五寺不是五个寺庙，而是五个衙门。哪五寺呢？大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。
在这五寺之中，大理寺最重要。它是清末民初“大理院”，亦即我们今日“最高法院”的前身，但在实际上甚不相同，也不相同于唐宋两代的大理寺。唐宋两代的大理寺管“覆判”，而并不自行提犯问案。清末民初的大理院与我们今日的最高法院，所管的是最后一次上诉，也并不提讯原告被告，只是审阅案卷，加以裁决而已。
明朝的大理寺，与刑部及都察院合称为“三法司”（三个执法的衙门）。刑部在理论上是全国最高的上诉机关，同时也管辖京师与直隶的中级上诉及重要的刑事案件。（那时候，上诉的被告连同原告，均好比是已经判了罪的囚徒一样，必须对簿公堂，而且有受“刑求”的可能。）然而刑部与都察院对于所审理的一切案件，皆不能独作判决，必须把案卷和“囚徒”移送到大理寺去“详谳”。大理寺有权“照驳”、“参驳”，并且可以调别的衙门的官来换审（“番异”），甚至在交给“九卿会讯”（“圆审”）以后，仍可“追驳”。就这一方面而论，大理寺确能制衡刑部与都察院。它对于五军都督府内的断事官（军法官），也有同样的制衡权。
大理寺的首长，称为大理寺卿，官阶是正三品。他是所谓“九卿”之一，也的确是秦汉的九卿之中“廷尉”的后继者。
其余四个寺的卿（太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、鸿胪寺卿），官阶分别为正三品、从三品、正四品，都没有大理寺重要。太常寺卿管祭祀，太仆寺卿管马，光禄寺卿管宴享，鸿胪寺卿管外宾。其中太常寺卿与光禄寺卿，均须在礼部的指挥之下办理本身应办的事。太仆寺卿在事实上等于是兵部的属官。鸿胪寺卿堪比于今天的外交部礼宾司司长。
五个寺的卿以外，有管理玉玺的使用的尚宝司的长官，也称做卿，官阶是正五品。加起来一共只有六卿，并没有“九卿”。宗人府的左右宗正，地位崇高，官阶是正一品，列于太师太傅太保之上（这“三公”也都是正一品，但非专任，而是加衔）。秦汉时代的宗正，是九卿之一，位列第四。其他的八个卿，是①奉常（太常）、②郎中令（光禄勋）、③卫尉、④太仆、⑤廷尉、⑥典客（大鸿胪）、⑦治粟内史（大司农）、⑧少府。
在明朝，卫尉被京卫指挥使与五城兵马指挥等官所代替。治粟内史与少府的职权也移到了户部等衙门。