阿合马是花剌子模国、锡尔河边的别纳客惕城人。这个城，便是汉朝的大宛国的国都所在，今天的本地人称它为费儿汗那（Ferghana）。
他自幼被掳为奴，长大在翁吉剌惕部长阿勒赤那颜之家。阿勒赤那颜把“女儿”（可能是孙女儿）察必嫁给忽必烈。阿合马是陪嫁的奴隶之一。
进到了忽必烈的“王府”以后，阿合马在宫内洒扫等等的工作上十分卖力，获得忽必烈夫妇的喜欢。此人不仅是懂得以小忠小信讨主人喜欢，也颇能于“公余”之暇留心括地皮的大技术。因此之故，出乎一般人意料之外，他在忽必烈即位以后的第三年（中统三年）便平步青云，当了大官：“领中书左右部，兼诸路都转运使。”
所谓“领中书左右部事”，说来话长。当时的中书省下面，没有六部，只有两部，称为左部、右部。左部是吏户礼三部的混合，右部是兵刑工三部的混合。两部各设尚书二人，侍郎二人，郎中四人，员外郎六人。阿合马受任“领中书左右部事”，便是作两部官吏的总头目，很有实权，却并非“宰相”。他的官阶，次于“参知政事”，是“事务官”，不是“政务官”。
中统元年，祃祃曾经以燕京路宣慰使“领行省六部事”，其地位和阿合马在中统三年的“领中书左右部事”相仿佛。《元史》和《新元史》都错认了祃祃为“右丞相”。
阿合马的兼职，“诸路都转运使”，在“使”字上面省掉了一个“盐”字，以致我们容易茫然于他替政府转运些什么东西。他的这一项职务，堪比于今天的盐务总局局长。
阿合马晓得解州官盐的销售区，由于离开太原很近，人民贪图便宜，喜欢买太原来的私盐，以致政府只能从解州官盐卖得七千五百两银子。阿合马向忽必烈奏请，把解州官盐销售区的人民，按户派购定额。这样，便可以卖得一万二千五百两银子，多出五千两。人民于买了官盐以后，政府准他们随意买太原的“小盐”（不再称为“私盐”）。忽必烈认为很好，准如所奏。
阿合马虽则准许山西人买太原的私盐，却不许东平等地的人买任何地方来的私盐。他在各地设立了“巡禁私盐军”。这巡禁私盐军不仅是政府的“缉私队”，实际上也成了他个人的基本武力。阿合马对于铁，也很有兴趣。他在中统四年，奏准了以三千户被“括”的人民开采钧州（河南禹县）与徐州等地的铁矿，预计每年可以出铁一百零三万七千斤，作成农具二十万件，向人民换取四万石粟，“输官”（缴入政府仓库）。
忽必烈对阿合马的“劲儿”十分欣赏，因此，便在至元元年（中统五年）十一月，升他为中书省的平章政事，地位与廉希宪相等。比姚枢、商挺高。姚枢是左丞，商挺是参知政事。
阿合马进了中书省不到三个月，便将廉希宪和商挺一齐挤走。原因是，廉商二人是重义轻利的儒家，不支持阿合马的弄钱政策。（廉希宪在血统上是畏吾儿人，由于生长在中国，受了纯粹中国式的教育，而成为不比商挺差的道地儒家。）
四个月以后，至元二年闰五月廉希宪与商挺重被起用，派到山东“分省”去工作。工作了两个月，两人又被内调，回任中书省的原官。为什么他们两人倒了以后又能起来？原因是，他们当年在开平，是劝进的功臣。
姚枢不曾在至元二年和廉商二人同被罢斥，却也在闰五月被外调，调为“行省西京平阳等处”。他不像廉商二人之于两个月内被召回，一直在外面住到至元四年，才被叫回来，当一个没有实权的闲差事：“同议中书省事”。“同议”到至元十年，才得了一个“昭文殿大学士”。
阿合马在至元三年二月离开中书省，作了新设的“制国用司”的“制国用使”。中书左右部他早就不管。中书左右部在至元二年二月分为四部：（1）吏礼部，（2）户部，（3）兵刑部，（4）工部。四部的尚书是：（1）麦术督丁，（2）马亨，（3）严忠范，（4）别都鲁丁。
和阿合马关系最密切的，是户部。而户部尚书马亨刚好是他的“对头”。此人籍隶邢州南和，在廉希宪、商挺下面，当过陕西行省的左右司郎中，其后作了中书左部（吏户礼）的两个尚书之一，现在，他作了户部尚书，便成了阿合马的眼中钉。阿合马虽则奈何他不得，却以制国用使的身份，把户部应有的职权，夺去不少。
阿合马在制国用使的任上，作了不少的事。三种元史的阿合马传，都语焉不详，只说了：（1）他叫人把东京（辽阳）缴纳的布，在当地换羊。（2）他认为真定与顺天所出的金银不够标准，下令改铸。（3）他奏请忽必烈派人去“别怯赤山”采石棉，获准。（4）他奏请将桓州峪所出的锡，卖钱发给矿工。政府在桓州峪共采得粗矿十六万斤，其中百分之二十五是锡，百分之零点一八（每百斤有三两）是银。
单就这四件事而论，阿合马不能算是坏人。
至元七年正月，他请准了忽必烈废掉制国用司，成立尚书省，以他自己为尚书省的平章政事。中书省仍旧存在，权力却被尚书省抢去了极大部分。中书省之下的四部，改隶尚书省，而分为六部；吏户礼兵刑工，各部的尚书人数不等。吏兵刑三部各设尚书一人，户工两部各设尚书二人，礼部设尚书三人。
尚书省不设尚书令，不设左右丞相。最高的主管只是平章政事一人。（中书省有平章政事二人。）这唯一的平章政事，是阿合马自己。在他之下，有“同平章事”一人，参知政事三人。
忽必烈规定：任用大小官吏由吏部开列合格人的名单，呈请尚书省圈选，再由尚书省咨请中书省上奏。阿合马却并不遵照规定，想用谁便用谁，既不等候吏部开列名单，也不咨请中书省上奏。有人在忽必烈面前告发他，他向忽必烈说：“事无大小，既委之臣；所用之人，臣宜自择。”忽必烈竟然也不说什么。
阿合马作平章尚书省事的时候，卖官鬻爵，贿赂公行，使得一般的人对他不满。他叫忽必烈以叠床架屋的方式另设一个尚书省，由他主持，把中书省的大权削夺殆尽，尤其令中书省的大小官吏忿恨。
由于有很多人向忽必烈控告，于是尚书省在成立了整整两年以后，便在至元八年十二月被废除。阿合马却仍被重用，调回中书省当平章政事。他在尚书省的副手，“同平章尚书省事”张易，也被调回中书省，升为平章政事。原有的中书省平章政事忽都察儿，升作左丞相。尚书省的参知尚书省事张惠，是阿合马所最宠的亲信，也被调进中书省，升为左丞。曾经担任制国用司的佥事，尚书省的“参知尚书省事”的麦术督丁与李尧咨，也均调来中书省，当参知政事。经了一番如此的大更动，中书省变成了“面目全非”；除了名称仍是中书省三字以外，省内的实权都移入了“前尚书省”的大官之手。换句话说，所废的不像是尚书省，而很像是中书省。
中书省的旧人只剩下中书令真金，右丞相安童，左丞相忽都察儿，都是高高在上，奈何不了阿合马和他的一批干部。真金自从在中统三年十二月受任为“守中书令”以来，两度被以原职外调，一次去潮河，一次去称海，均是为了镇压当地的人心，防反侧于未然。回京以后他在实际也不曾怎样能够当家，右丞相以下的人凡事都要向忽必烈请旨，经过他与否并无多大关系，即使经过他，他也必须转奏忽必烈。阿合马主持尚书省之时，目无中书；现在进了中书，却不能不承认真金是中书省的主官，因此之故，也就对真金略存忌讳。真金对阿合马，心鄙其人，绝不假以辞色。然而，真金自己明白，忽必烈南征北讨，最需要钱，而当时能够弄钱的，至少忽必烈认为，只有阿合马一人。于是，真金以父子之亲，却无法使忽必烈去掉阿合马。
安童是木华黎的玄孙，父亲叫做霸特鲁，祖父叫做塔思，高祖叫做孛鲁。安童的母亲，和忽必烈的皇后是姊妹，因此而常能带了安童进宫。忽必烈对安童很器重，当安童十六岁的时候，便叫他充任四怯薛（侍卫军）之一的长官。到了至元二年八月，安童还不过是二十一岁的青年，忽必烈又把他破格提拔，任命他为中书省右丞相，与老将史天泽同位。当时，已经作左丞相的是耶律铸；和安童同月发表为左丞相的是伯颜。平章政事有三个人：廉希宪、阿合马、宝合丁。安童年纪虽轻，却颇识大体、不负忽必烈的知遇。他受命以后，便奏请召许衡为自己的辅佐，忽必烈于是就把许衡召来，叫许衡每五日进中书省一次“议事”。中书省的编制之中，没有“议事”的名目。许衡在事实上是一位顾问，不仅是安童的顾问，也是忽必烈的顾问。安童在至元四年三月，奏请忽必烈将中书省的人事，加以调整，确定丞相只设二人，平章政事亦只设二人，右丞左丞各一人，参知政事二人。这件事，看来似乎很小，却充分显露了安童之懂得提纲絜领，建立制度。同年六月，忽必烈依照他的意思，重行选定中书省的八位重臣，仍叫他担任右丞相的位置。
阿合马从至元元年十一月，到至元三年二月，曾经在安童的下面充任平章政事，对安童的为人与作风很了解，因了解而视作敌人。阿合马于至元七年正月成立尚书省，自为“平章尚书省事”以后，便向忽必烈建议，说安童的威望很高，应该升为三公。这是敬而远之的老办法，而忽必烈不懂，竟然郑重其事，发交“诸儒”去讨论。所谓诸儒，是姚枢、窦默、许衡、廉希宪、商挺、王恂、王磐等等。商挺说：“安童是国家的柱石，一日不可出中书。”其他的诸儒附议，便拿这句话回复忽必烈。忽必烈这才留下安童在中书省。
阿合马在尚书省干了两年，对中书省摩擦失败，尚书省取消，他带了整批干部进中书省，占领了中书省，反败为胜。安童忍气忍了两年，忍到至元十一年，参阿合马一本，说阿合马任用非人，夤缘为奸。安童的这一本，参不倒阿合马，几乎因此而送掉性命。阿合马在次年向忽必烈建议，说西北方面有海都与笃哇的大威胁，必须“勋旧重臣”像安童那样的去镇守阿力麻里克（在今日伊犁附近），才抵挡得住。忽必烈听了，果然就在七月间，派安童“行中书省兼枢密院事于阿力麻里克”，去辅助原已驻在该处的皇子北平王那木罕。安童去到那里，因敬酒不周到而引起脱黑帖木儿的怨恨，这脱黑帖木儿鼓动了药不忽儿、撒里蛮等人在至元十三年十二月叛变，拥立昔里吉为可汗，把那木罕和安童两人捆了，押送给海都。海都把他们留下，留到了至元二十年才释放。他们在至元二十一年三月，回抵大都。
安童回来，见不到阿合马。阿合马在至元十九年（1282年）三月已被千户王箸杀死。
阿合马之死，是戏剧性的死。王箸对他并无私怨，只是看不下他的胡作非为，这才邀约了“妖僧高和尚”，计划出历史上的一大政变。肯参加他们政变的，竟有八十多人。
他们在三月十八日的夜里分批混进大都；次日（十九日）清晨，假传皇太子真金的令旨，说皇太子在晚上要进城回宫，吩咐枢密副使张易到时候发兵，在宫门口集合，同时也吩咐瓮吉剌带与阿合马以下的官员，到时候在宫门排班迎接。（真金于至元十年三月被册立为皇太子，仍旧作守中书令兼判枢密院事。阿合马在至元十八年十二月升任左丞相。同年同月，别勒古台的孙子瓮吉剌带被拜为右丞相。）
王箸在傍晚时光亲自找阿合马，说是太子快到城门，叫阿合马派人出城迎接。阿合马知道王箸是一位千户，深信不疑，就派了中书省右司郎中脱欢察儿率领几个人骑马出城迎接。脱欢察儿等人出城走了十几里，遇见了所谓皇太子，都被这一位假太子杀掉，马也被抢去。
假太子和他的若干随从，在夜间二鼓左右大大方方地进了健德门，又大大方方地走到宫门口。果然，瓮吉刺带与阿合马率领了中书省官员在宫门口等着迎接。假太子对阿合马骂了几句，便叫王箸将阿合马牵走。这时候王箸就拿出准备已久的铜锤，对准阿合马的脑袋，打了一下，阿合马当时就死。同时被杀的，是阿合马的亲信，中书省左丞郝桢。
一会儿功夫以后，东宫都总管张九思和同知高纗看清楚假太子的面貌，大叫“不是真的！”留守司的官长博敦，将假太子用棍子打下马，假太子随即被乱箭射死。“妖僧高和尚”与八十几个同党一哄而散。王箸挺身而出，承认自己是主谋，束手就缚。
忽必烈当时还在上都附近的白水泺，接到报告，立即启程返回大都。他吩咐把王箸与其后不久便捉到的“妖僧高和尚”在壬午日（三月二十二日）处斩。同时被斩的，有被骗发兵的枢密副使张易。
其后，忽必烈问孛罗，孛罗把关于阿合马种种罪行的事实，都告诉忽必烈，使得忽必烈相信了阿合马果然该死，便吩咐把阿合马“戮尸”，“喂狗”。阿合马的财产，以及他的妻子亲属的财产，全部没收。他们的奴婢，一概释放。凡是属于阿合马一党的大小官吏，一概罢黜。其中，仅仅就中央的中书省与各部的而论，便有七百一十四人之多。
阿合马的正妻与阿合马所有的儿子与侄子，一齐处死。阿合马共有二十五个儿子：大儿子忽辛，当过大都路达鲁花赤，二儿子抹速忽当过杭州的达鲁花赤，其余儿子与若干侄子有的当过礼部尚书，有的当过会同馆的主官，有的在行省当“参知政事”。
阿合马的“次妻”与妾共有四百多位。忽必烈把她们一概“赐”给老百姓。（怎么样的一个赐法，无考。在这四百多位之中，有很多是抢来的良家妇女，可能被还给她们的娘家或夫家。也有很多，是她们的无耻的丈夫或父兄为了想做官而献给阿合马的。这些女人如何处理，很是一个问题。其余的，可能都是阿合马花钱买来的穷人家的女儿，大概都被赏还给她们的父母。）
阿合马除了强占良家妇女以外，也强占或强买了人民所有的“负郭良田”。他的最叫一般人痛恨的地方，是把盐、铁、药材、铜器，都定为政府的专卖品，同时也提高了各种正税的定额。他在至元十六年，向忽必烈请准了设立“诸路宜课提举司”，派出亦不剌金（亦必烈金）、札马剌丁、张暠、富珪，等等，分赴各路，尽威吓搜括之能事。他而且奏请忽必烈下旨，叫御史台的人非先向中书省通知，不许“擅召仓库吏，究索钱谷数”。至于，他卖官鬻爵，贿赂公行，以及提取各路的中统钞准备金，使得中统钞的市场价值一跌再跌，我在以前已经说过。