在清朝的官方文书上，杜文秀是所谓“匪”的首领，其实此人是反清的志士。
他写了一副联语，挂在自己的门口：“天生英雄，扭转中原世界。地出豪杰，夺回胡儿乾坤。”
另有一副对联，挂在他的三和殿的殿廷：“按三尺剑以开基，重见汉高事业。着一戎衣而戡乱，依然周武功勋。”可见他的抱负，是要追步周武王与汉高祖的后尘，革清朝的命，为中国的历史另开新页。
他在咸丰五年（1855年）七月起事，于二十六日攻占云南省的大理府。起事以前，他曾经于道光末年林则徐担任云贵总督期间，帮助林则徐平定保山县的汉、回间的纠纷。林则徐为人公正，以“只问良莠，不问汉、回”为原则，惩办了若干肇事的回人，也惩办了若干肇事的汉人。
在林则徐以后担任云贵总督的，从道光二十九年七月到咸丰五年七月，先后有程矞采、吴文镕、罗绕典、恒春。这几人均无应变之才，以致永昌府各县的汉、回纠纷平而复起，日益恶化。不但永昌府如此，东川府也是如此。
杜文秀起事以后，自称“总统兵马大元帅”。他并未与太平天囯取得联络。在他所设的官职之中，有所谓“大司衡”、“大经略”、“大冢宰”，均与太平天囯的官制不相符合。
拥护他的人，以伊斯兰教徒为多数，但汉人也不少。他颇有军事才干，占领了大理府不久，便把云南省的西部都掌握了。云南省的东部与南部也有很多的地方，被若干伊斯兰教徒首领占据，虽则这些首领不完全是他的部下。
云贵总督恒春，感觉得连省城昆明也难幸免，便在咸丰七年七月自杀。另一总督吴振棫，向围攻昆明的回众求和，请他们撤到外县去，同时杀了几个仇回的汉人绅士，表示诚意，然后奏报清廷，说“回民就抚，省城解严”。这样，他混到咸丰八年十一月，藉病辞职。
总督的职务，由巡抚张亮基署理。张亮基保荐按察使徐之铭升任巡抚。这徐之铭却在咸丰十年十月把张亮基挤走。清廷任刘源灏为总督，刘不敢来云南到任。清廷另外派了一位满洲人福济，福济也不敢到任。其后，派潘铎；这潘铎被入据昆明城内五华书院的回民所杀（同治二年二月）。徐之铭让伊斯兰教的“掌教”马德新搬进总督衙门，发号施令，被清廷知道，下旨拘捕他押解来京，但不曾有人能够执行此项圣旨，虽则新任的总督劳崇光已经大着胆子来到了昆明。
徐之铭与劳崇光先后病死，清廷在同治六年二月发表张凯嵩与刘岳昭二人分任总督、巡抚。
新任的总督张凯嵩，正如以往的刘源灏与福济一样，也是不敢到任。清廷升任巡抚刘岳昭为总督。
刘岳昭是湖南湘乡人，名将萧启江的旧部，身经百战，在江西、湖北、四川、贵州及滇黔交界处均立过不少战功。
到了云南不久，他保荐岑毓英当云南巡抚。岑毓英是广西西林人，出生于土司家庭，在故乡办过团练，勇悍善战。从咸丰六年开始，他已被调到云南对杜文秀作战，积功由“县丞”历任知县、同知、知府、布政使。
岑毓英打下不少城池，在同治元年招安了一个伊斯兰教徒领袖马如龙。马如龙献出所占的八县（新兴、昆阳、晋宁、呈贡、嵩明、罗次、易门、富民）。清廷发表马如龙为一名总兵；次年，升他为署理云南提督。
有了总督刘岳昭在上统率，岑毓英、马如龙二人对杜文秀的厮斗，就慢慢地占了优势。
岑毓英最初由广西来云南，只带了一千名粤勇。他认为必须编练滇勇，才能解决杜文秀。编练到同治七年，有了六万名左右。他向清廷报告，云南原有的绿营，照规定应有三万七千多人，事实上“所存不及十一”，而且“将不知兵，兵不知战”。他准备尽量抽选滇勇，补足绿营的兵额。剩下的，成立纯滇勇的部队四十营（约两万多人），分作两班随同绿营作战。
经费方面，他估计单单军米一项每年就需要二十万石以上。绿营的官兵薪饷，每年在六十五万至七十万两之间。滇勇的薪饷，不在此数之内。他建议就全省的田赋，按亩酌加百分之一二十，称为“厘谷”，与雷以諴、曾国藩所创行的“厘金”精神相同，虽则厘金的对象是商货，不是田赋。此外，他希望别省照旧拨给云南“协饷”，能增加到每月六万两更好。浙江、广东、江西三省的协饷，不妨改由距离较近的四川、湖南等省代拨，于这两省应解京城的“京饷”中扣除。这些建议，均被清廷采纳。岑毓英又认为，对杜文秀作战的战略，应该有所确定，先肃清迤东及迤南，然后再全力对付大理府所在的迤西。这战略，总督刘岳昭也很赞成。
在种种方面，岑毓英均很像是一个小规模的曾国藩。杜文秀的能力与品格比洪秀全高，所苦的是侷促于多山的迤西，又未能取得全省回民有始有终的合作，更不曾争取得多数汉民的拥护。他没有把反清与仇汉的两个目标划分清楚。倘若完全反清，而断然割舍若干纯以仇汉为目的的徒众，则他的成就可能在洪秀全之上。
他割据一方有十八年之久；于丧失迤东、迤南以后，在同治十一年（1872年）十二月守不住大理，服毒自杀。他的三个儿子均死于清军之手。一个女儿其后流落在上海，遭遇极苦。他的余部，死守迤西的其他城塞，守到同治十二年的年底，全被消灭。