三天以后，鲍超再胜李秀成于抚州，解了抚州之围。李秀成无心恋战，向浙江的方面撤军。鲍超追他，追到贵溪之东的双港，又胜；最后，在二十三日，追到上饶西南铅山，大胜。
清廷在九月间发生政变。辅政的大臣载垣、端华、肃顺先后被捕；慈安太后钮祜禄氏与慈禧太后叶赫那拉氏“两宫垂帘听政”；咸丰的同母弟恭亲王奕訡被封为“议政王，在军机处行走”。
于恭亲王的大力支持之下，曾国藩在十月间被“两宫皇太后”授权“统辖江苏、安徽、江西三省并浙江全省军务，节制提督巡抚以下各官”。同时，左宗棠也被授权“赴浙江剿贼，调遣提镇以下官”。
浙江这时候，大部分已为太平军所占。侍王李世贤在江西被左宗棠击败后入浙，于十一年四月攻下常山，江山，开始围攻衢州；五月攻下寿昌、金华、龙游、汤溪、严州（建德）、武义；六月攻下遂昌，松阳、永康。到了九月，李秀成在江西被鲍超击败入浙，又把浙东浙西许多县份一一占领，只剩下衢州、温州、湖州、杭州。杭州终于在十一月二十九日被攻破，巡抚王有龄自杀。
清廷在十二月二十日任命左宗棠为浙江巡抚；十天以后，加授曾国藩为“协办大学士”。
曾国藩定下战略：先取安徽中部，次取浙江。安徽中部的战事，分作江北，江南两路。江北由曾国荃负责，以无为州、运漕镇、巢县、含山、和州为进兵路线。江南由鲍超负责，以池州（贵池）、铜陵、荻港、鲁港、芜湖、太平府（当涂）、采石矶，为进兵路线。
江北一路的北边，有太平军的重镇庐州及其守将陈玉成。江南一路的南边，有太平军的重镇宁国府（宣城）及其守将杨辅清。这两人均不是容易对付的。两人以外，守池州的刘官方，守青阳的古隆贤，守广德的童容海，都很够瞧。
关于浙江，尽管清廷再三对他催促，曾国藩倒并不十分着急。曾国藩认为，必须鲍超先把皖南肃清，然后才能够分兵由皖南的广德与徽州，两路入浙，帮助左宗棠的由上饶玉山入浙的一路。而且，左宗棠的兵太少，必须等候蒋益澧的一支湘军由广西调来，才有采取攻势的可能。
清廷同时也催他派兵加强镇江的防务，催他派兵去救上海，打苏常二州，又要他派兵由扬州之东的所谓“里下河”一带（泰兴、靖江、如皋、南通），“拊江南之背”，渡过长江，袭取常熟、无锡，等地。
曾国藩指挥若定，颇有“将在外，君命有所不受”的气魄，不慌不忙，按照自己的计划，一步一步地去做。
曾国藩原已于打下安庆以后，派杨载福率领水师，会同两营陆军，取得长江南岸的池州与铜陵；又派了曾国荃指挥长江以北的陆军六千人于九月间攻克长江以北的无为州、运漕镇、东关。
曾国荃到达东关以后，奉命停止前进，分兵驻守所克城邑；其后，被派回湖南，增募乡勇。
这一年的冬天，捻党首领李昭寿在滁州受钦差大臣胜保招安，改名李世忠。李世忠于冬夏之交，替清朝攻下天长、六合、浦口、江浦，与驻防扬州的都兴阿、驻防镇江的冯子材连成一气。
清廷希望曾国藩直捣南京，曾国藩却并无动作，静候（一）鲍超一军在长江南岸的进展；（二）曾国荃把新募的乡勇训练好，带来安徽。
同治元年（1862年）三月，鲍超大胜古隆贤于池州之正东，及铜陵之东南的青阳，杀了一万三千多人，占领青阳。
曾贞干（国葆）于五天以后占领铜陵东北的繁昌，十五天以后占领繁昌东南的南陵。水师在三月二十七日占领繁昌东北的鲁港。
四月十五日，陈玉成的庐州被多隆阿攻破。陈玉成去寿州，投奔苗沛霖，被苗沛霖出卖，捆送胜保的军营，其后于押解赴京的途中被凌迟处死。
庐州之破，给曾国藩增加不少勇气。恰好，曾国荃及其新募之勇已于二月中旬来到，换出驻守各地的旧勇，大举东进。在三月二十日占领巢县、含山，二十二日占领和州。
其后，配合了黄翼升的若干水师，曾国荃越过芜湖，于四月二十日占领太平府（当涂），五月一日占领南京正南的秣陵关。
曾贞干于是也在四月二十二进占芜湖，二十八日占领南京西南的板桥。
鲍超在六月十五日战胜杨辅清于宁国（宣城），加以占领；二十一日至二十八日，连克石埭、太平县、泾县。在此期间，他又接受童容海的投降，不战而获广德。童容海是石达开旧部，本不姓童，姓洪，这时候恢复原姓。他的部队有六万人之多。曾国藩只准他留下三千，其余一律遣散。（结果，在八月底闹了一个乱子，有两万人出走，投奔杨辅清；余下的四万人内讧，洪容海丢掉广德，带一万多人去宁国，投奔鲍超。鲍超仍旧依照曾国藩的前令，只准他留三千人，编为五营，其余一律遣散。）
李秀成从苏州赶回南京，把曾国荃的大营包围了起来。从闰八月二十日开始，一共围了四十六天。
曾国荃守得很好，李秀成撤围而去，却派了洪春元去安徽，夺回含山、东关、巢县。
曾国藩写信给曾国荃，说他孤军深入，本极冒险，切不可屯兵坚城之下，蹈向荣与和春的覆辙，不妨藉着追击洪春元为名，派少数人去追，带多数人撤退到芜湖附近的金柱关，与水师保持联络。然后，转兵东向，由高淳、溧阳、以攻宜兴，叫鲍超从宁国（宣城）出发，由建平（郎溪）、广德，以攻长兴，同时分拨若干水师，驶入内河、小湖，三路并进，打到太湖边为止。
曾国荃不肯听从大哥的话。这一位“九弟”个性甚强，从不服输。他认为既已扎在南京近郊的雨花台，固守了四十六天未破，决无撤退之理。
鲍超那一边，确也并无力量对太平军采取攻势，怎能够由宁国府府城（宣城）而建平，而广德，而长兴？而且，宁国府府城之南的宁国县，已于九月初六日失守。
来攻的太平军首领是古隆贤。此人的任务是进入江西。他在十月十九日打旌德，失败。转而向西，打太平县，于十一月初三加以占领。再转而南，穿过黟县所属的西埭镇，于初七占领祁门。三天以后，左宗棠所派的援兵开到，将他逐走。
他因此无法继续南进，转而向北，占领石埭县。休息了一些时候，转而向西。于十二月初五攻占青阳。
青阳的西边是池州，池州的西南是安庆。曾国藩这时候坐镇在安庆，慌忙调了重兵来一面防守池州，一面力争青阳，才在十二月二十五日把青阳夺了回来，化险为夷。
曾国藩能够夺回青阳，却不能够夺回石埭与太平两县。古隆贤一直占着这两县，成为曾国藩的心腹之患。极会打仗的鲍超，虽则驻扎在宁国府（宣城）的高祖山，也对古隆贤无可奈何。
鲍超本人得了病。他军中的官兵，以及曾国荃雨花台大营的官兵，也多半得了病。什么病呢？是一种瘟疫，其起因是尸首泡在河里江里的太多，饮水之中充满有害的细菌。
同治二年正月二十八日，曾国藩离开安庆，巡视池州、芜湖以及南京雨花台的防务，于二月二十八日返抵安庆。