绍兴和议后，张俊还有滋有味地赖在枢密使的位子上。秦桧让御史弹劾他，将其旧部将譬为大小儿子：“大男杨存中握兵于行在，小男田师中用兵于上流，他日变生，祸不可测。”张俊只得乖乖提出辞呈。好在高宗说他有复辟之功，无谋反之事，同意他辞位，与秦桧演完了第二次削兵权最后一场双簧戏。从此以后，南宋政局重新回归重文轻武、以文抑武的旧轨。撵走了张俊，再也没人能与秦桧分庭抗礼，绍兴和议的附文又规定宋朝不能无故罢免首相，自此开始了秦桧独相专政的黑暗年代。
自绍兴八年（1138年）将赵鼎排挤出朝起，到绍兴二十五年去世为止，秦桧独相长达十七年之久，地位始终未见动摇。除对金和议上，高宗引为同调这一因素以外，作为一代权相，他自有一套巩固权位的手段与阴谋。这里，不妨从打击政敌、引用亲党、控制君主三方面作一介绍。
首先来说打击政敌。秦桧制造冤狱、整治政敌的残酷程度，可谓是不择手段。他尤其将赵鼎、李光、胡铨视为眼中钉，必欲置之死地而后快。
赵鼎在朝野颇有声望，也受高宗器重，秦桧将其视作莫大威胁。绍兴八年，赵鼎罢相，出知绍兴府，秦桧不久让他改知泉州，将他打发得远远的，免得高宗把他随时召入行在，东山再起。秦桧还不放心，将其一贬再贬，潮州安置。赵鼎在潮五年，缄口不谈国事，秦桧再将他编管吉阳军（今海南崖县）。赵鼎谢表说：“白首何归，怅余生之无几；丹心未泯，誓九死以不移”，秦桧见后悻悻说：“此老倔强犹昔！”
赵鼎在吉阳军三年，门人故吏都不敢通问，只有广西安抚使张宗元还过海送些酒米。秦桧就让吉阳军每月向朝廷报告赵鼎生死的消息。赵鼎知道秦桧决不会放过他，便对儿子说：“秦桧必欲杀我。我死，你们无事；否则，祸及全家。”绍兴十七年八月绝食而死。但秦桧并没有就此结束对赵家与所谓赵鼎余党的迫害。
李光罢政后出知绍兴府。绍兴十一年，和议将成，绍兴府百姓连日游行抗议，谏议大夫万俟卨诬陷说是李光鼓动的，将其押送藤州（今广西藤县）安置。藤州知州周谋表面与李光诗歌唱和，背地里却把他抨击和议的篇什送给秦桧。李光再以所谓“动摇国论”被安置琼州（今海南海口），一家都受到株连。
李光罢官后曾札记过一些宦海见闻，这在宋代士大夫中原是常事。但从绍兴十四年起，秦桧与高宗唯恐民间私史记下他们的卑劣行径，一再下令查禁野史。绍兴十九年，李光之子李孟坚与其父门客闲谈起此事，不料这门客卖主求荣，孟坚入狱，除名编管峡州。李光也因私撰国史，与胡铨赋诗唱和讥讪朝政，远徙昌化军（今海南新州）。
胡铨曾在绍兴八年请斩秦桧，被编管昭州（今广西乐平），不久迫于公论，将其处分改为监广州盐仓。但这笔账，秦桧不会轻易了结。绍兴十二年，秦桧死党罗汝楫上章要求严惩，胡铨再次被除名勒停，编管新州（今广东新兴）。词人张元幹以一阕《贺新郎·梦绕神州路》为他壮行。胡铨在新州六年，遇到大赦也不准量移近便州郡。
绍兴十八年，秦桧的表兄王鈇接任广东经略使，问新州守臣：赵鼎、李光都远贬海南，胡铨为什么还不过海？一句话，就把胡铨贬到吉阳军。三年后，秦桧知道张元幹有那首词，便以他事将其投入大理寺狱，因抓不到更多的把柄，将其除去官籍了事。
在引用亲党上，秦桧也工于心计。
其一，控制台谏，操纵言路。秦桧当过御史中丞，深知为了专擅政局、扼制舆论、排斥异己，不能仅凭君主宠信，还必须使台谏完全成为相权的喉舌与鹰犬。秦桧弄权的关键一步即是“择人为台谏”，自独相后，他基本左右了台谏系统，以至在金朝毁约南侵时，竟没有一个台谏官出来谴责和议的失败。绍兴和议以后，台谏更成为其指东不西的鹰犬，不少弹章都出自他的手笔或授意。以至识者都说：这是老秦之笔。
其二，弹去执政，补以言官。台谏只要充当鹰犬，不须二三年，秦桧就让他位至执政。通过这种一箭双雕的手法，秦桧既使执政不可能进而觊觎其独揽的相权，又能将执政显位作为网罗台谏的诱饵。
秦桧的同乡巫伋也这样当上了执政，有一次秦桧问他乡里有何新鲜事，他吞吞吐吐，说有一术士自乡里来，颇能论命，秦桧立时作色说：“这人说你何日拜相罢！”不久，巫伋就遭到台谏论劾而被罢政。
秦桧独相十七年，执政如走马灯似地更换了二十八人，其中由御史中丞、谏议大夫升为执政的即有十二人。唆使言官弹去执政而补其空阙，而台谏之权尽在秦桧，便于他把相权和监察权都牢牢地掌握在自己手中。
其三，引荐柔佞，检汰异己。不论台谏，还是执政，抑或其他要职，秦桧都引用柔佞而无名望的小人。柔佞就没有独立的人格，最适合做鹰犬；无名望就不可能拥有与他相抗衡的实力，有利于他的独相与专政。秦桧独相期间的数十个执政，十有八九都是这样的角色，不过是备员画圈而已。但秦桧一旦认为谁与自己立异，就毫不手软地汰除异己。最典型的例子是万俟卨。
万俟卨曾是秦桧最忠实的走狗，绍兴和议后当上了参知政事。万俟卨出使金国还朝，秦桧让他上奏时假借金人之口赞扬自己，他自以为已位至执政，想自立门户，拒绝了这一要求。还有一次，秦桧要任命一批亲党，派人让他画圈，他说没听皇上提起过，拒绝署名。秦桧自此与他不交一语，让台谏弹劾他“黩货营私，窥摇国是”，把他贬到归州（今湖北秭归）。
最后说说秦桧控制高宗的手段。
其一，每除言路，必预经筵。秦桧破坏台谏官不兼经筵官的制度，利用经筵官经常侍讲君侧的职任之便，让台谏兼职经筵，以达到交通台谏和窥伺君主的双重目的。他让其兄秦梓、其子秦熺相继任职经筵，传导风旨给那些兼职经筵的台谏官，打算弹劾谁，就在经筵侍对时转告或暗示，经筵一退，弹文即上。高宗并非任人摆布的庸主，秦桧担心他接近儒生，受到影响，让甘充鹰犬的台谏悉兼经筵，一来起到隔绝高宗的作用，二来可以窥察人主的动向。
其二，联姻外戚，结交内臣。高宗原配邢氏被掳至北方，韦太后南归才带来其死讯。秦桧积极建议立吴氏，吴氏正位中宫以后对他自然感激。秦桧趁热打铁，把自己孙女嫁给吴皇后之弟吴益。秦桧死后，其子孙无一遭到贬谪，与吴皇后的庇护大有关系。秦桧还交结内侍张去为，他曾是韦太后跟前的红人，后来当上内侍省的都知，秦桧倚靠他刺探宫中消息。
御医王继先深得高宗宠信，甚至把恢复性功能的事儿都一手交给他办，秦桧让妻子王氏与继先认为兄妹，以便通过继先影响高宗。高宗曾说：秦桧是国之司命，王继先是朕之司命。再加上张去为是后宫管家，秦桧与这两人暗中勾结，互为表里，一方面对高宗的动向意愿了如指掌，便于应对，一方面通过他们影响高宗的好恶，巩固自己的权位。
秦桧独相时期是宋朝历史上令人窒息的黑暗年代。绍兴二十年正月，殿前司武官施全在秦桧上朝途中谋刺未遂，被捕后秦桧亲自审问，施全大义凛然答道：“全天下都要去杀金人，只有你不肯杀金人，我就要杀你！”他最后虽在临安闹市被磔杀，但他的壮举大快民心，民间传说他是岳飞“旧卒”。刺秦案以后，秦桧心惊胆裂，出门便以五十武士执长梃护卫。
对秦桧擅权专政，高宗是了然于胸的，但一方面为维持对金和议，他与秦桧必须狼狈为奸，另一方面金朝规定不能任意罢免首相，他对秦桧尾大不掉之势也无可奈何。因而高宗对秦桧是既勾结利用，又疑忌猜防。
高宗不仅对秦桧任用亲党采取眼开眼闭的态度，还在绍兴十五年特赐望仙桥甲第一区，次年特许他在府第之东营建家庙，让他享受罕见的礼遇。为满足秦桧的贪欲，高宗将刘光世在建康的第宅园林转到秦桧的名下，还把面积千余顷、年租三万石的永丰圩赐给秦桧。但另一方面，高宗对秦桧又时刻提防着，据其后来自称，他每次接见秦桧，膝裤里总藏着匕首，以防不测。
高宗对秦桧隐忍的同时，也会在适当时机以适当方式表达君威莫测。绍兴二十四年省试，经秦桧授意，已定其长孙秦埙第一，其门客曹冠第二，张孝祥第三。谁知殿试时，高宗打破惯例，称赞张孝祥“议论确正，词翰爽美”，亲擢为第一，把秦埙降为第三。高宗此举，意在向专横跋扈的秦桧表明：皇权仍是不可侵犯的。
秦桧则预感到自己的权位受到了挑衅，在他看来，张孝祥之父张祁与胡寅为知交，而胡寅这时正以讥讪朝政安置新州，这表明这些政敌即便远斥，仍能使故人之子中状元，更有必要实施毁灭性的打击。
绍兴二十五年，秦桧捏造了一起“谋大逆”的大案。八月，他指使台谏诬称故相赵鼎之子赵汾必有“奸谋密计”，将其逮捕入狱，严刑逼供，勒令他承认与胡寅、李光等“谋大逆”，以张浚为“谋主”，涉案五十三人，都是秦桧视为眼中钉的“一时贤士”。狱成以后，大理寺请秦桧签押，他已病重得不能署名，这一大案才不了了之。
绍兴二十五年十月，秦桧知道来日无多，加紧策划让其子秦熺继承相位。秦熺是秦桧妻兄王㬇的庶子，秦桧养为己子。绍兴十二年，因秦桧的关系，成为科考榜眼，才六年就位至知枢密院事，时无右相，立班仅在秦桧之下。秦桧两次上表请辞相位，高宗为了稳住秦桧父子，下诏不允。
十月二十一日，高宗亲临秦府探病，明表恩宠而暗探虚实，秦桧勉强朝服相见，高宗知道他将不久于人世。秦熺在一旁迫不及待地发问：“代居宰相者为谁？”高宗冷冷说：“此事卿不当与！”回宫当日，高宗就命起草秦桧父子致仕的制词，而秦桧的亲党也正准备联名上书，请求让秦熺当宰相。次日，高宗宣布秦桧进封建康郡王，秦熺升为少师同时致仕，秦桧之孙秦埙与秦堪一并免官。得知一门被罢，秦桧当夜一命呜呼。
高宗的隐忍终于出头了，他舒心地对杨存中说：我今日才不必在这膝裤里藏上匕首。他“更化”的第一条措施就是亲自任命台谏，削弱秦桧势力。汤鹏举成为高宗最倚重的御史，此人原来追随秦桧，因得罪了秦熺的妻兄曹泳，在秦桧死前数月被划出了死党的圈子。回朝以后，他在短短一年半里劾罢秦桧党羽不下百人。
高宗“更化”的第二条措施就是改变独相局面，相位暂时空阙。秦桧去世以后的半年多内，高宗没有任命过新宰相，旨在结束相权陵忽君权的格局。他先后让沈该、汤思退和万俟卨参知政事，他们原来都是秦桧的死党。万俟卨因想自立门户，遭到秦桧的排斥。汤思退在秦桧死前与董德元各收到秦桧千两黄金，董德元以为倘若拒绝，秦桧病愈一定怀疑我二心，就收下了赠金；汤思退则认为，秦桧多疑，他日病愈，必以为我待以必死，于是拒绝了赠金。高宗据此以为他不党秦桧，让他升为参知政事。
绍兴二十六年五月，高宗先让沈该与万俟卨并相，次年六月，汤思退取代了万俟卨的相位。高宗当然明白他们原先与秦桧的关系，实际上他也并不想真正纠正秦桧独相时的内外方针。难怪南宋史家吕中评判高宗更化说：“桧之身虽死，而桧之心未尝不存。”用现在的话说，就是推行没有秦桧的秦桧路线。当朝野声讨秦桧投降卖国时，高宗毫不犹豫地下诏强调：“讲和之策，断自朕志。”
秦桧死后，尽管也平反了部分冤狱，但岳飞的冤案在高宗在位期间却始终未获昭雪。有人提议起用张浚，高宗断然表示“朕宁亡国，不用张浚”，下诏让他依旧永州居住。在清除秦桧的影响与维护苟安的路线上，高宗的分寸把握得恰到好处。
高宗“更化”的另一件大事就是正式立储。早在绍兴元年，高宗就从太祖后裔中选了两人入养后宫，他俩后来分别改名赵瑗与赵璩。但高宗总还存着能生下儿子的侥幸心理，故而迟迟没有确立谁为皇储。更化当年，高宗已四十九岁，不得不面对自己不能生育的现实，开始考虑立储问题。
不久，这个好色的皇帝却以女色来试探自己的接班人，他给赵瑗与赵璩各赐宫女十名，数日以后对宫女进行体检，赵瑗因听从王府教授史浩的劝告，十个宫女依旧完璧，而赵璩则采尽了秀色。绍兴三十年三月，赵璩改称皇侄，赵瑗立为皇子，更名赵玮，晋封建王。他就是后来的宋孝宗，终以不近女色而被高宗定为皇储。
除此之外，高宗的“更化”一无是处，他依旧维持对金主和的既定方针，强调所谓“确守勿变”，讳言抗金，对金主完颜亮虎视眈眈的南侵准备置若罔闻。