至元三十一年（1294年）正月，忽必烈去世，享年八十。皇孙铁穆耳原已于至元三十年六月“受皇太子宝”，却仍须召开忽里台大会一次于上都（多伦），到会的人争论了一百二十天，才由于另一皇孙（晋王甘麻剌）因被玉昔帖木儿责备而退让，铁穆耳方当了选，成为可汗。
海都对于铁穆耳当然不肯承认。但是，在铁穆耳即位以后的第三年，元贞二年（1296年），海都却受了空前的打击：朵儿朵哈挑动了药不忽儿与昔里吉的儿子兀鲁思·不花，一齐向铁穆耳投降。这三人深知海都内部的情形，与“西方”的山川。投降了以后，他们就在大德元年（1297年）引了忽必烈的儿子阔阔出与土土哈的儿子床兀儿西逾金山，深入额儿的石水（额尔齐斯河）流域。
大德二年冬天，笃哇反攻，如入无人之境，直奔和林之南的合剌合塔（黑色的城），掳走了驸马阔里吉思，却在归途被朵儿朵哈袭击，损了极多人马。
大德四年，床兀儿战胜海都的儿子斡鲁温孙，乘胜越过金山，直捣海都的老巢海押立。
大德五年，海都倾巢东攻，“窝阔台汗后人及察合台后人从者四十王！”铁穆耳虽则有侄儿海山在杭爱山抵抗了一阵，海都终于推进到和林之南的合剌合塔，获得大胜。铁穆耳的哥哥，晋王甘麻剌，被宣徽使月赤察儿救出重围。但是，海都的另一支军队，在笃哇指挥之下，却被床兀儿杀得大败。海都只得撤退，走至中途，去世。
海都一死，战事接近尾声。
笃哇扶立海都的儿子察八儿，作为窝阔台汗国之主，同时劝察八儿对铁穆耳罢兵。察八儿接受笃哇的建议。
于是，在大德七年（1303年）阴历七月，察八儿、笃哇和明理帖木儿等人，向镇守北边的皇侄海山洽降。铁穆耳可汗接到报告，便派大员去察八儿那里，加以抚慰。次年，大德八年，八月，察八儿与笃哇的使者到达大都。闹了五十年的内战，总算是结束了。