威妥玛在六月二十一日（8月10日）就到了烟台，李鸿章在二十九日也到。两人从七月初三谈起，谈到二十六日（9月13日），谈妥了《烟台条约》，签字盖印。
这《烟台条约》共分三大部分：第一部分是马加理事件的解决办法；第二部分是规定使领人员与中国官员之间的往来礼节；第三部分是扩充英人在华的商业机会。
就第一部分而论，威妥玛的“宽大”出人意料之外。不仅岑毓英无须严办，连“已革都司李珍国”，与“凶手”腊都等十一人都一律释放。条约之中，并无关于岑毓英、李珍国、腊都等人的条文，这是在会谈的中间，由威妥玛向李鸿章提出后，取得李鸿章同意的。李鸿章起初还建议将李珍国、腊都等人的罪刑酌减，威妥玛却坚持要一律免罪：他的理由是，如果要办就该办岑毓英，事实是岑毓英激动官绅，官绅怂恿李珍国，下手的是李珍国所派的人，不是“野人”；“你们既不肯办岑毓英，那末李珍国与腊都等人也都不该办”。威妥玛而且告诉李鸿章，在李珍国被革职逮捕以后，他的家眷已被英国驻缅甸新街的领事接了去，加以收养。
《烟台条约》规定：对被害人的抚恤金为二十万两；派往英国的道歉特使，克期启程。案子解决的经过，由李鸿章上奏朝廷（奏文须经威妥玛同意），由朝廷发表谕旨，颁给总理衙门，通知各省督抚，写成告示张贴，再由威妥玛通饬各口领事，派员会同“地方大吏”所派的“妥员”，前往各处查看这些告示。
英国可以派军官驻节大理或云南其他城市，为期五年。英属印度当局可以再派一个探险队来云南。云南与缅甸之间的贸易，另规定细则。
《烟台条约》的第二部分，规定各国使领人员与中国官员往来的礼节，但也包括领事裁判权的进一步具体细则，“只能视被告为何国之人，即赴何国官员处控告。原告为何国之人，其本国官员只可赴陪审官员处观审。倘观审之员以为办理未妥，可以逐细辩论，庶保各无向隅。”
《烟台条约》的第三部分是涉及通商各项的。其中最重要的是：增开芜湖、宜昌、温州、北海（合浦）四口。其次是，准许英国商船在安徽（铜陵县的）大通、安庆，江西的湖口，湖北的武昌、（嘉鱼县的）陆溪、沙市等处停泊，由中国民船起卸货物。
大通等处，不作为通商港口论，换言之洋人不得居住贸易、设立行栈。重庆呢，虽则此时轮船尚未能到（三峡的石滩有待清理），清廷答应将来轮船能到之时，一定开为商埠。
洋人把居留地变成所谓“租界”，又窃占了警察权、收税权与组织整个“市政府”的权力，原是上海一隅因太平军的威胁而产生的特殊现象。
《烟台续约》对“租界”作了近乎正式的、法理上的承认。“新旧各口岸，除已定有各国租界应毋庸议，其租界未定各处，应由英国领事官会同各国领事官与（中国）地方官商议，将洋人居住处所，划定界址。”
出入口货物，除了鸦片以外，概只缴百分之二点五的子口税，以代替全国各地重重叠叠的厘金，早就有了条约上的规定。《烟台条约》重新予以强调。
关于鸦片的进口税，自从《南京条约》订立以后，列强一向准抽高于百分之五的税率，并且不坚持以百分之二点五的子口税代替厘金。换句话说，各地厘金照抽，视如“土货”。
《烟台条约》规定鸦片的各地厘金不妨也在上海于进口时一次缴纳，由商人说明，某一提单内之鸦片将经由何省运往何省，由海关代为汇合算清。
洋商纳完关税以后，又将洋货运走出口，所付的关税例应退还。这洋商倘若把他的货运出中国的甲口以后，再运入中国的乙口或丙口，则原在甲口缴付关税的收据，可以作为凭单，持往乙口或丙口，以免重缴一次关税。《烟台条约》规定，这收据的有效期限定为三年，期满无效。
在英属香港的外海，常有中国粤海关的小汽艇巡逻缉私，香港政府认为不便。《烟台条约》规定，此事交由中国地方官、粤海关与香港政府三方面派员会商改良办法。
《烟台条约》签订以后，清廷很迅速地予以批准。英国政府却延至光绪十一年，等候曾纪泽再签《烟台续约》十条，才肯批准。
续约把本约之中划定租界界限的条文取消，为的是让租界可以不断地扩大下去。续约也把鸦片应纳的关税与厘金加以硬性规定，每箱（一百斤）关税三十两银子、厘金八十两银子。