李鸿章拿下常州、解散常胜军以后，清廷叫他率领淮军，帮助曾国荃去打南京。他一再藉故拖延不去，原因是他很懂政治，不愿意分曾国荃的功。
曾国荃这时候屯兵南京城下已经超过两年，并无进展。倘若没有李鸿章用常胜军与淮军把松江、苏州、常州三府次第“克复”，左宗棠在浙江把浙东、浙西慢慢地剜空（仅余湖州一城），鲍超把皖南与南京外围的几个重镇，如青阳、石埭、太平、句容、金坛等一一占领，曾国荃是一辈子也奈何不了南京的。
曾国荃的另一助手，是洪秀全。洪秀全始终对李秀成不肯信任。李秀成用闪电战术消灭了和春与张国梁，取得了苏、常、松、杭四府以及浙东的富庶之区，差不多中兴了太平天囯，而洪秀全却把李秀成硬留在南京城内，不许他出京有所施展。其后苏州吃紧，李秀成花了七八万两银子贿赂洪仁发、洪仁达，才获得出京的“路条”，然而为时已晚，郜云官等叛志已决。李秀成又只得仓猝离开苏州而回，丢了苏州，也丢了常州。
常州丢了以后，李秀成劝洪秀全放弃南京，全军西上，由安徽取江西、湖北，再占上流。洪秀全不理。
再过一个月，到了同治三年（1864年）五月二十七日，洪秀全便完全丧失斗志，服毒自杀。
洪秀全死后，李秀成扶立他的儿子洪福（旧作洪福瑱，瑱字是玉玺上真主两字的合写，而主字又被误读为王字）。洪福的年纪才有十六岁，倒颇知好歹，一切听由李秀成主持。
洪仁发与洪仁达的势力，也衰了下去。较识大体的洪仁玕，成为最重要的皇亲。洪仁玕是洪秀全的堂弟，参加拜上帝会甚早，到过香港，传说也到过美国。
曾国荃在五月三十日占领龙膊子山的“地保城”，完成了对南京的包围，使得李秀成虽想冲出南京，已不可能。
城内的粮食早就不够。这时候，清方彭玉麟的水军把长江江面控制得极紧，使得“粒米不能入城”。
在如此情形之下，李秀成依然守了十五天，到六月十六日南京才被清军攻破。
城破的前夕，李秀成还率领几百名敢死队出城攻击清军所掘地道的洞口。清军掘地道，埋炸药，炸毁城墙的一段，前后已有多次。每次均被李秀成挡住，或是被李秀成用“反地道”将地道穿破。
这一次，清军所掘的地道特别长，所用的炸药也特别多（三万斤以上），炸毁的城墙有二十几丈。而且，这一次，五万名左右的清军全体出动，一齐冲进了城。
城内十几万太平天囯军民，已经饥饿疲劳没有作战能力，然而仍然抵抗到底（传说没有一个愿降）。
清军关了城门，大杀三日三夜。但是，李秀成与洪福依然冲出了城。
李秀成保护洪福出城，把好马让给洪福，自己骑了一匹坏马。结果，洪福得以逃去，自己却在孝陵卫附近被清军追上捉住。
曾国藩亲自讯问李秀成一次，又叫属僚讯问。李秀成站在囚笼内自写口供，写了十天，写出六七万字。这一篇供词，包含许多宝贵的史实，堪称为太平天囯最重要的史料。可惜曾国藩把原稿藏了起来（存在家里），只抄了一份送到北京，而且改了若干与湘军军情不相符合的字眼，删了末尾的“败亡十误”与“招降十要”。
曾国藩于七月初六日李秀成写完供词以后，就把李秀成“凌迟处死”，“免致疏虞，以贻后患”。
洪福在与李秀成分手以后，遇到堵王黄文金的部队，被迎至湖州。湖州在七月间被清军攻破，黄文金在南走昌化之时战死，洪福于是在昭王黄文英（黄文金的弟弟）保护之下，再逃到淳安，三逃到了江西广信（上饶），四逃到了石城县黄谷涧，终于被捉，押解到南昌凌迟处死。
太平军的残余武力，要到了同治四年年底才被清军完全消灭。其中最重要的三支，是扶王陈得才，侍王李世贤及康王汪海洋所统率的部队。
扶王陈得才，是英王陈玉成的部下。他在英王失败以前，于同治元年正月会合遵王赖文光，由皖北的颍州（阜阳）进入豫南，围新蔡，攻南阳；又由豫西进入陕南，破了山阳、华阴；回师豫西，攻阌乡，围灵宝，大败清军于新安，再度进攻南阳，不成，西占紫荆关，南入湖北，攻枣阳、随州、京山，被清军败于襄樊；由襄阳北入桐柏、唐县、新野、邓州；经鄂北转入陕南，连破兴安（安康）、汉中、城固。这时候，是同治二年十月。
次年的春天，陈得才听说南京危急，决心放弃陕南地盘，回军东下。他回军到湖北，被清军名将（蒙古人）僧格林沁打败。此后，他就处于劣势，被僧格林沁追逼得喘不过气来。
南京城破，陈得才队伍的军心大受影响，三个月以后，有十一万多兵于部将马融和的主动之下，背叛他投降清方，他只好自杀。另一部将，启王梁成富于次年五月在甘肃阶州战败被擒。赖文光则继续以所谓“东捻”首领的地位，奋斗下去。
侍王李世贤于南京城破以前，率领若干万军民由浙江去江西夺粮，如入无人之境。江西有很多县被他占领。
南京城破以后，清军将主力移来江西，把他打走。他走入福建，于同治三年九月间占领漳州（龙溪）。两个月后，他在漳州大胜来攻的清军。
被侍王李世贤打败的清军将领，是福建提督林文察。这林文察不是李世贤的对手。
左宗棠这时已由杭州赶来福州，就任闽浙总督。左宗棠与李世贤斗了几个月，打不下漳州；最后，向李鸿章借了淮军的洋枪队五千名（由郭松林率领，郭松林本人是湖南湘潭人），才在同治四年四月底与五月初击溃李世贤。
李世贤在六月间退出福建，走到广东镇平（蕉岭），依附康王汪海洋。不久，他与汪海洋处得不好，被汪海洋杀害。
康王汪海洋，也是奉了李秀成之命，于南京城破以前去江西夺粮的。李世贤是从浙西进军，汪海洋是从皖南进军。
汪海洋先占了赣北的德兴，次占赣东中部的新城（黎川），其后占了赣东南部的瑞金，由瑞金进入福建，在汀州（长汀）停留了三个月，于同治四年二月被左宗棠的部下刘典、王德榜打败，向南一退上杭，再退永定，三退大埔。
在大埔，他被广东清军挡住，回攻永定，不利，再攻上杭，又不利，西走武平。
左宗棠的另一部下高连陞，负责对汪海洋穷追，追到武平，汪海洋却突然转向，冲进广东，占领镇平（蕉岭），又占领平远、兴宁。这时候，是同治四年四月，离开放弃汀州才有两个月。
在兴宁，出乎汪海洋意料之外，清军最勇悍的霆字军（鲍超旧部）有十八营自动向汪海洋请求加入太平军。他们先已在湖北武昌金口镇闹饷哗变，穿过湖南不远千里而来，于同治四年五月底到达兴宁，与汪海洋会合在一起。（幕后的策动者是天地会。）
三个月以后，汪海洋失掉兴宁与镇平，退守平远。左宗棠亲自由福建来广东对他作战。汪海洋于是退到赣南，打定南，又打信丰，不利，再回广东，于十月间占领嘉应州（梅县）。左宗棠把鲍超本人请来帮忙。
又过了两个月，汪海洋在作战之时负伤，伤重而死，残部由偕王谭体元统率。
谭体元在同治四年十二月二十二日放弃嘉应州，遭鲍超拦击，战了两天，死了一万六千多人。剩下的尚有五六万人，全数降清。谭体元与七百三十四名太平军军官一齐被俘，斩首。
自从金田起义以来，太平军一共有十五个年头的历史，攻占过六七十个城市，穿过了当时十八个省份之中的十六个，兵力于极盛之时超过一百万。