副岛种臣在北京，派（副使）柳原前光向总理衙门的大臣，询问两件事：（一）澳门是否中国管辖，抑由大西洋（葡萄牙）主张？（二）朝鲜诸凡政令，是否由朝鲜自主，中国向不过问？
当时“值班”的大臣毛昶熙，回答柳原前光说：（一）澳门是中国领土；（二）朝鲜受中国的册封，奉中国的正朔，是一个藩属，“但其内治外交，中国向不过问”。
柳原前光报告了副岛种臣，副岛种臣抓住了这最后的十二个字，一回国便开始了对朝鲜的侵略政策，借口说朝鲜是独立国，派遣“主战派”西乡隆盛作第一任的驻朝鲜公使，埋伏下其后中日甲午战争的导火线。
枊原前光于询问中国对澳门对朝鲜的关系之时，同时以试探的口气向毛董二人说：“台湾生番戕害琉球人民，拟遣人向生番处诘问。”毛董二人回答：“（台湾与琉球）二岛俱我属土，属土之人相杀，裁决固在于我。我恤琉人，自有措置，何预贵国事，而烦过问？”
柳原前光说：“贵国恤琉人，而不惩台番为何？”毛董二人说：“杀人者皆生番，故且置之化外，未便穷治。”柳原前光说：“生番害人，贵国舍而不治，我（国）将问罪岛人，为盟好故，使某先告”。
所谓“生番害人”，指同治十年十月十五（11月27日），有五十四名琉球渔民，因遭遇飓风漂流到台湾，被牡丹社的山胞屠杀。另有十二人脱险，被凤山县知事保护，送到台湾府府城（台南），转送福州，由闽浙总督福建巡抚资遣回国。
日本的侵略主义者（主战派）不但想藉此否认中国对琉球的宗主权，而且想进一步偷占台湾的所谓“番地”。
日本政府竟然在同治十三年三月间设置了一个“番地事务局”在长崎，派大隈重信作综理，西乡从道作“番地都督”，集合了三千三百兵与几千苦力在长崎，买了一只美国船与一只英国船，经过厦门，运到琅（恒春），于三月二十二日（5月7日）登陆。
在西乡从道的指挥之下，入侵军在十五天以后攻进牡丹社，屠杀了三十几人，烧毁该社的全部房屋，然而山胞并不屈服，继续对入侵军袭击。西乡从道退守龟山，在龟山修路筑桥，盖了一座“都督府”，又盖了一座医院。
这时候台湾尚未建省，归福建省管辖。担任闽浙总督的是李鹤年，担任福建巡抚的是王凯泰。他们对台湾均有难以兼顾之感。清廷特派当时在福州担任船政大臣的沈葆桢，率兵前往台湾“察看生番，相机筹办”。
（事前，有三个不肖的美国人入伙帮凶。一个是陆军退役将官李仙得〔Le Gendre〕，另外两个是陆军现役上尉瓦生〔Wasson〕与海军现役中校卡瑟〔Cassel〕。美国政府知道中国决心抵抗以后，下令厦门领事把李仙得逮捕，押到上海，释放；同时取消瓦生与卡瑟所请的假，召回原属部队。有几只美国轮船，贪图厚利，受包替入侵军担任输运。这几只船也被美国政府申斥而中止了受包的合同。）
沈葆桢带到台湾的兵，根据“海关报告”，截至十月初九日止，有一万零九百七十人。和这些兵同去的，有两位洋将，一位是马尾船政局正监督，曾任宁波税务司与“常捷军”发起人之一的日意格（ProsperGiguel），另一位是正规军官斯恭塞格（deSegonsac）。
沈葆桢在布置妥帖以后，命令各番社出具不再劫杀难民的保结。他带了这些保结，与一部台湾府志，率领福建布政使潘霨与若干随员，于五月初九及十二两日亲自去龟山，在所谓“番地都督府”找西乡从道面谈。西乡说，生番是化外，不归中国管辖。潘霨翻开台湾府志给他看，上面列有各番社每年纳税的数字，跟着，又把各番社所出的不再劫杀难民的保结，给西乡看，西乡无话可说。
西乡自知兵少，不敢对沈无礼，也不敢对中国军队开火，只能放出一些谣言，说大批的日军将要开来增援。中国将计就计，做出要再调两万兵来台湾的样子；同时，说要向丹麦订购“铁甲船”，并且一本正经，很迅速地安置了台湾与福建之间的海底电线。
双方冷战了一个多月，日本派柳原前光作公使，带了国书到天津北京，要求觐见同治，不得要领，又派内务卿（内政部长）大久保利通作“全权大臣”，找总理衙门交涉，甚至提出“限五日答复”的最后通牒，虚张声势。
无耻的李仙得，竟然跟随大久保利通来，借口曾经在驻厦门领事任内，参加过同治六年清廷“剿番”的战事，企图证明番地非中国的领土。
到了九月初六，最后通牒的限期已到，而大久保利通并未下旗回国。他在初九，又去总理衙门，说不便空手而回，希望中国赔偿兵费。恭亲王说：“兵费关系国家体制，万办不到。”大久保利通说：“给二百万两，作为被难人的抚恤费，也可以。”恭亲王说：“这也太多。”大久保利通与柳原前光便在九月十六（阳历10月25日）递了一个照会，说，“交涉破裂，即行回国”，然而并不离京。
他们托英国的驻华公使威妥玛，做好做歹，出面调停。清廷根本也不想打（其实，打是对的），就糊里糊涂地答应给抚恤费十万两，收买日军所建房屋道路费四十万两，并且签署了“中日北京台事专约”三条，其中的第一条是：“日本国此次所办，原为保民义举，中国不指以为不是。”
专约的序言，也有一句“兹以台湾生番，曾将日本国属民妄为加害，日本国本意惟该番是问，遂遣兵往彼，向该生番等诘责”。
这就等于是，中国承认琉球人民是日本国的属民，琉球国为日本的藩属。日本很轻松地骗取了恭亲王等人的签字，使得中国在法理上丧失了对琉球的宗主权，此后无法保护琉球，使免于日本的奴役。
实则琉球从洪武五年（1372年）起，一直是按时入贡受封的中国藩属；虽则在万历三十七年（1609年）因日本的侵略而不得不虚与委蛇，至多只可以视作两属的藩邦而已。
琉球的中山岛，被日本改称为冲绳岛，无非是为了避免用汉文“中山”二字，而仅译“中山”二字之音。其实日本文借用汉字极多，“中山”两个字而且是日本人的姓氏之一。
日本人很聪明。把“中山岛”改称为“冲绳岛”以后，又按照冲字的日本意义（训读），用英文写成Oki，绳字写成nawa。于是中山岛变成了Oki-nawa，美国人与英国人、法国人等等都跟着称它为Okinawa，不知不觉地承认了这是日本的老领土。
到了今天，连我们中国人也很少知道“冲绳”便是“中山”了。
李鸿章很注重“海防”，懂得保护台湾，却轻轻放弃了中国对琉球的宗主权。以日本当时的海陆兵力而论，可谓不堪一击，而清廷在派了优势兵力抵达台湾以后，偏要姑息西乡从道，结果，反而向日本赔钱。我想，慈禧太后与恭亲王及李鸿章，这三人没一个拿得出具体的一套办法，都只是因缘时会，掌握了国家的大权，白白浪费了这大权，耽误了国家。
在所有的岛国之中，琉球最对天朝得起，然而清廷却“弃之如敝屣”，不肯负些微的保护责任。
琉球之被放弃，是中国近代历史上一个最坏的“先例”。在英法联军中显过身手的巴夏礼，那时候正在日本，充任英国驻日公使，也感到十分不平。他说：“我不知道用什么话向中国道贺。我真没想到中国被人家侵略了，仍愿出钱给人家。”
《英国人在中国》的著者米契（Michie）说：“这一件买卖（中日台湾事件北京专约），真是批定了中国的命运，等于是向全世界作广告，说：‘来吧！此地有一个富有的帝国，只肯送钱，不肯打仗。’”