“和卓”的意思，是“圣裔”，亦即伊斯兰教创始人穆罕默德圣人（简称穆圣）的后代。
这一个名词来自阿拉伯；用英文字母来写，是Khoja。元、明两朝的史料上，常常有“火者”二字，也是这个名词的汉写。
清朝的官方文书，在“和卓”之下加了一个“木”字。这“木”字，原为称呼时的语尾。
成吉思汗的儿子察合台，在受封为葱岭东西无数的伊斯兰教人民的君主以后，并不曾立即信奉伊斯兰教。他的子孙，却信了伊斯兰教，并且不再用蒙古人固有的名字，而一律用了伊斯兰教人的名字。
察合台汗国于一度兴盛以后，衰微了下去，始则分裂为东、西，继则小国林立。西半部，于元、明之交，出了一位兼有蒙古与突厥血统的铁木兰，建立了一个大帝国，拥有西察合台、波斯的大部分与伊拉克的全部，而且打进了今日的土耳其，打进了印度。
准噶尔的汗是新疆南部各地的最高统治者。因此，在阿睦尔撒纳被乾隆逐走以后，新疆南部便进入群龙无首的状态。大小和卓两人于是不自量力，想利用机会占有这一大块土地。
他们的父亲，是所谓“老和卓”。老和卓的名字，叫做阿哈玛特。这阿哈玛特，是白派在南疆的首领，死在伊犁。据说，他是被小噶尔丹抓到伊犁去的。
大小和卓兄弟二人，在达瓦齐被阿睦尔撒纳解决之时，获得自由，回去南疆。
大和卓的名字叫做布拉呢敦，小和卓的名字叫做霍集占。
大小和卓回到南疆以后，不久便占有库车、阿克苏、乌什、喀什噶尔、叶尔羌、和阗这几个最重要的大城。他们以宗教领袖的身份，分别代替准噶尔的汗，作为南疆的霸主。他们而且委了亲信，作为各城的“伯克”（Beg，城长）。
乾隆既已不容许新疆北部为一个准噶尔的汗所统辖，当然也不肯坐视新疆南部为两个和卓所统辖。
这时候，库车以东的南疆另外三个大城哈密、吐鲁番、焉耆，业已“内属”。
乾隆在二十三年（1758年）二月，任命雅尔哈善为“靖逆将军”，对大小和卓采取军事行动。雅尔哈善在五月间到达库车。库车的“伯克”阿卜都·克勒木，是小和卓的属下，把库车守得很好。雅尔哈善攻了一个月，攻不下库车城。
小和卓亲自带了八千人用“最精”的“乌拉鸟枪”来增援，和雅尔哈善在城外打了一仗，负伤，却能够进城，与守城的兵会合一起，继续死守。
在雅尔哈善的麾下，有一个汉人提督马得胜，建议掘地道穿入城中。掘到相当程度，雅尔哈善自己进去察看，叫随从的人拿蜡烛陪着。守城的兵见到清军手拿蜡烛，猜出是在掘地道，便在城里也掘了横的地道，灌水。清军被淹死很多。
又过了若干天后，城内的粮食吃完，小和卓与伯克带兵在深夜出西门，渡过鄂根河逃走。雅尔哈善懒得在夜间打仗，到天明才派人去追，追不到一个。
事先，有人向雅尔哈善报告过，说：“城里的粮食快完了。小和卓与伯克可能由西门或北门逃走，不妨早日派兵在西、北两方埋伏，到时候截击。”雅尔哈善认为报告的人，是一个新近才来投降的回民，不值得相信，置之不理。
在小和卓与伯克逃走后，库车城的回民出城投降。雅尔哈善进城，把回民的几个首领无缘无故地杀掉。
乾隆听说雅尔哈善如此无能，吩咐兆惠进军库车，将雅尔哈善的一个助手顺德讷就地正法；把雅尔哈善与马得胜押解回京，斩首。
顺德讷是八旗之一的副都统。他被就地正法，可谓罪有应得。雅尔哈善在押到了京师以后被斩首，也不能算冤枉。马得胜却也继雅尔哈善之后受了极刑，只有用“圣天子不测之恩威”八个字来解释。
满洲八旗的官与兵，在努尔哈赤与皇太极之时，的确勇悍善战。入关以后，虽则大部分的征讨由吴三桂、孔有德、尚可喜、耿仲明这些人所带领的“降兵降将”担任，但旗兵、旗将与若干亲王、郡王、贝勒、贝子，一样地“身在行间”，“冲锋陷阵”。
到了康熙对吴三桂及尚之信、耿精忠作战之时，就只有绿营的汉兵、汉将在真正出力。满洲旗人之充任将军与大将军的，无非是坐享其成而已。
其后，康熙打败老噶尔丹，打走策妄阿拉布坦派驻拉萨的策零敦多布，打平罗卜藏丹津，每次用满洲八旗总是吃亏，用绿营就获得胜利。
雍正对小噶尔丹的战争，乾隆对大、小金川的战争，也是如此。
原因是满洲八旗的人在得了天下以后，上层习于富贵，下层习于“有保障的生活”，于是怕吃苦、怕死。
乾隆利用阿睦尔撒纳所领导的厄鲁特人，打走厄鲁特之中的准噶尔部达瓦齐汗，又驱策喀尔喀、科尔沁、察哈尔各旗的蒙古人，打走阿睦尔撒纳，消灭整个准噶尔部。
到了必须对付“回疆”的大小和卓之时，乾隆找不到多少“回人”可资利用。对清朝效顺的吐鲁番回王哈什木与“头目”莽苏尔、“伯克”莽阿里克，皆并无多少回兵可供乾隆调动。
因此，雅尔哈善与兆惠所先后率领的军队，仍以蒙古人与汉人为主。
在雅尔哈善以前，最先赴南疆的是蒙古人阿敏道。他奉了兆惠之命，到喀什噶尔与叶尔羌等地去“慰抚”。兆惠拨给他三千名厄鲁特兵、一百名索伦兵。
索伦人也是女真，住在黑龙江下游的两岸，被称为“新满洲”，而不属于满洲八旗。他们是所谓“野人”一类，朝气尚存。
阿敏道途经库车，那时候小和卓也在那里。小和卓骗他，说“我们与厄鲁特人有仇，请你遣走三千厄鲁特兵，我们欢迎你入城。”阿敏道依言照办，遣还厄鲁特兵，只带了一百名索伦兵进城。结果，他与这些索伦兵作了小和卓的俘虏。其后，统统被小和卓杀死。
他们之死，是回疆战争之导火线。我曾到过喀什噶尔香妃的故乡，与当地父老谈起这件事。据父老说：“清朝派来的人不会说‘维吾儿’话，当时库车又没有能够翻译的人，小和卓与他言语不通，因此就发生了误会。”
父老们又告诉我：“大和卓本是忠于清朝的。小和卓杀了清朝派来的人，知道事情闹大，才鼓动大和卓一齐反清。”
南疆九个大城（哈密、吐鲁番、喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什、喀什噶尔、叶尔羌、和阗）均由察合台的苗裔充任统治者。叶尔羌的一个是九个之中的首领。其他八个听命于他，他听命于住在伊犁的察合台汗国的君主。
（其实，察合台汗国分裂为东、西二国，在伊犁的不过是东察合台汗国的汗而已。）
铁木耳土赫鲁克的儿子，叫做吉匝尔和卓。他分明不是“和卓”（圣裔），他之所以被称为“和卓”，无非是因为“和卓”一词业已被用作一种“尊号”了。
吉匝尔和卓丢掉伊犁，迁居吐鲁番。
另一支和卓，比玛木特·额敏东来更早。这一支和卓，在1943年仍有后代住在库车。
这库车一支的和卓，比喀什噶尔的一支传代传得较慢，可能原是旁支。
喀什噶尔的和卓阿布都实墨特，被老噶尔丹捉去伊犁以后，在伊犁住了十九年。老噶尔丹战败自杀以后，阿布都实墨特带了儿子玛罕木特向康熙投效，康熙准他们回南疆，却不让他们在喀什噶尔住，叫他们到叶尔羌去住。这时候南疆在政治上真空。阿布都实墨特死后，他的儿子玛罕木特凭了在宗教上的地位，渐渐成为南疆各城所共戴的领袖。
然而，不久他也被继承噶尔丹而为准噶尔汗的策妄阿拉布坦所逮捕，关在伊犁，死在伊犁。他的两个儿子，大和卓布拉呢敦与小和卓霍集占，也囚居在伊犁，直到阿睦尔撒纳引来清军，打走达瓦齐之时（乾隆二十年）。
清军在伊犁释放了大小和卓，传说还交了一些兵给大和卓，叫他去南疆扫荡准噶尔的残余势力。小和卓被留在伊犁，度一种“人质”的生活。
大和卓到了南疆，便纠合白派的教徒，在乌什与黑派的教徒大战一场，获胜，一跃而成为全南疆的军事、政治领袖。
小和卓在次年（乾隆二十一年）逃出伊犁，到了乌什，劝哥哥帮助阿睦尔撒纳反清，把南疆独立起来，作为一个新的伊斯兰教王国。
小和卓杀了阿敏道。其后，库车被雅尔哈善围攻，小和卓来援救，入城助守，城内粮尽，他在深夜之中带兵出西门逃往阿克苏，阿克苏的伯克关了城门，不欢迎。再逃到乌什，乌什的伯克也是如此。
小和卓逃到喀什噶尔，找大和卓，大和卓决定自守喀什噶尔，叫小和卓去守叶尔羌。
兆惠带领了若干满洲军官、厄鲁特兵士，以及陕甘的绿营，到了库车，又到了阿克苏、乌什。乾隆派了一个叫做舒赫德的，以头等侍卫的官衔，坐镇阿克苏。这舒赫德是满洲正白旗人，当过汉军镶黄旗都统，因事革职，“为兵赎罪”，在奉命坐镇阿克苏以后，乾隆不久便逐渐升他为参赞大臣、吏部侍郎、工部尚书、满洲镶红旗都统。
兆惠从乌什转军西南，溯叶尔羌河而上，奔驰了一千五百里，直攻小和卓于叶尔羌城。
他攻不下这叶尔羌城，却为了诱敌出城，故意到城南喀喇乌苏（黑水）地方去抢掠敌人的牧马场，被敌人包围，困守了十几天。
舒赫德派了一个叫做富德的带兵来救，解了兆惠的围，两人会面以后，不再攻叶尔羌，也不去喀什噶尔打大和卓，却撤军回阿克苏。这是乾隆二十四年（1759年）正月间的事。当时，清军的一个支队，由瑚尔起率领，已在和阗被围，兆惠与富德二人就好像不知道一样。
乾隆接到报告，大为震怒，下旨申斥他们：“你们说人马疲乏，但是阿克苏远、和阗近，为什么不去和阗，要回阿克苏？”
富德只好再从阿克苏去叶尔羌，准备由叶尔羌去和阗，解瑚尔起之围。他尚未到达和阗，瑚尔起已“突围”出来。于是，富德专心对付在叶尔羌的小和卓。
兆惠溯叶尔羌河而上，奔驰了一千五百里。（原版插图）
兆惠也只好进军喀什噶尔，对付大和卓。
两位和卓分别抵抗兆惠与富德，支持到同年闰六月，决计逃走，逃到葱岭西边的“巴达克山王国”。
兆惠叫富德越过葱岭去追。富德追他们追到巴勒楚尔，胜了一仗；又追到热海（伊西克库尔，清朝官方文书写作“伊西洱库淖尔”），又胜了一仗。
巴达克山王国的汗素勒坦沙着了慌，把小和卓霍集占捉住杀了，将首级送清军。大和卓布拉呢敦可能已因作战负伤，不治而死。
传说，香妃被捆了送来，作为清军的战利品。