熹宗在天启七年（1627年）八月去世，享年二十三岁；生过三个儿子，都已早死。
思宗朱由检，以异母弟的资格继位，改明年的年号为崇祯。可怜他，这时候年纪仅有十九岁，学识很浅，经验毫无，却不得不担起抵御外患和削平内乱的重担子，一心想做好而不知道怎样去做好。
刚刚即位之时，他颇表现出一种魄力，把魏忠贤及其党羽一网打尽。其后，面对着后金与农民军，他就一错再错，错到不可收拾，把江山断送了。
他不该在崇祯二年（1629年）冬天皇太极入关，兵临京城，袁崇焕尾追皇太极而来之时，相信宦官杨某的话，以为袁崇焕与皇太极通谋，而把袁崇焕逮捕，于次年八月凌迟处死。
袁崇焕一死，思宗失掉了东北方面的长城。袁是广东东莞人，万历四十七年进士，历官邵武知县，兵部职方司主事，宁前（宁远与前屯卫）兵备佥事，辽东兵备副使，右参政。他在孙承宗的支持之下于天启三年筑了极坚固的宁远城，又在天启五年分遣部队，占领宁远之外的锦州、松山、右屯、大凌河镇、小凌河镇，一一筑城固守。这些外围城堡，均在冬天被新任经略高第下令放弃。高第又叫他放弃宁远与前屯卫，他自称守土有责，抗令不从。明廷升他为按察使。次年正月，努尔哈赤来打，打不下宁远城，却中了他的炮弹，负伤而死。明廷升他为“右佥都御史”，不久，兼“巡抚辽东”，再升为兵部右侍郎。
他重新经营外围的锦州等地，大兴屯田，渐渐把高第所放弃的土地一一收复。天启七年五月，皇太极空国而来，和他与他的部将赵率教、尤世禄、祖大寿，战于锦州和宁远两城，大败而回。他有本事对付努尔哈赤与皇太极，却没有办法敷衍魏忠贤。结果，被逼辞职。思宗即位以后，在天启七年十一月任命他作“右都御史，视兵部添注左侍郎事”。次年，崇祯元年，四月，叫他“以兵部尚书兼右副都御史督师蓟辽，兼督登莱天津军务”。他受任以后，把东北的防务大加整顿，在崇祯二年五月用思宗赐给他的尚方剑，斩杀虚报兵额，中饱饷银的皮岛守将毛文龙，却不曾料到自己会在七个月以后被思宗逮捕，在一年又五个月以后惨遭凌迟。
思宗杀袁崇焕，等于是“自坏长城”。虽则有忠心耿耿的孙承宗，替他追回那愤而出走的袁崇焕部将祖大寿，虽则祖大寿能够在其后替他死守锦州直到崇祯十五年三月，然而大寿究竟非袁崇焕可比，而且袁崇焕之死，足令沿边的将帅寒心，士无斗志。皇太极尽管不能从锦州这一条路来，却颇能一而再、再而三、三而四、四而五地，在崇祯五年、九年、十一年、十五年又陆续从长城的其他口子，冲了进来（详见《细说清朝》第二十节，“五入长城”）。
思宗年纪轻，性急，轻信，多疑，好杀。倘若他性情稍能忍耐，对事稍加考虑，对人稍存信任与宽容，则不仅不致误信杨太监的话而捕袁杀袁（实际上，杨是中了皇太极的反间计，详见《细说清朝》），而且也决不会打不了农民军，亡于农民军之手。
农民军在开始的时候只不过是星星之火而已。在陕西中部，有白水县人王二，纠合了一批饥民在夜间涂黑了脸，抢劫蒲城县的孝童镇的大户。在陕西东北角，有府谷县人王嘉胤，揭竿而起。在延安的东南宣川县，有若干游民王左挂、飞山虎、大红狼，乘机扩大他们的活动。不久，在延安的西北安塞县，有高迎祥聚众造反，自称“闯王”。他下面，有一个外甥，籍贯属于米脂县，姓李名自成，当过驿站的伕子，自称“闯将”。在延安，有当过兵、当过布贩子的张献忠，占了十八个寨子，自称“八大王”。此外，如紫金梁、老回回、曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）、闯塌天（刘国能）、射塌天（李万庆），等等，先后蜂起，不胜枚举。
明思宗朱由检为东林党昭雪 明熹宗一死，阉党失势。东林党人纷纷上书弹劾。刚即位的明思宗（崇祯帝）欲重整朝纲，固其统治，遂下令将魏忠贤贬谪凤阳，魏畏罪自杀。其侄儿、侄孙及客氏和客氏的兄弟、儿子都被处死。崇祯二年（1629年），明思宗又把阉党定为“逆案”，予以严惩，分别处死或判处充军、徒刑和革职。对遭受迫害的东林党官员统统予以恢复名誉。对首先被迫害的东林党领袖杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章等6人（史称“前六君子”）以及后被杀害的东林党首领高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素、李应升等7人（史称“后七君子”）予以昭雪平反，并予以抚恤。
这些人之所以能够一呼百应，对政府形成空前的威胁，无非是由于当时的陕西巡抚乔应申、延绥巡抚朱童蒙，均是极贪污、极残忍的坏官，又遇到天时不正，大旱连年。
次年，陕西布政使司的一个参政刘应遇，击斩王二。但是思宗听了给事中刘懋的话，为了节省每年若干万两银子的经费，把驿站的制度废了，弄得成千成万的伕子失了业，等于是火上浇油，给各地未死未败的农民军增加伙伴。冬天，皇太极的军队第一次冲进长城，思宗命令各地的“镇巡官”勤王。于是，在崇祯三年的春天，又有了山西巡抚耿如杞的勤王兵，延绥总兵吴自勉的勤王兵，甘肃巡抚梅之焕的勤王兵，相继在中途哗变的事。这些变兵都跑到陕西，找农民军入伙。他们多少有点作战或操练的经验，打起仗来，自然比饥民厉害得多。
思宗在崇祯二年选了一位操守颇佳而完全不懂军事的杨鹤，当“三边总督”。他本可倚仗老将杜文焕与后起之秀的陕西布政使司参议洪承畴，把农民军一一打败，却稍胜而即主抚，广开招安之门，而不懂得如何约束已降的人，与辨别真降与假降的人。截至崇祯四年七月，杨鹤被免职下狱之时为止，被农民军攻破的县城与堡寨，计有十一个之多：黄甫、清水、木瓜、府谷、新安、宁塞、柳树涧、保安、合水、金锁关、中部。
继杨鹤而任三边总督的，是洪承畴。洪承畴此时已经一升再升，由参议而参政，由参政而升至延绥巡抚了。接他的延绥巡抚之任的，是张福臻。张福臻干到崇祯五年，为陈奇瑜所替代。
洪承畴在升任总督以前，打垮了王左挂，升任总督以后，击斩了神一魁、不沾泥、可天飞、李都司。
在洪承畴的指挥之下，有一个极为得力的人：曹文诏。曹是大同人，应募从军，在辽东先后跟随熊廷弼、孙承宗、袁崇焕、马世龙，对努尔哈赤与皇太极的兵作战，由行伍而积功至“都督佥事”，于崇祯四年七月调任“延绥东路副总兵”。截至五年十月，他战无不胜，克复了河曲、中部、镇原、长宁驿、铁角城、清水、铜川桥、虎兕凹，消灭了农民军首领王嘉胤、点灯子、李老柴、一条龙、扫地王、杜三、杨老柴、红军友、独行狼、郝临庵，斩杀了农民军部众三万六千六百人以上。陕甘两省，这时候在大体上可说是已被曹文诏“平定”。
有七支农民军，以紫金梁（王自用）的一支为首，其余的六支分属于混世王、姬关钻、八大王（张献忠）、曹操（罗汝才）、闯塌天（刘国能）与加哈利，逃去了山西。他们进攻汾州、太原、平阳（临汾），攻破了大宁、泽州、寿阳。
山西的巡抚戴君恩毫无办法。御史张宸极向思宗请求，调曹文诏进山西，获准；思宗加给曹文诏以“节制山西陕西诸将”的头衔。曹文诏从崇祯六年正月打到六月，连败农民军于汾河、孟县、寿阳、碧霞村、五台、盂县、定襄、太谷、范村、榆社、泽州、芹地、刘村、平顺、润城、武乡、高泽山、黎城、沁水、辽县；斩了混世王，捉了“大虎”。他花了仅仅半年工夫，把山西全部“肃清”。
一部分农民军流入河南的北部，曹文诏奉旨越境“追剿”，在五六月间打胜他们于林县，在七月间打胜他们于济源和怀庆。但是，巡按河南的御史刘令誉却由于和他有睚眦之怨，暗中参他一本，使得思宗突然把他调走，派到大同去当总兵。
他在大同，遭逢到皇太极军的第三次进入长城，失掉得胜堡、灵邱等地，被削职充军。新任的山西巡抚吴繰，上疏保荐他，请思宗派他回山西，收拾一些在山西死灰复燃的农民军。思宗答应，就任命他作“山西援剿总兵官”。命令发下了以后，思宗又因兵部尚书张凤翼的建议而改派他“驰剿”河南农民军。
曹文诏在崇祯八年三月，到达河南信阳，向洪承畴报到。洪承畴此时已经从七年十一月起，以三边总督的原职兼摄陈奇瑜所留下的“河南山陕川湖五省总督”。
陈奇瑜在担任延绥巡抚之时，位置在洪承畴之下，曹文诏之上。他是山西保德州人，在万历四十四年中了进士，历官洛阳知县，礼科给事中，户科左给事中，陕西副使，右参政，按察使，右布政使，左布政使。在延绥巡抚任上，他分遣将校，斩杀了一百七十七名农民军首领，其中最著名的是：
截山虎 柳盗跖 金翅鹏 薛仁贵 一条龙 金刚钻 开山鹞
黑煞神 人中虎 五阎王 马上飞 王登槐 马红狼 满天飞
满鹅禽 黄参耀 隔沟飞 张 聪 樊登科 樊计荣 一块铁
青背狼 穿山甲 老将军 二将军 满天星 上山虎 扫地虎
爬地虎 括天飞 跳山虎 新来将 就地滚 小黄莺 房白兔
贾总管 逼上天 小红旗 草上飞 一只虎 一翅飞 云里手
四天王 薛红旗 独尾狼 钻天哨 开山斧 金翅鹏 一座城
在这四十九人之中，有两个都叫做“金翅鹏”。至于“一只虎”，也显然与李自成的侄儿李过不是一人，虽则李过的绰号也叫“一只虎”。“满天星”其后又出现了一个。或许，陈奇瑜的战报可能有传闻失实之处：第一次所报的金翅鹏已死，可能是误传；而“一只虎”与“满天星”可能始终并未曾被陈的部队杀死。普通的农民军部众，被他斩杀的，共有三千人左右。重要的寨子，被他打下的也不少；最重要的是榆林东边的镇宁关。
由于若干农民军由陕西转移到山西，又转移到河南、湖北、四川，思宗感觉到要特设一个大员，负追剿与防堵的全责，于是就在崇祯七年正月任命陈奇瑜总督河南、山西、陕西、湖广、四川五省。
为什么这些农民军在济源、怀庆被曹文诏打败以后，能够渡过黄河而深入河南，甚至渗进湖北与四川呢？原因很简单，思宗已在崇祯六年七月把曹文诏调走！
老回回、过天星、“满天星”、闯塌天、混世王：这五人的农民军，在曹文诏走了以后，乘着冬天黄河结了冰，在渑池县境走过黄河，攻破渑池、伊阳、卢氏，经由内乡，进入湖北郧阳，分攻南阳、汝宁、枣阳、当阳、归州（秭归）、巴东，由巴东进了四川，攻破夔州府城（奉节）。在夔州，分三路退出：两路回湖北，分别由均州与郧阳重新去河南，一路经金漆坪，进攻陕西南部的商南。
八大王（张献忠）原已在南阳和他们分道扬镳，经由信阳，打到湖北应山，又由应山而折回内乡，西向商南，与其他各股分而复合。
陈奇瑜的对策是大“围剿”。他命令四个巡抚驻在四个据点：西北，由陕西巡抚练国事驻商南；正西，由卢象癉驻房县与竹山；东北，由河南巡抚元默驻卢氏；东南，由湖广巡抚唐晖驻南漳（襄阳东南）。
他自己率领大军，从卢象癉的据点开始行动，偕同卢象癉节节追剿，连胜于乌林关、乜家沟、蚋溪、狮子山，到了兴安（安康）之西的紫阳县境。于是，他又派遣游击唐通守住汉中府城（南郑），派遣参将贺人龙、刘迁、夏镐守住略阳与沔县；派遣副将杨正芳、余世任守住褒城；自己率领副将杨化麟、柳国镇守住洋县。
用了这样的安排，他渐渐地把各支农民军都挤进了兴安的车箱峡（今陕西安康境），堵住峡口，堵了两个多月，饿死了他们一半以上。因此，他们就向陈奇瑜投降。陈奇瑜慨然接受，派了五十多名“安抚官”统带尚未饿死的三万六千多人，包括张献忠与李自成在内，一一遣送回籍。
三万六千多人一出栈道，便暴动起来，把五十几名“安抚官”杀光，烧村攻城。这是崇祯七年六月间的事。陈奇瑜着了慌，向思宗报告，说凤翔的乡官孙鹏等人不应该鼓动当地人民关了城门，不让已降的农民军进城，又杀了爬城而上的三十六人，因此而激怒了他们，弄得他们再反。陈奇瑜又说，宝鸡知事李嘉彦，不该对进来的农民军作战，把事情闹大。最后，他把最大的责任归之于陕西巡抚练国事，说他防堵不力。
思宗接到陈奇瑜的报告，不分青红皂白，便下旨捉拿孙鹏、李嘉彦及“共犯”五十几个，也把练国事削职逮捕，充军广西。有一位给事中顾国宝，与一位御史傅永淳，心中不服，先后均参了陈奇瑜一本，于是思宗也把陈奇瑜削职逮捕，充军边地。陈奇瑜的五省总督职务，这才落到洪承畴的肩上。
从崇祯七年七月，到八年五月，在这十个月之间，洪承畴是镇压行动的最高负责人，握有全权。
洪承畴颇有办法，打到年底，便把陕西全省差不多又“肃清”了。农民军纷纷向东边跑，跑到河南荥阳集合，在崇祯八年正月开了一次大会。参加这次大会的，竟有十三“家”，七十二营之多，人数共有十万左右。十三家的首领是：
（1）老回回，（2）曹操（罗汝才），（3）革里眼，（4）左金王，（5）改世王，（6）射塌天（李万庆），（7）横天王，（8）混十万，（9）过天星（惠登相），（10）九条龙，（11）顺天王，（12）闯王（高迎祥），（13）八大王（张献忠）。
李自成那时候还不够资格与老回回及张献忠等人立于同等地位，却也已经由于在车箱峡出来以后，和张献忠共破澄城，转而向西，进攻平凉邠州，又转而向东，冲出潼关，威胁嵩县汝州，算得上是一个相当重要的角色了。虽则在名义上，他仍是舅舅高迎祥下面的一个“闯将”而已。
他大胆向十三家首领建议，与其在荥阳静候洪承畴追击、围攻，不如化整为零：（甲）以横天王、混十万、射塌天和改世王挡住西边的山西兵；（乙）以曹操、过天星扼守黄河，挡住山西的兵；（丙）以革里眼、左金王南下，挡住四川与湖广的兵；（丁）高迎祥、张献忠和他自己，向东发展；（戊）以老回回与九条龙往来策应。（算来，十三家之中的十二家都有了任务，顺天王不曾被李自成提及，可能是《明史·李自成传》的撰稿人抄漏了。）
李自成附带地又建议：“打下来的城池村庄，劫来的男女财物，一概由十三家均分。”这一项建议，连同他的大战略，均被到会的农民军首领接受。
接受是接受了，实行起来，却没有那么容易。高迎祥与张献忠两军果真东下，一口气攻破固始、霍邱、寿州、颍州（阜阳）、凤阳，烧了明太祖祖先的陵墓。高迎祥得意之余，打起“古元真龙皇帝”的旗号，此人是否具有蒙古血统，待考。他可能只是一时高兴，替失败了的元朝出出气。李自成根据“男女财物十三家均分”的原则，向张献忠要分守陵的小宦官，因为这些小宦官会吹打，吹吹打打，挺有意思。张献忠不肯给，李自成即刻鼓动高迎祥“散伙”，各奔前程。高、李去了归德（商丘）与曹操（罗汝才）合伙，共回陕西；张献忠南下庐州（合肥），攻破潜山、罗田、太湖（县）、新蔡。
思宗接到凤阳陵墓被烧的报告，一怒而捕杀远在淮阴的漕运总督杨人鹏。
洪承畴由固原东下，到了河南，把左良玉、汤九州、尤世威、徐来朝、陈永福、邓1、张应昌等等将领，布置在各个关隘，等候曹文诏来，以曹文诏作为中军主将，四面征讨，花了几个月的工夫，又把若干支农民军，包括高迎祥、李自成与张献忠在内（但不包括老回回的一支），都赶回了陕西。
这时候宁夏发生了兵变，洪承畴不得不离开河南，西去料理（宁夏、甘肃、延绥，是“三边总督”的辖区）。
曹文诏留在陕西，只有步兵六千，要对付农民军的骑兵二十万人之多。他向明廷告急，得不到反应。结果，他在崇祯八年六月阵亡在甘肃真宁（正宁）的湫头镇。农民军由于有饥民可以不断作为补充，因此而能够越战越多；又因为到处抢劫财主，既不愁粮，亦不愁饷。官军呢，能打仗、肯打仗的根本极少，死了若干便少了若干，要补充还得静候上峰，甚至朝廷的批准；饷，拖欠是常事，不欠是例外。粮，更加困难，地方闹灾荒，有钱尚且难买，而况没有钱？马匹呢，也是花钱的东西。农民军，尤其是高迎祥李自成的一支，可以一人数马。
曹文诏之死，是明廷无可补救的损失。当时的将领，谁也比不上他。
思宗在崇祯八年八月，加派卢象癉为“总理直隶、河南、山东、湖广、四川军务”，与洪承畴分工合作，卢以“总理”的名义专办“关外”（潼关以东）的农民军，洪以“总督”的名义专办“关内”的农民军。卢此时的本职，已经升为湖广巡抚。卢是宜兴人，天启二年进士，为人正直，在巡抚与总理任上均有建树。他担任总理到九年八月北上抵抗清兵之时为止。
在崇祯八年八月至次年七月，洪承畴、卢象癉二人分任潼关内外的镇压行动一个年头之中，农民军的势力已经很大，但明军仍占优势。
洪在潼关以西对付高迎祥与李自成，使得高、李虽能攻破咸阳而攻不下西安，并且收降了高、李的部下高杰。曹文诏虽已阵亡，而他的侄儿曹变蛟颇能作战成为洪的一大助手。曹变蛟在崇祯八年九月大胜高李于关山镇，解了陇州之围，随即追击高李，使得高、李不得不逃出陕西，到河南找张献忠。
在卢的麾下，也有两个好助手：祖宽与左良玉。祖是刚从宁远调来的，出身为祖大寿的家人，由行伍而升至“援剿总兵官”，带了三千“关外兵”南下。左是山东临清人，长身赤面，由辽东“车右营”都司升至副将，在崇祯五年奉调南下，在豫晋两省屡立战功，于六年某月被升为“援剿总兵官”，七年十二月大胜从陕西来的十三家农民军于磁山；八年八月，胜张献忠一支队伍于鄢陵；十月，会同祖宽，再胜张献忠于灵宝的焦村。张在十一月得到高、李来合伙，攻占陕州，由陕州进攻洛阳，左良玉和祖宽追来，高、李、张望风分途而走。左祖二人也就分途而追。高、李向东边偃师巩县的方向走，左良玉去追。张献忠向南边嵩县汝州的方向走，祖宽去追。
卢象癉这时候也亲自带兵从湖北赶来前线，会同祖宽的一军，连胜张献忠于万家庄、九皋山及汝州西边的圪料镇。张献忠转而向北，迎接被左良玉击败于登封郜城镇的高李一支队伍，会合在一起，大战卢象癉与祖宽在伊川县的白沙镇，却又败在卢象癉与祖宽之手。
败了以后，张献忠的队伍躲藏嵩山深处，高、李领军撤向东南。卢象癉留下左良玉对付张献忠，自己和祖宽追高、李，在十二月追及高、李于确山，胜了一仗；高、李向东边退，进入今日的安徽，围攻了庐州（合肥）七天七夜，祖宽赶到，高、李立刻解围，又转攻滁州。这时候，已经是崇祯九年的正月了。
守滁州的，是南京太仆寺卿李觉斯和知州刘大巩。这两人没有多少兵，却也死守了几天，等候卢祖大军赶来，解了围。这一役，十分重要。倘若滁州失了，南京是很难保得住的。
高、李由滁州回军河南，卢象癉也移驻南阳，叫祖宽扼守邓州，不料，高、李到了伊川嵩县一带，又与张献忠会合。守洛阳的汤九州在二月间约好左良玉入山夹攻，左良玉中途撤退，汤九州孤军深入了四十里，陷入绝地，遇伏阵亡。
崇祯九年三月，高迎祥、李自成，加上过天星（惠登相）等人的队伍，由豫西南回陕；卢象癉派祖宽跟追，把祖宽划给洪承畴节制。祖宽一走，邓州一带防务空虚，张献忠的队伍突进湖北。
高、李、惠等人冲到安定、榆林，在五月间败于陕西巡抚孙传庭麾下、延绥副总兵贺人龙之手，两个月以后又在銩稨黑水峪几乎全部被贺人龙消灭；高迎祥本人被俘，押送京师，凌迟处死；李自成率同惠登相突围而出，屯在宝鸡，被公推为继任的“闯王”。
这时候，清兵第三度进入长城，祖宽与卢象癉先后应诏北上。祖被调回宁远，卢改任宣（府）大（同）山西总督。
“总理”的官职，由胆小如鼠的王家桢继任，到了十年闰四月，改派言大而夸的熊文灿来接充。洪承畴仍旧留在他的“三边总督”“兼摄五省军务”的原任，负责潼关以西的“围剿”工作。
杨鹤的儿子杨嗣昌在崇祯十年三月被任命为兵部尚书。他向思宗建议：（1）以陕西、河南、湖广、江北（皖北）为四正，叫四正的巡抚“分剿而专防”；（2）以延绥、山西、山东、江南、江西、四川为“六隅”，叫六隅的巡抚“分防”而协剿。这两项合起来，称为“十面之网”。（3）叫总督洪承畴与总理熊文灿二人，“随贼所向，专征讨”。（4）增加兵员十二万；增收老百姓的田赋二百三十多万，把裁省邮驿所留下的经费，抽出二十万，再加上其他的收入，凑二百八十万，作为“剿饷”。
这四项建议，都被思宗接受。实际上，前二项建议，说了等于不说。所谓四正与所谓六隅，原本守土有责，而且分不出什么正和隅来。在字面上，“分剿”与“协剿”之间，还勉强说得上前者是“分剿”，后者是“协剿”。然而农民军是跑来跑去的，各省如何分得了彼此？杨嗣昌以八股文起家，只会掉文字枪花，却把思宗的眼睛与脑筋掉糊涂了，以为他真是不世奇才。
第三项，更是废话。洪承畴与熊文灿二人，当然应该“随贼所向，专征讨”。第四项，在原则上无可批评。既有的老兵，能打仗的不多，确是需要新兵；款项，也需要另筹，可惜，其后新兵并未招募训练，而“剿饷”却被熊文灿用去，作为贿买张献忠、罗汝才等人的“抚饷”了。
杨嗣昌于崇祯十年三月就任兵部尚书，十四年三月在荆州绝食自杀。在这整整四个年头的期间，思宗对他言听计从，不仅是镇压农民军的工作全由他主持，全国的军事、财政、外交，也都是大半取决于他。思宗对任何人都怀疑，却始终对他信任。可叹，在当时的人物之中，他正是若干最不值得信任的人之一。
这四个年头，可以分作两个阶段。在崇祯十二年九月，他出京督师以前，是第一阶段，自己坐镇兵部，“围剿”工作由熊文灿与洪承畴负责。他出京督师以后，是第二阶段。
在第一阶段的两年又五个月之中，李自成于十年十月由宁羌县七盘关入川，连陷昭化、剑州、梓潼，分掠潼川（三台）、江油、绵州（绵阳）、彰明、盐亭，在十一年正月被洪承畴率领曹变蛟贺人龙等军击败。李自成回军陕西、甘肃，在三月间由洮州进入四川松潘少数民族地区，又被曹变蛟与贺人龙追杀了六千七百多人，残部逃到西和与礼县的山中。半年以后，李自成企图冲出潼关，被洪承畴围攻，全军覆没，李只带了十八名骑兵突围而走。
熊文灿这一边，所倚靠的大将是左良玉。左良玉在十年九月击溃张献忠于（安徽）虹县，次年正月，收降刘国能（闯塌天）于随州。三个月以后，张献忠也在谷城向熊文灿投降。（张刘等人，在此以前，曾经在九年三月进入湖北，九年十月进攻襄阳，十年正月进攻安庆，二月进攻潜山，为安庆巡抚史可法所败。）
其他的几个农民军首领，如罗汝才（曹操）、马进忠（混十万）、李万庆（射塌天）、马士秀、杜应金、许可变（改世王）、胡可受（安世王），也都在这期间纷纷“就抚”。
熊文灿不曾料到，张献忠到十二年五月，又在谷城杀了知县，重新造起反来。
张献忠之所以降而复反，熊文灿该负其咎。熊不曾解除张的武装，也不曾把张的部队改编。张要求朝廷以总兵官职，熊答应替他请一个副总兵；张要求拨以十万人的饷，熊答应拨以两万人的饷。张所得不偿所欲，而熊毫不思患预防。于是张一旦再反，而熊措手无策。罗汝才（曹操）等八人，一齐响应张献忠。不反的仅有刘国能（闯塌天）与李万庆（射塌天）而已。
左良玉去打张献忠、罗汝才等人，于七月间在房县西面的罗猴山吃了一个大败仗，只剩下几百名兵丁，狼狈逃回房县。
李自成此时潜伏在河南淅川深山之中，依附着老回回。张献忠的反讯传来，李自成向老回回借了几百人，走出深山，重操故业。
张献忠、罗汝才等人之再反，与李自成之再起，送了熊文灿的命，送了杨嗣昌的命，也送了明朝的命。思宗在崇祯十二年七月下旨将熊削职逮问，九月派杨以尚书兼大学士的地位出京督师（杨在十一年六月由兵部尚书改任“礼部尚书，兼东阁大学士，仍掌兵部”）。
熊在九月底杨嗣昌到达襄阳之时；交出兵符，受捕，押解京师；于次年十月被明正典刑。
杨于十二年十月初一，在襄阳誓师。他的“围剿”工作，进入第二阶段。他把自己的原定战略，所谓“十面之网”，修改为“网开一面”。所开的一面，是四川的一面。换句话说，把农民军尽量地赶到四川去，以四川为壑。他之所以如此，完全是由于对地理茫无所知，不知四川之大与四川之肥沃，而幼稚到以为四川多山，像一座墙壁，可以让他把农民军推进去，碰壁，无路可走，然后予以格杀。
杨嗣昌而且故意把四川的好兵一万多名调走，惟恐四川有力量挡得住农民军，影响他的以川为壑的“妙计”。
左良玉奉杨嗣昌之命，集中力量，对张献忠、罗汝才、惠登相（过天星）三支队伍挤，挤到年底，把他们都赶进了四川。张献忠一股到太平县（万源），罗惠二股到大宁（巫溪）与大昌（巫山县北）。
左良玉跟踪追击张献忠，追进了四川的境界。杨嗣昌命令左良玉停止前进，左良玉向他表示异议，认为张献忠在四川站住了脚便有粮可吃，难以“剿办”，现在去追他，追得疲于奔命，即使他回军湖北，也不能再有多大力量了。杨嗣昌奈何不了左良玉，只得准左去继续追击张献忠。
左良玉在崇祯十三年二月到达了太平县之北的鱼溪渡，三边总督郑崇俭也带了贺人龙与李国奇两支兵来，与左军会合。
张献忠从太平县大竹河转到九滚坪，又由九滚坪抢先占了玛瑙山高地。左良玉和郑崇俭商定，分兵三路，自率两路，由贺人龙另率一路，同时对张献忠仰攻。这一战，把张献忠杀得惨败，追奔了四十里，俘虏了张献忠的妻与妾，斩杀了十六名首领（包括扫地王、邓天王、白马、曹威）。张献忠只剩下一千多人，逃到湖北归州与兴山县一带的山中躲藏。
左良玉不再继续追击，放了张献忠走，回军驻在陕南的兴安与平利一带，连营百里，对张献忠远远监视，不攻。为什么呢？因为贺人龙告诉了左，杨嗣昌答应过贺，把左的“平贼将军”名号，于适当时机转颁给贺。贺为什么要将这件事告诉左呢？因为，在玛瑙山一役以后，杨嗣昌顾虑到左已立了大功，一时不肯对贺践言。
从此，左贺两人均对杨不理睬。
过了几个月，张献忠慢慢地向西移动，又进了四川，占据巫山；部众也陆续增加，重新成为一个大集团。罗汝才（曹操）走来，与他合伙。罗与惠登相（过天星）原在鄂西的南漳、远安、房县、兴山一带活动；于十三年正月间进入川东，五月间试攻夔州府，被秦良玉击败；六月间与贺人龙战于大宁，战败；七月间与左良玉及陕将孙应元先后战于兴山，又败。惠登相脱离罗，向左投降。混世王与小秦王也脱离罗，向孙应元投降，罗这才来到巫山，投奔张献忠。
张、罗重新合伙以后，不到半年工夫，势力扩张到四川全省。四川巡抚邵捷春仅有两万左右的兵，如何抵挡得了，秦良玉虽则善战，也只能退保自己的石纉一个宣抚使司而已。张罗二军纵横驰突，如入无人之境，连胜于土地岭、上马渡、净壁，攻破大昌、开县、达州、剑州（剑门）、广元、梓潼、绵州，向成都进逼。
杨嗣昌在崇祯十三年十一月，由襄阳移驻重庆，把四川巡抚邵捷春捕送京师，斩首。
张、罗由成都附近转向东南，于十二月间攻破泸州，次年（十四年）正月战胜陕将猛如虎于开县黄陵城；二月，杀襄王朱翊铭与贵阳王朱常法于襄阳城内。（“猛如虎”，原籍蒙古，家住榆林，是曹文诏的旧部。）
按照明朝的法律，亲王被杀，巡抚或其他负责军事的人就有死罪。杨嗣昌的官职比巡抚大得多，自然是不能免于一死。况且，在襄王贵王被杀的一个月以前，福王朱常洵也在洛阳被李自成杀了！于是，杨嗣昌在三月间到达荆州之时，绝食自杀而死。
思宗一面派丁启睿接任督师，一面命令廷臣追议杨嗣昌的罪。廷臣议了一个斩罪。思宗却又替杨嗣昌辩护，说杨“无城守专责……且临戎二载，屡著捷功，尽瘁殒身，勤劳难泯”，下旨昭雪，赐祭，准予归葬武陵，追赠加官太子太傅。同时，又把一位立功于玛瑙山而和杨嗣昌不甚相得的前任三边总督郑崇俭抓了斩首，说郑不该在玛瑙山一役以后北回关中；其实郑当时北回是曾经奏请获准的。
丁启睿毫无能力。他作督师，作到崇祯十五年九月，开封失守，被思宗下旨逮捕，关了一个短时期，放出。攻陷开封的，是李自成。
明朝旱蝗连年，政府的苛捐杂税又突然加重了好几倍，杨嗣昌除了请准思宗增抽“剿饷”每年二百八十万两以外，又增抽所谓“练饷”七百三十万两（名为招练各地民兵，实际也是多数挪作别用，不曾练出多少民兵来）。神宗末年，本已巧立名目，增抽了所谓“辽饷”五百二十万两，杨嗣昌也请准思宗把这辽饷再加一百四十万两。合起来，老百姓的负担，比起神宗初年张居正当国之时，多了两倍以上，活不下去，想造反的就一天比一天多了。
李自成获得河南本地的农民军“一斗谷”来合伙，如虎添翼。各县各村的饥民，纷纷向他投奔。又有两个举人，杞县的李信（其后改名李岩）与卢氏县的牛金星入伙。李信向李自成建议，改变屠杀作风，以“不杀人”收买人心，李自成接受。李信又替李自成造了六个字的口号：“迎闯王，不纳粮！”于是，不到一年，李自成竟然有了部众几十万之多，如火燎原，势不可挡。
在崇祯十三年十二月，张献忠攻陷泸州之时，李自成也攻陷了永宁、宜阳、偃师。次年正月，张在开县战胜猛如虎，李攻陷洛阳，杀了福王朱常洵。这朱常洵确也该死。
崇祯十四年二月，李自成攻打开封，不曾攻下。六月，与杨文岳及唐大威二将战于邓州，小败。九月，会同罗汝才（曹操）杀三边总督傅宗龙于项城城下，占了项城，又攻破叶县，杀了为明效忠的刘国能（闯塌天）。
十一月，攻破南阳，杀了猛如虎与唐王朱聿镆。十二月，连陷洧川、许州、长葛、鄢陵，第二度进攻开封，李自成被射中了一只眼睛。十五年二月，攻破襄城，杀了傅宗龙的继任者，三边总督汪乔年与对明效忠的李万庆（射塌天）。三月，连陷陈州、睢州、太康、宁陵、考城、归德。四月，第三度围攻开封。丁启睿征调杨文岳、左良玉、虎大威、杨德政、方国安诸将，在七月大会于朱仙镇。
丁启睿命令左良玉速战，左良玉不肯，在某一天夜里率众不告而去，虎大威等人看见情势不好，也纷纷各奔前程，散得干干净净。左良玉一军向南奔了八十里，前边已有李自成事先挖了的大壕沟，一丈四尺宽，一丈四尺深，一百里长，挡住去路。李自成的队伍从后赶来，把左军杀得溃不成军，丢了一万多匹马骡，左良玉只能带了极少数人，逃到湖北襄阳。
虎大威，与猛如虎一样，是蒙古人，一向作战有名，此时已积功升至山西总兵，为左良玉的胆怯行动所牵累，一时心慌，奔到汝宁府城，站定了以后，便进攻汝宁的农民军，中炮而亡。杨德政也是一个总兵，事后被思宗下旨逮捕，斩首。方国安是来自四川的总兵，跟着左良玉逃到了襄阳。杨文岳是所谓“保定总督”，亦即“总督保定山东河北军务”，地位颇高，他和丁启睿及虎大威一齐奔到汝宁。闰十一月，李自成来攻汝宁，杨文岳守了丁启睿在朱仙镇军溃之时，被思宗下旨“褫职候勘”。开封陷后，被捕；过了一些时候，释放。
左在襄阳喘息既定，把襄阳一府的壮丁都编练成军，又大开招降之门，使得自己的部队扩充到二十万人左右。朝廷除了给养他的额兵两万五千人以外，当然没有那么多的钱与粮给他，而且也不曾授权给他扩编。他用自己的权力筹钱筹粮，在事实上变成了目无朝廷的一个拥兵自雄的军阀。
李自成在崇祯十五年十二月，朝着襄阳的方向移动，左良玉摆在樊城的战舰被老百姓烧了，而且老百姓烧香摆酒迎接李自成的驻军。左良玉抵抗了一两天，弃了襄阳，拔营而走。沿着汉水，左步兵，右骑兵，中舟师，奔到武昌，向楚王朱华奎要求二十万兵的粮饷，朱华奎不给。左良玉叫部队自由烧抢，火光一直照到江心。
崇祯十六年正月，左良玉放弃武昌，顺长江之流而下，退驻贵池的池口，安庆巡抚拨了存在九江库里的银子十六万两给他，“补六月粮”，军纪稍好，南京的人心稍定。这时候，他的“前锋”已经破了建德（至德），抢了池阳（贵池），他的先遣船只也已经泊在离开芜湖仅有四十里的三山港了。
他的二十万人，不像是国家的部队，倒很像武装难民，也差不多是专替农民军开路的向导了。李自成跟在他的后面，捡得了襄阳，也捡得了承天府（钟祥）、荆州。
张献忠这时在占领了安徽西南部之余，袭占蕲州（蕲春），左良玉视若无睹。两个月以后（十六年三月）张献忠西陷蕲水（浠水），左良玉这才慢吞吞地由池口西上；到了安庆，停住。张献忠由蕲水而黄州（黄冈），而罗田，于十六年五月攻破汉阳、武昌，左良玉仍旧按兵不动。
崇祯十六年六月，思宗颁了一件诏书给左良玉，仍称他为“平贼将军”，叫他负“专剿”张献忠之责，“毋老师糜饷”。
思宗以为左良玉打不了李自成，应该打得了张献忠。因为，三年又四个月以前，崇祯十三年二月，他曾经大胜张献忠于四川太平县北的玛瑙山；一年又九个月以前，崇祯十四年八月，他又曾击溃张献忠于信阳，收降了张的部众数万，几乎杀死了张献忠本人，弄得张狼狈不堪。
左良玉在接到思宗的旨令以后，派两万兵，交方国安西上。方国安在七月小胜于大冶，八月大胜于黄州，乘胜进抵阳逻。张献忠开了武昌西门，不战而走。南下湖南、江西。于是，方国安替左良玉收复了武昌、汉阳。
张在八九两月，连破湖南的岳州、长沙、衡州、宝庆、永州；十月至十二月，连破江西的吉安、建昌、抚州。崇祯十七年一月，他又进入了四川。
李自成在掌握了河南极大部分与湖北的襄阳荆州以后，改襄阳为“襄京”，自称“新顺王”、“奉天倡义文武大元帅”，设官分职，大封部下为公侯伯子男五等，命令牛金星每天对他讲经一章，讲史一段，颇有割据自雄的气象，一变当年“流寇”作风。张献忠拿下汉阳武昌，李自成很不高兴，竟然悬赏征求张献忠的首级，又写信给张，加以恐吓。张之所以放弃汉阳武昌而转向湖南江西，固然是由于左良玉在十六年七月以后西上进逼，也未尝不是避免李自成的火并。
李自成的一个谋臣顾君恩，劝李自成西取家乡关中，作为根本，然后出山西，取京师，称帝。李自成听他的话，准备自率大军离开襄阳，经由河南入陕，恰好在这个时候，明廷的新任督师孙传庭已从陕西出了潼关。于是，李为了抵御孙传庭，也不得不离开襄阳而来到河南，与孙传庭作一决战了。
孙传庭是代州振武卫人，万历四十七年进士，历官永城知县、商丘知县、吏部主事、郎中、顺王府丞，于崇祯九年受任陕西巡抚，在任三年，前后斩杀了农民军首领整齐王、蝎子块（拓养坤）、圣世王、互背、一翅飞，俘虏了老闯王（高迎祥）、黄龙、刘哲，击败了过天星（惠登相）、马进忠、闯塌天（刘国能）、马光裕、曹操（罗汝才）、贺一龙、左金王，收降了张耀文、一条龙、镇天王、上山虎、大天王、混天星。崇祯十一年十月，被思宗征调北上，以“兵部右侍郎兼右佥都御史”代替卢象癉总督诸镇援军，抵抗清兵；次年，受任“总督保定山东河南军务”，被杨嗣昌挤下了台，关在牢里三年。
杨嗣昌死后，思宗一时找不到继任“督师”的人，到了崇祯十五年正月，才把孙传庭从牢里放出来，复任兵部右侍郎，带领“禁旅”（京营的兵），南下援救开封；不久，升任陕西总督（接汪乔年的遗缺）。他一就任，便大会诸将，当场捆杀了那一再跋扈违令的援剿总兵贺人龙，全军的军纪为之一振。他日夜勤劳，筹饷买马造兵器，很迅速地把他的兵练成一支劲旅，有“火车”三万辆之多。所谓火车，是装有火器的战车，“战则驱之拒马，止则环以自卫”。开封失守以后，他一胜李自成于南阳，不幸败于郏县，却能守住潼关。
崇祯十六年五月，思宗叫他兼督河南四川，又叫他以“兵部尚书”“督师”，“加督山西湖广贵州及江南北军务”，赐尚方剑，命令他速出潼关讨农民军。八月十日，他进驻阌乡。九月八日，进驻汝州（临汝），受李自成的“四天王”（李养纯）之降。
孙传庭在崇祯十六年九月十二日攻下宝丰，乘胜又攻下唐县，与李自成会战于郏县境内，活捉了李自成的果毅将军谢君友，也几乎活捉了李自成本人。李自成逃到襄城。
但是，天不作美，一连下雨下了七天七夜，孙传庭的粮车不能行动，官兵吃不到东西，不仅无法续攻李自成于襄城，而且后方的一支部队（李养纯部？）在汝州哗变。孙传庭迫不得已，回军迎粮，留陈永福断后。不料，大军一动，兵心大乱，陈永福压不住阵，李自成追来，杀得孙传庭全军大败狂奔，奔了四百里，直抵黄河边上的孟津，死了四万多人，剩下的也只有四万多人。
孙传庭由阌乡渡河，经垣曲而抵潼关。李自成的侄儿一只虎（李过）来攻潼关，于十月初六日攻陷。孙传庭退守渭南，在渭南阵亡。
李军长驱直入，于十一日进了西安，陕西巡抚冯师孔战败被俘而死。
其后，李在十一月破延安、榆林、宁夏、庆阳，在十二月破平阳、甘州，次年（崇祯十七年）正月，改称“大顺王”于西安，定年号为永昌；二月，破汾州、怀庆、太原、潞安、代州、固关、宁武关；三月，至大同，受总兵姜瓌降；至宣府，受总兵唐通降，破昌平，入居庸关。三月十七日，到达京师城下，京营不战而溃；十八日，进入京师外城；十九日，进入京师宫城。思宗上吊自杀于宫后的煤山。
事前，于崇祯十七年正月受任“督师”的东阁大学士李建泰，曾经劝思宗离开京师，迁都南京。思宗不肯，说：“国君死社稷，朕将焉往？”这是思宗的一大失策。天子有责任保卫国家，却并无死在京城的义务，尽可以迁都别处，继续奋斗。况且，成祖把南京定为“留都”，设了具体而微的中央政府机构以备非常，已是为了像崇祯十七年三月的情况而准备好了的一个退步。无知的思宗，却偏要滞留在孤城，一死了事，为匹夫匹妇自经于沟壑之烈，对不起他自己，更对不起他的列祖列宗。
此人十六岁即位，三十三岁自杀，不曾享福一天，而天天在内忧外患之中过苦日子；有心做好事而无一事做得好，有心去坏人，用好人，而认不出谁是坏人，谁是好人；他没有治国救国的真本领，以致局面一年不如一年，一天不如一天，终至于身死国亡，值得后世同情，而不值得后世效法。