元朝的时间很短，在经学上的成就赶不上宋朝，更赶不上清朝，却比明朝高明。
明朝在永乐年间，有胡广奉了成祖之命，编出一套《五经大全》，作为官方的标准本。其中，《诗》、《礼》、《春秋》三部大全，完全是抄袭元朝刘瑾、陈㵆、汪克宽三人的遗作，《周易大全》是汇抄董楷、董真卿、胡一桂、胡炳文四人的遗作。《书传大全》是汇抄陈栎与陈师凯二人的遗作。不仅是抄，而且隐没了各书原著者的姓名。
在上列九部元人的著作之中，陈师凯的一部最好，把《尚书》中的名物考证得很详尽；陈㵆的一部最差，大率望文生义，藉题发挥作者的“义理”，不甚注意自己立论的根据。
其余各部，大率是继承宋儒朱熹、蔡沈、胡安国的余绪，虽则发明不多，却也旁征博引，作了这三家的功臣。
元朝最杰出的一位经学家是吴澄。吴澄是江西崇仁人，生于宋理宗淳祐七年（1247年），卒于元文宗图帖睦尔可汗至顺元年（1330年）。他对《易经》、《尚书》、《礼记》、《仪礼》，都有很深入的研究。
在《易经》方面，他以吕祖谦的《古周易》为依据，参考许慎、马融、郑玄、王肃、王弼诸家的说法而加以校正，写出一部《易纂言》；又写了一部《易纂言外翼》，发挥自己的见解，作为《易纂言》的姊妹篇。
在《尚书》方面，他毅然舍弃伪古文各篇，而只论今文各篇，著了一部《书纂言》。
在《礼记》方面，吴澄也有一部《礼记纂言》，其中各篇的次序，完全与小戴的不同，《大学》、《中庸》也被他依照朱熹的意思抽出来另成专书。可惜他关于学庸的著作，今已散佚。
此外，吴澄也著了《仪礼逸经传》一部，《孝经定本》一部。他一生重视版本，精于考订，配得上称为乾嘉考证家的前驱。
元初四大名士。自左至右依次为吴澄、虞集、欧阳玄和揭俙斯。（图选自《名贤四像》）
元朝于吴澄以外，另有一位程端学。此人对春秋三传一律怀疑，而且直截了当，说《左传》是伪书，很像康有为在《新学伪经考》中的论调。
元朝有一位不值得一提而又不能不提的说经家，叫做倪士毅。倪士毅剽窃陈栎的《四书发明》与胡炳文的《四书通》，编了一部《四书辑释》，这部《四书辑释》被胡广“翻版”，改名《四书大全》，成为明清两朝八股家的圭臬。