这时候，曾国藩已经不在江西，而回了湖南湘乡原籍。
他的父亲曾麟书在咸丰七年二月初四病故，他在十一日接到消息，当天启程奔丧，同时奏请咸丰皇帝准他丁忧开缺，所遗职务请以杨载福、彭玉麟二人继续办理。咸丰接到他的奏，谕令杨载福“就近统带”曾国藩的“水师兵勇”，彭玉麟“协同调度”；开缺一节免议，给假三个月治丧，“并赏银四百两，由湖南藩库给发，俾经理丧事，俟假满后再赴江西督办军务”。
闰五月，在假期将满之时，曾国藩再度奏请开缺守制。咸丰回答他：“著仍遵前旨，假满后即赴江西督办军务，并署理兵部侍郎，以资统率。俟九江克复、江面肃清，朕必赏假，令其回籍营葬，俾得忠孝两全，毫无余憾。”
六月初六，曾国藩又上一奏，坚请开缺守制。藉此机会，他向咸丰大发牢骚，诉说几年来所受的委屈，归纳起来共有三点：（一）部队官兵皆是“募勇”，虽能奏保官阶而不能挑补正规军的实缺，以致本人在名义上是兵部侍郎，而实权不如一个提督或总兵。（二）筹饷很困难，所有的地丁漕折，劝捐抽厘，各种项目，概须经由地方官之手，而地方官只晓得秉承他们自己的上司总督、巡抚，“臣职在军旅，与督、抚势分主客，难以呼应灵通”。（三）本人的关防，更换了几次，先是“钦命帮办团防查匪事务前任礼部右侍郎关防”，其后是“钦命办理军务前任礼部侍郎关防”，再其后是“钦差兵部侍郎衔前礼部侍郎关防”，最后是“钦差兵部右侍郎之关防”。“臣前后所奉寄谕，援鄂援皖，筹备船炮，肃清江面，外间皆未明奉谕旨，时有讥议。关防更换既多，往往疑为伪造。”
咸丰明瞭他的处境，为了安慰他，便批准“先开兵部侍郎之缺，暂行在籍守制”；同时命令他“江西如有缓急，即行前赴军营，以资统率”，“此外各路军营，如有需才之处，经朕特旨派出，该侍郎不得再行渎请，致辜委任。”