洪武年间，各省既无巡抚，亦无总督，最高的军事负责人是“都指挥使”。都指挥使的衙门及其辖区，均称为“都指挥使司”。这都指挥使司与承宣布政使司、提刑按察使司，并称为“三司”，分别主管一省的军政、民政与监察。
都指挥使的辖区，与布政使的辖区并不吻合。例如，在洪武八年，十三个都指挥使司之中，有一个辽东都指挥使司，而当时并无“辽东省”。洪武十四年，增设贵州与云南都指挥使司与一个所谓“中都（开封）留守司”。洪武二十年，再添一个“大宁（热河平泉）都指挥使司”。加起来，一共是十七个。
在这十七个都指挥使司之中，浙江、辽东、山东，属于左军都督府；云南、贵州、四川、陕西、广西，属于右军都督府；中都、河南，属于中军都督府；湖广、福建、江西、广东，属于前军都督府；北平、山西、大宁，属于后军都督府。
此外，又有三个“行”都指挥使司，地位略低，一在福建，管建宁、延平、邵武、汀州、将乐；一在山西，管大同、蔚州、朔州；一在陕西，管今日甘肃的武威、张掖、酒泉，以及青海的西宁一带。
明成祖迁都北京，把北京都指挥使司取消，部队改为“亲军”。明成祖也把大宁都指挥使司移到保定，在事实上把热河东边的领土放弃。
明宣宗添设了一个“万全都指挥使司”，管辖后来的察哈尔南部与绥远的兴和等地。
明世宗添设了一个“兴都留守司”，以承天卫（今日湖北的安陆）为中心。此外，又有两个新的“行”都指挥使司，一在四川，管今日的西昌一带；一在湖广，管今日的湖北省的西部与西北部。
都指挥使，勉强可比对日抗战期间的“军管区司令”与“保安司令”。在他的下面，有若干“卫”及若干直属的“所”。每一个卫，通常有五千六百名世袭的兵与军官。卫下面有五个千户所。每一个千户所，包含十个百户所。每一个百户所，包含两个“总旗”。每一个总旗，包含五个“小旗”。
“都指挥使”的地位，不是世袭的。但是，只有属于“指挥使”一级的世袭的“世官”，或考中武科举的人，才有资格被任命为“都指挥使”。世官共有九等：指挥使、指挥同知、指挥佥事、卫镇抚、正千户、副千户、百户、试百户、所镇抚。这些世官，依照明朝的“军民分籍”的制度，是一种没有封地而有禄田，没有人民而有部队的贵族。