弘治年间的六部尚书，前后共有二十五人：
户部：李敏、叶淇、周经、佀锺、秦纮、韩文。
礼部：周洪谟、耿裕、倪岳、徐琼、傅瀚、张癉。
兵部：余子俊、马文升、刘大夏。
工部：贾俊、刘璋、徐贯、曾鉴。
在这二十五人里面，除了屠滽、徐琼、白昂、徐贯以外，其余的二十一人皆在《明史》有传。其中比较差劲的，惟有周洪谟而已。周是宪宗遗留下来的礼部尚书，到了弘治元年十月便退休了。
建树最多，是王恕、李敏、马文升、刘大夏、何乔新、贾俊、曾鉴。
王恕是陕西三原人，正统十三年进士，历官大理寺左评事、左寺副、扬州知府、江西右布政使、河南左布政使，以右副都御史巡抚南阳荆襄，巡抚河南，升左副都御史，内调为刑部右侍郎，外调以本官总督河道，转任南京户部左侍郎，又以右都御史巡抚云南，改任南京都察院“掌院”（右都御史），改任南京兵部尚书，改任右副都御史巡抚南畿，于成化二十年复任南京兵部尚书，在成化二十三年十一月被孝宗召回京师，任为吏部尚书。次月，加官太子少保。
他在巡抚南阳荆襄之时，帮助了白圭打平“大盗刘通”；在总督河道之时，疏浚了高邮湖与邵伯湖，修理了雷公塘、陈公塘与勾城塘的水闸；巡抚云南之时，对镇守中官钱能一点也不客气，一连参了钱能很多次，“直声动天下”；在巡抚南畿（南直隶，江苏安徽两省）之时，以常州的羡米（积余的税粮）六万石代补当地人民所缴的夏税的不足之数，又用其他各府的盐钞积余之数，“补”了六百万贯（？）。南畿有些地区这时候有水灾，他奏准宪宗，豁免了秋粮六十万石。宦官王敬，带了一个妖人王臣，到南畿来采买“药物珍玩”，又叫苏州的秀才抄写妖书（炼丹术之类），并且诬控了常州知府孙仁，把孙仁抓下牢里。王恕上疏救孙仁，告王敬、王臣。结果王敬坐了牢，王臣被斩首，孙仁被释放。
他回任南京兵部尚书以后，又上疏救林俊。林俊是刑部员外郎，因反对妖僧继晓而下狱。王恕在疏中向宪宗说：“天地止一坛，祖宗止一庙，而佛至千余寺，一寺立而移民居且数百家，费内帑且数十万。此舛也。俊言当，不宜罪。”结果林俊被打了若干棍，从轻发落。全国人心大快，流行了一句话：“两京十二部，惟有一王恕。”
王恕在孝宗朝中担任吏部尚书，从成化二十三年十二月到弘治六年五月。他悉心整饬吏治，在弘治六年一举而罢黜了全国大小官僚两千人左右。当时的大学士之一邱濬，颇不以为然，选了其中的九十人，请孝宗特旨保留。理由是，这九十人“非贪暴有显迹者”。孝宗准了邱濬的奏。王恕因此而一再辞职，孝宗准他退休。继任的耿裕、屠滽、马文升，均能遵守成规。
户部尚书李敏，是河南襄城人，进士出身，历官御史、巡抚、漕运总督。他在成化二十三年至弘治四年的户部任内，也做了不少事。其中最重要的一件，是把北方的北畿（河北）、山西、陕西，这三省的夏秋两税，以银折粮，按照每石一两计算。山东、河南二省的输边之饷，亦已在他巡抚大同之时，实行了这个以银折粮的办法，省掉了公家的浮费，免除了运卒的劳苦。此外，他又请准了孝宗，把充公的罪人庄田，招老百姓承租，每亩收租银三分。他颇想把当时所有的在北畿的皇庄（皇家的庄田）一万二千八百顷，与勋戚及宦官的官庄三万三千一百多顷，一概革除皇庄的名目，斥逐鱼肉农民的“庄头”（管庄），改为官田，招老百姓承租，每亩收租银三分；官庄由政府代收租银，转交田主。这一个建议，孝宗由于缺乏魄力，未肯接受。
继任的户部尚书叶淇，是山阳（淮安）人，干到弘治九年，改变了“盐商开中”的办法，准许盐商用银子交到京师的太仓库，代替米粮。这件事，利害参半。所谓“盐课”是增加了，但是边军所需要的粮食却受影响。本来，在明朝初年，边军有所谓“军屯”供应粮食，此时的军屯业已腐化。叶淇以后的户部尚书，周经、佀锺、秦纮，均想有所作为，可惜都斗不过外戚宦官的恶势力，整顿不了明朝的财政。外戚，是孝宗皇后的两个弟弟张鹤龄与张延龄；宦官，以李广为最坏。孝宗对张皇后专爱，连带地也姑息了鹤龄、延龄，准他们滥请“官地”与民地为庄田，准他们擅请长芦场的盐引（运盐的执照）十七万引之多，每引只出价银五分，以致后来的“奸商”纷纷援例，请去了两淮的所谓“旧引”一百六十万引之多。这是孝宗一生，最令人惋惜的美中不足之处。两浙的盐引，孝宗也准许管织造的宦官，每年拨走五千引。李广在盐的方面所获得收入，传说有一万万两以上。他常常矫旨发表“传奉官”，接受文武百官的馈赠，使得孝宗的政府几乎重蹈宪宗的覆辙。孝宗以为他深通画符念咒与风水之术，听他的话，造毓秀亭在宫城内的万岁山，却死了最小的一位公主；不久，太皇太后周氏所住的清宁宫又失了火，太皇太后大怒，说：“今日李广，明日李广，果然出事！”李广畏罪自杀，孝宗却颇想替他立一个祠堂，赐匾。大学士刘健竭力反对，才作为罢论。但是，孝宗仍隆重地祭了李广一番。
礼部的尚书，从弘治元年十月开始，到正德二年闰正月，先后为耿裕、倪岳、徐琼、傅瀚、张癉。耿裕为人方正，劝孝宗驱逐番僧，孝宗虽则未能完全接受他的意见，却也只准一百八十二人留下，把成千的番僧逐走。倪岳于继任礼部尚书以前，先作了若干年礼部右侍郎与左侍郎，对明朝的制度典章十分熟悉。当了尚书以后，他奏准孝宗规定王府建筑的格式，不许僭越，略为纠正了当时朝野的奢侈之风。礼部奏陈“灾异”一向是每年一度的例行公事，倪岳把这些灾异按月按日排列，博引经史，让孝宗知道警惕。徐琼，不是一个正人，全靠与张皇后有亲戚关系，而获得了尚书的位置。傅瀚很好，但在任不到两年，于弘治十五年死在任上。张癉是成化五年的状元，他位卑职小，仅为詹事府庶子之时，便敢于上疏直指大学士刘吉之奸。当了礼部尚书以后，勇气不减当年，终于在孝宗死后斗不过刘瑾，在正德二年告老回家。
兵部的三位尚书，余子俊、马文升、刘大夏，最了不起。关于余马二人，笔者已经写了专节介绍。余在弘治二年二月病故，马文升在兵部主持了十二年又八个月，到弘治四年十月转任吏部。刘大夏作到正德元年五月，退休。
马文升才兼文武，历任封疆，对当时兵政的症结，了然于胸中，颇想大有作为，虽由于明朝积弊已深，不能一一照他的理想去做，却也保住了边界，整饬了军队。达延汗对他无可奈何，吐鲁番侵略哈密，被他派遣许进、彭清等人申讨，予以膺惩。他对于培养民力，十分关心，劝孝宗节用薄税。
刘大夏也是出身进士，他在兵部先当小官，由职方主事（管地图等项工作的科员）做到郎中（司长），被余子俊倚为左右手。其后，由于一时气愤，打了宦官阿九，被宪宗关下诏狱，几乎送命，为另一位（好的）宦官戴怀恩所救，罚打二十棍了事。再其后，历官福建参政，广东布政使，于弘治六年以右副都御史的官职，到河南治河。那时候，黄河在张秋镇决口。他先疏浚了贾鲁河，孙家渡与四府营的上流，分掉水势，然后又在胙城至徐州之间，造了三百六十里长的河堤。在明朝的历史之中，他是治河最成功的一人。孝宗升他为左副都御史，转户部左侍郎，又兼左佥都御史，到宣府整理兵饷。最后，于升任兵部尚书以前，被任命为“右都御史，总制两广军务”。
刘大夏在兵部尚书任内，颇想痛施一番改革。他坦白地告诉孝宗，天下已经民穷财尽。孝宗大为惊讶，问他说：“祖宗以来征敛有常，何今日至此？”他回答：“正谓不尽有常耳。如广西岁取铎木，广东岁取香药，费固以万计，他可知矣。”孝宗又问他军人的情形。他说：“穷与民等。”孝宗说：“居有月粮，出有行粮，何故穷？”他回答：“其帅侵克过半，安得不穷。”
于是，孝宗下旨严禁军帅的侵克。
以前汪直所赖以跋扈的御马监，养着四个卫的“勇士”。这四卫的“虚额”最多，刘大夏便从这四卫下手，同时也请孝宗停办了不少的“织造”与“斋醮”。他向孝宗上疏痛陈“兵政十害”，把漕军、番上（轮流入京侍卫的兵）、边军，各方面的积弊一一报告。孝宗接受了他的很多建议。不过，凡是牵涉到权贵与近幸的，大都“留中”（搁在宫中，没有批示下来）。
他主张把布在各地的“镇守中官”，一律撤召回京。孝宗不肯。武宗即位以后，他参劾最贪残的几个镇守中官（在江西的董让，在苏州的刘琅，在陕西的刘云，在山东的朱云），碰了武宗的大钉子，告老退休。
刑部的尚书是何乔新、彭韶、白昂、闵皀。何乔新是一个正人，不见容于刘吉，被刘吉的党羽御史邹鲁诬告受贿，而孝宗竟然准他辞职。这是孝宗糊涂的地方。彭韶也是一个正人，也是被刘吉挤走的。白昂在《明史》之中无传。闵皀敢于向孝宗犯颜直谏，执法不阿不苛，倒始终获得孝宗的优容，到了武宗正德二年才致仕还乡。
工部的尚书是贾俊、刘璋、徐贯、曾鉴。贾俊很知道节用，也敢于反对当时动辄调用京军作工的陋例。他认为政府的大工程，应以修造仓库与城池为限。诸王的府第与坟墓，应由诸王就自己的收入担负费用的一半。过去，全部是由政府担负。刘璋继任，对贾俊颇能萧规曹随。徐贯在《明史》中无传。曾鉴的作风，与贾俊、刘璋相仿，也是一个替国家省钱的人。宫内的针工局，要招收“幼匠”一千名，他竭力反对，向孝宗说：尚衣监、军器局、司设监，都已经收了一千名匠人，兵仗局而且收了二千名，现在针工局又来援例，这样下去，“其流无已！”孝宗因此而只准针工局招收五百名。（其实，五百名依然太多。）孝宗在弘治十六年一度召还所有的“织造中官”，不久却又听了邓镕的话，恢复这些中官的织造使命。曾鉴拼命反对，孝宗才勉强减少了织造的名额三分之一。