年）二月，李沐把各种谣言编织成一篇弹劾状，请罢汝愚相位。
对流言蜚语，宁宗也颇有所闻：内禅前，汝愚说过“只立赵家一块肉便了”，言外之意立许国公赵抦也可以的；太学传言“郎君不令”，即嘉王不聪慧理想，故而太学生上书请尊汝愚为伯父；而受鼎负龙的梦境更被歪曲附会。如今一经煽动，宁宗便将汝愚罢相，出知福州，让他体面去位。
御史中丞谢深甫领着御史合台上言，说应该让赵汝愚奉祠省过。合台论劾是宋代台官加强言事分量的特定方式，宁宗便改命汝愚提举临安洞霄宫。至此，宁宗彻底倒向了韩侂胄。尽管双方首领一是外戚，一是宗室，但这次政争并不具有外戚集团与宗室集团斗争的性质。侂胄及其党羽并不代表后族的利益，他们也只是借着汝愚宗室大臣的特殊身份，作为打击的借口而已。
赵汝愚罢相反响激烈，拥赵反韩呼声之强烈，声势之浩大，为韩侂胄始料未及，他决定利用业已驱使如意的台谏和犹如囊中之物的内批，给反对者以打击。进行谏诤的朝臣接二连三被罢免或流放。
太府寺丞吕祖俭上封事直斥韩侂胄，警告宁宗：“政权将归于倖门。”侂胄恚怒，于是有旨送韶州安置。经筵官楼钥借进讲吕公著奏议之机劝谏道：“因言得罪的吕祖俭，就是他的后代。现在流放岭外，万一死了，圣朝就有杀言者的罪名。”宁宗懵懂问：“祖俭所言何事？”原来不仅贬窜祖俭的诏旨御笔，宁宗全然不知，连封事都没到他手里。
但令人不解的是，宁宗知晓了此事，却既不纠正对吕祖俭的处理，又不追究韩侂胄的责任，除去庸弱无知，很难有开脱的理由。祖俭后来量移高安（今属江西）。庆元三年，在贬所去世。
尽管韩侂胄发出恫吓，但就在吕祖俭上书被贬的第四天，太学生杨宏中、周端朝、徐范、张道、林仲麟和蒋傅联名伏阙上书。上书递进后，如泥牛入海，太学生们就广散副本给各侍从台谏。侂胄恼怒地拟将他们窜逐岭南，最后宁宗下诏，以“妄乱上书，扇摇国事”将六名太学生各送五百里外编管。
封驳官缴还诏旨，以为“国家对上书言事的学生天覆海涵，从不加罪”，宁宗不听。侂胄党羽钱象祖新知临安府，连夜逮捕这些学生，派人强行押送贬所。新任右相余端礼在御榻前叩拜数十次，恳请宽待学生，这才改送太平州（今安徽当涂）编管。
自从靖康以后，国有大事，往往有太学生叩阍伏阙，犯死直言，虽一时被权奸所抑，却代表了公道人心。这次上书，学生的正气赢得了世人的钦敬，称之为“庆元六君子”。
庆元元年六月，刘德秀上疏，重提孝宗朝道学之争，希望宁宗“效法孝宗，考核真伪，以辨邪正”。奏章将孝宗以来思想学术上的所谓“真伪”之辨和目前党争中的所谓“邪正”之分拉扯在一起，为韩党肆无忌惮地排击异己提供了借口。
何澹这个在绍熙初政中见风使舵的老手，在丁忧三年后入朝任御史中丞，不断向韩侂胄摇尾乞怜，见刘德秀着了先鞭，便在七月上疏请禁道学。宁宗将这奏疏张榜朝堂。数日后，吏部郎官糜师旦再次奏请考核真伪，正式将刘德秀的建议付诸全面而具体的甄别运动。这次清洗，几乎网尽了赵汝愚、朱熹门下的所有知名之士。
刘德秀、何澹之流出于一己的利害恩怨，激成了伪学之禁。他们不但把自己，还把与他们沆瀣一气的士林败类最卑鄙肮脏的报复欲、名利心都鼓荡了起来，酿成了宋代党争史上最黑暗惨烈的一幕。而昏愦的宁宗完全被朝堂上来势汹汹的舆论所左右，认可了伪学之禁。
韩党深知如不远贬重谪汝愚，抗议便不会止歇。十一月，监察御史胡纮诬陷赵汝愚“自称裔出楚王元佐，乃正统所在；还准备挟持太上皇帝赴绍兴，称绍熙皇帝”。孝宗系出太祖，宁宗作为乃孙，对汝愚自称正统的谣言，不能不有所顾忌。宁宗即位时已有“恐负不孝之名”的心理，对汝愚欲使父亲复辟为绍熙皇帝之说，也不会没有猜嫌之心。于是，汝愚被贬永州（今湖南零陵）安置。
贬谪路上，赵汝愚有点病渴，大夫却误投以寒剂。舟过潇湘，风雪漫天，寒气表里交侵，便不能饮食了。年初，行至衡州（今湖南衡阳），州守钱鍪对他百般窘辱。正月十八日，赵汝愚服药暴卒，一说中毒身亡。
关于死因，《宋史·韩侂胄传》说：“虑他日汝愚复用，密谕衡守钱鍪图之。汝愚抵衡，暴薨”，给人以钱鍪加害的印象。而《宋史·赵汝愚传》仅说：“为守臣钱鍪所窘，暴薨。”但侂胄败死后刘光祖所撰汝愚墓志铭，未说其中毒。如确系遇害，光祖完全可借清算韩党的有利时机，要求追究凶手，毫无隐讳必要。故汝愚不是被害，因窘辱自杀的可能性则不能排除。
讣闻传来，人们不顾淫威，私相吊哭。大内宫墙和临安城门下，几乎每天都有匿名的悼念诗文张贴出来，多出自太学生之手。即便在政治高压下，民心向背总是评判是非正邪的最高标准。
赵汝愚执政才两年，入相仅六月，虽缺乏一流政治家应有的洞察能力和权变策略，但敢于担当，不顾祸福，使南宋安然渡过了一次君权嬗递的严重危机；他志在有为，立意改革，朝野人心还是能辨别出他与韩侂胄在从政为人上的根本差异，以为汝愚不死，国事或许不会像后来那么糟糕。
庆元二年，刘德秀要求将道学正式定为“伪学”，进一步将思想罪往政治罪上拉。这年开考，试卷只要稍涉义理就遭黜落，连《论语》《孟子》都成了不能引用的禁书。
太皇太后吴氏耳闻外朝的折腾，大不以为然。宁宗便下了一道“纠偏建正”的诏书：“今后台谏论奏，不必更及旧事。”不料韩党强烈反弹，殊死抗辩，宁宗不得不追改为：“不必专及旧事。”
赵汝愚已死，朱熹成为韩党进一步搏击邀功的对象。监察御史沈继祖列举了朱熹不忠不孝不仁不义不恭不谦六大罪状，还捏造了朱熹“诱引尼姑，以为宠妾”的桃色谣言，要求宁宗学孔子诛少正卯。于是，朱熹落职罢祠。
庆元三年，伪学之禁不断升级，韩党规定自今伪学之徒不得担任在京差遣，并清查近年来各科进士和太学优等生是否“伪学之党”。后来连官僚荐举、进士结保也都必须在有关文牍前填上“如是伪学，甘受朝典”的套话。
中国历代党争往往不局限在高层政界的小圈子内，占优势的一方总将其拉进思想之争的轨道，拉出高层小圈子。前者为证明自己在道义上的绝对正确，后者为让一般官僚、士大夫乃至平民百姓表态拥戴自己，孤立对手。于是，高层的党争总是带来整个社会的动荡不安。
韩党为政敌戴的帽子也不断加码，监察御史刘三杰鼓噪“前日伪党，今又变为逆党”，把思想政治上的分歧推上正逆之类的最高审判台，使政敌难逃诛心与诛身的双重判决。
这年十二月，韩党请置伪学之籍，名单很快编定，其后续有增补。计有宰执四人：赵汝愚、留正、周必大和王蔺；待制以上十三人，朱熹、陈傅良、彭龟年、楼钥等都在其中；其他官员三十一人，知名的有叶适、刘光祖、吕祖俭、杨简等；武臣有三人，太学生即庆元六君子，士人蔡元定、吕祖泰也榜上有名。名单是胡乱拼凑的，至少有三分之一的人与道学无关。以曾任宰执四人而言，留正、王蔺与道学了无瓜葛，周必大当时也并不视为道学家。因此，道学家并不是这张名单的共同点，而是这些人都曾经直接间接触怒过韩侂胄或其党徒。
“伪学逆党”名单的出笼既是庆元党禁的高潮，也是强弩之末的开始。其后一年间，双方都没有什么大动作。庆元六年春，朱熹在福建建阳去世，尽管党禁严酷，路近的学生也都来奔丧，路远的弟子则私相祭吊。葬礼定在当年冬季，韩党担心葬礼变为“伪党”的一次大示威。正在心惊肉跳的当口，这年秋天，布衣吕祖泰击登闻鼓上书宁宗请斩韩侂胄，使趋于沉寂的党禁波澜再起。
吕祖泰是祖俭的堂弟，祖俭上疏被贬，他前往贬所探视，归语友人：“天下钳口，我必以言报国！”祖泰上书为“伪学逆党”辨诬，请斩侂胄及其党徒苏师旦，以周必大相代。韩党为了逼供出周必大是幕后指使者，将祖泰投入临安府大牢。
审讯时，知临安府赵善坚威胁利诱，祖泰冷笑以对，即便受杖，他仍大喊：“你是宗室，与大宋同休戚。我吕祖泰这是为谁家计安危而受杖辱啊！”祖泰最后被押赴钦州（今属广西）牢城拘管。
专制政体下，历代志士仁人都像吕祖泰这样慷慨从容地做过，但一旦到了志士仁人认定只有以血与死才能使统治者醒悟的时候，往往是血也白流，死也枉死，但他们仍是中国的脊梁。
祖泰上书被流放拘管，朱熹葬礼也没有酿出事变，党禁渐近尾声。有人提醒韩侂胄：再不开党禁，将来不免有报复之祸。侂胄颇有触动，对人说：“这批人难道可以没有吃饭的地方吗？”台谏摸准了侂胄的心思，嘉泰二年（1202年），上奏宁宗说，“真伪已别，人心归正”；侂胄便正式建议宁宗弛伪学之禁。
于是，以赵汝愚平反为标志，党禁全面弛解。一大批列入“伪学逆党”的健在者，例如刘光祖、陈傅良等都复官自便，但复官制词中仍说汝愚“宗相当国，凶愎自用”，“一时士大夫逐臭附炎”，意在证明当初打击贬逐完全是正确必要的，这也是专制政权下当政者为受害者平反时屡验不爽的通例。
庆元党禁虽然解冻，但后果不容低估。其一，党禁的发动者使党争以道学之争的面貌出现，对政敌所主张的道德规范、价值观念，在歪曲丑化的前提下借政权力量予以全面声讨与彻底扫荡，而声讨与扫荡的正是士大夫长久以来藉以安身立命的东西。于是，一切是非都颠倒了，政风士风在庆元党禁前后有明显的转折。史称：“绍熙之前，一时风俗之好尚，为士者喜言时政，为吏者喜立功名”；庆元党禁之后，“世俗毁方为圆，变真为佞，而流风之弊有不可胜言者矣！”
其二，暗弱无能的宁宗在党禁方兴之时一度支持韩侂胄，致使韩党占据上风，其后六七年间，他漠然无为，听任侂胄肆无忌惮地排斥政敌，专断朝政，走上了权臣之路。党禁虽然松动，侂胄的权臣之势却如日中天，不可摇撼。而侂胄擅权不过是南宋后期接踵而至的权相专政的开端，这也是庆元党禁滋长出来的毒瘤。