倭寇的入侵，在洪武年间便已开始，但到了嘉靖之时，才成为严重的祸患。
太祖称帝以前，便已有方国珍、张士诚的余党领了倭人来骚扰沿海。太祖在洪武二年三年，先后派了杨载与赵秩前往日本，质问当时的世袭宰相足利良怀。良怀派了一个和尚祖来，作为使臣，向太祖称臣纳贡，送还明台二州被掳去的男女七十余名。就在这一年，温州又来了倭寇。次年，海盐、澉浦，与福建的沿海几处地方，也来了倭寇。其后，良怀常常派人来进贡，太祖也常常拒收他的贡，倭寇也照样常常来，不过人数皆不甚多。太祖在洪武二十年命令周德兴与汤和在福建、浙江的沿海，造了几十座防倭的城，布置了六七万兵。倭寇敢来的，便较前更少了。
实际上，这些倭寇并非良怀所派遣，亦非良怀或他的世袭的宰相足利义满所能防止。割据各方的藩镇，想怎样便怎样。那不属于藩镇的“无主武士”（浪人）更是无拘无束的极端自由的分子。况且，所谓倭寇，有十分之七八是华人！
足利义满在晚年改名“道义”，复姓源（足利氏本为源氏的一支）。他在永乐元年向明成祖上表进贡，受到成祖的优礼。次年，他捕杀了对马台岐等岛的若干海盗，于永乐三年派使臣押了二十名解到南京。成祖不收，叫使臣将这二十人带回本国，自行治罪。使臣走到宁波，于上船以前，用蒸锅把这二十人活活蒸死。
永乐六年，源道义去世，成祖赐祭赐谥，而且封了他的儿子源义持为“日本国王”。虽则，当时以及其后，日本始终另有一个天皇，而源义持在本国的正式爵位不过是“征夷大将军”，这“大明日本国王”的封号，源义持却毫不迟疑地接受了。
源义持，正如他的父亲一样，仅能捕捉他力量所及的地区内的零星海盗，没有办法禁止其他的日本人到中国沿海作倭寇。在永乐十七年的时候，竟有几千个倭寇乘了二十条船开进辽东的王家山岛。这几千个倭寇不久便被刘荣击溃于樱桃园，杀了七百四十二名，活捉了八百五十七名。
宣宗即位以后，进贡的“日本国王”叫做源义教。宣宗把贡使随员的人数，由永乐年间的二百人放宽为三百人，贡船由二艘放宽为三艘。
源义教，也如同他的祖父与父亲一样，管不住倭寇。到了英宗正统四年五月，竟有装满了四十船的倭寇，来抢劫浙江沿海，攻破了两个千户所（台州的桃渚千户所，与宁波的大嵩千户所），又攻破了一个卫（昌国卫，今天的定海县城）。
有些贡使及其随员，也渐渐染上了倭寇习气，夹带了十倍于贡品的私货，在中国市场卖出，换买中国商品回国。在卖私货与买商品的时候，每每很不客气，强卖强买，甚至抢了东西不给钱。他们人人均带有武器，船上的武器更多。遇到中国的官军，他们便拿出贡物，说出贡使或随员的身份，不遇到中国官军而有机可乘之时，他们就使用武器，为所欲为。
贡使随员的人数与船数，没有一次不超过三百人与三条船的限制。
在景泰四年的时候，临清地方的指挥使，为了劝阻贡使抢老百姓的东西，几乎被贡使当场打死。事情被报告到景帝那里，景帝主张宽大，不予深究。
英宗复辟以后，源义教的儿子源义政派了使臣来谢罪。但是，到了宪宗成化四年，源义政的贡使又在某一城市打人，把人打伤。
孝宗之时，进贡的“日本国王”是源义高。源义高的贡使也在弘治九年闹事，在济宁杀人。孝宗发了脾气，下旨：此后日本的贡使只许有五十人进京，其余的都必须留在“舟次”。
武宗之时，进贡的“日本国王”是源义澄。源义澄的贡使宋素卿，根本是一个中国人，姓朱名缟。依照法律，中国人私自通番，而且冒充番人，作番邦的使者，应该处死。这宋素卿送了刘瑾一千两黄金，逍遥自在。
世宗嘉靖二年，宋素卿又以贡使的身份来到宁波。另有一位贡使，叫做宗设，是一个道道地地的日本人，比他先到。宋素卿说宗设是假贡使，宗设也说宋素卿是假贡使。
宁波市舶提举司的主管人，太监赖恩，请他们二人吃饭，把宋素卿的座位排在宗设的上边。（原因是，赖恩已经收到了宋素卿的贿赂。）赖恩而且提前把宋素卿的货物验放。宗设气不过，动起武来，杀了和宋素卿同来的日本人瑞佐，追击宋素卿，从宁波一直追到绍兴城的城边。从绍兴回宁波，沿途烧房子，抢东西，而且架走了指挥袁琎，偷了一条官船出海，扬长而去，浙江都指挥刘锦，带了兵去追，追到他，打了一阵，刘锦阵亡。
宋素卿逃到绍兴城内或城外附近的地方，不曾被宗设追着。后来，他被明廷的官吏抓住，治罪，死在牢里。
明廷通知日本的“国王”源义晴，叫他交出宗设来。源义晴办不到。于是，明廷便拒绝了源义晴的请贡，一直到了嘉靖十八年七月，贡使硕鼎来到宁波之时。硕鼎却被准许进京，于十九年二月到达，明廷仍一面叫他转达源义晴，把宗设押解来华，一面准日本恢复入贡，贡使随员的人数以一百名为限，船只以三艘为限，贡期则以每十年一次为限。
没有等到十年，日本的贡使又在嘉靖二十三年七月到了宁波。这固然是日本不对，明廷的限制也根本太不合理。当时的皇帝与大官，都不懂国际贸易对两国彼此均有好处，只是一味地想省事。于是，明廷振振有词地又拒绝了日本的贡，而且治了沿海文武将吏的罪，严禁老百姓与日本贡使交通。事实上，尽管禁令皇皇，老百姓之中有力量的仍旧和贡使暗暗交易。
十年一次的限期，在嘉靖二十八年轮到（是从嘉靖十八年算起的）。源义晴派了一位周良作贡使，于嘉靖二十七年秋冬之际到了宁波，带来六百名随员，分乘四条贡船，向地方官要求暂在宁波停泊，等候明年的贡期，地方官呈报中央，中央请示皇帝（世宗）。皇帝在十一月间下敕书，叫地方官勒令周良带领随员与贡船回国。周良只得怏怏而去。
次月，十二月，便有了若干倭寇，大掠温州台州二府。这些倭寇，是否为周良的随员，史无明文。
周良在嘉靖二十八年六月，又遵旨如限而来。巡抚朱纨替他请准，带一百名随员入京。到了京城以后，周良向明廷诉苦，说：贡船高大，原限的随员百人不够驾驶，必须有五百名才够；贡船原限三艘，但是沿途有海盗，必须再加一条船护航，因此才带了四条船来，并非敢于“违制”。
周良走了以后，巡抚朱纨杀了若干私行贸易的中国人。这些人，多数都极有钱，在朝廷中也有奥援。于是，朱纨被朝廷降为“巡视”，不久又被免职，而且背了若干洗不清的罪名，愤而自杀。
朱纨死后，他留下遗缺，“巡抚浙江，兼制福、兴、漳、泉、建宁五府军事”，有四个年头不曾补人，“海禁复弛，乱益滋甚。”
明廷在嘉靖三十一年复设浙江巡抚，以王忬充任。王忬的运气不好，在次年三月便遇到海盗汪直勾引倭寇，大举入侵的事。
汪直与宪宗时候的一位坏太监姓名相同。太监汪直是广西大藤峡的瑶人。这一个海盗汪直，是安徽徽州府歙县人。他亡命在海外很久，有海岛根据地，在日本也有家。他的养子叫汪誢，原姓毛，名海峰；是他的得力助手。和他一伙，而势力相伯仲的大海盗，另有徐海、陈东、麻叶等人。
汪直与他的同伙，以及真正的倭寇，一共集合了几百条船，“蔽海而至”。他们在嘉靖三十二年三月攻破昌国卫（定海县）。次月，骚扰太仓，攻破上海县城，抢掠江阴、乍浦。八月，抢掠金山卫、崇明、常熟、嘉定。
次年，嘉靖三十三年，他们在正月间从太仓进犯苏州，抢掠松江，转而北向，渡过长江，抢掠南通州、泰州。其后，又转而向南，再渡长江，于四月间破嘉善县城与崇明县城，再攻苏州，进了崇德县城。六月，从吴江出发，抢掠嘉兴，然后，屯扎在柘林镇。
明廷在沿海的卫所，久已“船敝伍虚”，无力作战，王忬所倚靠的只是一些渔船，与一些临时招募的兵，坐视汪直等人东驰西突，如入无人之境，而一筹莫展。
明廷把王忬调走，换了李天宠，加派兵部尚书张经到浙江来“总督军务”。一时，汪直等人依旧横行无忌。到了嘉靖三十四年五月，才在王江泾吃了张经与李天宠一个苦头，被杀了一千九百余人。
昏愦的明世宗，却又听信佞臣赵文华的话，颠倒功罪，把张经与李天宠逮捕下狱，改以周@为总督，胡宗宪为巡抚。周@干了不过一个月，被杨宜所替代，杨宜干到三十五年二月，被胡宗宪所替代。胡宗宪的巡抚一缺，由阮鹗接充。
胡宗宪是安徽绩溪人，他人极聪明，懂得应付赵文华，也懂得迎合明世宗的癖好（例如：献白鹿）。他的打仗本事，很平常，却有一个极大的长处：知人。《明史》对他的批评很坏。其实，他能选拔出戚继光，而予以信任，使得戚继光终于替国家平定倭寇，功罪相较，他已经足够留名青史了。
在杨宜与胡宗宪分任总督巡抚之时，倭寇横行无忌。有六七十个人从杭州北边的新关镇，向西，抢掠淳安、歙县、绩溪、旌德、泾县、芜湖、太平府（当涂）、江宁镇、南京大安德门、夹冈、秣陵关、溧水、溧阳、宜兴、武进、无锡的惠山、浒墅、杨林桥，才被明军剿灭，但是他们蹂躏了几千里，杀戮了几千老百姓。另外有一批，不到二百人，在浙江乐清登陆，抢掠黄岩、仙居、奉化、余姚、上虞，到了嵊县，才被消灭。这一批，走过的地方虽只有三个府，但残害的老百姓之多，更甚于杭州新关镇的那一批。
胡宗宪当了总督以后，一面从山东、山西、河南、广西，调集强厚兵力；一面派遣间谍，分化倭寇的首领。这些首领，几乎完全是中国人。胡宗宪骗徐海，叫他捆送陈东和麻叶。徐海中计，果然就把陈麻二人捆了送来。于是，桐乡之围，不解自解。胡宗宪随即追击陈麻二人的余党，毁掉他们扎在乍浦的巢穴。然后，胡宗宪又出其不意，包围徐海于平湖县的沈庄与梁庄，恶战七日，把徐海及其二千余众也完全杀了。这是嘉靖三十年五月到八月间的事。
胡宗宪派在沈庄与梁庄前线的指挥官，是俞大猷。俞是福建泉州府晋江县人，世袭百户，于嘉靖十四年参加“武会试”，中了武举，升为千户，守御金门，其后历官至苏松副总兵，于嘉靖三十三年在张经的指挥之下大破倭寇于王江泾。又其后，他连胜倭寇于陆泾坝、三丈浦、莺盄湖、马迹山、茶山、老鹳嘴，在三十五年三月受任为“浙江总兵官，兼辖苏松诸郡”，归胡宗宪节制。
俞大猷于歼灭徐海一支的倭寇以后，奉命进剿在舟山群岛的倭寇老巢，获胜，被升至“都督同知”，仍以都督同知的官阶，充任“浙江总兵官，兼辖苏松诸郡”。戚继光这时候，是浙江的“宁绍台参将”。参将之上为副将，副将之上为总兵。
胡宗宪对于汪直，也用了一套权谋。汪直在倭寇首领之中，是最厉害的一个，绰号为“老船主”，所盘踞的大岛有五个之多。胡宗宪先把汪直的母亲与妻儿，从金华的牢里释放出来，养在杭州，然后派人向他劝降。汪直在原则上答应，要求胡宗宪派一位“贵官”当人质。胡宗宪便派遣一个官居“指挥”（比千户高一级）的夏正，到了汪直的岛上。果然，汪直把夏正留下，交给养子汪誢（毛海峰），自己来见胡宗宪。胡宗宪招待他一番，叫他去见巡按御史王本固。王本固毫不客气，一见面，便立刻将汪直逮捕下狱。
汪直的养子汪誢（毛海峰），听到消息，就把夏正“肢解”（裂开四肢而死），率领五百名死党占了（舟山市定海区西北）岑港。胡宗宪派俞大猷和戚继光等人去打，打了一年多，从嘉靖三十六年十月打到三十七年七月，打不下来。敌人从容不迫地离开岑港，移屯柯梅，到十一月造好若干艘船，搭上帆，扬长而去，去到福建，占住浯屿（在金门之南，大胆岛之西）。
胡宗宪被御史李瑚等一再弹劾。李瑚是福建人，和俞大猷同乡。胡宗宪怀疑俞大猷，以为俞供给了李以军情内幕，便奏上一本，说岑港之败，全由于俞大猷作战不力。于是，俞大猷被逮捕审问。不久，俞的好朋友陆炳私下向严嵩的儿子严世蕃送了一些钱，俞才被释放，派往大同，在巡抚李文进指挥之下戴罪立功。
本来，俞大猷早就在岑港之战未了以前，和戚继光、张四维都革了职（和清朝的所谓“革职留任”相同），限一个月把岑港打下。岑港虽不曾如期打下，过了几个月敌人溜走，俞戚二人也可算是有功，所以革了的职就复任。偏有御史李瑚等人一再弹劾胡宗宪，又恰巧李瑚是俞大猷的同乡，因此俞大猷才仍旧倒霉。
戚继光的运气，也不比俞大猷好多少，他祖籍安徽定远，世袭山东登州卫指挥佥事，父亲戚景通官至大宁都指挥使，神机营副将。他自己嗣职以后，作过山东都指挥使司的佥事，负责“备倭”。调到浙江以后，升到参将，防守宁波、绍兴、台州三府。打岑港打不下来，革职留任；敌人走了以后，复职。但是，又有别股的倭寇在台州登了陆，他被给事中罗嘉宾参了一本，就真地丢了官，在胡宗宪面前当了一名闲人。这是嘉靖三十八年七月的事。到了三十九年二月，他才又因胡宗宪的保荐，重新作了参将，防区改为台州、金华、严州。
他在赋闲的一段时期，曾经被胡宗宪派往义乌县，帮助县知事赵大河选兵练兵。他见到义乌人“性杂于机诈勇锐之间，尤事血气，一战之外，犹能再奋，但不听号令，胜则直前不顾”，认为他们是好材料，便决心把义乌人练成精兵。他说义乌人“不患其不强，而患其不驯；不患其不胜，而患其骄”。这骄气不难消除，所需要的只是严格的训练与军法而已。
义乌附近的东阳、金华、浦江各县，人民的性格大致与义乌人相同。
胡宗宪授权给他，招募义乌及其邻县的壮丁四千人。
戚继光把招募来的四千名“义乌兵”，带到台州，练成了一支劲旅：在编制、武器、战术、军法等等方面均有彻底的革新。编制方面，他以十二人为一队，比起明朝原有的兵制增加了一个人。这个人，便是“火兵”（伙夫）。有了这“火兵”，全队的人走到某处，便可以在某处吃饭，也就可以住在某处了。平时行军，毋庸赶到城市，赶到乡镇村庄；战时更可随处扎营，行动自由得多。
每队有一个队长，亦称旗总。四个队合成一哨，有哨长，亦称百总。四个哨合成一司，有把总。三个司，合成一营，有千总。五个营合成一军，有主将。这便是所谓“戚家军”的编制。
武器方面，他发明了“狼筅”，用以对付倭寇的倭刀。倭刀长大而锋利，每每一砍便可以砍掉明军的花枪杆子好几条。戚继光研究出来，用毛竹做花枪杆子，便不是倭刀所容易砍的了。而且，倘若把毛竹尖端，留下两三尺长的枝叶，更可以抵御倭刀。这尖端再加上刺刀，就成了戚继光的“新武器”。
每一个司，有百总所直接指挥的“火枪队”。每一个营，也有把总所直接指挥的“火炮队”。这也是过去明军普通部队中所没有的。
每一队兵，分作两组；每组五人，最前边的一人左手执“长牌”或“藤牌”，右手执短刀，第二人用狼筅，第三第四两人用加长的花枪，第五人用“钯叉”。全队的序列，是队长在前，两组纵列左右：这叫做“鸳鸯阵”。或是队长居中，两组横列左右，以钯叉压阵：这叫做“三才阵”。
队是作战的小单位。队长的责任，是向前冲。兵的责任是跟着他冲，保护他。队长不退，兵先退，或是队长前进，兵不进，以致队长阵亡，全队的兵皆斩。一队陷入重围，队长之上的哨长不下令救援，或同哨的其他三队的队长不依令去救援，则哨长或三队队长之违令的，也斩首不留。哨长是全哨之首，哨长不退而阵亡，所有的四个队长皆要斩首。扩而充之，哨长（百总）之上，统率四个哨（一个司）的“把总”，以及把总之上，统率三个司（一个营）的千总，如因不退而阵亡，则把总之下的四个哨长（百总），或千总之下的三个把总，皆要斩首。这叫做“连坐法”。
营之上的主将，统率五个营，分别称为左右前后中。进退之际，各营均按固定的左右前后中的次序。进退的号令，操于主将，一概不用口传，而用锣鼓。敲锣是退，敲鼓是进。听了锣声而不退，听了鼓声而不进，都要以抗令论，军法从事。
作战之时，某队有一人阵亡，但也获得了敌人首级一颗，免罚。兵士负伤的，有赏。倘若伤口是在背后，则不但没有赏，而且要罚。同袍之间，互抢敌人的首级或财物，可以由哨长以上的军官当场下令处死。
戚继光练兵，最重军法，然而他并非以军法为万能。他说：“威严不能自行永守，保无阻坏。而所以使威严之永行无阻坏者，恩与信也。”严厉的军法，可以化部队为机器，要推动这部机器，必须驭之以恩，励之以信。
他在受任为金严台三府的参将以后，便把这一支义乌兵带去台州，继续训练，留作御倭之用。倭寇一直到了嘉靖四十年四月才来，足足给了他以一年多的训练时间。
一小股的倭寇，在四月十九日登陆于奉化。奉化不是戚继光的防区，他偏要带领义乌兵去救。作用是，为了引诱倭寇的主力“乘虚”袭击台州。果然，就有了两千倭寇又在桃渚登陆，向着台州的方向杀人放火而来。戚继光得到消息，便从桐岩岭折回，于半天的时间急行了七十里，赶到台州城下，转向花街，迎击倭寇，倭寇排开了一字阵，被戚继光施展出鸳鸯阵，杀得两千名倭寇大败全输。
这一仗打完以后，又有两千名倭寇于四月底在宁海县的圻头登陆，向着台州府城而来，在五月初一日到达大田镇。戚继光也把义乌兵开到大田镇。两军对峙了一天半，倭寇在雨中溜走，企图经由仙居，袭攻处州（丽水）。戚继光也就转军向着仙居急进，抢先占了白水洋镇附近的上峰山，居高临下，以逸待劳。这一仗，又挫了倭寇凶锋，却被逃出了主力，窜至白水洋乡的朱宅。戚继光追到朱宅，将他们包围，杀光，只剩下三个活的，作为俘虏。
从此，倭寇不敢再向台州进犯。戚继光被朝廷升为“都指挥”。
这一年（嘉靖四十年）冬天，戚继光被调往江西，剿当地的“土匪”。他五战五胜，将“土匪”肃清，于次年三月回到浙江。
自从汪誢（毛海峰）的一股窜据福建金门的浯屿以后，便有一批一批的“新倭”涌到福建，攻破了寿宁、政和、宁德三个县城，与元钟一个千户所，糜烂了福清、长乐、龙岩、松溪、大田、古田、莆田、兴化，这八个县的属境，而且扎了一个坚强的营垒在三都澳的横屿岛。
于是，在四十一年七月，戚继光又奉命到福建去作战。这时候，他的部队早已不止有三四千义乌兵了。他带了六千人去。胡宗宪又加拨了一千六百人，交由戴冲霄率领，归戚继光节制。戴冲霄的官阶，也是都指挥，与戚继光相等。
戚继光率领不足八千人的部队，于八月初六到达宁德。宁德这时候已经是一片废墟。他略事休息，便在初八日黎明以前，乘着潮退之时，命令三分之二的兵士，每人带一捆草，越过大陆与横屿之间，足有十里宽的沙滩上，突袭敌人最坚强的堡垒。这一仗，杀死倭寇六百多人，救出八百名以上的被倭寇拘囚的中国老百姓。其余的倭寇狼狈而逃，死在水里的极多。（朝廷升戚继光的官阶为都督佥事。）
戚继光转军南下，又在九月初一黎明以前对福清县的圯寨夜袭，杀尽那里在酣睡之中的七百多倭寇，当天，光复牛田镇，击溃倭寇五千人之多。不久以后，他进一步肃清倭寇在兴化县林墩镇的另一堡垒，斩了九百六十，俘了一千以上，救出二千一百名被拘囚的中国老百姓。
他见到大功告成，便收兵回浙。福建的文武官吏要留他，却留他不住。他的军官与兵士，经过了这几次的战役，虽则阵亡不多，仅有六十九名，但是伤残的与患病的，几乎已及全军的半数。他必须回浙，一面给伤病的官兵以疗养的充分时间，一面向胡宗宪请示，倘若福建仍需要他再去，可否增募若干兵丁。
不料，在他回到浙江之后，胡宗宪已经丢官被捕。罪名是阿附严嵩。（严嵩是在四十一年五月被免职的。胡宗宪被押解进京以后，一度被明世宗释放。其后，大概是在四十四年三月严嵩的儿子严世蕃被杀之时，他又因被御史汪汝正指为与严世蕃交通，关进牢狱，病死在牢里。）
胡的总督一缺，并未补人。当时的巡抚已不是阮鹗，而是赵炳然。赵炳然并不因戚继光之曾经受知于胡宗宪，而对戚继光歧视。他准许戚继光增募新兵，也同意福建文武官吏之请戚再度入闽的要求。
事实上，自从戚离开福建以后，又有成万的新倭蜂拥而来。兴化府于十一月被攻陷，烧杀一空。各地的山寇（土匪）纷纷揭竿而起，与倭寇相勾结，打家劫寨，无恶不作。
明世宗下旨，调升俞大猷为福建总兵官，戚继光为福建副总兵，又加派广东总兵刘显，到福建对兴化府城的倭寇会剿。
戚继光带领一万六千名新旧的募兵，于嘉靖四十二年三月开拔，四月初八日路过建宁（建瓯），十九日到达兴化前线。俞大猷与刘显也均已在那里了。戚继光地位低，不能指挥他们两人。但是，他已经迎了福建巡抚谭纶来，作为俞戚刘三人之上的共同主帅。
嘉靖四十二年四月二十一日，谭纶下令，戚继光居中，刘显居左，俞大猷居右，三军一齐发动，进攻兴化平海卫的渚头许家村赤崎山倭巢。戚军先到，击败倭寇的马队，与倭寇的步兵肉搏，登上赤崎山，进逼许家村。刘、俞两军从两翼包来，把许家村合围，这一仗，是自有倭患以来，最猛烈一次的战斗，斩杀了倭寇二千二百，释放了被拘囚的中国老百姓三千。兴化城与各村镇余寇纷纷逃走。
明世宗接到捷报，升戚继光的官阶为都督同知，派他作福建总兵官，调俞大猷为南赣总兵官。
于是，他留在福建，把闽南闽北的“山寇”以及沿海各地的零星倭寇，一一肃清。其中，较重要的一役，是在四十三年二月打垮包围仙游县城的倭寇一万多人，又连胜他们于王仓坪及漳浦县的蔡丕岭。从此，福建也不再有大批倭寇入侵之事了。
倭寇的目标移向广东。广东有一个大海盗，姓吴名平，一向与倭寇勾结，引狼入室，帮助倭寇劫掠福建与广东沿海的各县。
明世宗在四十三年把俞大猷从南赣调往广东，充任广东总兵官。到了四十四年秋天又叫戚继光去，与俞大猷会师，解决吴平。吴平这时候，已被戚继光在福建打得站不住脚，逃到南澳岛扎了营垒。
戚俞二人会师以后，一鼓攻下南澳岛，歼灭了吴平部属一万余人，烧了他的几百条船。但是，吴平溜走。
吴平溜去了饶平，号召当地土匪，占住凤凰山。俞大猷派部下的将官汤克宽去打，打了几仗，都打不赢。最后，又被吴平从凤凰山再溜了走，抢了渔船，出海而去，不知所终。
俞大猷因此而被革了广东总兵官之职。（后来，他擒斩了翁源的“巨匪”李亚元，才复了职，调任广西总兵官。）
戚继光留在南澳岛一个短时期，防备倭寇或吴平再来。结果，不见他们来，便回到福建原防。事实上，福建也不再有多少倭寇敢来了。
到了穆宗隆庆二年，张居正感到北方吃紧，便把戚继光调到蓟州，以都督同知的原官阶，“总理蓟州、昌平、保定三镇练兵事”。
他在蓟州，又有一番轰轰烈烈的作为。那是后话。