慈禧于《辛丑和约》签字后一个月，八月二十五日，带了光绪、荣禄、鹿传霖等人，离开西安回銮。十一月十五，到达北京。
十月二十，于中途驻跸开封之时，慈禧颁旨废除溥㑺的“皇子”名号。在到达北京的第二天，她颁旨追升珍妃为贵妃。珍妃本是她上一年仓卒离京之时，吩咐太监推到井里去的。
慈禧与光绪的感情，经过一年多的患难相共，像是恢复了一些。但是统治大权，慈禧却依然紧握在手。
为了稍平人民之忿与敷衍洋人，慈禧于回銮前后，颇发布了若干变法维新的诏旨。凡是光绪在百日维新期间所急于实行的新政，慈禧也依样画葫芦什九加以推行，甚至更进一步。例如，废八股而改试策论；不仅停试弓马举重，而根本停考武科（光绪二十七年四月）；普遍推广近代化教育，于各省省会设立大学堂，各府及直隶州设立中学堂，各县设小学堂，又命令各省选派学生出国留学（光绪二十七年八月）；决定从光绪二十九年开始，凡是新科翰林，必须再到京师大学堂读书（二十八年十一月）；最后，又在光绪三十一年七月下诏取消全部科举制度。
当年，光绪裁并骈枝机关，她把这些机关一一恢复。现在，她自己动手，先后把詹事府并入翰林院，裁掉东河总督与云南、湖北、广东三省的巡抚，归并太常、光禄、鸿胪三个寺到礼部，归并太仆寺与练兵处到兵部（改称陆军部），绿营与防勇分期裁汰，改练常备军与巡警。
洋人于洽订《辛丑和约》之时，表示总理各国事务衙门应该改组为“外务部”。慈禧不等到和约签字便先行照办，以庆亲王奕劻为首任外务部“总理大臣”，王文韶为“会办大臣”，瞿鸿禨为“会办大臣兼尚书”，徐寿朋与联芳为左、右侍郎。
中枢各部的大改组，是在光绪三十二年九月。原有的六部只有吏、礼二部不动，户、兵、刑、工四部改为度支部、陆军部、法部、农工商部。相当于部的理藩院，改为理藩部。增设民政部、学部、邮传部，连同“外务部”，共为十一个部。
各部除了外务部有总理大臣与会办大臣以外，均只设一个尚书、两个侍郎，不分满、汉（以前六部各设满、汉尚书各一人，满、汉侍郎各二人）。
新制首任的十一个尚书之中，有六个汉人、五个满人。二十二个侍郎之中，有十二个汉人、十个满人。慈禧显然是想叫汉人知道：她用人唯才，不分种界。
她甚至以一个汉人——徐世昌，为首任东三省总督。（光绪三十三年三月，她裁撤奉天将军、吉林将军与黑龙江将军，改设三个巡抚，于三个巡抚之上，加设东三省总督。）
她似乎很诚意于化除满、汉的隔阂；早在辛丑年年底，她已经颁旨准许满、汉通婚。
慈禧在她一生最后的七年之中，想做的事极多，但是帮手极少。她颇有意于起用维新的志士，但容不了康、梁二人，又十分畏惧孙中山。她在三十年五月下诏“特赦戊戌党籍，除康有为、梁启超、孙文外”。
李鸿章、荣禄、刘坤一、宋庆、马玉昆，于《辛丑和约》签订以后相继逝世。剩下的较有才干的大吏，仅有张之洞与袁世凯二人。她叫张之洞筹办粤汉铁路，但又对张不放心，终于把他的两湖总督官职免了，调来北京充任大学士兼军机大臣，管理学部。这叫做“明升暗降”。
于是，袁世凯成为唯一的时代骄子。李鸿章于辛丑年九月临死之时，上疏保荐他说：“环顾宇内人才，无出袁世凯右者”（有人说，这是袁世凯自己托人添写进去的）。慈禧从此便一而再再而三地提拔袁世凯：于辛丑年十二月，命他“督办关内外铁路事宜”；次年（光绪二十八年）五月，升他为直隶总督兼北洋大臣；九月，叫他兼任“督办商务大臣”；十二月，又叫他兼任“督办电务大臣”。光绪二十九年五月，慈禧把训练旗人军队的大权，也付托袁世凯与铁良会同办理。袁世凯所一手训练的汉人军队，六镇（六个师）被拨了四个出去，仍保留两个在他的直接指挥之下。
光绪三十三年七月，袁世凯与张之洞同时被调为军机大臣。张之洞只有大学士的虚衔，而袁世凯却兼了外务部尚书。（原任尚书瞿鸿禨免职，总理大臣仍为庆亲王奕劻。）
袁世凯这人远比不上李鸿章。李鸿章虽只知办“洋务”而不知如何“维新”，袁世凯则连洋务也不肯好好地办。袁世凯所关心的只是个人的权势。慈禧错认了人，因此而被当时与后世批评为“毫无变法诚意”。
与袁世凯勾结在一起的，是声名狼藉的奕劻。和袁世凯作对的，是光绪的弟弟、醇亲王（小醇王）载沣。载沣于光绪三十四年正月元旦被慈禧任命为军机大臣。九个多月以后，光绪去世。光绪去世的前一日，十月二十日，慈禧病重，令载沣“摄政”，同时颁旨命载沣之子溥仪入宫教养，在上书房读书。
光绪去世的后一日，慈禧去世。
慈禧在辛丑以后的七年之中，对洋人采取一贯的亲善政策，不仅不再有仇教或宣战的事，而且常常召见甚至招宴各国公使及其夫人。
日、俄战争是对她的一大考验。这战争起因于俄军久占东三省耍赖不退，使得日本十分关怀。日本所关怀的不仅是“东洋的均势”，而是它自身对朝鲜势难吞并。真正关怀东洋均势的倒是英国。英国于是在光绪二十八年（1902年）和日本缔结英、日同盟，给日本壮胆。光绪二十九年十二月，日本对俄宣战，战到光绪三十一年四月，将俄国海陆军击败，推进到辽阳、铁岭，消灭了俄国的波罗的海舰队于对马海峡。俄军求和，把旅顺、大连与所谓南满铁路的权益让渡给日本。
慈禧呢，于英、美、法、意的劝告之下，严守“局外中立”，总算逃免了池鱼之殃，而事后仍不得不承认俄国与日本之间的“私相授受”。