李自成进入京师（北京）以后，在四月二十一日与多尔衮战于山海关之东的“一片石”；次日，大战吴三桂与多尔衮的联军于山海关之西的北山与海岸之间，大败。他退回北京，在四月二十九日匆匆即皇帝位。次日，开了齐化门，逃走。吴三桂追他，追到真定；他逃回山西，在山西杀了李信（李岩）。多尔衮派了清将叶臣与马国柱进山西，李自成退入陕西。多尔衮派多铎领兵打下潼关，同时又叫阿济格、吴三桂、尚可喜等人由大同攻进陕北。李自成放弃西安，出武关，退至襄阳。这时候（顺治二年的夏天）左良玉离开武昌东航，找福王朱由崧（弘光帝）的朝廷算账，李自成乘虚占了武昌，停留五十多天，然后南下，到了通城，在九月间被打死在通城的九宫山（另一说法，是死在辰州的罗公山）。他的部众，有很多被何腾蛟收编。
张献忠于崇祯十七年正月入川以后，在八月间打下成都，称帝，国号“大西”，年号“大顺”。他在四川屠杀了极多的人，包括自己的兵。顺治三年七月，多尔衮派来的豪格，到达汉中，张献忠的一个四川军官刘进忠叛变，到汉中向豪格投降，替豪格作向导，杀张献忠于盐亭西充之间的凤凰坡。张献忠所遗下的部众，以孙可望、李定国、白文选为首，归附桂王朱由榔（永历帝）。其后，李定国忠心耿耿，与桂王相终始。孙可望与白文选先后投降了清朝。
南明弘光帝朱由崧以酒色为乐 北京被李自成占领、崇祯帝在煤山自杀后，史可法等大臣在南京公推福王朱由崧即皇帝位。在此清兵压境、即将国破家亡之际，朱由崧仍然荒淫无度。他深居宫中，不问国事，在“漏舟”、“焚屋”内纵情声色，每天以演杂剧、饮醇酒、淫幼女为乐。
南明除了福王朱由崧，唐王朱聿键，桂王朱由榔以外，另有在浙江监国的鲁王朱以海与在广东称帝的朱聿粵，这五人的事迹各有千秋，而鲁王尤其可佩。
永历十六年（康熙元年）四月，永历帝被吴三桂勒死，郑经与郑克塽以大明延平郡王的身份，固守台湾，把永历的正朔延长了二十二年。
明朝从洪武元年算到崇祯十七年（1368至1644年），共有二百七十七年的历史；倘若加上弘光、隆武与永历三帝，及郑氏二王，算到永历三十七年（康熙二十二年，1683年），就超过了三百年，而有三百一十五年的历史了。
明朝的文化成就，在工艺与文学两方面十分灿烂，读者不妨参阅柳诒徵先生的《中国文化史》第二十六章与中华书局所印售的《中国文学发达史》第二十四至第二十七章。在输入西学方面，徐光启的功绩最大，已有徐氏后人徐懋禧先生复印的《徐文定公集》及《徐文定公家书》可资印证。