论作战的能力，太平军比湘军厉害得多。然而天京在咸丰六年八月发生了政变，杨秀清被杀，石达开抽兵东下，不久韦昌辉也死，负责守城的韦俊（韦昌辉的侄儿）无心再守，也在三个月以后撤了出去（咸丰六年十一月）。
从此，太平军不再能打到武汉与其外围。就整个的局势来说，这是太平军走向下坡的开始。
杨秀清之所以被杀，是由于专权太过，不但引起洪秀全的猜忌，而且引起部下普遍的不满。论能力，他显然比洪秀全强；这一点，洪秀全自己是知道的。
金田起义之时，杨秀清是“左辅，正军师”。与他地位相同的有萧朝贵，萧是“右弼，又正军师”。永安州建国之时，杨秀清是东王，地位已高于西、南、北、翼四王，而仅次于天王及天德王。
其后，天德王被俘，西王萧朝贵战死，杨秀清便成了无可制衡的权相。到了南京，洪秀全叫部下称杨秀清为九千岁，一切章奏均由他转呈（实际上由他代行批示），于是洪秀全只剩有天王的虚名，实权全部入于杨秀清之手。
杨秀清甚至又扮演“天父下凡”的活剧，当众叫洪秀全跪地挨骂。对天王他尚敢如此，对别人如何更不难想象了。
结果，他在咸丰六年（1856年）八月初三日死于北王韦昌辉之手。