洪武三十一年（1398年）闰五月辛卯日，太孙朱允炆即位，大赦天下，葬朱元璋，谥元璋为“高皇帝”，庙号“太祖”，以明年为“建文”元年。
朱允炆当皇帝，当到建文四年六月乙丑日南京城破，不知所终；其后，直到清兵入关，既未受谥，亦未立庙。为了方便起见，我们称他为“建文帝”。（清朝的乾隆皇帝送了他一个谥，“恭闵惠皇帝”。）
建文帝生长于宫廷之中，虽则也读了一些古书，却食古不化。即位之时，年纪才有二十一岁，对当时的国家情势茫然无知，一味听信自己的老师太常寺卿黄子澄，蛮干。
黄子澄不是坏人，而是愚人。汉朝有过一次“七国之乱”，黄子澄以为明朝必然会有一次“七国之乱”，幸有中央朝廷能思患预防，先行下手。他保荐兵部侍郎齐泰，说齐泰是了不起的军事专家，于是建文帝任命齐泰为兵部尚书。实际上这齐泰所懂得的，只不过是将校的姓名与边塞地名而已。建文帝也任命黄子澄兼翰林学士，叫他与齐泰“同参军国事”。有了这“同参军国事”的头衔，齐黄二人便成了事实上的宰相。
这两位宰相花了一年工夫，把燕王朱棣逼反。
在这一年之间，从洪武三十一年六月到建文元年六月，他们废了周王朱櫹、齐王朱榑，代王朱桂，岷王朱楩，把他们囚禁，也使得湘王朱柏畏罪自杀。这五个王，可能都是罪有应得，然而建文帝操之过急，打草惊蛇。
燕王朱棣曾经南下奔丧，走到淮安不远，被朝廷派人挡驾。他的“三护卫”（三个作为护兵的卫，总共有一万五六千人），被朝廷抽去精锐，交给宋忠，调往开平（多伦）。北平左右两卫与永清左右两卫的兵，因与燕王有历史上统率关系，被分别调往彰德与顺德。朝廷派来的北平布政使张籨，北平都指挥使谢贵，负有刺探燕王阴事的使命。
燕王在起初，未必有造反的野心。他毫无地盘，所掌握的空间仅仅是一个宫城（元朝的故宫）。他的兵，只有三个护卫，而且不久便已抽去了精锐。他固然是朱元璋二十几个儿子之中惟一颇能打仗的人，对建文帝及其左右一向不十分看得起，又有和尚道衍与相士袁珙、卜者金忠等人不断地恭维他，说他有天子之相；不过，倘若建文帝与齐泰、黄子澄处理得当，让他安心作一个太平盛世的亲王，不去逼他，他也不至于甘冒天下之大不韪，孤注一掷。
燕王于周湘代齐岷五王相继获罪以后，装病装疯。朝廷这一方面，加紧对付他，把他部下的小军官于谅和周铎抓去杀了，又叫张籨、谢贵包围宫城，指名索取燕王府中的若干“官僚”（官吏与僚属）。
燕王叫人招聚八百名“勇士”，陆续在暗地里进入宫城，然后把黑名单上的官僚一一逮捕捆绑，骗张籨、谢贵在建文元年七月癸酉日进府点收。张谢二人中计，被杀，燕王解了官僚的捆绑，冲散了包围宫城的兵与驻守北平城九个城门的兵，上书建文帝，申讨“奸臣”齐泰、黄子澄，出兵收取通州、遵化、密云，打下蓟州，占领居庸关。
宋忠在开平（多伦）听到消息，带兵南下，走到居庸关，不敢交锋，退守怀来。燕王到怀来，找他打，将他打败杀死，收降他的部队，包括那些原属于燕府护卫的精锐。永平（卢龙）的守将郭亮，望风投降。
建文帝任命耿炳文作“征虏大将军”，率领三十万大军北上，在八月壬戌日以先到的十三万人与燕军大战于滹沱河北岸，战败，退守真定城（正定）。燕王攻了三天，攻它不下，撤兵而去。
耿炳文在当时，是硕果仅存的宿将，年已六十五岁。他少年时代，替朱元璋守（浙江）长兴，守了十年，和张士诚的兵对垒，大小数十战，战无不胜，其后参加北伐西征，屡克名城，积功受封为长兴侯。这一次虽则在滹沱河北岸战败，仍然守住了真定，保存了十万左右的兵力。
迂腐而慌张的黄子澄，请建文帝临阵换将，改派李文忠的儿子李景隆为征虏大将军，到真定替代耿炳文。李景隆虽则为将门之子，却是十足的纨绔子弟，哪里比得上耿炳文呢！
李景隆坐误戎机，浪费了不少时候去征调各地的兵，想凑足五十万，甚至六十万人。打仗的事，何尝是比人多？这一点，不是李景隆这样的人所能知道的。
燕王故意离开北平，到永平去抵敌从辽东来的吴高人，又到长城外边的大宁去找宁王朱权，引诱李景隆来围攻北平，然后在会州胁夺宁王的护卫，与朵颜三卫的胡骑，回到北平，突袭李景隆的围城之兵，城中的燕王世子朱高炽（未来的明仁宗）开城出击。于是，十一月辛未日，李景隆于内外夹击之下，溃不成军，守不住真定等城，一口气退到德州。
燕王利用机会，向建文帝请和。建文帝在表面上罢免了齐泰、黄子澄二人的官。
到了建文二年二月，李景隆又上了燕王一次大当。燕王故意到山西去攻大同，骗李景隆去救，李景隆去了，燕王撤了兵。李景隆的兵，多半是南方人，空跑了大同一趟，冻死的与冻伤的极多，剩下的也疲惫不堪。
四月，燕军与李军在涿州的白沟河交战，战了两天，李景隆又遭惨败，退到德州，守不住德州，丢掉了一百万石左右的军粮。再退，退到济南，燕军来围，幸亏有一位山东布政使司的参政铁铉，和一位耿炳文的旧部盛庸，替他死守济南，守了三个月，出城反击，使得燕王大败撤兵而去。
建文帝封盛庸为历城侯，升铁铉为“山东布政使，参赞军务”。不久，再升铁铉为兵部尚书，拜盛庸为“平燕将军”。又过了一些时候，十月间，召回李景隆，让盛庸有对付燕军的全权。
盛庸在十二月乙卯丙辰两日，大胜燕军于东昌（山东聊城），斩燕王的第一号勇将张玉。次年（建文三年）三月辛巳日，盛庸再战燕军于保定的夹河，大胜。燕王亲自以十几名骑兵断后，盛庸不敢杀他，原因是建文帝有旨，不许“使朕负杀叔父之名”。第二天，壬午日，又打，燕军在东北，盛军在西南，从辰时（上午八点）打到未时（下午两点），忽然起了东北风，飞沙扬土，盛军大败，退回德州。
两个月以后，叛将李远带了若干骑兵，冒充盛军，穿过山东，走到江苏沛县，烧去盛军在运河的粮船。七月间忠于朝廷的平安（姓平名安）率领一万名骑兵，由真定乘虚直捣北平，在距离北平五十里的平村，与燕将刘江交战，不幸失败，退回真定。大同的守将房昭，带兵进入紫荆关，屯扎在易州水西寨，也在九月间被燕王亲自攻破。辽东守将杨文，进入山海关，围攻永平，被刘江赶走。
直至此时为止，燕王虽则胜多败少，却还没有进兵京师（南京）的计划。他打下的城池，每每不留将士固守，只斤斤于保存北平、保定、永平几个大城。看样子，他只想作一个割据之雄而已。
偏偏有若干奉使在外的宦官，因招摇纳贿而被建文帝下旨叫各地的地方官逮捕，他们逃到北平，向燕王投降，把京师与南方各省的空虚情形向燕王报告，于是燕王便在建文四年大举南下。
明惠帝削藩 明惠帝（建文帝）朱允炆即位时，诸王都是其叔父，几位年纪较大的藩王又都是久经沙场、屡建奇功、握有重兵的战将，他们无视年轻懦弱的朱允炆。当惠帝得知燕王朱棣拥兵10万，在王府中私制兵器，偷印宝钞，招兵买马，搜罗异人术士，蓄谋夺取中央政权时，遂和齐泰、黄子澄计谋，决定先削废诸藩，剪除燕王的手足。不到一年的时间，先后削除了周、湘、齐、代、岷五个亲王的藩王爵位，将他们废为庶人。除湘王合室自焚外，其他四个或是幽禁，或是迁往边远地区。
燕王避实就虚，不攻盛庸所守的德州与铁铉所守的济南，而经由东阿、东平、汶上、兖州、沛县，直向徐州。
盛庸撤军，退守淮河。平安在燕王的后面追踪，于四月间追到（安徽）灵璧县西南的齐眉山，先胜后败，被掳。五月，燕兵渡淮，盛庸战败；六月，战于浦子口，又败。盛庸改守长江，都督佥事陈瑄带了江上的水军降燕，盛庸在高资港作最后一次的抵抗。
燕王在六月乙丑日，攻京师（南京）的金川门，李景隆与谷王朱逪开门迎降。燕兵入宫，建文帝放了火，逃走。他究竟逃去了什么地方，到今天仍是历史学上的一个悬案。
盛庸带了他的残部投降，燕王命他驻守淮安。次年永乐元年，都御史陈瑛弹劾他，说他“怨望，有异图”。他听到消息自杀。
平安于被掳以后，被安置在北平。燕王即了帝位以后，任命他为北平都指挥使；不久，升他为后军都督府都督佥事。永乐七年，成祖（燕王）于无意中说了一句“平安还活着吗？”这句话传到他的耳里，他羞愧之余，自杀。
铁铉参加了灵璧西南的齐眉山之战，也帮助了盛庸守淮河。燕王作了皇帝以后，抓了他来，劝他降，他不肯降，大骂，被杀。
李景隆被燕王授为“奉天辅运、推诚宣力武臣、特进，光禄大夫、左柱国”：增给岁禄一千石，连同承袭自李文忠的岁禄三千石，共为四千石。曹国公的爵位，也保住了。但是，到了永乐二年，便被朱能、蹇义、张信等人弹劾为“有逆谋”，夺爵，没收财产，连同妻子与弟弟李增枝禁锢起来。他一度绝食自杀，未死；到了永乐末年才得病而亡。
耿炳文于燕王入京以后，仍旧作他的长兴侯；到了永乐元年，都御史陈瑛与刑部尚书郑赐弹劾他，说他的“衣服器皿，有龙凤饰，玉带用红，”。他听到了消息，自杀。
另有值得一提的两个人，是徐达的儿子徐辉祖与徐增寿。徐辉祖是忠于建文帝的，于建文四年奉命北援山东，指挥了齐眉山战役，在燕兵渡江后，仍在江边抵抗。燕王入京以后，他被关在家里，于永乐五年病故。徐增寿是不忠于建文帝，而暗中勾结燕王的，于燕兵渡江之时被建文帝召至殿中，亲自动手砍死。
齐泰、黄子澄于燕王入京以后被捉，族诛。同时遭族诛的，有风骨嶙嶙的一代“读书种子”方孝孺。