陕西、甘肃两省的伊斯兰教同胞，俗称“东干”，“东干”一词的来源，尚待考定。陕甘两省的回胞，在种族上并非维吾尔人或阿拉伯人，虽则带有些微的维、阿两族的成分。其中的极大多数，本是“随教”的汉人或其子孙。因此，在语言上也没有不同于其他汉人的地方。所不同的，只是在宗教方面以及与宗教有关的饮食、服装而已。
在唐朝的文件与书籍上，维吾尔人被称为“回纥”或“回鹘”，其后衍为“回回”。回纥人初来内地之时，所信的并非伊斯兰教；他们的老家也并非今日的新疆，而是外蒙古的色楞格河流域。
到了唐朝末年（公元九世纪中叶），回纥帝国瓦解，一部分回纥人迁徙到新疆吐鲁番，另一部分人迁徙到甘肃的河西走廊。迁徙到吐鲁番一带的称为“高昌回纥”，因为那里有过一个高昌国；迁徙到河西走廊的称为“沙州回纥”，因为那里有过一个“沙州”。
高昌回纥在宋朝的时候，接受由波斯、阿富汗传进来的伊斯兰教，一转而传授给沙州回纥，再转而传授到甘肃、陕西以及宁夏，与沿着大驿道直至内地各省的不少汉人。
阿拉伯人以传教士与商人的身份而来的也有，虽则不多。（在唐、宋两朝来华的阿拉伯人，多数由海路而来，定居于泉州、广州。）
清朝时候的满族，忘记不了自己是征服者，对汉族始终未能掩藏其优越感，对回族以及信仰伊斯兰教的东干，更免不了有许多引起反感的态度与措施。更不幸的是，与东干杂居而不愿“随教”的若干汉人，也常常有意无意地作出令东干憎恨的事情来。尤其不幸的是，东干本身一方面有坚强的宗教组织，一方面在这坚强组织的内部发生了所谓“新教”与“旧教”之争。
清廷的一贯政策是维持旧教，摧抑新教。在乾隆年间如此，在咸丰、同治之时也是如此。于是新教徒只有一条路可走：反清。
反清，本不一定要仇汉。事实上，东干在顺治年间曾经于志士丁国栋及米喇印的领导之下，支持过明朝的延长王朱识）。在同治元年，太平天囯扶王陈得才率兵进入陕南之时，也曾经获得某些东干的援助。
但是，这一年四月，在陕中的渭南县却突发了任五的事变。
任五到过云南，参加了杜文秀的反清革命。这时候回到陕西，利用几百名曾经随同河南巡抚严树声在河南作战而被遣散的“回勇”，占领渭南县城，屠杀汉人。然后，渡过渭河，围攻同州（大荔）。
七月间，凤翔的回民也集了起来，围攻府城。
次年二月，甘肃的固原、平凉、宁夏、灵州，均入于新教教主马化龙之手。
较此稍前，西宁一带的回民，于马桂源的鼓动之下，已经把知府与总兵赶走。河州的马彦龙、马占鳌则不但占了州城，而且吞并了狄道（临潭）。甘肃东部的重镇庆阳与平凉，也成了回众进攻的目标。
陕甘总督乐斌，对清廷一味蒙蔽，受到查办，遣戍新疆。经手查办他的军机大臣沈兆霖，被任命为署理陕甘总督，在西宁打了几次小胜仗，于同治元年七月在平番县二道沟被大水淹死。继任的熙麟，畏葸不前。清廷派多隆阿以“钦差大臣督办军务”的资格去，于同治三年四月死在周至城下（对蓝朝桂作战之时）。
一个月以后，熙麟免职，由杨岳斌（载福）继任。杨是水师名将，自知陆战非其所长，请求开缺，清廷不准，于是回湖南募集新兵十营（五千人左右），在同治四年六月到任。
这时候，陕、甘两省原有的绿营军队，已无一人可用。各省的所谓援军，一人未来。多隆阿带去两支湘军：“帮办军务”雷正绾的一支，打下平凉与固原以后，于同治四年七月在金积堡被马化龙击败，哗变；甘肃提督陶茂林的一支，解了凤翔之围，打下汧阳陇州，却也在同治四年五月间一溃于会宁，九月间再溃于安定（定西）。
哗变与溃败的最大原因是欠饷。甘肃早已“库空如洗”，全靠四川与陕西送来些微的协饷。到了次年春天，当杨岳斌去外县视师之时，兰州城的督标（总督所辖的绿营）也闹了起来，包围总督衙门，杀害官长，强迫布政使林望向清廷上奏，控诉杨岳斌（厚待）湘军、歧视绿营。
清廷下旨，将杨岳斌革职留任。杨岳斌藉此称病辞职，清廷发表左宗棠继任，于左氏到任以前，暂由穆图善署理；不久，又加给左宗棠“以钦差大臣，督办军务”的名义。
左宗棠首先与各省当局商妥协饷，然后在六年六月到达潼关，调来刘松山的老湘营、郭宝昌的淮军及其本人的老部下刘典等人的军队，与亲兵三千多人、水师一千人、黑龙江马队一千多人，共有一百个营（五万人左右）。
然而，左宗棠一时无法以全力消灭反清回民；反之，必须以大部分的力量应付张宗禹的“西捻”。
一个年头以后，西捻完全消灭，左宗棠再度来陕，才展开对反清回民的猛烈攻势，同时解决聚众反清的汉人武装，如董福祥。董福祥以花马池（盐池）为根据地，占了陕北十几个州县聚集了十几万人，声势浩大，正在进攻绥德与榆林。
左宗棠派刘松山去，于十一月间在绥德之西的大小理河与董福祥决战，大胜；追到靖边县东北的镇靖堡，董福祥投降。左宗棠把董的精锐改编的福字营，归刘松山指挥。
左宗棠的次一目标，是甘肃东北部的庆阳与庆阳西南的董志原。那里有十八个小首领，都是很厉害的。左宗棠调动雷正绾、黄鼎等人，在同治八年四月轻轻一击，将他们击溃。
左宗棠的第三目标，是灵州（灵武）附近的郭家桥。这是残余的反清陕西回民所聚集的所在。担负这一方面作战任务的是刘松山。刘松山旗开得胜，在同治八年八九月间打下了郭家桥，追击这些陕西回民至吴忠堡。
住在金积堡的马化龙，于一度反清以后，本已接受署理陕甘总督穆图善的招抚，见刘松山大军压境，便始则出面调解，继则再度反清，把吴忠堡的陕西回民引进灵州城固守。于是，刘松山又攻灵州；在攻下灵州以后，转军进攻金积堡。
攻到同治九年正月，金积堡外围的寨子已被刘松山攻下很多，剩下一个叫马五寨的寨子却很难攻。守寨的人，叫做马五。刘松山胸部中了一弹，当天气绝身死。死时，寨子被他的部队攻下。
刘松山在湘军将领之中，是佼佼者。曾国藩于打下南京以后，裁了大部分湘军，只留下他的九千多人未裁。曾国藩认为一般的湘军“暮气已深”，惟有他的这一支纪律严明，仍堪作战。
他于咸丰三年二十岁的时候，在家乡（湖南湘乡）参加王錱的老湘营，追随王錱平定湖南南部；在咸丰七年打下湖北的崇阳通山，自领一营（三百多人）；其后，随王錱在江西作战，打下广昌、乐安。王錱死后，他跟随张运兰，打下建昌（南城）、安仁（余江）。
咸丰九年，他守住祁门，又“克复”了景德镇；咸丰十一年，曾国藩攻徽州，惨败，全靠他稳住军心，才不致成为俘虏。从此，曾国藩对他以“国士”相待，优礼有加。
不久，他收了徽州，攻下休宁。同治元年，他收了旌德。张运兰因病辞职，他和易开俊分领其众。同治二年，他在泾县与宁国府一带作战，获得若干次的小胜。同治三年，他“肃清”皖南。
曾国藩北上攻捻，别人不愿意同去，他“投袂而起”，“立率所部渡江”。这真是“待我以国士者，我亦以国士报之”了。
同治五年，在对捻作战于江苏、河南两省以后，“当诸将观望”之时，他“毅然自任，率师西行”，进陕西，追张宗禹。同治六年，解同州、朝邑、西安之围，又续追张宗禹，直至直隶。同治七年，他比张宗禹抢先一步，到达保定；与张宗禹大小数十战，直到张宗禹在荏平投水自杀为止。
此后，便是与反清回民作战的一段事业了。他在军十余年，聘有未婚妻而不肯请假回乡。女家等候到同治七年，把未婚妻送到洛阳来，才完成喜事。婚后十天，他又去了前线。战死时，年纪仅有三十七岁。
左宗棠把刘松山的部队交给他的侄儿刘锦棠接管。刘锦棠矢志复仇，继续攻打金积堡，终于打下，活捉马五。
捉了马五以后，包围金积堡，打马化龙。河州的回众首领马占鳌为了援救马化龙，派人袭击甘肃的中部。刘锦棠将他们打退；然后，又以全力攻金积堡，攻到冬天十一月，马化龙缴械投降。
左宗棠杀掉马化龙及其几十名高级部将。这是“杀降”，极不应该。刘锦棠也乘此机会，把当初在马五寨开枪打中刘松山的马八，捆来放在刘松山的灵堂中活祭。（这是很野蛮的行为；双方既然作战，开枪打中敌人，或是被敌人打中，是常有的事，刘锦棠怎可以当作私仇来报呢？）
河州的马占鳌，在马化龙失败以后无心恋战，于是也缴械请降。左宗棠对他却特别宽大，不仅不杀，仍让他保存原有的势力。
有一个陕西领袖白彦虎，左宗棠不肯放松。白彦虎在陕西失败，率领部下投奔马化龙，马化龙失败以后，转移到西宁附近的大通。左宗棠在同治十一年，派刘锦棠统带八十营兵士去打，才打垮这白彦虎。
白彦虎本人又逃往肃州（酒泉）。左宗棠亲自出马，赶到肃州来打。打到九月间，肃州的回民首领马四缴械投降。于是，左宗棠“拨出”若干汉民，又演一次杀降的惨剧，杀得比金积堡之役更多。然而，白彦虎又已于事前逃走，逃去了新疆的乌鲁木齐。