蓝玉在洪武二十六年（1393年）二月初八被捕，初十被杀。
蓝玉是叶癉的亲戚。叶癉在二十五年八月因胡惟庸案的牵连而被杀。蓝玉对自己的哥哥蓝荣说：“前日靖宁侯〔叶癉〕为事（出了事），必是他招内有我名字。我这几时见‘上位’（皇上），好生疑我。我奏几件事，都不从。只怕早晚也容我不过。不如趁早下手，做一场！”（见洪武二十六年五月所颁布的《逆臣录》）
蓝荣的供词，证明两点：一、蓝玉确想造反；二、蓝玉之所以如此，由于害怕叶癉攀连了他。事实上，叶癉之被捕被杀，也是由于被一个“蒙镇抚”攀连的。据某卫指挥佥事田珍招供：“二十四年十一月，靖宁侯〔叶癉〕密与陈指挥说，‘有我旧识蒙镇抚为事（出了事）提下了，我怕他指着我的名字。我这一回好生忧虑’。在后，本官果为胡党的事，典刑了。”
由此看来，蓝玉之狱与胡惟庸之狱，颇有连带的关系。
蓝玉在人人自危的气氛之下，铤而走险，情有可原而罪无可逭。他计划在洪武二十六年二月十五日，朱元璋出城，躬耕籍田之时，大干一下。被他邀约入伙的，有景川侯曹震，鹤庆侯张翼，普定侯陈桓，舳舻侯朱寿，东莞伯何荣（何真的儿子），何荣的弟弟尚宝司丞何宏，都督黄恪，吏部尚书詹徽，户部侍郎傅友文（是否为傅友德的弟弟，待考），指挥庄成、孙让，府军前卫百户李成，与府军前卫的若干士卒。
詹徽的供辞是：在二月初二的一天，儿子詹绂回家说：“凉国公（蓝玉）教我传话：‘本朝文官，哪一个有始终？便是老太师（李善长），我亲家靖宁侯（叶癉），也罢了（也完了）。如今上位（皇上）病得重了，殿下年纪小。’天下军马都是他（蓝玉）掌着，教说与父亲讨分晓。”
詹绂口中的蓝玉的话，值得注意。第一，“本朝文官，哪一个有始终？”显然，蓝玉在怀疑，或十分相信，刘基之被胡惟庸毒死，是朱元璋所授意；宋濂之被流放而死，宋慎之被斩，死非其罪；汪广洋之被斩，即使是因为否认有胡惟庸毒死刘基之事与隐瞒了朱文正的种种不法行为，也确是小罪大罚；甚至，胡惟庸之被杀，在蓝玉看来，也是天大的冤枉。
第二，“如今上位（皇上）病得重了，殿下年纪小”。朱元璋这时候（洪武二十六年）年纪已有六十六岁，太子标于去年先他而死，留下的太孙（其后的建文帝）这年只有十七岁。朱元璋是否有病，生在当时的蓝玉该比今天的我们更清楚。这个病的病源，可能正如朱元璋的“遗诏”中所说，是“忧危积心”。
自从胡惟庸的案子一而再、再而三地扩大了以后，明朝不仅是当臣当民的人人自危，当皇帝的也是感觉到“人人皆敌”，惴惴然不知道自己能活几天，死在谁的手中。洪武十三年以前上下一心，共创新局面的风气，消失得无影无踪。当大臣的是“伴君如伴虎”，当小臣与老百姓的是“虎口余生”，朱元璋自己是虎了，却也未尝不是厕身于极多的其他老虎之中，“骑虎难下”，以虎骑虎。他竟然保住了自己的性命与江山，还算是他能干，至于因此而博得了“雄猜”、“滥杀”、“刻薄寡恩”、“可与共患难而不可与共富贵”等等，千古的恶名，他也只好认了。
洪武十三年以前的他，并未如此。而且，即使在洪武十三年，胡案既已发生以后，他也不曾杀与案子直接有关的以外的人。
洪武十五年八月，马皇后去世。马皇后之死，对他是情感上与事业上的一大打击。从此，他缺乏了一个可以无话不谈，而且够资格对他婉转劝谏的人。马皇后不仅在当年是他的红颜知己，而且一生信佛，慈悲为怀，惟恐朱元璋待部下不够宽厚。（有一件小事，最足以说明马皇后的心好。她视察了国子监，便建议不仅学生们应该有公费，他们的家眷也应该由政府予以赡养。）
马皇后既死，朱元璋之所以决意不再立后，不是没有原因。
偏偏，恼人的胡案真相，接二连三地暴露于朱元璋之前。洪武十八年，李存义父子的事暴露了；洪武十九年，林贤的事暴露了；洪武二十三年，封绩的事也暴露了。于是，牵连到李善长，牵连到陆仲亨。这两人，和朱元璋的关系极深，一个是知道有人造反而不报告，一个是甘心入伙，忘恩负义，均使得朱元璋极为讶异、伤心。
朱元璋在《庚午诏书》里说：“呜呼善长！当群雄鼎沸之时，挈家草莽，奔走顾命之不暇，虽欲往而无方（想找个地方去，而没有地方可去）。及朕所在，善长挈家诣军门，俯伏于前，其词曰：‘有天有日矣’。朕与语，见有其敏。时善长年四十一，朕年二十七（依照《明史》，似乎是善长年四十，朱元璋年二十六）。语言相契，朕复虑其反，与之誓词。（渠）本人能谨固自守，相从至于成帝业。”朱元璋又说：“吉安侯（陆仲亨）自十七岁被乱兵所掠，衣食不给，潜于草莽，父母兄弟俱无，手持帕一幅裹窖藏臭麦仅一升。朕曰，‘来！从行乎？’曰，‘从！’自从至今，三十九年。前二十一年无事。自洪武六年至二十三年，反已十八年，非家奴所觉，朕略无所知！”
倘若这时候马皇后未死，她可能向朱元璋说：“家奴的话，未必可靠。胡惟庸的事，早就过去了，既往不咎。像陆仲亨这样的人，以后不必重用就是。”
朱元璋已经没有马皇后在身边，给他消愁，解闷，平气。那些三宫六院的妃子，懂得什么？无从谈起，无话可谈。朱元璋于是凭着一时的失望、愤恨、恐惧，大开杀戒，杀到洪武二十五年八月，因一个区区的蒙镇抚而把刀锋移向靖宁侯叶癉，因叶癉之死而激反了勋劳不在徐达之下的蓝玉。倘若不是锦衣卫消息灵通，只消再过七天，朱元璋自己准死无疑，大明江山也就结束。
在朱元璋手下，荣拜为大将军的，前后仅有徐达、冯胜、蓝玉三个人。冯胜只是在洪武二十年讨伐纳哈出之时，当征虏大将军当了不到一年，因“多匿良马；使阍者行酒于纳哈出之妻，求大珠异宝；〔某〕王子死二日，强娶其女”等等罪名，被收回大将军之印。蓝玉呢，于洪武二十年九月，在军中继冯胜为征虏大将军，移师西向，于次年四月袭破北元朝廷于捕鱼儿海，八月班师缴印，十二月受封为凉国公，次年，二十一年，奉命讨平湖北的施南与忠建两个宣抚司，贵州的都匀安抚司。二十二年，因追剿入寇的祁者孙，而平定西番所占的罕东（敦煌）一带地方，又转军南向，生擒建昌（西昌）的叛酋月鲁帖木儿。这两年出征，他的名义可能仍是大将军。
从建昌回来，朱元璋发表他为“太子太傅”，作为皇太孙的辅佐。同时候，冯胜被发表为“太子太师”。蓝玉在私下对人说：“我不该为太师么？”他在建昌的时候，曾经写奏章向朱元璋建议，点集当地的老百姓为兵，就近打平“朵甘百夷”（青海的黄河源一带），没有被接受。回来以后，贡献几项别的意见，也都碰了钉子。因此，自己感觉到失宠，以为是朱元璋怀疑他。叶癉被捕以后，他就更加害怕，怕叶癉在受刑拷问之时，攀进他的名字，这就下了决心，先发制人。
他的计划很厉害，而且有足够实施这个计划的力量。府军前卫百户李成，在供词里说：“二月初一日，凉国公（蓝玉）对〔我〕说：‘二月十五日，上位（皇上）出正阳门外劝农〔的〕时〔候〕，是一个好机会。我计算你一卫里有五千在上（以上）人马。我和景川侯（曹震）两家收拾伴当（帮闲）家人，有二三百贴身好汉。早晚又有几个头目来，将带些伴当，都是能厮杀的人，也有二三百。都通（合起来）这些人马尽勾（够）用了。你众官人好生在意，休要走透了消息。定在这一日下手。’”
这消息终于走漏。走漏的原因，可能正是因为同伙的人太多。
告密的人，是锦衣卫的陆瓛。此人不曾入伙，也不可能被邀，而是从“眼线”之流的人物得到这“内幕新闻”。
于是，蓝玉在二月初八日上朝之时被捕，初九日移付锦衣卫，初十日被杀。曹震等人陆续被捕被杀，他们的家属连带遭殃。
奇怪的是，府军前卫的几千官兵，倒不曾“玉石俱焚”，一网打尽。到了七月间，他们之中的“有罪者”才被流放甘州，划入“左护卫”，成为肃王朱的扈从，其后朱元璋觉得不妥，又把他们移到宁夏，成立一个新的卫。
其他的人，一概未能幸免，而且株连到“番僧、内监（宦官）、豪民、贱隶”，共有一万五千人左右。比起胡案所株连的，却也总算是少了一半。叶癉是胡案与蓝案的桥梁，因此他的大名，既列在胡党，也列在蓝党。