中统四年（1263年）五月，枢密院成立，皇子燕王真金以“守中书令”的身份“兼判枢密院事”。
至元五年（1268年）七月，御史台成立，第一任的御史大夫是先后担任过平章政事与左丞相的塔察儿（成吉思可汗胞弟帖木格的嫡孙）。
次年正月，成立了四个道的提刑按察司：山东东西道，河东陕西道，山北东西道，河南河北道。这四个提刑按察司的提刑按察使，是道道地地的中央官，直属于御史台。
独立于上列“三权”之外的，有“司农卿”，即中统四年以后的“大司农卿”。司农卿或大司农卿之下，有分派到各地的“劝农使”。
至于，大宗正府、詹事院、翰林兼国史院、蒙古翰林院、集贤院、宣政院、国子监、蒙古国子监、宣徽院、太常寺、符宝局、太史院、太医院、将作院、通政院、管领怯怜口（工匠）总管府、管领大都等路打捕鹰房胭粉人户总管府、大都留守司、卫尉院（尚乘寺）、武备司、太仆寺、太府监、度支监、利用监、都水监、秘书监、司天台、回回司天台、司禋监，等等，都是于忽必烈在位之时，或先或后地设立起来的。这些衙门，虽则比不上唐宋的多，却也勉强可以算得上应有尽有了。
然而，一切都是草创。在枝节上，也就是中级以下的机构上，唐宋的先例与经验足够元初的君臣参考。在最高的行政决策上，由于当时的环境与唐宋迥不相同，元初的君臣便颇有凡事都得从头做起，甚至抱着准备失败的心情，作若干的尝试。因此之故，作为中央政府的轴心的中书省才成为改变得次数最多的机构。