徽宗君臣的黑暗统治，终于在政和、宣和之际激起了民众起义，其中以北方的宋江和南方的方腊规模最大。
宋江起义因有《水浒传》的渲染，几乎家喻户晓。其确切的起事年代缺少记载，大约在政和末年；活动地区相当广泛，北到京东河北，南到两淮的楚州、海州、淮阳军，“州县大震，吏多避匿”。史称“宋江以三十六人横行河朔、京东，官军数万，无敢抗者，其材必过人”。宣和三年（1121年）二月，宋江率军转战至海州（今江苏连云港），夺取了官军巨舰十数艘，但最后中了知州张叔夜设下的埋伏，副帅被俘，无复斗志，便接受招降。当年六月，随童贯南下镇压方腊。宋江起义有史可案的情况，大概如此。关于这次起义，宋元之际已有《宣和遗事》加以描写，虽不无历史的影子，但毕竟小说家言，不能完全征信。至于《水浒传》，更是艺术虚构。
有两个问题有必要说明一下。其一，起义是否以水泊梁山为根据地。梁山泊一向是“盗贼”的渊薮。元祐元年（1086年）前后，有个叫黄麻胡的在这里闹事。蒲宗孟出知郓州，禁止当地人出入水泊，绝其粮食以迫使这些啸聚者散伙。但崇宁以后，这里又成渔者盗窟。《夷坚志·蔡侍郎》说，蔡居厚知郓州时，有“梁山泊贼”五百人投降，都被他杀了。蔡居厚是政和八年（1118年）由郓州卸任的，杀降还早于这年，有人认为他杀的就是宋江等人，根据似乎不足，因为宋江受招安是在其后。从宋江在短短几年中横行河北、京东、淮南，似乎是流动作战为主，当时史料称宋江为“淮南盗”，也证明他们没有以梁山泊为“大本营”。但从宋江军队在海州夺取官军战舰进行水战来看，他们完全可能在梁山泊活动过，这在地方志和口传史料里还留有痕迹。但未必如《水浒传》描写的以方圆八百里水泊作为梁山好汉的根据地。
其二，宋江是否受招安打方腊。毛泽东在评《水浒》时说“宋江投降了，就去打方腊”，引得文史学界争辩不休。但李若水《忠愍集》有《捕盗偶成》诗说：“去年宋江起山东，白昼横戈犯城郭。杀人纷纷翦草如，九重闻之惨不乐。大书黄纸飞敕来，三十六人同拜爵。”留下了宋江受招安的铁证。至于宋江参与镇压方腊，《皇宋通鉴长编纪事本末》和《皇宋十朝纲要》等权威史料都有确凿记载，也是无可否认的。大概就在镇压方腊以后返师时，武将折可存奉御笔讨捕“草寇”宋江，落得个兔死狗烹的可悲下场。
花石纲之役不仅把广大农民逼上绝路，连许多中小地主也濒临破产。方腊是睦州青溪县（今浙江淳安）的漆园主，也是造作局压榨的对象。于是他以诛朱勔为名，在宣和二年（1120年）十月，杀牛酹酒，在漆园誓师起义。
这时，两浙饱受盘剥压迫的各阶层人民就如一堆干柴，一经点燃就成燎原之势，数日之内，起义军就从千余人发展到十万之众。方腊自称圣公，建元永乐，署官命将。不到三个月，起义军分路出击，控制了睦州（治今浙江建德东）、歙州（治今安徽歙县）、杭州、婺州（治今浙江金华）、衢州（治今浙江衢县）和处州（治今浙江丽水）等六州五十二县。
东南重镇杭州的陷落令徽宗君臣大为震惊。徽宗被迫下罪己诏，撤销造作局，废除花石纲，宣布免除起义地区三年田赋，以收拾人心，瓦解其斗志。与此同时，徽宗命童贯急调西北十五万健卒赴浙。宣和三年正月，起义军首领方七佛率兵六万进攻秀州（今浙江嘉兴），官军固守顽抗，童贯手下大将王禀率大军赶到，成两面夹击之势，起义军损失惨重，被迫退守杭州。官军重兵压境，起义军的地盘日渐缩小，次月，杭州也终告失守，方腊只得率余部二十余万死守青溪帮源洞。四月，起义军终于被官军与地主武装联手攻破，帮源洞惨遭血洗，方腊也被宋将韩世忠俘获，八月押赴开封处死。
方腊起义的规模远较宋江为大，童贯在镇压过程中残杀的起义将士和平民不下二百万。这次起义，方腊登高一呼，两浙应者云集，除了花石纲之役的骚扰，另一个重要原因就是方腊以摩尼教组织和发动民众。这种秘密宗教的参加者不喝酒，不吃荤，互相以财相助，很受贫苦民众的欢迎。方腊故意把《金刚经》中“是法平等，无有高下”读为“是法平等无，有高下”，来引导民众认识现实世界的不平等，积聚起义的力量。
这里有必要补说一下摩尼教。摩尼教属外来宗教，关于其教义及传来的路径，此处略过不表。仅指出一点，在其流传过程中，佛道色彩越来越浓，倒可以视为外来文化具有中国特色的成功范例。唐武宗灭佛后，摩尼教转入地下，转而向东南沿海秘密渗透。五代后梁贞明六年（920年），母乙、董乙以摩尼教为旗帜，在陈州（今河南淮阳）起义，据说，其徒“画魔王踞坐，佛为洗足”，宣称“佛是大乘，我法乃上之乘”，也就是说教主摩尼比释迦牟尼还要高明。入宋前后摩尼教改称明教，这种以教主命名改为以教旨命名的更动，似更合乎中国人的习惯。
宋真宗时修《道藏》，两次下敕命福州献上《明使摩尼经》编修入藏。一说是当地有个大款买通了主持者，让他把《摩尼经》入藏，以便为明教争取合法地位。不论何说为是，此事表明：这时的统治阶级还没有惊惶失措，要把流传民间的明教消灭在萌芽状态。在其后近一个世纪里，未见有关摩尼教的直接史料，只能推测它并不张扬地从福建波及两浙。
宋徽宗崇道，再修《道藏》，两次命温州送明教经文入藏。入宋以来百余年间，摩尼教水波不兴，表明它充其量还只是抚慰信徒苦难的一帖麻醉剂。但对社会底层的苦难民众来说，宗教异端在抚平创痛和激起反抗之间是很容易转化的，其临界点的坐标即定在苦难的程度和民众的忍耐力的交叉点上。从这个意义上说，异端邪说倒不失为测试社会是否稳定健康的试剂：社会越是安定有序，异端邪说便越是没有市场；一旦到了异端邪说不胫而走，争夺到浩浩荡荡的民众时，这个社会的秩序、机制乃至其本身的现实合理性，一定是出了大问题。徽宗后期的社会危机已如干柴独缺烈火，方腊正是在这种背景下以明教来收拾人心的。
政和四年（1114年）有官员报告：两浙明教信徒各在所居乡村，建立斋堂，鼓动民众，夜聚晓散。徽宗这才感到问题严重，颁下御笔，严加取缔。然而，社会危机既然到达了临界点，一切都为时已晚。时隔六年，方腊就喊出了“东南之民苦于剥削久矣”的不平之鸣，以明教相号召，树帜起义。
方腊起义以后，明教被定为邪教。其后，统治者以“吃菜事魔”和“魔教”来侮称明教。南宋对吃菜事魔的取缔更为严酷。高宗一再颁布禁令，因告发株连，被籍没流放者不计其数。绍兴四年（1134年），有官员承认：两浙州县在方腊之后，法禁愈严，“事魔”之俗，不可胜禁；有人贪功邀赏，血腥镇压，往往令一方之地，流血积尸，焚烧杀戮，靡有孑遗。这种镇压扩大化所涉及的地区不限于东南诸路，持续的年代也不限于南宋初年。
统治者误以为这种镇压无所不能，意识不到是在为渊驱鱼、为丛驱雀，反会迫使异教信徒们协力同心，殊死反抗。实际上，方腊以后，吃菜事魔在东南民间一直禁而不止，一有气候，即生事端。南宋立国百余年间，与“魔教”有关的民众起义隔三岔五地此伏彼起：建炎四年（1130年），“魔贼”王念经在江西贵溪聚众起义，信州、饶州数万民众纷起响应；绍兴三年（1133年），余五婆、缪罗在浙江遂安“传习魔法”，反抗官军，声震严、衢两州；绍兴十年，浙江东阳“魔贼”谷上元率众起事；绍兴十四年，安徽泾县“魔贼”俞一发动“事魔者”举义；绍兴二十年，贵溪黄曾继王念经之后，再次“以魔惑众”，揭竿而起。
距方腊起义一个世纪后，绍定元年（1228年），陈三枪在赣州松梓山举义，声势波及三路十余州郡，起义坚持了七年之久；从义军先后奉张魔王、小张魔王为领袖等迹象推断，显然与吃菜事魔有关。宋代与吃菜事魔相关的民众起义，见诸记载的以方腊始而以陈三枪终，以方腊领导的规模为最大，以陈三枪坚持的时间为最长，二者倒是首尾呼应、前后辉映的。