吕夷简自景祐四年因与王曾纷争同时罢相以后，仅隔三年就第三次入相。在西夏侵扰政事蜩螗的形势下，康定元年（1040年），仁宗再一次起用这位能臣来应付危局。不过在对西夏的战争中，未见他有高明的胜算，倒还是他的后辈范仲淹与韩琦发挥了更大的作用。他三次为相，以在刘太后听政时期安定政局的贡献最大。因当国日久，政敌不少，他在明道废后风波中泄私忿、黜台谏的做法，也为时论所非议。他已经老了，终于上书，自求罢相。新任谏官蔡襄抨击他要对西北的战败、国家的积弱和政府的涣散负担全部责任。宋朝在这场战争中表现出来的种种问题，尽管责任决不是完全在他的身上，但他宰相也做到了头。
次年四月，吕夷简罢相，在此前后，宋仁宗调整了宰执班子。原枢密使兼同平章事章得象和晏殊同为宰相，其下执政有参知政事范仲淹和贾昌朝，枢密使杜衍，枢密副使韩琦和富弼。枢密使最先任命的是夏竦，但遭到台谏官激烈的论劾，说他为人“邪倾险陂”，在对夏战争中“畏懦苟且”，便改判亳州，这就埋下了他后来对范仲淹新政的嫉恨。当时的台谏官也有较大的调整，御史中丞是王拱辰，他在反对夏竦入主枢府上也是很坚决的。名相王旦的儿子王素与欧阳修、余靖都被新任命为谏官，都是三十来岁意气风发的年龄。
庆历三年，对西夏和战尚未定局，但宋朝许多弊病已在战时暴露无遗。这年五月，沂州士卒王伦率众起事，参加的主要是士兵，其后还有大量饥民加入。队伍从沂州（今山东临沂）北向青州（今山东益都），然后南下经海州（今江苏连云港）、楚州（今江苏淮安）、泗州（今江苏盱眙），一直打到扬州，最后朝廷派出大军围剿，七月，才在和州（今安徽和县）被击溃。
两个月后，张海和郭邈山在商山（今陕西商县东南）揭竿而起，起初只有数十人，后来不断有饥民和叛兵加入进来，他们转战京西十余州郡，最后韩琦调集精锐才将他们剿灭。
令人惊骇的是，两支起事队伍所至州县，官吏不是作鸟兽散，就是“金帛牛酒，使人迎劳”，甚至把兵甲作为礼物，让起事首领入住县衙，充分暴露了地方吏治的废弛和腐败。类似的兵变和民变，时人惊呼“一年多如一年，一伙强于一伙”。内乱外患所凸现的各种深层次问题，昭示了政治改革的必要性和紧迫性。
从年龄层次来看当时的宰执班子，首相章得象与枢密使杜衍六十开外，另一宰相晏殊与参知政事范仲淹五十出头，其他如韩琦、富弼等都在三四十岁之间。
再来看他们的政治倾向。晏殊虽与范仲淹同属中间年龄段，但他以神童入仕，出名颇早，天圣时已做到枢密副使，范仲淹、韩琦和富弼都是他推荐进用的，他还是富弼的老丈人，在人事关系上，他与改革派相当密切，但在政治态度上，却比较持重保守。
倒还是年龄比晏殊大十来岁的杜衍来得思想开通些，他是新入馆阁的著名诗人苏舜钦的泰山，对范仲淹和富弼抱有好感，但对范仲淹那些年轻追随者，例如石介、欧阳修的某些过激言论并不以为然。
章得象为人“浑厚有容”，他看到仁宗进用范仲淹、韩琦和富弼，让他们经划当世急务，尽管与后一辈有着代沟，却也能够涵容，直到后来新政失败，他才对人说：“我们常见小孩蹦跳游戏，总禁止不得，一直到碰墙才会停止。当其举步时，势难阻遏。”这就是他对改革的根本态度。因而章得象、晏殊和杜衍地位虽高，却没有成为政治改革的领袖人物。
早在仁宗亲政初年，范仲淹就以直言敢谏而被吕夷简指为朋党的核心人物，而今他位居执政，在处理西夏问题上也表现出远见卓识，在台谏与馆阁中有一大批都是他的追随者，他那“先天下之忧而忧”的忧国忧民的担当精神，都使他成为众望所归的政治改革的领袖。
九月，仁宗颁布手诏，点名要求他新提拔的范仲淹、韩琦和富弼条陈奏闻可以实行的“当世急务”，数日以后，范仲淹就呈上了《答手诏条陈十事》，标志着庆历新政拉开了序幕，而这篇《条陈》则被视为这场改革的纲领性文献。他所条陈的十件事，一曰明黜陟，二曰抑侥幸，三曰精贡举，四曰择官长，五曰均公田，六曰厚农桑，七曰修武备，八曰减徭役，九曰覃恩信，十曰重命令。其内容大体可以归纳为整顿吏治（一、二、三、四、五、九、十诸条）、发展经济（六、八两条）和加强军备（第七条）三个方面，可见这是一次以吏治整顿为中心的政治改革。因此不妨先说其吏治整顿的具体措施。
其一，改革官吏磨勘制度。此即“明黜陟”的内容。宋代文官以三年武官以五年为期，将政绩送中央考课院磨勘，无大过失，例行迁转，年资几乎成为升迁的唯一标准。十月，朝廷制定了磨勘新法，严格考核办法，延长磨勘年限，择优破格升迁。
其二，改革恩荫任子制度。此即“抑侥幸”的内容。官员子孙以门荫得官的任子制度，宋代是其恶性发展时期，皇帝生日、南郊大礼乃至官员退休、死亡，都可以为子孙乃至门客求得一官半职。宋代冗官问题，这也是原因之一。不久，朝廷出台了新荫补法，作出不少限制性规定：皇帝生日不再荫补；长子以外的官员子孙年满十五，官员弟侄年满二十，才有荫补资格；荫补子弟必须通过礼部考试才能入仕为官等等。
其三，改革科举学校制度。此即“精贡举”的内容。庆历四年，朝廷实行科举新制，规定举子必须在校学习三百日，才能参加州县试；参加州县试的士子必须有人担保其品质无大问题；考试内容改以发挥才识的策论为主，诗赋为辅，取消记诵为主的贴经墨义（贴经即以纸贴盖经文，让考生背诵；墨义即背诵经文的注疏）。这项改革的基本精神是把科举与学校教育结合起来，让科举制度能够选拔出合格的统治人才。与此同时，朝廷明令全国州县立学，一时间，州县学犹如雨后春笋。中央也在原国子监基础上兴建太学，成为最高学府，延聘孙复、石介等鸿儒执教，生员名额从七十名增至四百名，进入前所未有的发展期。史称“庆历兴学”。
其四，严格选任地方官员。此即“择官长”的内容。地方长吏的贤否关系到一方百姓的休戚，范仲淹主张将年老、多病、贪污、不才四种不合格官员一律罢免。他命各路转运按察使按察本路州县长吏，京东转运按察使薛绅的四名部属专门奉命搜集州县地方官的过失，官员们称之为“京东四瞪”。范仲淹自己圈定全国监司名单尤其严格，见有不合格者，即以笔圈去，富弼也感到他苛刻，提醒说：“一笔勾去容易，你不知道被勾取的一家都要哭了？”范仲淹回答：“一家哭总比不上一路哭吧！”
其五，纠正职田不均现象。此即“均公田”的内容。真宗时，国家向官员授职田，以补薪俸不足，但在实施中也出现了分配不均和扰民现象。范仲淹认为职田有助于官员廉洁奉公，主张朝廷派员检查并纠正职田不均现象，责其廉节，督其善政。
其六，强调诏敕政令信用。此即“覃恩信、重命令”的内容。范仲淹要求仁宗下诏，今后皇帝大赦的宽赋敛、减徭役等事项，各级官府不能落实，一律以违制论处；而政府颁行的条贯法规，敢故意违反者，也以违制处罚。
发展经济的措施共两条。其一为兴修水利，以“厚农桑”。具体做法是在每年秋收以后，朝廷行文诸路转运使，督导州县开河渠、筑堤堰、修圩田，以期救水旱，丰稼穑，厚农桑，强国力。其二为省并县邑，以“减徭役”。范仲淹指出，县份划分过细，管辖人口太少，势必造成官吏人数多、人民负担重。庆历四年，河南府（治今河南洛阳）试点撤并掉五县，并准备将这一做法逐渐推广全国。
加强军备的措施仅一条。范仲淹建议恢复唐代府兵制，在京师附近招募五万民兵，每年三季务农，冬季训练。这样，国家既不需耗费巨资募养禁兵，又能在敌军突然入侵时，随时组织军队，进行抗击。这条措施未及实际施行。
总之，庆历新政的核心是吏治改革，唯有这一方面具体措施不少都立即付诸实施，也在某种程度上损害了官僚集团的某些既得利益，引来了不少反对的声音。反对派首领是前朝老臣夏竦，“朋党”是反对派挥舞的大棒。而改革派在策略上的失误也激化了错综复杂的矛盾，促成了改革派与反对派两大阵营的力量消长。
新政开始不久，知谏院欧阳修就上书指出两制官中奸邪者未能尽去，并指责两制推荐的御史台官“多非其才”。欧阳修早在明道“朋党”风波中就与范仲淹同为“四贤”之一，他的这一上书，尽管只代表他个人激烈的主张，却理所当然地被人视为传达范仲淹改革派的倾向，这就把两制官与以王拱辰为首的御史台官都推向了改革派的对立面，使得在改革吏治上原来可以合作的御史台与政府的关系一下子形同水火。
监察御史梁坚弹劾权知凤翔府滕宗谅和并代副都部署张亢贪污公使钱，这两人向为范仲淹所器重，矛头所向十分清楚。公使钱是宋代特有的一种官给，有点类似官衙的小金库，虽大部分不能私入，但在使用上有不少模棱两可的余地。范仲淹不惜辞去执政之职为滕宗谅辩护，权御史中丞王拱辰也以辞职相要挟，并立即付诸行动，不到御史台供职。仁宗对滕宗谅在景祐初政时指责他“日居深宫，流连荒宴”记忆犹新，在台府之争中倒向了王拱辰，将滕、张两人贬官。
范仲淹入京参政后，郑戬出任陕西四路马步军都部署。他既是仲淹的连襟，也赞同筑城固守的方针，因而支持静边砦主刘沪修筑水洛城（今甘肃庄浪）。但郑戬不久调离，新知渭州的尹洙原属韩琦主攻派，反对筑城，双方各有所恃，发生激烈冲突，尹洙命狄青率兵拘捕了刘沪。水洛城之争实际上是范仲淹的主守派与韩琦主攻派不同政见的延续，两位新政要人为自己器重的经世之才各执一词，最后仁宗只得将尹洙和狄青调离他用，平息了改革派内部的纷争。
范仲淹
就在这场纷争的高潮中，仁宗问范仲淹：“自古小人结为朋党，也有君子之党吗？”范仲淹回答：“朝廷有正有邪，倘若结党而做好事，对国家有何害处呢？”其后不久，欧阳修进献了《朋党论》，显然是针对仁宗朋党之问而发的。这是一篇议论风发的宏文，围绕“君子不党”的传统观点大做翻案文章，曲折反复，不说君子无朋，反说君子有朋，不说朋党不可用，反说朋党为可用，最后归结到一点：人君“当退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣”。
文学上的好文章在政治斗争中有时会是一着坏棋。这篇《朋党论》一是触犯了人主的忌讳，任何皇帝都不会鼓励臣下公开结党威胁皇权；二是触犯了被划在范仲淹为代表的改革派以外的那些官员，按照欧阳修的观点，不是君子之“真朋”，就是小人之“伪朋”，这样，改革派就在无意之中为自己树立了一个庞大的反对派。正如南宋吕中所说：“君子小人之实不可以不辨，而君子小人之名不可以太分。有用君子之名，则小人者岂甘小人之名哉！正人既指小人为邪，则小人亦指正人为邪。”这样，党争就不可避免。
在反对派中，夏竦起了十分恶劣的作用。前文提到，他原先是被仁宗任命为枢密使的，王拱辰率领包括余靖和欧阳修在内的台谏官先后上了十一疏，甚至拉着仁宗的袍裾要求他改变任命（由此也可见王拱辰最初与改革派并无成见），仁宗才改命杜衍。从到手的枢相到改判亳州，对夏竦来说当然是奇耻大辱。这事令支持范仲淹的国子监直讲石介异常振奋，写了一篇流传一时的《庆历圣德颂》，文中明确把仁宗起用改革派称为“众贤之进”，而把夏竦灰溜溜地与枢密使无缘说成是“大奸之去”。
夏竦的反击就是从石介入手的。庆历四年，他唆使家中女奴模仿石介笔迹，篡改了石介给富弼的一封信，将“行伊、周之事”改为“行伊、霍之事”。伊指伊尹，周指周公，都是古代辅佐天子的贤臣；霍指霍光，他是西汉废立国君的权臣。此事传出，范仲淹与富弼都心不自安，请求出朝巡边。六月，范仲淹出为陕西河东宣抚使；八月，富弼也出为河北宣抚使，庆历新政陷入僵局。
九月，仁宗罢了晏殊的相位，杜衍升任宰相。晏殊与新政集团保持着距离，但他是范仲淹、欧阳修等改革人才的引荐者，又是富弼的泰山，人们容易把他的罢相与新政派的失势联系起来。与此同时，仁宗任命陈执中为参知政事，新政派的谏官蔡襄和孙甫上奏说他刚愎不学，仁宗硬是把陈执中从外地召入朝中。蔡襄和孙甫见轰不走陈执中，便自求外放，仁宗同意，改革派至此丧失了与反对派较量的喉舌，台谏官清一色都是反对派。这时，改革派的领袖与骨干几乎都已经被排挤出朝，但反对派还要把范仲淹的追随者从馆阁中清除出去。
当时京师官署每年春秋都举行赛神会，同时置办酒宴，同僚欢饮。这年监进奏院苏舜钦发起进奏院的秋赛宴会，与会者王洙、刁约、王益柔、江休复、宋敏求等十来人都是范仲淹引荐的一时才俊，酒酣耳热，王益柔在即席所赋的《傲歌》中吟出了“醉卧北极遣帝扶，周公孔子驱为奴”的诗句。王拱辰打听到这事，立即让监察御史刘元瑜弹劾苏舜钦和王益柔诽谤周、孔，并犯有大不敬之罪，要求处以极刑。仁宗连夜派宦官逮捕了全部与会者，令开封府严加审讯。后经韩琦等反对，才从轻发落，苏舜钦永不叙用，其他人受降官处分。王拱辰高兴地声称：“被我一网打尽了！”
十一月，仁宗颁诏强调“至治之世，不为朋党”，不点名地批评有人“阴招贿赂，阳托荐贤”。范仲淹一见到诏书，就上表自求罢政。庆历五年正月，仁宗免去范仲淹的参知政事，让他出知邠州，富弼也同时罢政，出知郓州。二十天后，杜衍罢相，指责他“颇彰朋比之风”，把他视为新政朋党的总后台。韩琦上书指出不应轻易罢黜富弼，三月，他也被仁宗罢去了枢密副使之职。至此，新政派被悉数赶出了朝廷。在此前后，新政所推行的部分改革措施几乎全部废罢。
宋代后来的学者批评仁宗对庆历新政“锐之于始而不究其终”，并对其原因大惑不解。实际上，仁宗当初锐意改革是出于应付庆历初年内政外患的需要。到庆历四五年间，宋夏和议已成定局，京东西的兵民骚乱也已经平息，宋朝统治不仅解了燃眉之急，还出现了柳暗花明的转机。
而改革派公然不避朋党之嫌，迫使仁宗把消解朋党之争的棘手局面放在首位，既然小人结党而不承认，那就只有把不避结党之嫌的君子逐出朝廷。欧阳修乃至范仲淹这些君子们，在朋党问题上的见解从道理上说是无可非议的，但政治斗争并不一定是道理之争，因而他们最后只能被小人欺之以方，被仁宗敬而远之。