梁启超在《戊戌政变记》一书中说，荣禄自从李鸿章被免掉总理衙门大臣以后便十分害怕，害怕自己的直隶总督兼北洋大臣之职亦将不保。恰好，在七月二十六日，光绪特召荣禄的部下袁世凯晋京陛见，而并不同时召见荣禄，这就叫荣禄更加害怕。
在荣禄所统辖的三支军队之中，以袁世凯的“新建陆军”为最坚强。聂士成的“武毅军”，在甲午战争之中尚有表现，然而已有暮气。董福祥的一军，官兵皆无纪律，不堪一战。
荣、袁二人之间，私交不算坏，而且拜了把子，结为异姓兄弟。然而利害关头，谁也不能信谁。光绪为什么要特召袁世凯晋京陛见呢？不分明是要釜底抽薪作为撤换荣禄的第一步么？
其实，光绪并无去掉荣禄的官职之意。光绪之所以召见袁世凯，出于康有为与谭嗣同的建议。康有为上了一本奏疏：“请皇上亲御戎衣，自统六军，仿日本例，置参谋本部。”谭嗣同当面向光绪说袁世凯是一位将才。
袁世凯在八月初一日见到光绪，光绪和他谈了一阵，所谈的都是怎样练兵的事。谈完，袁世凯退，光绪随即颁了一道谕旨，开去袁世凯的直隶按察使一缺，以侍郎（资格）候补。
八月初二，光绪又召见袁世凯一次。初三的晚上，谭嗣同到袁世凯的寓所（法华寺），问袁世凯：“天津阅兵的阴谋，你听到没有？”袁说：“听到。”
所谓天津阅兵的阴谋，在最初本是一种谣言，到了这时候已经愈传愈甚，竟然连袁世凯也承认听到了。
于是，谭嗣同拿出光绪在七月二十八日写给康有为与四位章京的一封亲笔密诏：“朕维时局艰难，非变法不足以救中国，非去守旧衰谬之大臣而用通达英勇之士，不能变法。而皇太后不以为然。朕屡次几谏，太后更怒。今朕位几不保，汝康有为、杨锐、林旭、刘光第等可妥速密筹，设法相救。朕十分焦灼，不胜企望之至。特谕。”
光绪为什么突然感觉“位几不保”呢？
我个人的看法是，光绪在七月二十六日召袁世凯晋京之时，只是为了想成立参谋本部，既没有免掉荣禄总督之意，更不曾料到他本人会因此而大遭慈禧之忌。慈禧决不能容许他成立参谋本部，“自统六军”。
他把召袁的事，去颐和园向慈禧太后报告，被慈禧痛骂了一顿。慈禧在骂他之时，可能说出“你如此胡闹，以为我不能换掉你么？”
他回宫以后，便在二十八日写了这么一张密诏，给康有为与四位章京，于二十九日交杨锐带出。
康与四位章京捧诏大哭，想来想去，想出了这个请袁世凯保驾的下策。
他们五人这时候只以为阅兵阴谋将成事实，似乎还不知道被革的礼部尚书怀塔布，已经伙同礼部左侍郎立山等六人到了天津一趟，拜访荣禄；不知道李鸿章的亲信、御史杨崇伊也到过天津，拜访荣禄；而且，更不知道荣禄已经开始行动，把聂士成的五千人调到天津集中，把董福祥的甘军调到距离北京彰仪门仅有四十里的长辛店。
然而，他们应该知道，荣禄已经打了三次电报给总理衙门，说有许多外国兵船开向塘沽一带沿海，又在八月初三这一天打了电报来，说英、俄两国已经在海参崴开战，请光绪叫袁世凯赶快回天津准备应付。
书生作风的谭嗣同，却依然只就天津阅兵阴谋的老谣言，请袁世凯到时保驾。谭说：“荣禄密谋，全在天津阅兵之举……天下健者惟有足下。若变起，足下以一军敌彼（聂士成与董福祥）二军，保护圣主，复大权，清君侧，肃宫廷，指挥若定，不世之业也。”袁说：“若皇上于阅兵时疾驰入仆营，传号令以诛奸贼，则仆必能从诸君子之后，竭力以补救。”
初四，袁世凯觐见光绪辞行。光绪叫他当天不必回津，明天再陛见一次方走。于是，初五这一天黎明，袁世凯又陛见了一次。光绪在临别的时候，笑着向他说：“以后你专管练兵，与荣禄各干各事。”
过了十三年，在辛亥年武昌起义以后，11月间，袁世凯告诉伦敦《泰晤士报》的访员：他和谭嗣同谈话之时，曾经表示对“密诏”的怀疑，说密诏倘若是皇帝的亲笔，应该用硃而不该用墨。谭说：“等你请训出京之时，皇上自然要另颁一道硃谕，当面交给你。”其后，在初四、初五两日，光绪并不曾有什么硃谕交给他。而且光绪也只是叫他襄赞维新，并未谈到所谓“妥速密筹”之事。
袁世凯又向《泰晤士报》的访员说：并不是他一到天津便向荣禄“告密”，而是荣禄先向他说：“你是来取我的头了！你最好老实说罢，已经有人把一切都告诉我了。”袁当时回答荣说：“你所听到的只是少数政客的阴谋而已，皇上并不知情。”
他和荣禄究竟谈了些什么，是否他先向荣禄“告密”、出卖谭嗣同与光绪，或荣禄先向他开口，叫他“实说”？由于荣禄本人不曾留下记载，我们仅有伦敦《泰晤士报》访员所写下的袁世凯的谈话，所谓片面之辞。
此外，有《申报》所刊载的，得自苏州张仲仁处的所谓《袁世凯戊戌日记》。这《戊戌日记》是否真是袁世凯写的颇成问题，但是它的内容倒颇与戊戌年（10月10日，在政变之后的第二十天）上海英文《字林西报》所登的“消息”大体符合。《字林西报》说：谭嗣同明明白白告诉袁世凯，光绪将要面交他一封硃谕，要他：（一）回到天津，立刻杀掉荣禄；（二）担任署理直隶总督兼北洋大臣，于杀掉荣禄以后就职；（三）带兵到北京，以一半包围颐和园捕捉慈禧，以一半守住皇宫保护光绪；（四）逮捕守旧分子，尤其是刚毅、裕禄、怀塔布、许应骙。
这第四项，在《戊戌日记》之中没有。
《字林西报》又说，袁世凯果然在9月20日（八月初五）从光绪手中接到这么一封硃谕。
《戊戌日记》却说：硃谕始终不曾接到，仅仅从谭嗣同的口中听到，谭嗣同拿了一张墨笔的谕文给他看，说是“原旨”存在林旭那里，这是杨锐用墨笔所抄。就这墨笔的抄文而论，上面并没有杀荣禄与包围颐和园的字眼。然而谭嗣同说，抄本中的“设法相救”四字正是指的杀荣禄与围颐和园。
可疑的是，慈禧在八月十四日用光绪的名义宣布康有为等人的罪状，只说他们“谋围颐和园，劫制皇太后，陷害朕躬”，对“杀荣禄”的事一字不提。
梁启超在《戊戌政变记》中一再强调：康等绝无包围颐和园的企图。所谓“包围颐和园”，正如“张荫桓进红丸”，或“康有为进红丸”，完全是守旧分子所放的含血喷人的谣言。
值得注意的是，梁启超对于“杀荣禄”的谣言，也正如慈禧用光绪名义所下的诏书一样，只字不提。
总而言之，戊戌政变的详细经过仍有待于未来历史家的考订。
我们所已经知道的是，光绪在七月二十六日下诏叫袁世凯晋京。二十八日下诏给康与四位章京说“今朕位几不保……汝……等可妥速密筹，设法相救。”八月初一日，袁世凯陛见。初二日，光绪密谕康有为离京，去上海办“官报”。初三日，再谕康有为“汝可迅速出外，不可迟延。”
奇怪之至。倘若光绪有意“包围颐和园”，为什么要康有为赶紧离开北京、远去上海？
康有为在初五的上午乘火车离开北京、去天津。袁世凯也在这火车上，但不曾与康碰面。
第二天，初六，康有为在天津搭英国轮船重庆号放洋直航烟台，荣禄派了海军飞鹰号去追，没有追上。
在八月初七日（政变的第二天），康所乘的重庆号轮船到达烟台。他完全不知道政变发生，还上岸游了一会，买了些东西，回到船上续航上海。
倘若他曾经与谭嗣同等人有过包围颐和园的意思或计划，决不至于能在烟台如此轻松。
成为对比的是，荣禄在这几天十分紧张。初五的午间，袁世凯从北京回来见他；他立刻搭火车去北京，不在城内耽搁，而直奔颐和园，在下午五点左右到达，见慈禧。
他和慈禧说了些什么话，只有他和慈禧知道。
事后，他当晚乘火车回天津。
有人说，慈禧叫他留下卫队守住紫禁城（皇宫），这大概不确。慈禧在宫内、宫外一向有布置，李莲英以下的太监不用说，神机营总管庆亲王奕劻、步军统领崇礼，也均是慈禧的亲信。
次日，八月初六，慈禧在清晨离开颐和园，走小路由西门进北京，进了紫禁城，进了光绪的寝宫。
光绪这时候不在寝宫，已经走到宫门。他是想逃？或是真想迎接慈禧？难以查考，事实是他到了宫门便不得不折回。
折回以后，他被慈禧幽禁在（御花园）“中海”的一个小岛“瀛台”。
这一天，慈禧用光绪的名义颁下诏书，说是恭请皇太后垂帘“训政”，已蒙皇太后允准。
当天，康有为的寓所（南海会馆）被搜查。康有为已走，康有为的弟弟康有溥（广仁）被捕。
谭嗣同与梁启超得到消息，找英国人李提摩太牧师与美籍中国老留学生容闳商量，决定由李提摩太找英国驻华公使，容闳找美国驻华公使，梁启超找日本驻华公使。英、法两国公使均不在京，李、容二人的活动当时无甚结果。梁见到日本公使林权助，笔谈请林权助“解皇上之幽闭，并救康有为氏”。说罢，仓皇而去。
当天晚上，梁再度到日本公使馆，被林权助留下来，于八月初十派人护送出京，到塘沽搭日本兵船去日本。
谭嗣同留在北京不肯走。他力劝梁启超走，说自愿作公孙杵臼，希望梁启超作程婴。到了初十，他被捕；十三日，他被斩在宣武门外菜市口。
和他同时被斩的，是康有溥、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第。
谭嗣同在静候被捕的三天之中，伪造了很多封父亲谭继洵写给他的信，信中充满了反对维新的论调。果然，这些信被搜去以后，清廷认为谭继洵与谭嗣同的活动无关，对谭继洵处罚很轻，只是驱逐回原籍而已。
政变以后，所有的维新谕旨，除了有关京师大学堂的以外一概取消，科举仍考八股文，骈枝机关统统恢复，庙宇寺院仍旧为庙宇寺院，不改为学校。
因牵涉到维新，而被罢免甚至充军、下狱、关禁的，有陈宝箴、陈三立、黄遵宪、熊希龄、江标、张荫桓、李端棻、徐致靖、王照等二十七人。翁同龢本已勒令回籍，此时被交由地方官严加管束。
康有为却侥幸在上海吴淞得到英国领事帮忙，换乘英国兵船逃往香港。