在正常之时隶属于中书省、而曾经三次改属尚书的六部，前后在编制上也有过相当的变化。
在忽必烈中统年间，所谓六部，只有两部，称为“左三部”与“右三部”。左三部是，吏部、礼部、户部的合并。右三部是兵部、刑部、工部的合并。左三部与右三部均各设尚书二人，侍郎二人。这似乎是省钱的办法。如果六部分设为六，每部只设一个尚书、一个侍郎，便至少要有六个尚书、六个侍郎了。省钱的事小。主要的原因是，大权属于尚书以上的右左丞相以至于参知政事。六部只是事务上的执行人员而已。右三部尚书，是宋子贞。左三部的尚书是谁？刘肃。
忽必烈在至元二年二月把“左三部”与“右三部”，由事实上的两部分为四部：吏礼部、户部、兵刑部、工部。这四个部的第一任尚书，据屠寄说，是：吏礼部，麦术督丁；户部，马亨；兵刑部，严忠范；工部，别都鲁丁。然而，依照当时的编制，吏礼部有三位，不仅是麦术督丁一位。户部的尚书也有三位。兵刑部与工部的尚书各有四位。换句话说，四个部的尚书共有十四位，而可考的仅有屠寄所列举的四位而已。
忽必烈主张不定。到了次年，至元三年，又把四个部恢复为“左三部”与“右三部”两部。再过两年，两部又改为四部。到了至元七年，四部才改为六部，吏户礼兵刑工各成一部。各部的尚书人数不等。其后，每一部的尚书及其下的侍郎、郎中、员外郎，人数屡有变动，不仅在忽必烈一帝之时如此。到了最后，六部或先或后都确定为尚书三人，侍郎二人，郎中二人，员外郎二人。最先有如此编制的是工部（1291年），其次是礼部（1295年），再其次是刑部（1300年），然后是吏户两部（1311年），最后是兵部（1323年）。
《明史》有“七卿年表”，把六部尚书与都御史的姓名与在任期一一表明。《清史稿》有“部院大臣年表”，其内容与《明史》的“七卿年表”相仿，所记载的也是六部与都察院的长官，增加了侍郎与副都御史。可惜，三种元
元代元帅之印
史皆没有这样的一种表。《新元史》与《蒙兀儿史记》没有，值得原谅；因为，到了民国时代，离开顺帝北去已经有了五百多年，材料无从搜求。《元史》没有这个表，实在是怪不得人家责备它“草率”、“疏漏”。
我从三种元史的列传与《新元史》的氏族表之中，已经找出了一些六部尚书的姓名与在任的时期。
①吏礼部：高鸣（世祖时）。吏部：阔阔，别帖木儿，刘宣，刘正（以上世祖时）；吴元珪，王寿（以上成宗时）；李英宗时）；苏天爵，偰哲笃（以上惠宗时）。
（仁宗时）；王结，傅岩起（以上②户部：忽都鲁沙，亦不剌金，拜降，刘正（以上世祖时）；萧拜住，谢让（以上武帝时）；宋崇禄（武宗仁宗时）；张思明、韩若愚（以上仁宗时）；杨安札儿不花（可能为英宗时）；高纳麟（文宗时）；徐奭，师泰（惠宗时）。
③礼部：刘秉恕，阔阔，廉希贤，马月乃合，张孔孙（以上世祖时）；杨朶儿只（仁宗时），曹元用（泰定帝时）；张起岩（文宗时）；吕思诚（文宗或顺帝时）；曹鉴，徐奭（以上惠宗时）；哈散（不知何时）。
④兵部：苫思丁（世宗时）；崔敬，师泰（顺帝时），阿速氏者燕不花，札剌亦儿氏博罗（以上均不知何时）。
⑤刑部：李子忠，布伯（以上世祖时）；高克恭（成宗时）；谢让（武宗或仁宗时）；王结（英宗时）；韩若愚，马煦（以上泰定帝时），吕思诚（文宗或惠宗时）；崔敬，马煦，陈思谦（以上惠宗时）。
⑥工部：段天佑，王倚（以上世祖时）；吴元珪（成宗时）；尉迟德诚（武宗时）；韩冲，刘秉德，张思明（以上仁宗时）；成遵（惠宗时）；大食人也黑迭儿之子马合谟沙，马合谟沙之子木八剌沙（均不知何时）。
以上这许多位尚书，在当时都是显宦，然而过不了几时，姓名都被人们遗忘了。太史公所谓“当时则荣，没则已焉。”其中何尝没有好人？阿附阿合马与桑哥之流的究竟是少数。