明朝在洪武年间没有巡抚与总督。
最初的一个巡抚，发表于永乐二年（1404年）。明成祖委派了一个职司监察的七品官“给事中”雷填，“巡抚广西”。所谓巡抚，在当时只是中央官的一种临时工作，而并非固定的官职，更没有如同清朝一样，变成了事实上的省级最高长官。明宣宗宣德年间以后，巡抚才渐渐地多起来。到了明朝末年，差不多每省均有，但是辖区有大有小，并不与布政使的辖区相吻合，而且在职务上也是偏重军事，常常在官衔上加了“提督军务”，或“赞理军务”的字样。
最初的一个总督，似乎是明景帝景泰元年（1450年）所发表的“总督湖广贵州军务”王来。王来那时候已经以“都察院副都御史”的资格，“巡抚河南等处”。总督是他的一个临时兼衔，为了便于调发节制湖广与贵州的兵讨伐造反的苗民。
第二个最早的总督，是景泰二年的“总督漕运，兼提督军务，巡抚淮扬庐凤四府、徐和滁三州”王竑。王竑正如王来一样，集巡抚与总督二衔于一身。他们两人的本职，也均是“都察院副都御史”。所不同的，漕运是一种经常的政务。因此，漕运总督便成了固定的官职，直至清朝末年。其他各地的总督，以后越来越多，大都是为了军事上需要有一个官，来节制两省或两省以上的兵员与粮饷。崇祯年间的内忧外患纷至沓来，总督因此也特别多。
明朝的巡抚与总督，均没有什么特别的官阶。他们的官阶大小，以各人的本职为定。倘若某人是“副都御史”，那末，他仍是正三品，不因兼了巡抚或总督而升高一级或半级。
到了清朝，顺治十年以后，巡抚与总督不再是出巡的或出征的中央官，而是“加”上中央官衔的“外官”了。总督所“加”的官衔，在康熙三十一年被明文规定：兵部左侍郎或右侍郎，兼都察院右副都御史。倘若本人已当了任何一部尚书，则一律称为兵部尚书。巡抚所“加”的官衔，在雍正元年也获得规定：各部侍郎出身的，加衔为“兵部右侍郎、都察院右副都御史”；不是侍郎出身而当到内阁学士的，只加“右副都御史”，不加“兵部右侍郎”。再其次，只当过四品京堂、按察使，或左佥都御史的，只能加一个“右佥都御史”。
这些规定，其后有过不少次的修改。但是，官阶相当固定。直至宣统之时，清朝的总督是“从一品”，巡抚是“从二品”。总督在咸丰以前，兼管军民两政，是巡抚事实上的上司；咸丰以后，巡抚的权力被提高，与总督形成“分省而治”，总督只能在所驻的一省握有全权，倘若这一省已裁去巡抚。