嘉靖年间的内忧外患，相当严重。其中最值得我们注意的，是兵变。至于白莲教、“套寇”、倭寇，似乎还是次要的。国家少不了军队，军队的内部溃烂，危险之至。
军队之所以溃烂，原因很多。就制度而言，明太祖的军民分籍，解决了一时的财政困难，而不足以奠定长治久安。把人民分为两种，以其一种担负全部军事任务，另一种完全不担负军事任务，根本是不合理。
具有军籍的人，又分为两种：军官与兵士，两种都有军田，两种都是世袭。军官世袭，变成了贵族；兵士世袭，变成了农奴。作为世袭贵族的军官，生活太有保障，一代一代地懒惰下去，很像清朝的八旗子弟。作为世袭农奴的兵士，终身听人驱使，前途毫无希望，能逃的逃，不能逃的也一代一代地混日子，不知有国家，更不会爱长官。
从洪武元年（1368年）到嘉靖元年（1522年），明朝已经有了一百五十四年的历史。所打的硬仗，寥寥可数。太祖打了几次，成祖打了几次，都没有元明之际对陈友谅的战争那样激烈。成祖以后，只是边疆上对北元常有小规模的接触（土木之变，死的人虽多而不配称为战争），在内地对苗人、瑶人等有过几次行动而已。王守仁打宸濠，也算不上怎样大的战争。
太平久了，武器会生锈，军官与兵士也会生锈。这是中国历史上每一个朝代由盛而衰的关键。一个朝代，老是对外找仗打，可能弄得民穷财尽，大损国力；反过来说，一个朝代，老是对外敷衍，弄得将不像将，兵不像兵，将与兵都毫无作战经验，也未尝不是自种祸根。
明朝政治的绝症，是太监当国，从宣宗的时候起，直至崇祯帝即位，表面上的大官是大学士、尚书、总督、巡抚、布政使等等；实际上的大官，在中央是司礼太监，御马监太监，东厂、西厂、内厂的提督太监，在各省各重要地点，则是所谓“镇守中官”。尤其要不得的，是军队中有所谓“监军太监”。这些太监，总而言之，都是只知道要钱。好的固然有，但百不得一。
总督与巡抚的地位，在镇守中官之下。“总兵官”在明朝初年，相当于整个战役的“总司令”；中叶以后，由于逐渐添设了总督、巡抚，与镇守中官，就缩低为一个单位的部队长（以至于到了清朝只是一镇的指挥官而已）。总兵官丧失了统辖部队的全权，照顾不了兵，也就管不了兵；上边的总督、巡抚，以及高而至于兵部尚书、五军都督府都督，也都照顾不了兵，管不了兵。兵没有人照顾，没有人管，怎能不变？
明朝属于军籍的兵额，不为不多。洪武二十六年，定制全国有三百二十九卫，与六十五个独立的所。平均每卫有五千六百人，每所有一千一百二十人，包括军官在内。合计起来，该有官兵一百九十一万五千二百人。其后，卫与独立所的数目均逐渐增加，到了明朝末年，共有四百九十三个卫，三百五十九个独立的所。倘若这些卫所，皆达到平均的员额标准，便一共该有官兵三百一十八万二千八百八十人。
在孝宗弘治年间，依照兵部侍郎李孟暘的说法，全国官兵的总额，是“二百七十余万”。
这二百七十余万官兵，分散在全国各地，能打仗的极少。其中有一部分，只是虚额，有额无兵。额之所以变虚，或是由于“绝嗣”：老兵死了，不曾留下儿子；或是由于逃亡。逃亡的，照例由主管的人行文“跟捕”（到家里或其所逃亡之处捕捉本人），或“勾捕”（捕捉本人的儿子或兄弟）。也是额已成虚，而主管的人不向上边陈报以便吞吃的，叫做“隐占”。
最初，军官取兵士当勤务兵（仆役），政府限定指挥、同知、佥事只能取四人，千户只能取三人，百户与镇抚只能取二人。其后，所有的兵都变成了军官的勤务兵。各级衙门遇有什么运粮等差使，都调动兵士去作工。最后，不仅军官与文官可以使唤他们，连一个秀才也可以使唤他们了。
平时，各级军官注意于操练的极少，甚至有一年两年不下操的。到了战时，这些兵怎能作战？
笼统言之，淮河以南的各卫各所都失掉了军事作用。“京军”略胜一筹，比较可靠的是“边军”。
京军在景泰以前，分作“三大营”：即所谓五军营、三千营、神机营。五军营是“五军都督府”所直辖的京师及京师外围各地的卫所的兵，加上山西、河南、山东等省轮流调来京师的“番上军”。三千营，原由降附的三千个蒙古人所构成，全为骑兵，其后也不限于蒙古人了。神机营全用火器，相当于北洋时代的各处军阀的所谓“手枪队”；所不同的是，武器并非手枪，而是铳子。
景泰年间，于谦选用上述三个单位的精锐十万人，成立十个新的营，称为“团营”，由于认真操练而作战能力颇强。于谦也从河南等处招募了很多壮士。不属于军籍的这些壮士，是否也纳入了团营之中，待考。
景泰以后，团营时废时复。营数也扩充到十二万。然而其逐渐腐化与沦落为奴工，正与“老家”（三大营）相同。
“边军”，在原则上是散布在北边各地的卫所的兵。事实上，即使没有虚额，这些卫所的兵也不足以捍卫边疆，虽则他们在体质上较之内地的兵优良，究竟人数太少，不敷分配。
明朝初年，河套尚未被北元侵占，北边边疆上只有四个镇：辽东（辽阳）、宣府（宣化）、大同、延绥（延安绥德）。其后，增设蓟州、宁夏、甘肃、偏头关（简称偏关）、固原五个镇。一共是九个镇，称为“九边”。九边之中的所谓“三边”，指延绥、甘肃、宁夏，设了“三边总制”。三边总制的衙门设在固原。
九个镇，各设总兵官一人（简称总兵）。各镇所统辖的卫所的兵额，有多有少，平均是十万人左右。实际上的人数，那就大成问题。以宣府为例，在洪武年间确有十万，到了武宗正德年间便只有六万六千九百多人。而且，在这不足七万的人数之中，倒有一半不是来自卫所的正规军，而是所谓“土兵”与所谓“募兵”。土兵，其实也是募兵，“土”的意思，指“本地”而言。边郡之有“土兵”，始自宪宗成化二年。在此以前，政府不过是准许边地居民自备军械，自行组织以各保乡里而已，政府不出饷，这些类似乡勇的队伍也没有受调到别处作战的义务。
明朝之有“募兵”，以补军籍兵源之不足，严格说来，不是从景泰年间于谦招募壮士之时开始，而是从英宗复辟以后正统二年开始。英宗下旨，招募各地的“军余”（军籍人家的多余子弟）与“民壮”（民籍的壮丁），每人给布两匹，月粮四斗。陕西一省，应募的有四千二百人。
从孝宗弘治二年开始，明朝有了所谓“佥兵”。佥兵不是募兵，而近于“征兵”。有七八百个里以上的州县每里佥五人为兵，五百个里以上的每里佥四人，三百个里以上的每里佥三人，一百个里以上的每里佥二人。对这些“佥兵”政府不给月粮，只在调遣的时候给以“行粮”。被佥为兵的人，如果有钱而不愿意服役，可以出钱，交由政府募人代役。于是本来可以作得好的新的兵役制度，又变质为一种新的税捐。
边疆的生活苦，本地的居民之应募为土兵的还可以勉强受得了，内地的募兵肯去的不多。每每走到半途，便开了小差。犯罪的，常有被“发往边卫为兵”的，这便是苦上加苦了。怀着一肚皮的委屈，如何打得了仗？
从军官到兵士，打仗只是虚应故事。成化年间以后，能杀得三五个敌人的军队，便算是好军队，便有资格向朝廷报功领赏。多数的官与兵，虽则是身在边疆，却并无保卫边疆之意，只是按时领粮领饷，混混日子而已。粮饷发生问题，便要闹兵变。
粮饷二者之间，粮的问题比饷严重。原则上，边地卫所的粮，由屯垦的田地供给。然而，不够；必须由内地产粮的地方运去，政府所费很大。中盐法实施以后，商人始则输粟换盐，继则自行招工到近边之地开垦，就近纳粟以省运费，最后则因朝中的大官喜欢有银子经手，改叫商人缴银于库，再由政府代买粮食运边。这么一来，边军便常常有缺粮的恐怖。政府而且又常常折发现银代金，所定的折合比率低于当地的市价。
在嘉靖以前，也有闹兵变的，规模不大。嘉靖年间，却一闹再闹，闹了五次大的兵变，其中有四次是在边地。
第一次，嘉靖元年正月，驻在甘州的兵领粮食代金，请求巡抚许铭提高折合的比率。许铭不肯，这些兵就一闹而杀了许铭。总兵官李隆一向与许铭有意见，因此就犯了在幕后鼓动的嫌疑。朝廷派陈九畴继任巡抚，负责查办这件事。陈九畴参了李隆一本，李隆被捕，斩首。
第二次，嘉靖三年八月，驻在大同的兵恨巡抚张文锦与参将贾鉴待他们太苛，督责他们造五个新的堡垒，又叫他们住到这些堡垒里去。他们便一闹而杀掉张文锦与贾鉴，并且把前任的总兵官朱振从监牢里放出来，奉为首领，占据了府城，对抗朝廷派去平乱的“京军”。朝廷叫蔡天佑继任巡抚，又叫朱振官复原职，接现任总兵官苗勇的事。这件事闹到次年春天才告平息，斩杀了乱兵首领三十几人。
第三次，嘉靖十二年十月，驻在大同的兵，因总兵官李瑾督责他们挖壕，太急，一闹而杀了李瑾与千户张钦，从监狱里放出前任参将黄镇，指挥马癉、杨麟，奉为首领。朝廷派了杨源清去打，无功。
其后，马癉、杨麟二人不愿意造反到底，杀了黄镇，对朝廷效忠，乱子才告平息。
第四次，嘉靖十四年三月，驻在辽东的兵，因巡抚吕经把每个“正军”所带的余丁从三名减为一名，又收回了正军所领的牧地（每人五十亩），大闹，把吕经捉了，关起来，向朝廷告状。朝廷召回吕经，贬谪为兵，派巡按御史曾铣去查办。曾铣毫不客气，捕了几十个乱兵领袖，斩首示众。（正军所带的“余丁”，是伙夫马弁之类，也是军籍人家抽调出来的。）
第五次，嘉靖三十九年二月，驻在南京的（募兵）振武营，因为到期领不到饷，春粮（不论有无子女一律每月八斗）全被取消，照例应有的每年二次以银五钱代粮一石，又被减为一次，大闹，杀了总督粮储的侍郎黄懋官。守备太监何绶允许犒赏他们十万两银子，另一侍郎李遂颁发免死券给他们，风潮才算结束。结束了以后，李遂捉了二十五名兵变的首领，报告朝廷，朝廷叫把这二十五人只杀三人，事实上所指定的三人于诏书到达之时已经死在牢里。