在明朝，洪武十三年（1380年）以前，兵部只不过是中书省的一个“部”，上边还有中书省的左右丞相、平章政事、参知政事等等的官。洪武十三年，左右丞相被取消，平章参政等等也被取消，中书省的名义也被取消，兵部便和其他五个部，直接在皇帝的管辖之下。
其他五个部，是吏部、户部、礼部、刑部、工部。加上〔位列第四的〕兵部，统称“六部”。
六部渊源于秦汉，成形于魏晋，壮大于唐，叠床架屋于宋，大权上移于元。最先，在秦始皇的时候，有“少府”衙门的四个“尚书”（高等书记），在“殿中”“发书”。其后，汉武帝派一个宦官（太监）充任所谓“中书谒者令”，作为这四个尚书的小长官，也无非仍旧是叫他们五人办办文书，跑跑腿而已。文书越办越多，腿越跑越远，中书谒者令和尚书们，也就日益重要，重要到武帝在晚年不得不叫自己最亲信的臣子霍光，以崇高的“大司马大将军”名义，来“录尚书事”。（霍光的异母兄霍去病，是武帝卫皇后的姨侄。）从此，直至东汉之末，谁兼了这“录尚书事”的差事，谁便是事实上的宰相，而所谓丞相或司徒，倘若在官衔上缺少这四个字尾巴的话，便成了徒拥空名。
不屑挂上这个尾巴的，仅有董卓一人。曹操在建安元年，迎汉献帝于洛阳，迁都许昌以后，也未能免俗。他是“镇东将军，领司隶校尉，录尚书事”。其后，当了“司空，行车骑将军”，又在建安十三年改任丞相，可能仍旧挂上这“录尚书事”的尾巴（但是史书上缺乏明文）。
东汉从光武帝的时候起，便设了“尚书令”。这是一个“事务官”，比不上“录尚书事”，但是在地位上高过了原来的“中书谒者令”与汉成帝所改称的“中谒者令”，也不再像起自武帝迄于元帝之时由宦官来充任。尚书令下面，有一个仆射，六个尚书，三十六个侍郎，十八个令史，简直是一个庞大的行政机关的主官了。
武帝的四个尚书，分掌四个曹（科）：常侍曹（处理关于京中大官的文书）、二千石曹（处理关于地方大官的文书）、民曹（处理关于小官与老百姓的文书）、客曹（处理关于外国人的事）。
光武帝以后的六个尚书，分掌六个曹：把常侍曹改为“吏部曹”，主管选举与祠祀；叫二千石曹主管辞讼；叫民曹主管公共工程；客曹仍旧；增设“三公曹”，主管考绩；增设“中都官曹”，主管“水火盗贼”。
曹丕篡汉以后，增加一个仆射，减六曹为五曹：吏部曹、左民曹（公共工程）、客曹、五兵曹、度支曹。司马炎篡魏以后，把左民曹与五兵曹取消，改设三公、驾部、屯田，三个曹，于是又有了六个曹。
魏晋两朝的尚书令及其属员，由附庸蔚为大国，自成一省。省字的原意是“厢房”，皇宫大殿两旁的厢房。
与尚书省比起来，其他三个省要小得多。这三个小省，是中书省、门下省、秘书省。中书省的来源，不是汉武帝的“中书谒者令”，而是由于曹操当魏王之时用了两个人当“秘书郎”。这两个人，刘放、孙资，在曹丕当了皇帝以后被升官为所谓“中书监”与“中书令”，以便留在身边，“办办文书”，但毋庸“跑跑腿”。“跑跑腿”的工作，交给门下省的侍中，给事中黄门侍郎，散骑常侍，通直散骑常侍等等。至于秘书省，所作的却不是文书方面的事，而是保管宫内所秘藏的书籍！
南北朝时期的南朝与北朝的中央官制，就尚书省及其他三省而论和魏晋在大体上出入很少。
隋唐也是如此。唐把尚书省的六曹扩大为六部，称为吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。又在左右仆射之下，新设左右丞各一人，每一丞管辖三个部，左右丞的下面，又有左右司郎中各一人，左右司员外郎各一人。尚书令的一职，因为唐太宗在未为皇帝之时，于唐高祖之朝担任过，所以唐高宗在龙朔二年把它废了。虽则唐玄宗恢复了它，却直至唐朝结束为止，始终是阙而不补。
唐朝的六部，比以前的六曹，充实得多。每部除了一个尚书，两个侍郎以外，有若干名郎中，员外郎，主事，令史，书令史，“掌故”与或设或不设的“亭长”，计史。郎中之中，有四名各主管一个司。六部一共有二十四个司：
吏部——吏部司、司封司、司勋司、考功司。
户部——户部司、度支司、金部司、仓部司。
礼部——礼部司、祠部司、膳部司、主客司。
兵部——兵部司、职方司、驾部司、库部司。
刑部——刑部司、都官司、比部司、司门司。
工部——工部司、屯田司、虞部司、水部司。
宋朝开国于晚唐藩镇及五代纷扰以后，而太祖赵匡胤，太宗赵光义及他们的辅佐赵普之流，又无甚学识，以致规模庞杂，名实颠倒，于六部以外有了不少的骈枝机关，事实上使得六部有如虚设。最高的官，文的叫做“平章政事”，武的叫做枢密使。“平章政事”四个字，渊源于唐朝的“尚书仆射同中书门下平章事”。在唐朝，这是“真宰相”，集尚书、中书、门下三个省的大权于一身。在宋朝，“同平章事”的不一定是尚书省的尚书令或仆射，中等官如开封尹，也可以挂上这个尾巴而变成了“真宰相”，然而并无实权。枢密使和其下的副使，参知枢密院事，也都可以挂上这个尾巴，也照样毫无实权。
单就六部而论，宋朝的尚书侍郎管不了各人本部的事。管事的常是加了“判某部事”四个字头衔的或大或小的部外的官。实际上，这些“判某部事”也判不了多少事。因为，各部的职权早已被其他的机关分割了去。例如，吏部的考选官吏与黜陟官吏之权，旁落于“审官院”，也上移于中书省（政事堂）及枢密院。户部的收支之权，旁落于所谓“三司使”（盐铁使、度支使、户部使）。兵部，由于有了枢密院，成为赘瘤。其他三部，礼部刑部工部，也没有一个是完整的。
雄峙于宋朝之北的辽朝、金朝，在政治组织上比宋朝简单。金朝尤其好，做到了“职有定位，员有常数”。金主亮把沿袭自唐辽的三省，废掉中书门下二省，只留下一个尚书省，也把左右仆射的名称改为左右丞相，在丞相下面设专任的“平章政事”（不再用“同中书门下平章事”一个长尾巴作为所谓真宰相的标记），在平章政事下面设左丞右丞，作为事实上的“执政”，再下面设六部尚书侍郎各一人。六部各干各事，没有骈枝机关加以牵制。
元世祖改称尚书省为中书省，以“中书令”为只有太子才能兼领的“加官”，改左右丞相为右左丞相，左右丞为右左丞（不尚左而尚右）。其余，丞上面的平章政事，丞下面的参知政事（简称“参政”）一律仍旧。
但是，他把六部的尚书侍郎增加了。至元二十三年，规定每部有两个尚书，两个侍郎。至元二十八年，又规定每部尚书由二人增加为三人。这样，每一部的里面均形成多头政治，大大地减低了办事的效率。元朝六部的附属机关也特别多。部内部外的冗官冗吏，数不胜数。比起金朝来，元朝在种种方面都差得远。
朱元璋在“吴元年”（洪武元年的前一年）以“吴王”的资格建立吴国的中央政府，在大体上沿袭元朝的规模，有相当庞大的中书省。中书省虽不设中书令，却有左右相国（尚左）、平章政事、左右丞、参知政事、左右司郎中、员外郎、都事、检校、照磨、管勾、参议、参军、断事官、考功郎等等。洪武元年称帝，改国号为大明，改左右相国为左右丞相，在中书省设立吏户礼兵刑工六部，每部设尚书侍郎各一人，属官若干人。
朱元璋在洪武六年，感觉六部的工作很繁，在每部添设尚书侍郎各一。两年以后，又在户部的五个科，刑工两部每部的四个科，各设尚书一人，侍郎一人。于是，户部有了七个尚书七个侍郎；刑工两部也各有六个尚书，六个侍郎。加上其他三部的尚书侍郎，中书省一共有了二十七个尚书，二十七个侍郎，未免太多。
洪武十三年，朱元璋因左丞相胡惟庸谋反，一怒而永久废除丞相制度。他取消中书省，裁掉省内的所有官员，只留下十名“中书舍人”（中书舍人是洪武七年设置的，原称“直省舍人”）。六部被保留，也不得不保留。朱元璋藉此机会，把六部的机构简化，把六部的地位提高。
每一部，从此只设一个尚书，两个侍郎，称为左右侍郎。原有的各科尚书，一律降为郎中。各部尚书的官阶，由正三品升为正二品；侍郎也由正四品升为正三品。原则上，六个尚书均直接秉承皇帝，办理各人本部的职务。于是，朱元璋成为中国历史上空前的最有权力的君主。
在六个部之中，吏部最重要。它主管全国文官的升迁调转，甚至有力量保荐其他各部的尚书。
就人员而论，户部最大。一开始，它就有五个科。洪武十三年，五个科改为四个“属部”。洪武二十三年，四个属部分为十二个属部。洪武二十九年，属部改称为“清吏司”。明成祖在永乐十八年，减掉一个司，增加三个司。明宣宗在宣德十年再减掉一个司。于是，直至明朝末年为止，户部共有十三个清吏司，每一个司主管中央对某省的收支，以及某省对中央的报销。军队的俸禄粮饷，也归这些司主管。各省的承宣布政使，虽则是任免属于吏部，在业务上则与户部的关系最密切，等于是户部的属员。
礼部，自古以来，都是冷衙门，然而它主管国家的吉凶大典，主管教育与考试，主管招待外宾，宴劳功臣文士，也不能算不重要。
兵部，在上节已经有了交代。
刑部，主管“天下刑名”，也有十三个清吏司，“如户部之制”，“各掌其分省及兼领所分京府直隶之刑名”。它们和各省的提刑按察使有经常的接触。主要的业务是覆勘、录囚、决囚。
工部，主管公共工程，包括宫殿、陵寝、城郭、祠庙、仓库、车船、钱币、兵器、颜料、窑器等等，兼管水利。工部业务虽繁。地位却是六部之中最末的一个。