准噶尔在康熙、雍正年间先后有老噶尔丹、策妄阿拉布坦、小噶尔丹三个领袖，给清朝政府生了不少麻烦。小噶尔丹在乾隆十年死后，新疆北部陷于混乱状态。小噶尔丹的嫡子那木札尔，被庶子达尔札杀了；达木札又被辉特部的部长阿睦尔撒纳所杀。
阿睦尔撒纳扶立一个叫做达瓦齐的，作准噶尔部的部长。不久，他与达瓦齐闹翻，率领眷属与若干部下窜入乾隆的领土以内，向乾隆投降，这是乾隆十九年（1754年）的事。
乾隆很高兴，封阿睦尔撒纳为亲王，要利用他直捣准噶尔的根据地伊犁，替雍正雪耻，同时根除康熙以来西北方的一大威胁。
乾隆调集五万兵、十四万匹马，派阿睦尔撒纳为“定边左副将军”、萨喇勒为“定边右副将军”，分两路向准噶尔进攻。阿的一路，由乌里雅苏台出发，归“定北将军”班第节制；萨的一路，由巴里坤出发，归“定西将军”永常节制。
两路人马在乾隆二十年二月开动，势如破竹，到处受降，如入无人之境，到了五月间便会师伊犁。达瓦齐逃到新疆南部的乌什，被当地的回王捉了，送给清军。连以前在青海造反的罗卜藏丹津，也被同时捆了送来。
乾隆为了表示宽大，故意宽宥罗卜藏丹津，免他一死。达瓦齐的下落如何，史无明文。
乾隆封阿睦尔撒纳为“双亲王”，不给他准噶尔的地盘，更不给他以统驭四部厄鲁特（卫拉特）的权力。
乾隆又封一个准噶尔的“台吉”伯什阿克什作“准噶尔亲王”，也不让这位伯什阿克什统驭四部。
乾隆的计划是叫四部各自为政，不相统属，而一概直接效忠清朝。
阿睦尔撒纳在事实上却已占了伊犁，并且启用了小噶尔丹所留下的“准噶尔汗”的印章，自称起“准噶尔汗”来了。到了六月间，阿睦尔撒纳索性退还“定边左副将军”之印，不再为大清皇帝之臣。
乾隆也索性改称准噶尔为绰罗斯（“绰罗斯”是准噶尔统治者的姓），封了一个噶勒臧多尔济作绰罗斯汗。
辉特，阿睦尔撒纳自己的一个卫拉特，乾隆另封一位巴雅尔作汗。
其余的两个卫拉特和硕特与杜尔伯特，也各设一个汗：沙克都尔曼济与车凌。
这时候，定西将军班第留驻伊犁对岸的尼楚衮（伊犁城在伊犁河南，尼楚衮在伊犁河北），身边仅有察哈尔兵三百人、喀尔喀兵二百人。几万大军，他早已奏准乾隆，陆续予以撤退。乾隆却给了他一道密旨，叫他捕斩阿睦尔撒纳。
他捉不了阿睦尔撒纳，阿睦尔撒纳早已去了额尔齐斯河流域塔尔巴哈台山脉以北杜尔伯特的领土。
他带了五百兵，对伊犁一带的阿睦尔撒纳的部下作战，被围，自杀。和他同时自杀的，有鄂尔泰的一个儿子，参赞大臣鄂容安。
在乾隆所派的两个将军之中，定西将车班第在伊犁附近被围，自杀；定北将军永常，这时驻扎在穆垒（新疆省木垒河县），仓皇退军到巴里坤（镇西），请参赞大臣策楞保护。
乾隆接到报告以后，下令把永常逮捕，押解回京。这永常走到陕西临潼，中途而死。他是满洲正白旗人，姓董鄂氏，侍卫出身，当过湖广总督。他为人并无他错，只是胆小，乾隆偏要叫他带兵打仗，可说死得冤枉。
捕了永常以后，乾隆叫策楞署理定西将军。策楞的名字与噶尔丹策零，以及策零敦多布、小策零敦多布等人的“策零”，是一个名词。在蒙古王公之中，有不少的“车凌”，其实也是同一个名词。正如英、美人有成千成万是叫做“杰姆士”或“约翰”的。
这新任定西将军策楞，不是蒙古人，而是满洲人。他是讷亲的哥哥、尹德的儿子、遏必隆的孙子、额亦都的曾孙。额亦都是努尔哈赤的好朋友、知己、佐命元勋，所以子孙极受优待，虽有罪而“公爵”世袭罔替。乾隆斩了讷亲，不得不在额亦都的苗裔之中选出策楞来承袭。（策楞在乾隆十九年因为不赞成乾隆太重视阿睦尔撒纳，被夺去公爵，公爵改由一位达尔党阿承袭。）
乾隆不该叫策楞当过公爵以后，又作将军打仗。这是乾隆糊涂的地方。
所好，在策楞的麾下有很多的蒙古骑兵。这些蒙古骑兵，很迅速地推进到伊犁，捕了当地的一个“宰桑”克什木。克什木正是那围住班第、逼得班第自杀的人。
乾隆将策楞升为正式的定西将军，命令他活捉阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳这时已把他的汗幕，移设在伊犁东北，不久就逃去哈萨克（Kazakh-stan），策楞毫无办法。
乾隆等待到二十一年十一月，依然没有关于阿睦尔撒纳的消息，便又吩咐把策楞逮捕，锁在一个木头笼子里，押解回京，中途遇到准噶尔兵，可怜这策楞便死在准噶尔兵之手。
策楞的定西将军位子，乾隆在五六月间已经叫达尔党阿接充。这达尔党阿也是额亦都的曾孙，与策楞同祖（遏必隆），但父亲不是尹德，而是那皇八子胤禩的拥护者、被雍正谥为“不臣不弟，暴悍贪庸”的阿灵阿。
达尔党阿在八月间把军队开到“遇和集”，与哈萨克所派来的迎护阿睦尔撒纳的五千多骑兵打了两仗，杀了哈萨克骑兵九百多，却让阿睦尔撒纳溜走。
乾隆更气，下旨收回达尔党阿的双眼花翎，召他回京，回京以后夺去他的公爵。公爵由额亦都的另一苗裔仁和承袭。达尔党阿总算是运气好，没有在回京的路上遭遇准噶尔兵，也没有在回京以后下狱论斩，只是发往热河“披甲”（当一个上等兵），其后也居然积功升至二等侍卫。
与达尔党阿同时被发往热河披甲的，是“定边左副将军”哈达哈。哈达哈是另一开国元勋的苗裔（费英东的玄孙傅尔丹的儿子）。哈达哈其后因为在新疆南部“作战不力”，被乾隆赐令自尽，但乾隆的御旨尚未颁到之时，哈达哈已“力战”而死。
阿睦尔撒纳逃到哈萨克后，于乾隆二十二年偷了哈萨克的若干马匹，抢掠绰罗斯（准噶尔）一个台吉札纳噶尔布的牧地。
雍正的远房表侄、正黄旗乌雅氏的一位笔帖式出身、当过山东巡抚的兆惠，这时候以“定边右副将军”的名义，驻扎在济尔哈朗城。这济尔哈朗城，并非为了纪念郑亲王济尔哈朗而建筑的新城。它可能是本名济尔噶朗城，因附近有一条济尔噶朗河而得名。
兆惠听到阿睦尔撒纳入侵的消息，赶紧派参赞大臣富德带兵去追，自己在济尔哈朗城坐守，藉以防备新疆南部的回族首领大小和卓木。
乾隆在军机处看到报告，骂兆惠轻重倒置。兆惠接奉批示，只好自己也带兵北上，向塔尔巴哈台进发，与富德会师。
阿睦尔撒纳却早已又溜去哈萨克，富德仅仅捉住了乾隆所封的辉特汗巴雅尔。
巴雅尔是在达瓦齐被捕之时，与噶勒藏多尔济、沙克都尔曼济、车凌同时受封的“厄鲁特四汗”之一的。噶是绰罗斯汗（统辖原有的准噶尔部），沙是和硕特汗，车是杜尔伯特汗。
乾隆本想封阿睦尔撒纳为辉特汗，因为阿志在以“准噶尔汗”的名义“总统四部”，反对提升绰部、和部、杜部这三部的“台吉”为汗，所以乾隆就只封他为一个空头的“双亲王”（以亲王的地位，食亲王双俸），把辉特汗的位置，封给辉特部的另一台吉巴雅尔。
巴雅尔却并不感激乾隆，而始终对阿睦尔撒纳忠心。在阿叛清之时，第一个响应的，便是这巴雅尔。
第二个响应阿的，是绰罗斯汗噶勒藏多尔济。噶在乾隆二十二年正月，把兆惠围困在乌鲁木齐附近的特讷格尔，几乎解决了兆惠，但在清军的援兵开到以后，也只得让兆惠突围而去。其后，噶被自己的一个侄儿札纳噶尔布杀了。
阿睦尔撒纳之所以从哈萨克撤回，抢掠札纳噶尔布的牧地，也许正是为了替噶勒藏多尔济报仇。仇不曾报到，却损折了辉特汗巴雅尔。
最冤枉的是和硕特汗沙克都尔曼济。他始终效忠乾隆，反而被巴里坤办事大臣雅尔哈善派兵于深夜突袭，以致他本人、妻与四千多部下，完全死于非命。
这雅尔哈善是清朝的宗室，称为觉罗，是正黄旗的一个“緜译举人”，当过江苏巡抚。其后他在新疆南部库车地方，围攻小和卓，被小和卓突围逃走，乾隆抓他回京斩首。
在四个卫拉特的汗之中，幸运的仅有杜尔伯特部的车凌。乾隆始终相信他，准他率领所部，在阿尔泰山之东、科布多城之北、唐努帖斯山之南、乌布沙泊附近的乌兰固木（北纬五十度，东经九十二度）“定牧”下来，而免予遣还阿尔泰山之西、塔尔巴哈台山之北的额尔齐斯河流域。
额尔齐斯河流域，由乾隆划给若干乌梁海人。乌梁海的“海”字，很易引起读书人的误会；其实何尝是什么“海”。但是清朝的官方文件都是写作“海”字，改起来也颇不容易。其实乌梁海就是“兀良哈”，打猎为生的人。
在“唐努乌梁海”区域，有很多的乌梁海部落。被乾隆迁送至额尔齐斯河流域的，只是其中的几个部落而已。清朝政府在唐努乌梁海设有五个总管，归驻扎在乌里雅苏台的乌里雅苏台将军节制。
话归本题，阿睦尔撒纳再度逃入哈萨克境内，兆惠也追了去。哈萨克的汗阿布赉慌忙向乾隆上表称臣，而且请求入觐。
阿睦尔撒纳在哈萨克无法容身，就逃到当时属于“帝俄”的西伯利亚。乾隆向帝俄提出通牒，根据《尼布楚条约》要求引渡“逃人”，帝俄起先不理，乾隆准备打，帝俄着了慌，就把阿睦尔撒纳的尸首送来，说阿睦尔撒纳是出了痘症（天花）而死的。
同时，乾隆已经吩咐兆惠，在伊犁与塔城一带，包括城里城外、山陬水涯，展开规模巨大的屠杀。凡是绰罗斯（准噶尔）与辉特两部的人，不分是否忠于清朝，不分有未参加阿睦尔撒纳的叛乱，不分老少，不分男女，一概屠杀。这一杀，真是杀得鸡犬不留、玉石俱焚。比起扬州十日、嘉定三屠，有过之而无不及。能逃去葱岭以西的乞儿吉思地方的（黠戛斯Kirgizia）不到一半。
跟着，乾隆也叫兆惠平定新疆南部（在当时称为“回疆”），为了讨伐大小和卓两个反清的首领，也屠杀不少回人。