成祖在内政方面所做的几件大事：一是迁都北京，二是令阁臣参预机务，三是贵州设省。
迁都北京，在永乐元年便已有所决定。北平被指定为“北京”，改称“顺天府”，与京师（南京）的应天府平等看待，又设了“行后军都督府”、“行部”，与“北京国子监”。所谓“行后军都督府”，便是“后军都督府”的“行署”，实际上是一个“分署”。“行部”不是某一部的行署，而是六个部合起来的行署，有两个尚书，四个侍郎，合管六部之事。至于“北京国子监”，那倒简单，等于添设一个国立大学。
北京的新宫殿，于永乐五年（1407年）五月开始建造，到了永乐十八年年底才完工。从永乐十九年起，北京改称为京师，而原来的京师改称为南京。所有的中央衙门，在原则上都搬到“京师”去。所谓“行后军都督府”与“行部”当然取消。南京却留下了不少的骈枝机关，有所谓“南京宗人府”、“南京都察院”、“南京五军都督府”、“南京吏部”、“南京户部”等等，至于“南京国子监”更是不在话下了。
事实上，南京的官，有实权的极少。南京国子监是一个例外，监内的祭酒、司业、监丞等等，与京师（北京）国子监各官，完全一样。南京的六部尚书之中，只有一个兵部尚书是重要的，这是因为从明宣宗宣德八年开始，“南京兵部尚书”六个字的头衔之下，加了“参赞机务”四个字，有“操练军马，抚恤人民，禁戢盗贼，振举庶务”之权。
南京在成祖以后的明朝历史上，是所谓“留都”。留都有规模略备的中央政府，在天下无事之时可以安置年高德劭的闲员，一旦京师（北京）发生问题，也可以作为应变的依据。崇祯十七年四月，京师失守，史可法以“南京兵部尚书，参赞机务”的地位，号召各方，把福王朱由崧立为皇帝。（可惜福王不是一块好料，否则明朝的半壁江山，未必不能保持。）
成祖迁都北京，最大的作用在于面对北元的威胁，不肯示弱。
但是他不该抛弃大宁故地，铸成大错。他把滦河与辽河之间广大地区，白白地送给了所谓“兀良哈”设立三个“羁縻卫”，西为朵颜，中为泰宁，东为福余（扶余）。这三个羁縻卫，并不接受明朝的羁縻，反而常替明朝的敌人带路，打先锋，使得作为明朝首都的北京，处境十分危险。