穆宗朱载垕，是世宗八个儿子之中的第三个。
世宗的长子载基，是阎贵妃所生，生下了两个月，得病而死。次子载壑，是王贵妃所生，生于嘉靖五年，在嘉靖十八年被立为太子。到了嘉靖二十八年，也得病而死。
穆宗生于嘉靖十六年（1537年），母亲是杜康妃。他和世宗的第四个儿子，卢靖妃所生的载圳，均于载壑被立为太子之时，同日受封为王。他被封为裕王，载圳被封为景王。世宗的四个别的儿子，都是生下不到一年便死。
世宗听信道士的话，以为自己命中克子，便在太子死后不仅迟迟未立太子，而且不与穆宗（裕王）和景王见面，叫他们搬出宫中，分别住在裕王府与景王府。穆宗比较浑厚，景王却野心勃勃，于言谈之间盼望越次被立为太子。世宗得到情报，就在嘉靖四十年命令景王离开京城，搬到湖北德安所谓“封地”去住。四年以后，景王在德安病死。然而，世宗依然不肯立穆宗为太子。
到了嘉靖四十五年（1566年），世宗自己去世之时，剩下的活的儿子只有穆宗一人。于是大臣们秉承“遗诏”，便立了穆宗。这时候，穆宗的年纪已有三十。
明穆宗朱载篨重用戚继光 戚继光是明代将领，他率领的戚家军训练严格，掌握“鸳鸯阵”的战术，长短兵器配合作战，英勇转战于浙、闽、粤，与倭寇进行了数十次的交锋，给倭寇以歼灭性的打击。隆庆二年（1568年），明穆宗下旨调戚继光北上防边，总理蓟州、保定、昌平三镇练兵事。多次打退鞑靼的进攻。从隆庆三年至五年，戚继光等在西起居庸关东至山海关的长城上筑敌台三千，明边防得以整饬。致使边陲宁谧，民众稍安。
穆宗是一个贤君，可惜享祚不久，到了隆庆六年（1572年）便短命而死。
他即位之时，内阁的大学士是徐阶、李春芳、郭朴、高拱这四位，都是正人。李春芳是扬州府兴化县人，嘉靖二十六年的状元，性情和平，操守廉洁。他竭力折冲于徐阶高拱之间，无甚效果，在隆庆五年辞职回家，侍奉双亲，享受天伦之乐。郭朴是安阳人，嘉靖十四年的进士，选庶吉士（翰林），历官礼部吏部侍郎，吏部尚书。为人忠厚，被徐阶引入内阁，在感情上与高拱比较接近。高拱和徐阶合不来，他被卷入漩涡，却能见机而作，在隆庆元年九月便辞职回家，在家中颐养了二十几年，才死。
高拱是新郑人，中进士，选庶吉士，比郭朴晚六年，与郭朴同时入阁，也是徐阶所荐。他忠于谋国而度量不足，不能与徐阶始终合作。徐阶写世宗的遗诏，不和他商量，他怀恨。他因一件小事而被徐阶的一个同乡、官居给事中的华亭人胡应嘉所弹劾，又以为这胡应嘉是受了徐阶指使，一怒而使得胡应嘉被贬为民。因此之故，弹劾高拱的人更多，他只得在隆庆元年五月挂冠而去。两年七个月以后，他被召回内阁，兼掌吏部，到了隆庆六年六月，穆宗去世之时，他又因为和张居正不能协调，被神宗的嫡母与生母罢黜回家，郁郁而死。