成吉思可汗在逝世以前，未尝没有明白表示：皇位应由第三个儿子窝阔台来继承。可是，遵行他的遗志的人，依然按照传统习惯，先由“看家的小儿子”拖雷摄政，然后召集一次忽里台大会，公选窝阔台为可汗。
元太宗窝阔台。
拖雷从丁亥年（1227年）阴历七月起，监国到己丑年（1229年）阴历八月二十八日忽里台大会选出窝阔台为可汗之时。参加这大会的，有成吉思可汗的弟弟“斡惕赤斤那颜”帖木格、窝阔台的哥哥察合台、已故术赤的儿子拔都、成吉思可汗的侄儿（合萨儿的儿子）也古与也松格以及西边的“右手诸王”、东边的“左手诸王”、拖雷与中央的“在内诸王”、后妃、公主、驸马、万户、千户。（所谓右手诸王、左手诸王、在内诸王，指的是各部落的长与各氏族的长。成吉思可汗从来不曾封过任何人为“王”，除了封过木华黎为“国王”以外。）
大会开了四十天，才选出了窝阔台。开始，有人要选察合台，也有人要选拖雷。要选拖雷的人比较多。这些人似乎都不甚重视成吉思可汗的遗愿。拖雷坚持不干，要让给窝阔台做。窝阔台这才于最后当了选。
耶律楚材劝察合台，不妨以哥哥之尊，首先向当可汗的弟弟窝阔台下拜。察合台照办。帖木格等人于是也下了拜。窝阔台的地位于是确立。
窝阔台在辛丑年（1241年）阴历十一月初八日死，死于酒。天主教的神父勃朗弩·卡儿平尼说，窝阔台所饮的酒，其中有毒。放毒的是他儿子的一个婶母。（这位婶母是不是拖雷的寡妇，勃朗弩·卡儿平尼没有说清楚。）
监国的责任，应该落在窝阔台的“看家小儿子”的肩上。窝阔台的最小儿子是谁？难考。可能是昔里吉（见于《元史》阿剌罕传，宪宗本纪称他为“月良”，屠寄在《蒙兀儿史记》卷三十七说他是“业里讫纳妃子”所生的皇子“灭里”）。此人很不得窝阔台的欢心，可能不被放在身边。他的母亲也不是“正后”。正后是孛剌合真氏。（屠寄以为是巴儿忽真四字的异写，很对。“巴儿忽真”的意思是，巴儿虎人。）孛剌合真氏只生了皇子合失一人，而合失早死，留下了皇孙海都。妃子乃马真氏朵列格捏生了皇子贵由，妃子乞儿吉思氏生皇子阔端与皇子阔出。另有不知名氏的妃子二人生下皇子哈剌察儿与合丹。
窝阔台逝世以后，“看家”的大权不曾落在任何儿子之手，而落在他的妃子、所谓“第六皇后”乃马真氏朵列格捏之手。这是一件奇怪的事。朵列格捏“称制”（摄政），竟有四年半之久，从辛丑年（1241年）阴历十一月到丙午年（1246年）阴历七月、她的儿子贵由被忽里台选为可汗之时。
朵列格捏在《元史》与《新元史》中，被称为太宗昭慈皇后乃马真氏。昭慈是忽必烈给她的谥法。“乃马真”的意思，是“乃蛮的人”。她的父亲是乃蛮的太阳汗。她先嫁给篾儿乞惕族部长脱黑脱阿的儿子忽秃，在鼠儿年（1204年）被铁木真（成吉思可汗）俘虏、赏给了窝阔台。她和窝阔台生下贵由。
她开始称制之时，贵由还陪着术赤的儿子拔都在马札儿（匈牙利）作战。拔都是指挥官，听到窝阔台的死讯，就下令全军撤退。贵由于是也就领了他自己的直属部队，向蒙古回师。
当他在癸卯年（1243年）夏天走到叶密立河之时，斡惕赤斤那颜帖木格正在“称兵犯阙”，向他的母亲“乃马真后”朵列格捏摊牌。帖木格听到他回师的消息，便搭讪着说：“我是来照料丧事的，没有什么别的意思。”
甲辰年（1244年）春天，贵由到达和林之西的“额垤儿水”（色楞格河的南源、倭帖尔河）。朵列格捏召集一次忽里台大会在额垤儿水的水边。这一次大会，由于拔都不肯来，无结果而散。
拔都之所以不肯来，第一是因为曾经和贵由处得不愉快，贵由喜欢乱喝酒，拔都向窝阔台可汗告过一状，窝阔台可汗授权给拔都严加管束，因此，两人之间意见很深。第二是因为拔都晓得，窝阔台可汗生前有传位给阔出的儿子失烈门的意思，如果选贵由，显然是违背窝阔台可汗的遗命。
过了两年多，到了丙午年（1246年）的夏天，朵列格捏又召集一次大会。这一次，拔都的态度较为温和。虽则自己仍然不来，却也派了一个弟弟、一个儿子来出席，作为代表。
于是，朵列格捏示意会众进行选举，选出了贵由为可汗。贵由随即即位。
贵由可汗在位不满两年，死于非命。
他和拔都之间，意见加深，由于拔都本人两次均未亲自参加忽里台大会。他作了可汗以后，坚持要拔都来朝觐他。拔都终于不得不顺从，在戊申年（1248年）春天离开欧洲，向着和林的方向走，走到今日新疆塔城西南，裕民县正西的阿拉湖，接到拖雷的寡妇莎儿合黑塔泥送给他的一项消息。这消息说：贵由可汗已经由和林动身，向西边走来迎接他，而且怀有不利于他的阴谋，叫他小心。拔都于是便停在阿拉湖不走，作种种预防贵由可汗暗算的准备。其后，贵由可汗在走到离拔都只有一星期途程的所在，乌里雅苏台正西，科布多东南，鄂尔格泊旁边的横相乙儿（和集格尔），忽然暴卒。他可能是被拔都所派，或拖雷的寡妇莎儿合黑塔泥所派的刺客杀死或毒死。法国学者布洛懈写过一篇“贵由可汗之死”，登在《基督教东方评论》，1922年至1923年出版的第二十三卷。《新元史》与《蒙兀儿史记》均说贵由可汗是病死的。《元史》只说他“崩于横相乙儿之地”。
贵由可汗死时，年方四十三岁。其后忽必烈追尊他为定宗。
他的皇后，斡亦剌惕氏海迷失，派人分别向拔都及莎儿合黑塔泥报丧，请求暂不发丧，由她自己摄政，等候新的可汗被选出之时。拔都答应了她；莎儿合黑塔泥有没有答应，我们不知道。
拔都在阿拉湖与阿拉套山之间的阿拉特忽拉兀地方召集了一次忽里台大会，会期定在己酉年（1249年）阴历四月。到时候，来参加的人不多，只有右手（西边）的忽必烈、阿里不哥、末哥（拖雷的第九个儿子），与左手（东边）的也孙格（合萨儿的儿子）、塔察儿（帖木格的孙子）、帖木迭儿（帖木格的孙子）、也速不花（别勒古台的儿子），以及几个军官：兀良哈台、速你带、忙哥撒儿、额勒只吉歹、畏兀儿台、巴剌·斡罗纳儿台。最后的两人是贵由可汗的寡妇斡亦剌惕氏海迷失所派。额勒只吉歹是贵由可汗的亲信，原派在叙利亚当司令官，现在赶来开会，联合了巴刺·斡罗纳儿台提出主张：主张以贵由的侄儿，皇子阔出的儿子失烈门为可汗，说这是窝阔台可汗当年的遗命。忽必烈站起来反对，说：“既然你们要遵从窝阔台可汗的遗命，为什么你们以前不早一点遵从，反而选出了贵由为可汗？”
这一次的忽里台大会，选出拖雷的大儿子蒙哥为可汗，但贵由的寡妇斡亦剌惕氏海迷失（“斡兀后”）和她的儿子忽察与脑忽不肯承认。她和两个儿子所提出的理由，是阿拉特忽拉兀不是可以举行忽里台大会的地方。
拔都于是又召集一次忽里台大会在蒙古人的发祥地，斡难河与克鲁伦河的河源所在地：阔迭兀·阿剌伦，定于次年春天开会。
海迷失与她的两个儿子，以及窝阔台一支与察合台一支的人，仍旧表示反对。会期延展到辛亥年（1251年）的夏天，终于开成，再度选出蒙哥为可汗，蒙哥即位。
在这第二次的忽里台大会之中，窝阔台一支与察合台一支的人，都不曾出席。海迷失连代表也不派。
蒙哥即位以后，窝阔台的孙子失烈门（阔出的儿子）、忽察与脑忽（贵由的儿子）带了大批卫士与武器来参加庆典，被逮捕、拷问。这三人自杀。跟着，蒙哥便大杀这三人的党羽，杀了七十人以上。
这一次所屠杀的，无一不是功臣，使得蒙古军的元气大伤。成吉思可汗的子孙，从此分为两个敌对的壁垒：大房术赤一支与四房拖雷一支在一起。二房察合台一支与三房窝阔台一支在一起。
蒙哥与拔都在事前有了约定：拔都奉蒙哥为可汗，蒙哥让拔都在钦察汗国一切自主。
其后钦察汗国与察合台汗国争战不休，未尝不是种因于此。海都对忽必烈的战争，也是种因于此。海都是窝阔台的大儿子合失的儿子。