元朝的宫闱、朝廷、将帅，如此内斗不已，就朱元璋看来，真是天造的机会。恰好在这时候，他早已打平了陈友谅与张士诚两个劲敌，剩下的仅有区区不足道的方国珍、陈友定、何真、也儿吉尼之流。所以，他一面分兵南讨，一面在“吴元年”（至正二十七年）十月甲子日，任命徐达为征北大将军，常遇春为征北副将军，率领二十五万主力北伐。
两天以后，丙寅日，他发布一篇宋濂所起草的檄文：“自宋祚倾移，元主中国，此岂人力，实自天授。（这是说，蒙古人没有什么了不起，当年宋朝该亡罢了。）自是以后，元之臣子不遵祖训，废坏纲常，有如大德（元成宗）废长立幼，泰定（泰定帝）以臣弑君，天历（元明宗）以弟鸩兄；至于弟收兄妻，子烝父妾，上下相习，恬不为怪。夫人君者，斯民之主。朝廷者，天下之本。礼义者，御世之防。其所为如彼，岂可为训于天下？（这是说，元朝君臣违背中国的伦理传统，失去统治资格。）及其后嗣，荒淫失道（指元顺帝），加以宰相擅权（指脱脱），宪台报怨（指御史大夫朵儿直班，宣政院使哈麻，御史袁赛因不花），有司毒虐，于是人心离叛，天下兵起。使我中国之民，死者肝脑涂地，生者骨肉不保，虽因人事所致，实天厌其德而弃之也。
“当此之时，天运循环，亿兆之中当降生圣人，立纲陈纪，救济斯民（这是“弥勒佛转世”的预言的改版）。今一纪于兹，未闻有济世安民者（韩林儿、徐寿辉、陈友谅、张士诚，皆不足以成事），徒使尔等（齐鲁河洛燕苏秦晋之人）战战兢兢，处于朝秦暮楚之地，诚可矜悯。
“方今河洛关陕，虽有数雄，阻兵据险，互相吞噬，皆非人民之主也（指王保保、李思齐等人）。
予本淮右布衣（平民），因天下乱，为众所推，率师渡江，居金陵形势之地，得长江天堑之险。今十有三年，西抵巴蜀，东连沧海，南控闽越，湖湘汉沔，两淮徐邳，皆入版图，奄及南方，尽为我有，民稍安，食稍足，兵稍精。（“稍”字用得好，于谦虚中显出力量。）日视我中原之民，久无所主，深用疚心。
予恭承天命（大胆假设），罔敢自安，方欲遣兵北伐，拯生民于涂炭，复汉官之威仪（比起刘福通之“复宋”，进了一步）。虑人民未知，反为我雠，挈家北走，陷溺尤深，故先谕告：兵至，民人勿避！予号令严肃，无秋毫之犯，尔民其体之！（只要你们人民作消极的欢迎，不希望你们作积极的参加。推翻元朝的事，有我朱元璋派兵去打，就够了。）”
事实上，朱元璋交给徐达统率的二十五万精兵，先声夺人，无可抗拒，元朝本身又已分崩离析，士无斗志，连蒙古人也很少有效忠元朝到底的了，何况“色目”？
肯在山东抵抗徐达的元朝将领，仅有三个汉人——王宣、王信和俞胜，以及一个蒙古人——普颜不花。王宣与王信是父子，替元朝守沂州（临沂）及胶东一带，本已投降，降后想叛，王宣被杀，王信逃走。俞胜守乐安（惠民），也是降了又叛，战败逃走，其后被捉。普颜不花守益都，不堪徐达一击，城破，被杀。
肯在河南抵抗徐达的元朝将领，仅有王保保的弟弟脱因帖木儿一人。这人就名字而论，和他哥哥（“扩廓帖木儿”）一样，像蒙古人，其实也是汉人（至少是在父系血统上，母亲是否属于纯西夏血统，待考。他们的母亲，是察罕帖木儿的妹妹。）脱因帖木儿领了五万兵在洛阳东边的塔儿湾打了一仗，战败，逃往陕州；在陕州也守不住，逃去山西他哥哥那里。
徐达遵照朱元璋的指示，于肃清山东之后，不向北续进，转师西向，肃清河南；也不向西续进，随即集合在山东河南的大军，会师运河与卫河的交叉点：临清，以雷霆万钧之力，冲破河北，由长芦（沧县）、青州（青县）、直沽（天津城北），直捣通州（通县）。在直沽通州之间的河西务，遇到元朝的俺普达朵儿只进巴，打了一仗；在通州城郊，遇到元朝的“知枢密院事”卜颜帖木儿，也打了一仗。这两仗打完了，元顺帝听到消息，率领老婆（第一皇后奇氏）、儿子（太子爱猷识理达腊等人）、孙子（买的里八剌等人）与妃子、太监、宫女，在至正二十八年（洪武元年）七月丙寅日（二十七日）的夜里，偷偷地开了大都的建德门，向着居庸关的方向逃去，逃往“上都”（在明朝叫做开平，在今天是内蒙古的多伦）。
隔了三天，八月初二日庚午，徐达由齐化门进入大都，只杀了不肯降的元官六名，对老百姓秋毫无犯。
元朝的历史，到此结束。明朝，已经在这一年正月元旦，朱元璋在应天（南京）称帝之时开始。